Cap analysis gene expression (original) (raw)
Cap analysis gene expression (CAGE) is a gene expression technique used in molecular biology to produce a snapshot of the 5′ end of the messenger RNA population in a biological sample (the transcriptome). The small fragments (historically 27 nucleotides long, but now limited only by sequencing technologies) from the very beginnings of mRNAs (5' ends of capped transcripts) are extracted, reverse-transcribed to cDNA, PCR amplified (if needed) and sequenced. CAGE was first published by Hayashizaki, Carninci and co-workers in 2003.CAGE has been extensively used within the FANTOM research projects.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Cap analysis gene expression (CAGE) is a gene expression technique used in molecular biology to produce a snapshot of the 5′ end of the messenger RNA population in a biological sample (the transcriptome). The small fragments (historically 27 nucleotides long, but now limited only by sequencing technologies) from the very beginnings of mRNAs (5' ends of capped transcripts) are extracted, reverse-transcribed to cDNA, PCR amplified (if needed) and sequenced. CAGE was first published by Hayashizaki, Carninci and co-workers in 2003.CAGE has been extensively used within the FANTOM research projects. (en) Кэп-ана́лиз экспре́ссии ге́нов (англ. cap analysis gene expression, CAGE) — технология, используемая в молекулярной биологии, в результате которой получают профили экспрессии генов эукариот с одновременным определением специфических для клетки/ткани условий транскрипционных стартовых сайтов (TSS), включая данные о задействованных промоторах. Метод заключается в получении и прочтении коротких (обычно длиной 27 нуклеотидов) участков последовательности 5'-конца кэпированных РНК эукариот. Далее проводится картирование секвенированных последовательностей на готовый геном, что позволяет уточнить 5'-границы транскрибируемых областей, а также провести количественный анализ экспрессии. Методика была разработана и опубликована в 2003 году, после чего активно совершенствовалась. Метод активно используется в исследовательском проекте по функциональной аннотации геномов млекопитающих (англ. FANTOM — Functional Annotation of the Mammalian Genome). С помощью данного метода было показано существование альтернативно регулируемых сайтов начала транскрипции и были открыты новые регуляторные элементы. Также он позволил предсказывать сайты связывания факторов транскрипции и других мотивов, связанных с транскрипцией. Анализ 5'-концов данным методом особенно хорош для исследования регуляторных взаимосвязей генов; с его помощью выявили ключевые транскрипционные факторы, ответственные за дифференцировку монобластов в моноциты. Поскольку данный метод не предполагает никакую известную модель гена, он показал, что ретротранспозоны экспрессируются специфично и регулируют мРНК и другие некодирующие РНК. (ru) 帽分析基因表达（英語：Cap analysis gene expression，简称为CAGE）是在分子生物学领域应用的一种技术，该技术用于产生生物样本中整个mRNA总体的5'端快照。首先抽取出总mRNA（加帽转录物的5'端）最开头的小片段（通常20～21核苷酸长），接下来逆转录为DNA，后者通过PCR得到扩增，最后对扩增产物进行测序。CAGE法最初由林崎及同事于2003发表。研究计划广泛地应用了CAGE法。 (zh) |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/ https://web.archive.org/web/20110301224715/http:/www.osc.riken.jp/english/activity/cage/ |
| dbo:wikiPageID | 22057524 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 11103 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1123480874 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Messenger_RNA dbr:Nucleotide dbr:Polymerase_chain_reaction dbr:MRNA dbr:Gene_expression dbr:Gene dbr:Paired-end_tag dbr:Transposase dbr:Transcription_(genetics) dbr:RNA-Seq dbr:454_Life_Sciences dbc:Gene_expression dbc:Molecular_biology dbr:DNA_sequencing dbr:Restriction_enzyme dbr:Guanine dbr:CDNA dbr:RIKEN dbr:Serial_analysis_of_gene_expression dbr:Expressed_sequence_tag dbr:FANTOM dbr:Helicos_single_molecule_fluorescent_sequencing dbr:Sanger_sequencing dbr:Transcriptome dbr:Reverse_transcription dbr:Promoter_(biology) dbr:Transcriptomics dbr:5'_cap |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Reflist |
| dct:subject | dbc:Gene_expression dbc:Molecular_biology |
| gold:hypernym | dbr:Technique |
| rdf:type | dbo:TopicalConcept |
| rdfs:comment | Cap analysis gene expression (CAGE) is a gene expression technique used in molecular biology to produce a snapshot of the 5′ end of the messenger RNA population in a biological sample (the transcriptome). The small fragments (historically 27 nucleotides long, but now limited only by sequencing technologies) from the very beginnings of mRNAs (5' ends of capped transcripts) are extracted, reverse-transcribed to cDNA, PCR amplified (if needed) and sequenced. CAGE was first published by Hayashizaki, Carninci and co-workers in 2003.CAGE has been extensively used within the FANTOM research projects. (en) 帽分析基因表达（英語：Cap analysis gene expression，简称为CAGE）是在分子生物学领域应用的一种技术，该技术用于产生生物样本中整个mRNA总体的5'端快照。首先抽取出总mRNA（加帽转录物的5'端）最开头的小片段（通常20～21核苷酸长），接下来逆转录为DNA，后者通过PCR得到扩增，最后对扩增产物进行测序。CAGE法最初由林崎及同事于2003发表。研究计划广泛地应用了CAGE法。 (zh) Кэп-ана́лиз экспре́ссии ге́нов (англ. cap analysis gene expression, CAGE) — технология, используемая в молекулярной биологии, в результате которой получают профили экспрессии генов эукариот с одновременным определением специфических для клетки/ткани условий транскрипционных стартовых сайтов (TSS), включая данные о задействованных промоторах. Метод заключается в получении и прочтении коротких (обычно длиной 27 нуклеотидов) участков последовательности 5'-конца кэпированных РНК эукариот. Далее проводится картирование секвенированных последовательностей на готовый геном, что позволяет уточнить 5'-границы транскрибируемых областей, а также провести количественный анализ экспрессии. Методика была разработана и опубликована в 2003 году, после чего активно совершенствовалась. Метод активно использ (ru) |
| rdfs:label | Cap analysis gene expression (en) Кэп-анализ экспрессии генов (ru) 帽分析基因表达 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Cap analysis gene expression wikidata:Cap analysis gene expression dbpedia-fa:Cap analysis gene expression dbpedia-ru:Cap analysis gene expression dbpedia-zh:Cap analysis gene expression https://global.dbpedia.org/id/4f5DE |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Cap_analysis_gene_expression?oldid=1123480874&ns=0 |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Cap_analysis_gene_expression |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:Cage_(disambiguation) |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:CAGE_tag dbr:CAGE_tags dbr:Cap_Analysis_of_Gene_Expression |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:CAGE_tag dbr:CAGE_tags dbr:Piero_Carninci dbr:GENCODE dbr:Paired-end_tag dbr:Cage_(disambiguation) dbr:Eukaryotic_Promoter_Database dbr:Five-prime_cap dbr:Transcriptomics_technologies dbr:Cap_Analysis_of_Gene_Expression |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Cap_analysis_gene_expression |