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### R code from vignette source 'rontotools.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: rontotools.Rnw:55-58 ################################################### require(graph) require(ROntoTools) kpg <- keggPathwayGraphs("hsa", verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: rontotools.Rnw:62-63 (eval = FALSE) ################################################### ## kpg <- keggPathwayGraphs("hsa", updateCache = TRUE, verbose = TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: rontotools.Rnw:69-70 ################################################### head(names(kpg)) ################################################### ### code chunk number 4: rontotools.Rnw:74-77 ################################################### kpg[["path:hsa04110"]] head(nodes(kpg[["path:hsa04110"]])) head(edges(kpg[["path:hsa04110"]])) ################################################### ### code chunk number 5: rontotools.Rnw:81-82 ################################################### head(edgeData(kpg[["path:hsa04110"]], attr = "subtype")) ################################################### ### code chunk number 6: rontotools.Rnw:86-90 ################################################### kpg <- setEdgeWeights(kpg, edgeTypeAttr = "subtype", edgeWeightByType = list(activation = 1, inhibition = -1, expression = 1, repression = -1), defaultWeight = 0) ################################################### ### code chunk number 7: rontotools.Rnw:94-95 ################################################### head(edgeData(kpg[["path:hsa04110"]], attr = "weight")) ################################################### ### code chunk number 8: rontotools.Rnw:99-101 ################################################### kpn <- keggPathwayNames("hsa") head(kpn) ################################################### ### code chunk number 9: rontotools.Rnw:109-111 ################################################### load(system.file("extdata/E-GEOD-21942.topTable.RData", package = "ROntoTools")) head(top) ################################################### ### code chunk number 10: rontotools.Rnw:127-136 ################################################### fc <- top$logFC[top$adj.P.Val <= .01] names(fc) <- top$entrez[top$adj.P.Val <= .01] pv <- top$P.Value[top$adj.P.Val <= .01] names(pv) <- top$entrez[top$adj.P.Val <= .01] head(fc) head(pv) ################################################### ### code chunk number 11: rontotools.Rnw:140-145 ################################################### fcAll <- top$logFC names(fcAll) <- top$entrez pvAll <- top$P.Value names(pvAll) <- top$entrez ################################################### ### code chunk number 12: rontotools.Rnw:149-151 ################################################### ref <- top$entrez head(ref) ################################################### ### code chunk number 13: rontotools.Rnw:163-165 ################################################### kpg <- setNodeWeights(kpg, weights = alphaMLG(pv), defaultWeight = 1) head(nodeWeights(kpg[["path:hsa04110"]])) ################################################### ### code chunk number 14: rontotools.Rnw:177-178 ################################################### peRes <- pe(x = fc, graphs = kpg, ref = ref, nboot = 200, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: rontotools.Rnw:182-186 ################################################### head(Summary(peRes)) head(Summary(peRes, pathNames = kpn, totalAcc = FALSE, totalPert = FALSE, pAcc = FALSE, pORA = FALSE, comb.pv = NULL, order.by = "pPert")) ################################################### ### code chunk number 16: peRes_twoway1 ################################################### plot(peRes) ################################################### ### code chunk number 17: peRes_twoway2 ################################################### plot(peRes, c("pAcc", "pORA"), comb.pv.func = compute.normalInv, threshold = .01) ################################################### ### code chunk number 18: fig1 ################################################### plot(peRes) ################################################### ### code chunk number 19: fig2 ################################################### plot(peRes, c("pAcc", "pORA"), comb.pv.func = compute.normalInv, threshold = .01) ################################################### ### code chunk number 20: pePathway_twoway_Acc ################################################### plot(peRes@pathways[["path:hsa05216"]], type = "two.way") ################################################### ### code chunk number 21: pePathway_boot_Acc ################################################### plot(peRes@pathways[["path:hsa05216"]], type = "boot") ################################################### ### code chunk number 22: fig3 ################################################### plot(peRes@pathways[["path:hsa05216"]], type = "two.way") ################################################### ### code chunk number 23: fig4 ################################################### plot(peRes@pathways[["path:hsa05216"]], type = "boot") ################################################### ### code chunk number 24: pePathway_graph_Pert ################################################### p <- peRes@pathways[["path:hsa05216"]] g <- layoutGraph(p@map, layoutType = "dot") graphRenderInfo(g) <- list(fixedsize = FALSE) edgeRenderInfo(g) <- peEdgeRenderInfo(p) nodeRenderInfo(g) <- peNodeRenderInfo(p) renderGraph(g) ################################################### ### code chunk number 25: pePathway_graph_Pert2 ################################################### p <- peRes@pathways[["path:hsa04660"]] g <- layoutGraph(p@map, layoutType = "dot") graphRenderInfo(g) <- list(fixedsize = FALSE) edgeRenderInfo(g) <- peEdgeRenderInfo(p) 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top$entrez[top$adj.P.Val <= .01] head(fc) head(pv) ################################################### ### code chunk number 33: rontotools.Rnw:352-357 ################################################### fcAll <- top$logFC names(fcAll) <- top$entrez pvAll <- top$P.Value names(pvAll) <- top$entrez ################################################### ### code chunk number 34: rontotools.Rnw:361-363 ################################################### ref <- top$entrez head(ref) ################################################### ### code chunk number 35: rontotools.Rnw:375-376 ################################################### pDisRes <- pDis(x = fc, graphs = kpg, ref = ref, nboot = 200, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 36: rontotools.Rnw:380-384 ################################################### head(Summary(pDisRes)) head(Summary(pDisRes, pathNames = kpn, totalpDis = FALSE, pORA = FALSE, comb.pv = NULL, order.by = "ppDis"))