* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 28 ноября 2012. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Первый футбольный клуб для Фредерика был французский«Лион». Дебютировал молодой футболист во французском чемпионате в сезоне 97/98. В составе «Лиона» Фредерик сыграл 70 матчей, в которых забил 20 мячей. В 2000 году форвардом заинтересовался английский«Вест Хэм». «Молотки» сначала взяли Кануте в аренду, а когда он забил два гола в восьми играх, решили выкупить его контракт за 3,7 миллиона фунтов. Проведя за «Вест Хэм» три сезона, и забив 31 гол в 91 игре, Кануте переходит в «Тоттенхэм» за 3,5 миллиона фунтов. В стане «Шпор» дела у Кануте пошли не очень хорошо: с одной стороны, он порадовал болельщиков несколькими выдающимися голами, с другой стороны, неоднократно демонстрировал пренебрежение интересами команды, вопреки желанию тренера уехав на Кубок Африки и саботировав одно из летних турне «Тоттенхэма». За два года проведенных в составе лондонской команды трансферная ценна игрока несколько выросла и в 2005 году Кануте переходит в «Севилью» за 6.5 миллионов евро. В составе «Хотспур» Фредерик сыграл 60 игр, забив при этом 14 голов. В Испании у Кануте дела пошли в гору: выиграв два подряд Кубка УЕФА(2006, 2007), в которых отличался забитыми мячами. Также в составе «Севильи» Катуте побеждал в Суперкубке УЕФА, Суперкубке Испании, Кубке Испании (дважды). В 2007 году Кануте стал футболистом года в Африке. В составе «Севильи» Фредирик сыграл 209 матчей и забил 88 голов. В 2012 году подписал контракт с китайским клубом «Бэйцзин Гоань» сроком на 1,5 года. 18 июля сделал свой первый дубль за новый клуб в матче Кубка Китая против «Циндао Чжуннэн», который закончился разгромной победой для «Бэйцзина» со счетом 6-0.