RasMol (original) (raw)
RasMol és un programa de visualització molecular per a la representació i exploració de les estructures de les macromolècules biològiques, com ara les que es troben al Protein Data Bank. Va ser desenvolupat originalment per Roger Sayle. Històricament fou una eina molt important per als biòlegs moleculars, perquè els permetia executar un programa d'aquestes característiques en ordinadors modestos. Abans del RasMol, eren necessàries que no eren fàcilment accessibles, especialment per als estudiants.
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| dbo:abstract | RasMol és un programa de visualització molecular per a la representació i exploració de les estructures de les macromolècules biològiques, com ara les que es troben al Protein Data Bank. Va ser desenvolupat originalment per Roger Sayle. Històricament fou una eina molt important per als biòlegs moleculars, perquè els permetia executar un programa d'aquestes característiques en ordinadors modestos. Abans del RasMol, eren necessàries que no eren fàcilment accessibles, especialment per als estudiants. Des de la versió 2.7, juntament amb programes com el o el Jmol, és una de les poques aplicacions lliures d'aquest tipus. El programa, com molts d'aquestes característiques, inclou un llenguatge de seqüències per a manipular les molècules i automatitzar certs processos. (ca) RasMol ist eine Software, die es erlaubt, Makromoleküle auf grafische Weise darzustellen, beispielsweise solche, wie sie in der Protein Data Bank vorkommen.Ursprünglich wurde das Programm von in den frühen 1990er-Jahren entwickelt, heute wird es von einer Community am ARCiB laboratory weiterentwickelt. In Frankreich wurde das Programm durch das Bildungsministerium empfohlen und im Unterricht an Universitäten, Fachhochschulen und Oberstufen der Schulen eingesetzt. Historisch gesehen war es ein wichtiges Instrument für Molekularbiologen, da das Programm es früh ermöglichte, Moleküle auf den damaligen Heimcomputern zu visualisieren. Weil RasMol bereits auf diesen Computern lauffähig war und keine Großrechner benötigte, die wegen ihrer hohen Anschaffungskosten nicht beliebig zur Verfügung standen, wurde RasMol ein wichtiges Forschungsinstrument in der Molekularbiologie und ist es immer noch.RasMol hat eine komplexe Versionsgeschichte und steht ab der Version 2.7 unter einer Duallizenz (GPL oder unter kommerzieller Lizenz „RASLIC“). RasMol ist neben BALLView, , , Jmol und PyMOL ein Open-Source-Programm, das Moleküle visualisieren kann.RasMol verfügt über eine eigene Skriptsprache, die von Jmol übernommen wurde – somit laufen RasMol-Scripte auch unter Jmol. Rasmol-Scripte können auch von Sirius ausgelesen werden.RasMol ist sowohl unter Unix-Systemen, als auch unter Windows verfügbar. Unter UNIX kann es mit anderen Programmen via Tcl/Tk kommunizieren, unter Windows via Dynamic Data Exchange (DDE). (de) RasMol es un programa de computadora escrito principalmente para visualizar . RasMol se utiliza principalmente para representar y explorar estructuras de macromoléculas biológicas, como las que se encuentran en el Banco de Datos de Proteínas (PDB por sus siglas en inglés). desarrolló el programa a inicios de los años noventa. Históricamente, fue una herramienta importante para los biólogos moleculares ya que el programa, al ser extremadamente optimizado, permitía correr el software en computadoras personales que fueran modestamente potentes para aquel entonces. El software que existía antes de RasMol, requería de estaciones de trabajo que, debido a su costo, eran menos accesibles para los becarios. RasMol se ha convertido en una herramienta educativa importante y continúa siendo una herramienta importante para la investigación de la biología estructural. RasMol tiene una historia compleja de versiones. Empezando con las versiones de la serie 2.7, RasMol ha tenido una licencia dual (GPL o licencia a la medida RASLIC). RasMol tiene un lenguaje informático para seleccionar ciertas cadenas de proteína, o cambiar colores etc.. Jmol y han incorporado a sus órdenes el lenguaje de RasMol. Los miembros del Banco Mundial de Datos de Proteínas (wwPDB) pueden descargar los archivos del Banco de Datos de Proteínas para visualizarlos. Estos archivos han sido compilados por investigadores quienes caracterizaron la estructura de moléculas por medio de cristalografía de rayos X, espectroscopia mediante resonancia magnética nuclear de proteínas (NMR) o criomicroscopía electrónica. (es) RasMol is a computer program written for molecular graphics visualization intended and used mainly to depict and explore biological macromolecule structures, such as those found in the Protein Data Bank. It was originally developed by Roger Sayle in the early 1990s. Historically, it was an important tool for molecular biologists since the extremely optimized program allowed the software to run on (then) modestly powerful personal computers. Before RasMol, visualization software ran on graphics workstations that, due to their cost, were less accessible to scholars. RasMol continues to be important for research in structural biology, and has become important in education. RasMol has a complex licensing version history. Starting with the version 2.7 series, RasMol source code is dual-licensed under a GNU General Public License (GPL), or custom license RASLIC. Starting with version 2.7.5, a GPL is the only license valid for binary distributions. RasMol includes a scripting language, to perform many functions such as selecting certain protein chains, changing colors, etc. Jmol and Sirius software have incorporated this language into their commands. Protein Data Bank (PDB) files can be downloaded for visualization from members of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). These have been uploaded by researchers who have characterized the structure of molecules usually by X-ray crystallography, protein NMR spectroscopy, or cryo-electron microscopy. (en) RasMol est un logiciel de graphisme moléculaire gratuit permettant de représenter des molécules en 3D à partir de différents formats standards de fichiers de représentation de molécules. Il fonctionne sur plateformes MacOS, Windows et Linux. Les types de fichier acceptés par RasMol sont entre autres les formats : * PDB (Protein Data Bank) * MDL (Molecular Design Limited) * MSC (Minnesota Supercomputer Center) * CIF Il utilise les possibilités des cartes graphiques 3D pour faire tourner en temps réel dans l'espace les molécules importées, puis éventuellement le nouvel ensemble de molécules ainsi assemblé. Il permet de combiner plusieurs types de représentation : rubans, bâtons, boules et bâtons, points, boules (CPK). Il en existe une version open source appelée OpenRasMol. (fr) RasMol è un programma per computer ideato per visualizzazione di grafica molecolare con l'obiettivo di essere usato principalmente per la rappresentazione e l'esplorazione di strutture macromolecolari biologiche, come quelle della Protein Data Bank. È stato originariamente sviluppato da parte di Roger Sayle nei primi anni novanta.Storicamente è stato un importante strumento per i biologi molecolari poiché il programma estremamente ottimizzato permetteva di girare su personal computer che allora erano moderatamente potenti. Prima dell'avvento del programma RasMol, i software di visualizzazione giravano su stazioni di lavoro grafiche che, per il loro alto costo, erano poco accessibili agli studenti. RasMol è diventato adesso uno strumento educativo importante come pure continua ad essere un importante strumento per la ricerca in biologia strutturale. Iniziando con le serie delle versioni 2.7, RasMol è concesso sotto licenza doppia (GPL o licenza RASLIC). Perciò, RasMol è (insieme con , Jmol e PyMOL), tra i pochi programmi di visualizzazione molecolare open source disponibili. RasMol include un linguaggio di linguaggio di programmazione (per selezionare certe catene proteiche, o cambiare colori ecc.). Jmol ha incorporato il linguaggio di scripting di RasMol nei suoi comandi. I file Protein Data Bank (PDB) possono essere scaricati per la visualizzazione dal Protein Data Bank (PDB) bank in Europa, Giappone o in America. Questi sono stati caricati dai ricercatori che hanno caratterizzato la struttura delle molecole solitamente tramite diffrazione dei raggi X o spettroscopia a risonanza magnetica nucleare di proteine. (it) RasMol - graficzny program komputerowy, służący do wizualizacji i badania biologicznych struktur makromolekularnych, np. z Protein Data Bank. Pierwotna wersja została napisana przez Rogera Sayle'a na początku lat 90. XX wieku. RasMol odegrał ważną rolę w biologii molekularnej, ponieważ jego działanie było wyjątkowo zoptymalizowane i możliwe było uruchomienie go na zwykłych komputerach osobistych. Przedtem oprogramowanie wizualizacyjne działało na stacjach graficznych, co czyniło go raczej niedostępnym dla naukowców. RasMol stał się także wartościowym programem edukacyjnym, pozostając ważnym narzędziem w pracy biologów molekularnych. RasMol od wersji 2.7 wydawany jest na podwójnej licencji (GPL i własna licencja RASLIC). RasMol, jest obok programów takich jak , i , jednym z nielicznych programów open source tego typu. RasMol posiada także własny język skryptowy. (pl) RasMol é um programa de computador escrito para visualização de gráficos moleculares, projetado e utilizado primariamente para a representação e a exploração das estruturas moleculares das macromoléculas, tais como aquelas encontradas no Banco de Dados de Proteínas. Foi originalmente desenvolvivo por Roger Sayle no início dos anos 1990. Historicamente, foi uma ferramenta importante para biólogos moleculares, já que o programa, extremamente otimizado, permitia ao software ser executado nos (então) modestamente potentes computadores pessoais. Antes do RasMol, os programas de visualização rodavam em estações gráficas que, devido ao seu custo, eram menos acessíveis aos acadêmicos. O RasMol se tornou uma importante ferramenta educacional, assim como continuou a ser uma ferramenta importante para pesquisa em biologia estrutural. O RasMol possui um histórico de versões complexo. Iniciando com a série de versões 2.7, é licenciado sob uma licença dual (GPL ou a licença personalizada RASLIC). O programa inclui uma linguagem de programação para selecionar certas cadeias de proteínas ou mudar cores, etc.. O Jmol e o Sirius incorporaram a linguagem de script do RasMol em seus comandos. Arquivos no formato Protein Data Bank (PDB) podem ser baixados para visualização de membros do Worldwide Protein Data Bank. Esses são enviados por pesquisadores que tem caracterizado a estrutura das moléculas geralmente por cristalografia de raios X, por ressonância magnética nuclear de proteínas ou por microscopia eletrônica. (pt) RasMol — компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул,в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.Первая версия программы RasMol была создана Роджером Сэйлом в начале 90-х годов. Начиная с версий серии 2.7, RasMol распространяется по двойной лицензии (GPL или RASLIC).Тем самым, RasMol (наряду с Jmol и PyMOL) — одна из немногих программ визуализации молекул с открытым кодом. Исходными данными для визуализации служат координаты атомов молекулы (или комплекса молекул), содержащиеся в файле формата Protein Data Bank (PDB). Файлы с координатами атомов могут быть скопированы с одного из сайтов PDB (см. Worldwide Protein Data Bank). RasMol продолжает активно использоваться молекулярными биологами и биоинформатиками. Благодаря простой и логичной структуре пользовательского интерфейса, программа проста для освоения. Система команд, разработанная для программы ("язык" RasMol'а) используется в других программах, например, в Jmol. Последняя постепенно вытесняет RasMol, поскольку почти столь же проста в освоении, охватывает всю функциональность RasMol и обладает некоторыми дополнительными возможностями. (ru) |
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