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El nivel de calidad Phred (Phred quality score, en Inglés) es una medida de calidad en la identificación de las nucleobases generadas por la secuenciación automatizada de ADN.Fue popularizado por el software de llamada base PHRED de Phil Green. Esta medida de calidad está ampliamente aceptada para caracterizar la calidad de nuestras secuencias de ADN basadas en la capacidad de poder ser comparadas entre diferentes métodos de secuenciación. Originalmente fue desarrollado para las llamadas de base de Phred ( Phred base calling, en Inglés) que es un programa informático diseñado para la identificación de una secuencia de base o nucleobase a partir de señales de fluorescencia generados por un secuenciador de ADN automatizado. El uso más importante de los niveles de calidad de Phred es la determinación automática de secuencias consenso precisas basadas en la calidad de su secuenciación. (es) Les scores de qualité phred (aussi appelé scores phred) ont été originellement développés pour le programme Phred afin d'aider à l'automatisation du séquençage d'ADN lors du Projet Génome Humain. Ces scores de qualité sont assignés à chaque base nucléique issu d'un électrophorègramme de séquençage automatique. Ils sont devenus par la suite un standard permettant de caractériser la qualité d'une séquence d'ADN et sont utilisés pour comparer l'efficacité des différentes . Cependant, l'utilisation la plus courante de ces scores de qualité concerne la détermination de l'exactitude des séquences consensus basées sur la qualité de séquençage. (fr) A Phred quality score is a measure of the quality of the identification of the nucleobases generated by automated DNA sequencing. It was originally developed for the computer program Phred to help in the automation of DNA sequencing in the Human Genome Project. Phred quality scores are assigned to each nucleotide base call in automated sequencer traces. The FASTQ format encodes phred scores as ASCII characters alongside the read sequences. Phred quality scores have become widely accepted to characterize the quality of DNA sequences, and can be used to compare the efficacy of different sequencing methods. Perhaps the most important use of Phred quality scores is the automatic determination of accurate, quality-based consensus sequences. (en) Phredクオリティスコアは、自動DNAシークエンシング用のプログラムPhredに用いられているベースコールのスコアである。 Phredクオリティスコアはトレースからベースコールを行う際に、各塩基に付けられる。DNAの塩基配列の品質を表す指標としてPhredクオリティスコアは広く普及しており、シークエンシング手法間での精度の比較などにも用いられている。 また、Phredクオリティスコアが非常に重要な役割を果たす用途としては、クオリティを利用した配列アセンブリングがある。 (ja) |
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