Threading (protein sequence) (original) (raw)
Protein threading, nebo také rozpoznávání foldů, je metoda užívaná při modelování proteinů, které mají stejný fold, jako nějaký protein známé struktury. Na rozdíl od metody homologního modelování proteinů, kdy existují homologní struktury pro daný protein a jsou uloženy v databázi PDB, metoda protein threading se využívá, když žádný homologní protein (templát) známé struktury neexistuje. Tato metoda pak pracuje na základě statistických znalostí o vztazích mezi strukturami uloženými v PDB a proteinem, který chceme modelovat.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Protein threading, nebo také rozpoznávání foldů, je metoda užívaná při modelování proteinů, které mají stejný fold, jako nějaký protein známé struktury. Na rozdíl od metody homologního modelování proteinů, kdy existují homologní struktury pro daný protein a jsou uloženy v databázi PDB, metoda protein threading se využívá, když žádný homologní protein (templát) známé struktury neexistuje. Tato metoda pak pracuje na základě statistických znalostí o vztazích mezi strukturami uloženými v PDB a proteinem, který chceme modelovat. Samotná predikce probíhá „thredingem“, neboli umisťováním jednotlivých aminokyselin z cílové sekvence do pozic ve struktuře templátu s následným vyhodnocením shody mezi predikovaným proteinem a templátem. Poté se vybere nejvhodnější templát a na základě alignmentu s touto sekvencí, je pak vytvořen strukturní model hledaného proteinu. Metody threadingu jsou rozšířené a efektivní, a to na základě toho, že v přírodě existuje poměrně malé množství rozličných foldů. Momentálně známe asi 1300 různých foldů, jsou však stále nacházeny i nové, díky velkému množství studií realizovaných v oblasti strukturní genomiky. Existuje tedy asi 80% šance, že námi studovaný protein má podobný fold jako jiný, v minulosti identifikovaný, jehož struktura byla určená pomocí rentgenové krystalografie nebo NMR spektroskopie a uložena do databáze PDB. (cs) La modélisation d'une protéine par enfilage ou modélisation par reconnaissance des repliements est une technique utilisée pour modéliser des protéines dont on souhaite qu'elles présentent les mêmes coudes que des structures de protéines connues, mais qui ne possèdent pas de protéines homologues recensées dans la banque de données sur les protéines (PDB). Elle s'oppose donc à la méthode de prédiction de structure basée sur la modélisation par homologie. La modélisation par enfilage fonctionne en utilisant la connaissance statistique de la relation entre les structures déposées dans la PDB et la séquence de la protéine que l'on souhaite modéliser. La prédiction est faite en enfilant (c'est-à-dire en plaçant, en alignant) chaque acide aminé dans la séquence cible vers une position dans la structure du modèle et en évaluant dans quelle mesure la cible s'adapte au modèle. Une fois que le modèle le mieux adapté est sélectionné, le modèle structurel de la séquence est construit en fonction de l'alignement sur le modèle choisi. Une protéine est une structure très fine transversalement mais très longue. Cette structure est le plus souvent repliée sur elle-même pour occuper un espace minimum. L'enveloppe définie par cette structure n'est pas régulière, les interactions des divers champs font que certaines portions de la molécules seront cachées alors que d'autres resteront disponibles pour interagir avec d'autres molécules. Cette forme lui confère des propriétés biologiques additionnelles. Modéliser une protéine, consiste donc en grande partie à essayer de retrouver cette forme 3D. Un élément déterminant de la forme consiste dans ses coudes, c'est-à-dire les endroits où la molécule se replie dans une autre direction. (fr) タンパク質スレッディング（英: protein threading）は、フォールド認識（英: fold recognition）とも呼ばれ、構造が既知のタンパク質と同じ折りたたみ（フォールド）を持つが、構造が既知の相同タンパク質を持たないタンパク質をモデル化するために使用されるタンパク質モデリングの方法である。この方法とによる構造予測との違いは、この方法は蛋白質構造データバンク（PDB）に相同タンパク質構造が登録されていないタンパク質を対象としているのに対し、ホモロジーモデリングは登録されているタンパク質を対象としている点である。スレッディングは、PDBに登録されている構造と、モデル化したいタンパク質の配列との関係の統計的知識を用いて行われる。 予測は、ターゲット配列の各アミノ酸をテンプレート構造内の位置に「スレッド化」し（つまり、配置、整列）、ターゲットがテンプレートにどの程度適合するかを評価することで行われる。最適なテンプレートが選択された後、選択されたテンプレートとのアライメント（整列）に基づいて、配列の構造モデルが構築される。タンパク質スレッディングは、「自然界に存在するさまざまなフォールドの数はかなり少ない（約1300）」ということと、「過去3年間にPDBに提出された新規構造の90％は、すでにPDBに登録されている構造と類似したフォールドを持つ」という2つの基本的な観察に基づいている。 (ja) Protein threading, also known as fold recognition, is a method of protein modeling which is used to model those proteins which have the same fold as proteins of known structures, but do not have homologous proteins with known structure.It differs from the homology modeling method of structure prediction as it (protein threading) is used for proteins which do not have their homologous protein structures deposited in the Protein Data Bank (PDB), whereas homology modeling is used for those proteins which do. Threading works by using statistical knowledge of the relationship between the structures deposited in the PDB and the sequence of the protein which one wishes to model. The prediction is made by "threading" (i.e. placing, aligning) each amino acid in the target sequence to a position in the template structure, and evaluating how well the target fits the template. After the best-fit template is selected, the structural model of the sequence is built based on the alignment with the chosen template. Protein threading is based on two basic observations: that the number of different folds in nature is fairly small (approximately 1300); and that 90% of the new structures submitted to the PDB in the past three years have similar structural folds to ones already in the PDB. (en) |
| dbo:wikiPageID | 3135539 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 15268 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1069072653 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Branch_and_bound dbr:David_Eisenberg dbr:David_Tudor_Jones dbr:CATH dbr:Protein_structure_prediction dbc:Bioinformatics dbr:Phyre_/_Phyre2 dbr:Globin dbr:NP-hard dbr:Simulated_annealing dbr:Protein_Data_Bank dbr:Protein_structure dbr:Protein_superfamily dbr:Actin dbr:Heat_shock_protein dbr:Families_of_structurally_similar_proteins dbr:Alpha_helix dbr:Amino_acid dbr:Dynamic_programming dbr:Protein_family dbr:Protein_folding dbr:Protein dbr:Janet_Thornton dbr:ATPase dbc:Protein_methods dbr:Hidden_Markov_model dbr:Homology_(biology) dbr:Homology_modeling dbr:HHpred_/_HHsearch dbr:RAPTOR_(software) dbr:X-ray_crystallography dbr:Nuclear_magnetic_resonance dbr:Structural_Classification_of_Proteins dbr:RaptorX_/_software_for_protein_modeling_and_analysis dbr:Structural_genomics dbr:Protein_structure_prediction_software dbr:Protein_structural_alignment dbr:Secondary_structure dbr:Primary_structure |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Citation_needed dbt:Cite_book dbt:Cite_journal dbt:Refbegin dbt:Refend dbt:Refimprove dbt:Reflist |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Protein_methods |
| gold:hypernym | dbr:Method |
| rdf:type | dbo:Software yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:PsychologicalFeature100023100 yago:WikicatProteinMethods |
| rdfs:comment | Protein threading, nebo také rozpoznávání foldů, je metoda užívaná při modelování proteinů, které mají stejný fold, jako nějaký protein známé struktury. Na rozdíl od metody homologního modelování proteinů, kdy existují homologní struktury pro daný protein a jsou uloženy v databázi PDB, metoda protein threading se využívá, když žádný homologní protein (templát) známé struktury neexistuje. Tato metoda pak pracuje na základě statistických znalostí o vztazích mezi strukturami uloženými v PDB a proteinem, který chceme modelovat. (cs) La modélisation d'une protéine par enfilage ou modélisation par reconnaissance des repliements est une technique utilisée pour modéliser des protéines dont on souhaite qu'elles présentent les mêmes coudes que des structures de protéines connues, mais qui ne possèdent pas de protéines homologues recensées dans la banque de données sur les protéines (PDB). Elle s'oppose donc à la méthode de prédiction de structure basée sur la modélisation par homologie. La modélisation par enfilage fonctionne en utilisant la connaissance statistique de la relation entre les structures déposées dans la PDB et la séquence de la protéine que l'on souhaite modéliser. (fr) Protein threading, also known as fold recognition, is a method of protein modeling which is used to model those proteins which have the same fold as proteins of known structures, but do not have homologous proteins with known structure.It differs from the homology modeling method of structure prediction as it (protein threading) is used for proteins which do not have their homologous protein structures deposited in the Protein Data Bank (PDB), whereas homology modeling is used for those proteins which do. Threading works by using statistical knowledge of the relationship between the structures deposited in the PDB and the sequence of the protein which one wishes to model. (en) タンパク質スレッディング（英: protein threading）は、フォールド認識（英: fold recognition）とも呼ばれ、構造が既知のタンパク質と同じ折りたたみ（フォールド）を持つが、構造が既知の相同タンパク質を持たないタンパク質をモデル化するために使用されるタンパク質モデリングの方法である。この方法とによる構造予測との違いは、この方法は蛋白質構造データバンク（PDB）に相同タンパク質構造が登録されていないタンパク質を対象としているのに対し、ホモロジーモデリングは登録されているタンパク質を対象としている点である。スレッディングは、PDBに登録されている構造と、モデル化したいタンパク質の配列との関係の統計的知識を用いて行われる。 (ja) |
| rdfs:label | Protein threading (cs) Modélisation de protéines par enfilage (fr) スレッディング (タンパク質) (ja) Threading (protein sequence) (en) |
| owl:sameAs | freebase:Threading (protein sequence) yago-res:Threading (protein sequence) wikidata:Threading (protein sequence) dbpedia-cs:Threading (protein sequence) dbpedia-fr:Threading (protein sequence) dbpedia-ja:Threading (protein sequence) https://global.dbpedia.org/id/4wRwY |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Threading_(protein_sequence)?oldid=1069072653&ns=0 |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Threading_(protein_sequence) |
| is dbo:knownFor of | dbr:David_Tudor_Jones |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:Threading |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Protein_threading dbr:Fold_recognition |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:David_Tudor_Jones dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein_structure dbr:AlphaFold dbr:Threading dbr:I-TASSER dbr:Structural_genomics dbr:Protein_threading dbr:Fold_recognition |
| is dbp:knownFor of | dbr:David_Tudor_Jones |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Threading_(protein_sequence) |