RIKEN MDGRAPE-3 (original) (raw)
El MDGRAPE-3 (Molecular Dynamics GRAvity PipE) se trata de un supercomputador desarrollado por el instituto japonés RIKEN destinado a realizar simulaciones de dinámica molecular y de predicción de la estructura de las proteínas, situado en el . Gracias a esta especialización el sistema es capaz de alcanzar velocidades del orden del PetaFlop; tres veces más rápido que Blue Gene.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | MDGRAPE-3 ist ein Supercomputer, der vom japanischen Forschungsinstitut RIKEN für Zwecke der Molekulardynamik-Simulation, speziell für die Berechnung von Proteinstrukturen entworfen wurde. Der Rechner besteht aus 201 Einheiten mit jeweils 24 MDGRAPE-3-Chips und zusätzlichen Dual-Core-Intel-Xeon-Prozessoren (Codename „Dempsey“), die als Host-Maschinen dienen. Im Juni 2006 verkündete RIKEN die Fertigstellung des Systems, das eine Billiarde Gleitkommaoperationen pro Sekunde (1 PetaFLOPS) durchführen kann. Das ist vergleichbar mit der Schnelligkeit des IBM Roadrunner, der die TOP500-Liste der schnellsten Supercomputer vom November 2008 anführt. Da MDGRAPE-3 kein System für allgemeine Berechnungen ist, sondern spezielle Aufgaben bearbeitet, konnte er sich wegen der Inkompatibilität zu LINPACK nicht für die TOP500-Liste qualifizieren. Deshalb wird das System oft als ein Beispiel für die negativen Aspekte LINPACKs genannt. (de) El MDGRAPE-3 (Molecular Dynamics GRAvity PipE) se trata de un supercomputador desarrollado por el instituto japonés RIKEN destinado a realizar simulaciones de dinámica molecular y de predicción de la estructura de las proteínas, situado en el . Gracias a esta especialización el sistema es capaz de alcanzar velocidades del orden del PetaFlop; tres veces más rápido que Blue Gene. (es) MDGRAPE-3 is an ultra-high performance petascale supercomputer system developed by the Riken research institute in Japan. It is a special purpose system built for molecular dynamics simulations, especially protein structure prediction. MDGRAPE-3 consists of 201 units of 24 custom MDGRAPE-3 chips (4,824 total), plus additional dual-core Intel Xeon processors (codename "Dempsey") which serve as host machines. In June 2006 Riken announced its completion, achieving the petaFLOPS level of floating point arithmetic performance. This was more than three times faster than the 2006 version of the IBM Blue Gene/L system, which then led the TOP500 list of supercomputers at 0.28 petaFLOPS. Because it's not a general-purpose machine capable of running the LINPACK benchmarks, MDGRAPE-3 does not qualify for the TOP500 list. (en) RIKEN MDGRAPE-3 est un superordinateur développé par le RIKEN. Il est composé de 201 unités de 24 puces MDGRAPE-3 (soit 4 808 au total), ainsi que de processeurs Intel Dual-Core Xeon (dits Dempsey) qui servent de machines-hôtes. En juin 2006, le RIKEN a annoncé l'achèvement de la construction de cet ordinateur qui atteint le PetaFLOPS (1015 FLOPS), soit trois fois la puissance du superordinateur le plus rapide du moment, le BlueGene/L d'IBM. Cependant, RIKEN MDGRAPE-3 n'étant pas capable d'exécuter le test de performance Linpack, il ne peut pas être classé dans le TOP500. Cet ordinateur est utilisé pour la prédiction des structures spatiales des protéines, dans le domaine pharmaceutique. (fr) MDGRAPE-3とは、理研の分子動力学シミュレーション専用の超高速計算機（スーパーコンピュータ）である。理研とインテル、日本SGIが共同開発した。分子動力学シミュレーションを飛躍的に加速する。 MDGRAPE-3チップは、1チップで165GFlopsの計算速度を実現する。MDGRAPE-3を用いることで、たんぱく質や新規材料等の分子動力学シミュレーションの他に、X線結晶解析での構造因子計算、渦法やSPH法による流体計算、電磁気計算、境界要素法などの計算を加速できる。 MDGRAPE-3は、IBMのRoadrunnerに先駆けて、世界で初めて毎秒1000兆回の演算(1PetaFLOPS)を達成したスパコンである。スーパーコンピューターの演算性能をはかる標準ベンチマークソフトであるLINPACKを動作させられないため、スーパーコンピューターの世界ランキングTOP500には名を連ねていないものの、理論性能では、IBMのBlue Gene/Lの3倍の演算性能を保有している[1]。 (ja) MDGRAPE-3 – superkomputer wybudowany w instytucie Riken w Japonii w 2006 roku. Jest systemem dedykowanym, zbudowanym w celu symulacji dynamiki molekularnej, w szczególności do przewidywania struktury białek. MDGRAPE-3 składa się z 201 węzłów zawierających po 24 specjalnie zaprojektowane układy scalone (w sumie 4808 układów), 64 węzłów zawierających po 256 dwurdzeniowych procesorów Intel Xeon „Dempsey”, oraz 37 węzłów zawierających po 74 jednordzeniowe procesory Xeon. W czerwcu 2006 Riken ogłosił, że MDGRAPE-3 osiągnął poziom 1 PFLOPS (1015 operacji zmiennoprzecinkowych na sekundę). W tym czasie komputer znajdujący się na 1 miejscu na liście TOP500 najwydajniejszych superkomputerów świata IBM Blue Gene/L, miał moc obliczeniową 0,28 PFLOPS. Ponieważ architektura MDGRAPE-3 nie umożliwiła uruchomienia testu LINPACK, nie kwalifikował się jednak do umieszczenia na tej liście. (pl) MDGrape-3 — суперкомпьютер предназначенный для решения задач молекулярной динамики, а именно моделирования сворачивания белков. На момент ввода в работу обладал рекордной в 1000 триллионов операций в секунду. (ru) |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://atlas.Riken.go.jp/mdm/ http://atlas.Riken.go.jp/~narumi/MDGRAPE/ https://web.archive.org/web/20050816083532/http:/www.hotchips.org/archives/hc16/3_Tue/1_HC16_Sess6_Pres1_bw.pdf https://web.archive.org/web/20071223091734/http:/mdgrape.gsc.Riken.jp/ https://web.archive.org/web/20080401063023/http:/www.peta.co.jp/index-en.html http://www.research.ibm.com/grape/ |
| dbo:wikiPageID | 10096050 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 2524 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 966511692 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:MDGRAPE-4 dbr:Riken dbr:Protein_structure_prediction dbc:Computer-related_introductions_in_2006 dbc:Riken dbr:Supercomputer dbr:Floating_point dbr:Molecular_dynamics dbr:Japan dbc:Petascale_computers dbc:Supercomputers dbc:Supercomputing_in_Japan dbc:Molecular_dynamics dbr:LINPACK_benchmarks dbr:TOP500 dbr:Xeon dbr:Supercomputing_in_Japan dbr:Petaflops dbr:Petascale dbr:Blue_Gene/L |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Authority_control dbt:For dbt:Refbegin dbt:Refend dbt:Reflist |
| dcterms:subject | dbc:Computer-related_introductions_in_2006 dbc:Riken dbc:Petascale_computers dbc:Supercomputers dbc:Supercomputing_in_Japan dbc:Molecular_dynamics |
| gold:hypernym | dbr:System |
| rdf:type | owl:Thing yago:WikicatSupercomputers yago:Artifact100021939 yago:Computer103082979 yago:Device103183080 yago:DigitalComputer103196324 yago:Instrumentality103575240 yago:Machine103699975 yago:Mainframe103711711 yago:Object100002684 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Supercomputer104358117 yago:Whole100003553 |
| rdfs:comment | El MDGRAPE-3 (Molecular Dynamics GRAvity PipE) se trata de un supercomputador desarrollado por el instituto japonés RIKEN destinado a realizar simulaciones de dinámica molecular y de predicción de la estructura de las proteínas, situado en el . Gracias a esta especialización el sistema es capaz de alcanzar velocidades del orden del PetaFlop; tres veces más rápido que Blue Gene. (es) MDGRAPE-3とは、理研の分子動力学シミュレーション専用の超高速計算機（スーパーコンピュータ）である。理研とインテル、日本SGIが共同開発した。分子動力学シミュレーションを飛躍的に加速する。 MDGRAPE-3チップは、1チップで165GFlopsの計算速度を実現する。MDGRAPE-3を用いることで、たんぱく質や新規材料等の分子動力学シミュレーションの他に、X線結晶解析での構造因子計算、渦法やSPH法による流体計算、電磁気計算、境界要素法などの計算を加速できる。 MDGRAPE-3は、IBMのRoadrunnerに先駆けて、世界で初めて毎秒1000兆回の演算(1PetaFLOPS)を達成したスパコンである。スーパーコンピューターの演算性能をはかる標準ベンチマークソフトであるLINPACKを動作させられないため、スーパーコンピューターの世界ランキングTOP500には名を連ねていないものの、理論性能では、IBMのBlue Gene/Lの3倍の演算性能を保有している[1]。 (ja) MDGrape-3 — суперкомпьютер предназначенный для решения задач молекулярной динамики, а именно моделирования сворачивания белков. На момент ввода в работу обладал рекордной в 1000 триллионов операций в секунду. (ru) MDGRAPE-3 ist ein Supercomputer, der vom japanischen Forschungsinstitut RIKEN für Zwecke der Molekulardynamik-Simulation, speziell für die Berechnung von Proteinstrukturen entworfen wurde. Der Rechner besteht aus 201 Einheiten mit jeweils 24 MDGRAPE-3-Chips und zusätzlichen Dual-Core-Intel-Xeon-Prozessoren (Codename „Dempsey“), die als Host-Maschinen dienen. (de) RIKEN MDGRAPE-3 est un superordinateur développé par le RIKEN. Il est composé de 201 unités de 24 puces MDGRAPE-3 (soit 4 808 au total), ainsi que de processeurs Intel Dual-Core Xeon (dits Dempsey) qui servent de machines-hôtes. En juin 2006, le RIKEN a annoncé l'achèvement de la construction de cet ordinateur qui atteint le PetaFLOPS (1015 FLOPS), soit trois fois la puissance du superordinateur le plus rapide du moment, le BlueGene/L d'IBM. Cependant, RIKEN MDGRAPE-3 n'étant pas capable d'exécuter le test de performance Linpack, il ne peut pas être classé dans le TOP500. (fr) MDGRAPE-3 is an ultra-high performance petascale supercomputer system developed by the Riken research institute in Japan. It is a special purpose system built for molecular dynamics simulations, especially protein structure prediction. MDGRAPE-3 consists of 201 units of 24 custom MDGRAPE-3 chips (4,824 total), plus additional dual-core Intel Xeon processors (codename "Dempsey") which serve as host machines. (en) MDGRAPE-3 – superkomputer wybudowany w instytucie Riken w Japonii w 2006 roku. Jest systemem dedykowanym, zbudowanym w celu symulacji dynamiki molekularnej, w szczególności do przewidywania struktury białek. MDGRAPE-3 składa się z 201 węzłów zawierających po 24 specjalnie zaprojektowane układy scalone (w sumie 4808 układów), 64 węzłów zawierających po 256 dwurdzeniowych procesorów Intel Xeon „Dempsey”, oraz 37 węzłów zawierających po 74 jednordzeniowe procesory Xeon. (pl) |
| rdfs:label | MDGRAPE-3 (de) MDGRAPE-3 (es) RIKEN MDGRAPE-3 (fr) MDGRAPE-3 (ja) RIKEN MDGRAPE-3 (en) MDGRAPE-3 (pl) MDGrape-3 (ru) |
| owl:sameAs | freebase:RIKEN MDGRAPE-3 wikidata:RIKEN MDGRAPE-3 dbpedia-de:RIKEN MDGRAPE-3 dbpedia-es:RIKEN MDGRAPE-3 dbpedia-fr:RIKEN MDGRAPE-3 dbpedia-ja:RIKEN MDGRAPE-3 dbpedia-pl:RIKEN MDGRAPE-3 dbpedia-ru:RIKEN MDGRAPE-3 https://global.dbpedia.org/id/RxJo yago-res:RIKEN MDGRAPE-3 |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:RIKEN_MDGRAPE-3?oldid=966511692&ns=0 |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:RIKEN_MDGRAPE-3 |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Riken_MDGRAPE-3 dbr:Mdgrape_3 dbr:MDGRAPE dbr:MDGRAPE-3 dbr:MDGrape-3 |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:MDGRAPE-4 dbr:Parallel_computing dbr:Riken_MDGRAPE-3 dbr:TOP500 dbr:Mdgrape_3 dbr:Supercomputing_in_Japan dbr:MDGRAPE dbr:MDGRAPE-3 dbr:MDGrape-3 |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:RIKEN_MDGRAPE-3 |