GPUGRID.net (original) (raw)
GPUGRID ist ein naturwissenschaftliches Projekt der Universität Pompeu Fabra, mittels der Technik des verteilten Rechnens Molekulardynamik zu simulieren. Eines der Forschungsthemen befasst sich mit der Krebsforschung, indem Mechanismen der Arzneimittelresistenz und Fehlfunktionen in Zellsignalwegen aufgedeckt werden sollen. Ein weiteres Projekt beschäftigt sich mit der Simulierung der Protease, um Mechanismen der HIV-Erkrankung aufzuschlüsseln.
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| dbo:abstract | GPUGRID ist ein naturwissenschaftliches Projekt der Universität Pompeu Fabra, mittels der Technik des verteilten Rechnens Molekulardynamik zu simulieren. Eines der Forschungsthemen befasst sich mit der Krebsforschung, indem Mechanismen der Arzneimittelresistenz und Fehlfunktionen in Zellsignalwegen aufgedeckt werden sollen. Ein weiteres Projekt beschäftigt sich mit der Simulierung der Protease, um Mechanismen der HIV-Erkrankung aufzuschlüsseln. (de) GPUGRID is a volunteer computing project hosted by Pompeu Fabra University and running on the Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) software platform. It performs full-atom molecular biology simulations that are designed to run on Nvidia's CUDA-compatible graphics processing units. (en) GPUGRID.net es un proyecto de computación distribuida organizado por la Universidad Pompeu Fabra y corre en la plataforma informática Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC). GPUGRID realiza simulaciones de biología molecular a átomo-entero, y está diseñado para correr en GPUs con CUDA. El soporte para el procesador Cell del PlayStation 3 y el proyecto subsiguiente PS3GRID fue abandonado en 2009 debido a una actualización de firmware del PS3 que previene la instalación de programas terceros que son requeridos. Esto incluye distribuciones Linux que son requeridos para correr BOINC. El inmenso rendimiento de las GPUs Nvidia también ha hecho al cliente PS3 prácticamente redundante. A partir de septiembre de 2009, una GPU Nvidia de rango medio corre las aplicaciones de GPUGRID aproximadamente cinco veces más rápido que el microprocesador Cell. (es) GPUGRIDはポンペウ・ファブラ大学が運用する分散コンピューティングプロジェクトである。プラットフォームにはBerkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) が用いられている。NVIDIA製のCUDA対応GPUを用いて、分子動力学法に基づくシミュレーション計算を行うように設計されている。かつては猛毒グラミシジンが細胞膜を変質するメカニズムを研究していたが終了し、現在は一般的なタンパク質構造予測を行っている。プレイステーション3への対応は2009年10月頃終了した。 (ja) GPUGRID è un progetto di calcolo distribuito gestito dal Multiscale Lab di Giovanni de Fabritiis e ospitato presso l'Università Pompeu Fabra, che funziona tramite la piattaforma BOINC. Esso svolge simulazioni di dinamica molecolare di tipo "full-atom", ossia che tengono conto delle interazioni dei singoli atomi delle molecole studiate. Lo scopo del progetto è di migliorare la comprensione delle dinamiche molecolari delle proteine e delle altre molecole, perché i malfunzionamenti di questi meccanismi portano l'organismo a sviluppare le varie patologie. La richiesta di risorse computazionali risulta essere molto elevata a causa dell'alto numero di variabili considerate. Inizialmente progettate per funzionare sul processore Cell della PlayStation 3, successivamente le applicazioni sono state portate anche sulle schede grafiche Nvidia compatibili con CUDA. Queste ultime infatti sono dotate di GPU con un elevato numero di stream processor e possono perciò eseguire moltissime operazioni contemporaneamente. ACEMD, l'applicazione creata dal Multiscale Lab, può utilizzare file di input provenienti da CHARMM e da AMBER. Nonostante l'uso delle GPU rimanga la principale risorsa per la ricerca, recentemente è stato introdotto un applicativo per CPU (e solo per sistemi Linux) che va a simulare problemi di chimica quantistica. Attualmente il progetto conta circa 34000 utenti e 6000 host, per un totale medio giornaliero di 211 TeraFLOPS. (it) |
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