Phred (software) (original) (raw)
Phred is a computer program for base calling, that is to say, identifying a nucleobase sequence from fluorescence "trace" data generated by an automated DNA sequencer that uses electrophoresis and 4-fluorescent dye method. When originally developed, Phred produced significantly fewer errors in the data sets examined than other methods, averaging 40–50% fewer errors. Phred quality scores have become widely accepted to characterize the quality of DNA sequences, and can be used to compare the efficacy of different sequencing methods.
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| dbo:abstract | Phred is a computer program for base calling, that is to say, identifying a nucleobase sequence from fluorescence "trace" data generated by an automated DNA sequencer that uses electrophoresis and 4-fluorescent dye method. When originally developed, Phred produced significantly fewer errors in the data sets examined than other methods, averaging 40–50% fewer errors. Phred quality scores have become widely accepted to characterize the quality of DNA sequences, and can be used to compare the efficacy of different sequencing methods. (en) Phred est un programme informatique permettant l'identification des bases d'une séquence d'ADN à partir de données d'un électrophorègramme générées par des séquences marquées à l'aide de fluorochromes et séparées par électrophorèse sur un séquenceur d'ADN automatisé. À l'époque de son développement, Phred produisait beaucoup moins d'erreurs lors de l'analyse de données que d'autres méthodes, réduisant le taux d'erreur de 40 à 50 %. Les scores de qualité phred sont par ailleurs devenus un standard pour caractériser la qualité d'une séquence d'ADN, pouvant être utilisés pour comparer l'efficacité des différentes . (fr) Phredとは、ベースコールを行うプログラム。自動DNAシークエンサーから出力されたトレースを読み込んで塩基配列を出力する。開発された時点では他の手法と比較して40-50%低いエラー率を誇っていた。その後、PhredクオリティスコアはDNAシークエンシングの品質評価の基準として広く受け入れられ、今日でもシークエンシング技術の有効性を比較する際に用いられている。 (ja) |
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