Saccharibacteria (original) (raw)
Saccharibacteria, auch Candidatus Saccharibacteria, ursprünglich bezeichnet als (Candidate division) TM7 (Torf, mittlere Schicht 7),ist eine wichtige Verwandtschaftsgruppe von Bakterien, gewöhnlich eingestuft im Rang einer Abteilung (Phylum, en. auch division).Sie wurde durch RNA-Sequenzierung von 16S rRNA (ein Teilstück ribosomaler RNA) entdeckt.
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| dbo:abstract | Saccharibacteria, auch Candidatus Saccharibacteria, ursprünglich bezeichnet als (Candidate division) TM7 (Torf, mittlere Schicht 7),ist eine wichtige Verwandtschaftsgruppe von Bakterien, gewöhnlich eingestuft im Rang einer Abteilung (Phylum, en. auch division).Sie wurde durch RNA-Sequenzierung von 16S rRNA (ein Teilstück ribosomaler RNA) entdeckt. Ein wichtiger Vertreter, (Candidatus) Nanosynbacter lyticus, früher als TM7x (Candidatus Saccharibacteria oral taxon TM7x) bezeichnet,wurde aus der menschlichen Mundhöhle kultiviert.Es zeigte sich, dass TM7x eine extrem kleine Kokke (Durchmesser 200-300 nm) ist und eine besondere Lebensweise zeigt, die bis dato bei humanassoziierten (mit dem Menschgen vergesellschafteten) Mikroben noch nicht beobachtet worden war.TM7x ist ein obligater Epibiont verschiedener Wirte, einschließlich des Actinomyces odontolyticus-Stammes XH001. TM7x hat aber auch eine parasitäre Lebensphase und tötet dann seinen Wirt.Die vollständige Genomsequenz von TM7x ergab ein stark reduziertes Genom von nur 705 kbp (Kilobasenpaaren)und ein völliges Fehlen der Fähigkeit zur Aminosäurebiosynthese. Bereits 2014 wurde über eine Kultur von TM7 aus der Mundhöhle berichtet, aber es wurde keine Sequenz oder Kultur zur Verfügung gestellt. Die vorläufige Benennung dieser Bakterienspezies als TM7x, des Bakterienphylums als TM7, sowie weiterer Kandidatenphyla wie etwa TM6 (Klade „Dependentiae“) erfolgte nach DNA-Sequenzen, die bereits 1994 in einer Umweltstudie an einer Bodenprobe eines Torfmoores in Deutschland gewonnen wurden.Damals wurden 262 PCR-amplifizierte Fragmente von 16S rDNA in einen Plasmidvektor kloniert und als „TM-Klone“ (Torf, Mittlere Schicht) bezeichnet.Seitdem wurden TM7-Kandidaten(d. h. mutmaßliche Vertreter der Saccharibacteria) in verschiedenen Umgebungen gefunden, z. B. inBelebtschlämmen,Klärschlamm von Wasseraufbereitungsanlagen,Regenwaldboden,Goldminenund in mit Acetat versetztem Sediment im Bereich von Grundwasserleitern (Aquifer).Saccharibacteria wurden gefunden in Assoziation mit Schwämmen undSchaben,sowie in menschlichem Speichel.Es zeigte sich, dass diese Gruppe ein sehr weit verbreitetes Phylum ist.Ribosomale DNA (rDNA) und ganze Zellen von Saccharibacteria wurden 2011 in Belebtschlamm nachgewiesen, diese hatten mehr als 99,7 % Sequenzähnlichkeit mit TM7 von der menschlichen Haut und 98,6 % mit der Kandidaten-Spezies TM7a aus der menschlichen Mundhöhle.Dies deutet darauf hin, dass TM7-Isolate aus der Umwelt als Modellorganismen zur Untersuchung der Rolle von TM7-Arten für die menschliche Gesundheit dienen könnten. (de) Saccharimonadia o Saccharibacteria es una clase candidata de bacterias recientemente propuesta, previamente conocida como TM7, perteneciente al filo Patescibacteria. Mediante el estudio de muestras ambientales de ARNm se ha encontrado que los miembros de esta clase se encuentran ampliamente distribuidos por el medio ambiente. Así, se los ha encontrado en suelos, sedimentos, aguas residuales y animales. Además aparecen en muestras recogidas en hospitales. También se ha encontrado sobre la superficie de la bacteria Actinomyces como parásito episimbionte en una muestra oral humana. Las diversas especies tienen forma de filamentos finos o gruesos, cocos o bacilos. Los estudios genéticos indican que Saccharibacteria es un grupo filogenéticamente diverso y que juega un papel importante en la degradación de diversos compuestos orgánicos en condiciones aerobias, reductoras de nitratos y anaerobias. El nombre dado a la clase hace referencia a su capacidad de degradación de los azúcares. Esta clase forma parte de Patescibacteria o grupo CPR una extensa línea filogenética de bacterias recientemente descubierta. (es) Saccharibacteria, formerly known as TM7,is a major bacterial lineage. It was discovered through 16S rRNA sequencing . TM7x from the human oral cavity was cultivated and revealed that TM7x is an extremely small coccus (200-300 nm) and has a distinctive lifestyle not previously observed in human-associated microbes. It is an obligate epibiont of various hosts, including Actinomyces odontolyticus strain (XH001) yet also has a parasitic phase thereby killing its host. The full genome sequence revealed a highly reduced genome (705kB) and a complete lack of amino acid biosynthetic capacity. An axenic culture of TM7 from the oral cavity was reported in 2014 but no sequence or culture was made available. Along with Candidate Phylum , it was named after sequences obtained in 1994 in an environmental study of a soil sample of peat bog in Germany where 262 PCR amplified 16S rDNA fragments were cloned into a plasmid vector, named TM clones for Torf, Mittlere Schicht (lit. peat, middle layer).It has been found in several environments since such as from activated sludges, water treatment plant sludge rainforest soil, human saliva, in association with sponges, cockroaches, gold mines, acetate-amended aquifer sediment, and other environments (bar thermophilic), making it an abundant and widespread phylum. Recently, TM7 rDNA and whole-cells were detected in activated sludge with >99.7% identity to a human skin TM7 and 98.6% identity to the human oral TM7a, suggesting metabolically active TM7 isolates in environmental sites may serve as model organisms to investigate the role TM7 species play in human health. (en) |
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