Oxyanion hole (original) (raw)
산소 음이온 구멍(영어: oxyanion hole)은 탈양성자화된 산소 또는 에서 전이 상태의 음전하를 안정화시키는 효소의 활성 부위에 존재하는 포켓이다. 포켓은 일반적으로 백본 아마이드 또는 양전자를 띤 잔기들로 구성된다. 전이 상태를 안정화시키면 반응에 필요한 활성화 에너지가 낮아져서 촉매작용이 촉진된다. 예를 들어 키모트립신과 같은 단백질가수분해효소는 산소 음이온 구멍을 가지고 있으며 단백질 분해 중에 형성된 사면체의 중간생성물 음이온을 안정화시키며 기질의 음전하 산소를 물 분자로부터 보호한다. 또한 구멍을 차지할 수 없는 경우(예: 헤모글로빈의 2,3-비스포스포글리세르산) 입체 장애가 발생할 수 있는 기질의 삽입 또는 위치 지정을 허용할 수 있다. 다단계 반응을 촉매하는 효소는 반응에서 서로 다른 전이 상태를 안정화시키는 다중 산소 음이온 구멍을 가질 수 있다.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Das Oxyanion-Loch ist eine Form des aktiven Zentrums von Enzymen, in der ein negativ geladener Sauerstoff (ein Oxyanion) gebunden und stabilisiert wird. Das Oxyanion-Loch kommt in manchen Dehydrogenasen (in der Mannitol-2-Dehydrogenase aus Pseudomonas fluorescens) und einigen Esterasen vor, darunter unter anderem in Serinproteasen, Cysteinproteasen, Lipasen und Acyltransferasen. Das Oxyanion-Loch bildet im aktiven Zentrum eine passende Lücke und stabilisiert im Verlauf einer enzymatischen Katalyse die negativ geladene (anionische) Form des Sauerstoffs (Oxy), welches hier den Übergangszustand des Substrats darstellt. Entsprechend wird bei der Katalyse die Aktivierungsenergie der Reaktion gesenkt. Im Zuge des Proteindesigns wurde das Oxyanion-Loch verändert, um eine Protease zur Proteinligation zu verwenden. (de) Un trou oxyanion est une cavité dans la structure d'une enzyme qui stabilise un atome d'oxygène ou un alcoolate déprotoné, souvent en le plaçant à proximité d'un résidu chargé positivement. Ceci peut contribuer à liaison au substrat de deux façons : * il peut stabiliser directement l'état de transition d'une réaction en stabilisant l'anion, par exemple l'intermédiaire tétraédrique formé lors de la réaction protéolytique catalysée par la chymotrypsine ; * il peut permettre l'insertion où le positionnement d'un substrat qui serait autrement bloqué par encombrement stérique s'il ne pouvait occuper cette cavité, comme le 2,3-diphosphoglycérate dans l'hémoglobine. (fr) Un agujero de oxianión es un bolsillo o pliegue en el sitio activo de una enzima que estabiliza la carga negativa del estado de transición sobre un oxígeno o un alcóxido desprotonado. El bolsillo consiste típicamente en un grupo de amidas pertenecientes a la cadena principal o residuos de aminoácidos cargados positivamente. Al estabilizar el estado de transición, se rebaja la energía de activación necesaria para la reacción, promoviendo la catálisis. Por ejemplo, las proteasas como la quimiotripsina, contienen un agujero de oxianión que estabiliza el intermediario tetraédrico formado durante la proteólisis y protege de las moléculas de agua al oxígeno negativamente cargado del sustrato. Adicionalmente, podría facultar la inserción o posicionamiento de un sustrato, que de otro modo sufriría de impedimento estérico si no ocupara el agujero (tal como con el BPG en la hemoglobina). Las enzimas que catalizan reacciones de múltiples pasos, pueden poseer múltiples agujeros de oxianión que estabilizan diferentes estados de transición durante la reacción. (es) An oxyanion hole is a pocket in the active site of an enzyme that stabilizes transition state negative charge on a deprotonated oxygen or alkoxide. The pocket typically consists of backbone amides or positively charged residues. Stabilising the transition state lowers the activation energy necessary for the reaction, and so promotes catalysis. For example, proteases such as chymotrypsin contain an oxyanion hole to stabilise the tetrahedral intermediate anion formed during proteolysis and protects substrate's negatively charged oxygen from water molecules. Additionally, it may allow for insertion or positioning of a substrate, which would suffer from steric hindrance if it could not occupy the hole (such as BPG in hemoglobin). Enzymes that catalyse multi-step reactions can have multiple oxyanion holes that stabilise different transition states in the reaction. (en) 산소 음이온 구멍(영어: oxyanion hole)은 탈양성자화된 산소 또는 에서 전이 상태의 음전하를 안정화시키는 효소의 활성 부위에 존재하는 포켓이다. 포켓은 일반적으로 백본 아마이드 또는 양전자를 띤 잔기들로 구성된다. 전이 상태를 안정화시키면 반응에 필요한 활성화 에너지가 낮아져서 촉매작용이 촉진된다. 예를 들어 키모트립신과 같은 단백질가수분해효소는 산소 음이온 구멍을 가지고 있으며 단백질 분해 중에 형성된 사면체의 중간생성물 음이온을 안정화시키며 기질의 음전하 산소를 물 분자로부터 보호한다. 또한 구멍을 차지할 수 없는 경우(예: 헤모글로빈의 2,3-비스포스포글리세르산) 입체 장애가 발생할 수 있는 기질의 삽입 또는 위치 지정을 허용할 수 있다. 다단계 반응을 촉매하는 효소는 반응에서 서로 다른 전이 상태를 안정화시키는 다중 산소 음이온 구멍을 가질 수 있다. (ko) Het oxyanion-gat (Engels: oxyanion hole) is een gebied in het actieve centrum van een enzym waarin de negatieve lading van een overgangstoestand kan worden gestabiliseerd. De negatieve lading die ontstaat door bijvoorbeeld een gedeprotoneerd zuurstofatoom of alkoxide wordt met behulp van het oxyanion-gat opgeheven, vaak door het in de buurt van een elektropositief heteroatoom te positioneren, bijvoorbeeld de NH-groep van de amidebinding, of bij positief geladen aminozuurresidu's, zoals lysine. Stabilisatie van de overgangstoestand verlaagt de activeringsenergie die nodig is om de reactie te laten verlopen en bevordert zo de katalyse. Enzymen die meerstapsreacties katalyseren, kunnen meerdere oxyanion-gaten hebben die verschillende overgangstoestanden in de reactie stabiliseren. Proteasen, zoals , bevatten een oxyanion-gat om het tetraëdisch tussenproduct te stabiliseren dat gevormd wordt tijdens proteolyse. Het beschermt daarmee het negatief geladen zuurstofatoom van het substraat tegen protonering door water. Daarnaast maakt een oxyanion-gat in bepaalde gevallen de insertie of positionering van een substraat mogelijk, dat anders zou worden geblokkeerd door sterische hindering (zoals bij 2,3-difosfoglyceraat in hemoglobine). (nl) O buraco de oxiânion é uma bolsa no sítio ativo de uma enzima que estabiliza a carga negativa do estado de transição em um oxigênio ou alcóxido desprotonado. O bolso normalmente consiste em amidas de base ou resíduos carregados positivamente. Estabilizar o estado de transição reduz a energia de ativação necessária para a reação e, portanto, promove a catálise. Por exemplo, proteases como a quimotripsina contêm um buraco de oxiânion para estabilizar o ânion intermediário tetraédrico formado durante a proteólise e protege o oxigênio carregado negativamente do substrato das moléculas de água. Além disso, pode permitir a inserção ou posicionamento de um substrato, que sofreria impedimento estérico se não pudesse ocupar o buraco (como o BPG na hemoglobina). As enzimas que catalisam reações de várias etapas podem ter vários buracos de oxiânion que estabilizam diferentes estados de transição na reação. (pt) Оксианионная дыра — это карман в активном центре фермента, который стабилизирует отрицательный заряд переходного состояния кислороде или алкоксиде. Карман обычно состоит из амидов основной цепи или положительно заряженных остатков. Стабилизация переходного состояния снижает энергию активации, необходимую для реакции, и, таким образом, способствует катализу. Например, протеазы, такие как содержат оксианионную дыру для стабилизации аниона, образующегося во время протеолиза, и защищают отрицательно заряженный кислород субстрата от молекул воды. Кроме того, оксианионная дыра может позволить вставлять или позиционировать субстрат, который будет страдать от стерических помех, если он не сможет занять соответствующее отверстие (например, BPG в гемоглобине). Ферменты, катализирующие многоступенчатые реакции, могут иметь несколько оксианионных дыр, которые стабилизируют различные переходные состояния в реакции. (ru) 负氧离子洞（英語：oxyanion hole）指的是酶的活性部分中能够稳定去质子化的氧或醇盐上的过渡态负电荷的空穴。通常由共轭的酰胺骨架或带正电荷的残基组成。 稳定的过渡态可以降低反应所需的活化能，从而促进催化作用。例如，胰凝乳蛋白酶的蛋白酶含有负氧离子洞，以稳定蛋白质水解过程中形成的四面体中间阴离子，并保护底物中带负电的氧气不受水分子的影响。 另外，负氧离子孔也可以促进底物的进入与稳定。如果底物没有到达，负氧离子孔就找不到可供稳定化的目标，从而产生空阻直到底物到位（例如血红蛋白中的BPG）。 催化多步反应的酶可以具有多个负氧离子洞，以稳定反应中的不同过渡态。 (zh) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Serine_protease_oxyanion_hole.png?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://books.google.com/books%3Fid=5Ek9J4p3NfkC&q=albert+lehninger%7Cedition=5th%7Cpublisher=Macmillan%7Cpage=207%7Cisbn=9780716771081%7Cdisplay-authors=etal |
| dbo:wikiPageID | 4916001 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 3342 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1074281012 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Alkoxide dbr:Deprotonation dbc:Enzymes dbr:Enzyme dbr:Enzyme_catalysis dbr:Proteolytic dbr:Steric_hindrance dbr:Substrate_(chemistry) dbr:Transition_state dbr:Activation_energy dbr:Active_site dbc:Protein_structure dbr:Oxygen dbr:Chymotrypsin dbr:Protease dbr:Hemoglobin dbr:Tetrahedral_molecular_geometry dbr:Water dbr:Serine_proteases dbr:2,3-Bisphosphoglycerate dbr:File:Serine_protease_oxyanion_hole.png |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Cite_book dbt:Enzymes dbt:Reflist dbt:Short_description |
| dcterms:subject | dbc:Enzymes dbc:Protein_structure |
| rdf:type | yago:Abstraction100002137 yago:Activator114723079 yago:Catalyst114723628 yago:Chemical114806838 yago:Compound114818238 yago:Enzyme114732946 yago:Macromolecule114944888 yago:Material114580897 yago:Matter100020827 yago:Molecule114682133 yago:OrganicCompound114727670 yago:Part113809207 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Protein114728724 yago:Relation100031921 yago:Substance100019613 yago:Thing100002452 yago:Unit109465459 yago:WikicatEnzymes |
| rdfs:comment | 산소 음이온 구멍(영어: oxyanion hole)은 탈양성자화된 산소 또는 에서 전이 상태의 음전하를 안정화시키는 효소의 활성 부위에 존재하는 포켓이다. 포켓은 일반적으로 백본 아마이드 또는 양전자를 띤 잔기들로 구성된다. 전이 상태를 안정화시키면 반응에 필요한 활성화 에너지가 낮아져서 촉매작용이 촉진된다. 예를 들어 키모트립신과 같은 단백질가수분해효소는 산소 음이온 구멍을 가지고 있으며 단백질 분해 중에 형성된 사면체의 중간생성물 음이온을 안정화시키며 기질의 음전하 산소를 물 분자로부터 보호한다. 또한 구멍을 차지할 수 없는 경우(예: 헤모글로빈의 2,3-비스포스포글리세르산) 입체 장애가 발생할 수 있는 기질의 삽입 또는 위치 지정을 허용할 수 있다. 다단계 반응을 촉매하는 효소는 반응에서 서로 다른 전이 상태를 안정화시키는 다중 산소 음이온 구멍을 가질 수 있다. (ko) 负氧离子洞（英語：oxyanion hole）指的是酶的活性部分中能够稳定去质子化的氧或醇盐上的过渡态负电荷的空穴。通常由共轭的酰胺骨架或带正电荷的残基组成。 稳定的过渡态可以降低反应所需的活化能，从而促进催化作用。例如，胰凝乳蛋白酶的蛋白酶含有负氧离子洞，以稳定蛋白质水解过程中形成的四面体中间阴离子，并保护底物中带负电的氧气不受水分子的影响。 另外，负氧离子孔也可以促进底物的进入与稳定。如果底物没有到达，负氧离子孔就找不到可供稳定化的目标，从而产生空阻直到底物到位（例如血红蛋白中的BPG）。 催化多步反应的酶可以具有多个负氧离子洞，以稳定反应中的不同过渡态。 (zh) Das Oxyanion-Loch ist eine Form des aktiven Zentrums von Enzymen, in der ein negativ geladener Sauerstoff (ein Oxyanion) gebunden und stabilisiert wird. Das Oxyanion-Loch kommt in manchen Dehydrogenasen (in der Mannitol-2-Dehydrogenase aus Pseudomonas fluorescens) und einigen Esterasen vor, darunter unter anderem in Serinproteasen, Cysteinproteasen, Lipasen und Acyltransferasen. Das Oxyanion-Loch bildet im aktiven Zentrum eine passende Lücke und stabilisiert im Verlauf einer enzymatischen Katalyse die negativ geladene (anionische) Form des Sauerstoffs (Oxy), welches hier den Übergangszustand des Substrats darstellt. Entsprechend wird bei der Katalyse die Aktivierungsenergie der Reaktion gesenkt. (de) Un agujero de oxianión es un bolsillo o pliegue en el sitio activo de una enzima que estabiliza la carga negativa del estado de transición sobre un oxígeno o un alcóxido desprotonado. El bolsillo consiste típicamente en un grupo de amidas pertenecientes a la cadena principal o residuos de aminoácidos cargados positivamente. Al estabilizar el estado de transición, se rebaja la energía de activación necesaria para la reacción, promoviendo la catálisis. Por ejemplo, las proteasas como la quimiotripsina, contienen un agujero de oxianión que estabiliza el intermediario tetraédrico formado durante la proteólisis y protege de las moléculas de agua al oxígeno negativamente cargado del sustrato. Adicionalmente, podría facultar la inserción o posicionamiento de un sustrato, que de otro modo sufri (es) Un trou oxyanion est une cavité dans la structure d'une enzyme qui stabilise un atome d'oxygène ou un alcoolate déprotoné, souvent en le plaçant à proximité d'un résidu chargé positivement. Ceci peut contribuer à liaison au substrat de deux façons : (fr) An oxyanion hole is a pocket in the active site of an enzyme that stabilizes transition state negative charge on a deprotonated oxygen or alkoxide. The pocket typically consists of backbone amides or positively charged residues. Stabilising the transition state lowers the activation energy necessary for the reaction, and so promotes catalysis. For example, proteases such as chymotrypsin contain an oxyanion hole to stabilise the tetrahedral intermediate anion formed during proteolysis and protects substrate's negatively charged oxygen from water molecules. Additionally, it may allow for insertion or positioning of a substrate, which would suffer from steric hindrance if it could not occupy the hole (such as BPG in hemoglobin). Enzymes that catalyse multi-step reactions can have multiple oxy (en) Het oxyanion-gat (Engels: oxyanion hole) is een gebied in het actieve centrum van een enzym waarin de negatieve lading van een overgangstoestand kan worden gestabiliseerd. De negatieve lading die ontstaat door bijvoorbeeld een gedeprotoneerd zuurstofatoom of alkoxide wordt met behulp van het oxyanion-gat opgeheven, vaak door het in de buurt van een elektropositief heteroatoom te positioneren, bijvoorbeeld de NH-groep van de amidebinding, of bij positief geladen aminozuurresidu's, zoals lysine. (nl) Оксианионная дыра — это карман в активном центре фермента, который стабилизирует отрицательный заряд переходного состояния кислороде или алкоксиде. Карман обычно состоит из амидов основной цепи или положительно заряженных остатков. Стабилизация переходного состояния снижает энергию активации, необходимую для реакции, и, таким образом, способствует катализу. Например, протеазы, такие как содержат оксианионную дыру для стабилизации аниона, образующегося во время протеолиза, и защищают отрицательно заряженный кислород субстрата от молекул воды. Кроме того, оксианионная дыра может позволить вставлять или позиционировать субстрат, который будет страдать от стерических помех, если он не сможет занять соответствующее отверстие (например, BPG в гемоглобине). Ферменты, катализирующие многоступен (ru) O buraco de oxiânion é uma bolsa no sítio ativo de uma enzima que estabiliza a carga negativa do estado de transição em um oxigênio ou alcóxido desprotonado. O bolso normalmente consiste em amidas de base ou resíduos carregados positivamente. Estabilizar o estado de transição reduz a energia de ativação necessária para a reação e, portanto, promove a catálise. Por exemplo, proteases como a quimotripsina contêm um buraco de oxiânion para estabilizar o ânion intermediário tetraédrico formado durante a proteólise e protege o oxigênio carregado negativamente do substrato das moléculas de água. Além disso, pode permitir a inserção ou posicionamento de um substrato, que sofreria impedimento estérico se não pudesse ocupar o buraco (como o BPG na hemoglobina). As enzimas que catalisam reações de v (pt) |
| rdfs:label | Oxyanion-Loch (de) Agujero de oxianión (es) Trou oxyanion (fr) 산소 음이온 구멍 (ko) Oxyanion hole (en) Oxyanion-gat (nl) Buraco de oxiânion (pt) Оксианионная дыра (ru) 负氧离子洞 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Oxyanion hole yago-res:Oxyanion hole wikidata:Oxyanion hole dbpedia-de:Oxyanion hole dbpedia-es:Oxyanion hole dbpedia-fr:Oxyanion hole dbpedia-gl:Oxyanion hole dbpedia-he:Oxyanion hole dbpedia-ko:Oxyanion hole dbpedia-nl:Oxyanion hole dbpedia-pt:Oxyanion hole dbpedia-ru:Oxyanion hole dbpedia-sk:Oxyanion hole dbpedia-zh:Oxyanion hole https://global.dbpedia.org/id/4sh2e |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Oxyanion_hole?oldid=1074281012&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Serine_protease_oxyanion_hole.png |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Oxyanion_hole |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Oxanion_hole |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Catalytic_triad dbr:Enoyl_CoA_isomerase dbr:Beta-lactam_antibiotics dbr:DD-transpeptidase dbr:(S)-hydroxynitrile_lyase dbr:Low-barrier_hydrogen_bond dbr:Enzyme dbr:Enzyme_catalysis dbr:Propionyl-CoA_carboxylase dbr:Trypsinogen dbr:Juliá–Colonna_epoxidation dbr:Lipoprotein_lipase dbr:Cutinase dbr:2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate_synthase dbr:Biosynthesis_of_doxorubicin dbr:Platensimycin dbr:Sedolisin dbr:Oxanion_hole dbr:Myristoylation dbr:Photoactive_yellow_protein |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Oxyanion_hole |
