UPGMA (original) (raw)
Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, kurz UPGMA (deutsch etwa: Ungewichtete Paargruppenmethode mit arithmetischem Mittel) bezeichnet eine Variante der Hierarchische Clusteranalyse. Sie wird oft in der Bioinformatik zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume angewendet. Im Gegensatz zu anderen Verfahren wie der Neighbor-Joining-Algorithmus basiert UPGMA auf der Annahme der Molekularen Uhr, d. h., dass alle Taxa mit derselben konstanten Rate evolvieren.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) és el nom en anglès d'un algorisme d'agrupament jeràrquic (clustering). Aquest mètode permet la transformació d'una matriu de distàncies (entre diferents organismes, poblacions o seqüències de nucleòtids) en un arbre arrelat. La matriu proporciona la unió de les distàncies entre tots els parells d'elements. L'algorisme funciona per iteracions successives, que redueixen progressivament la mida de les matrius. Una de les seves aplicación és la construcció d'arbres filogenètics. Ara bé, aquest mètode simple i ràpid presenta, tanmateix, nombres esbiaixats. Les limitacions de l'UPGMA són tals que l'algorisme no té més que un interès històric i ha estat desplaçat per mètodes més avançats (com el Neighbor-joining o la parsimònia en un primer moment fins que actualment, en filogenètica, s'usen el màxim de versemblança i els teoremes de Bayes. (ca) UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean; česky metoda neváženého párování s aritmetickým průměrem) je jednoduchá aglomerativní hierarchická shluková metoda (jde o tzv. bottom-up metodu, kdy se nejprve shlukují páry sobě nejpodobnější, které se následně shlukují až do konečné sítě). Metodu představili Sokal a Michener. Termín nevážená metoda nesouvisí s matematickým výpočtem, ale odkazuje na skutečnost, že všechny distance se podílejí stejnou měrou na výpočtu každého průměru. Metoda UPGMA má i alternativu váženého párování, která se nazývá . WPGMA generuje výsledky na základně jednoduchého průměru vzdáleností (neboli distancí), zatímco u nevážené metody UPGMA se používá k výpočtu proporcionální průměr (viz pracovní příklad). (cs) Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, kurz UPGMA (deutsch etwa: Ungewichtete Paargruppenmethode mit arithmetischem Mittel) bezeichnet eine Variante der Hierarchische Clusteranalyse. Sie wird oft in der Bioinformatik zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume angewendet. Im Gegensatz zu anderen Verfahren wie der Neighbor-Joining-Algorithmus basiert UPGMA auf der Annahme der Molekularen Uhr, d. h., dass alle Taxa mit derselben konstanten Rate evolvieren. (de) UPGMA (Unweighted pair group method with arithmetic mean) est le nom d'un algorithme destiné à la construction d'un arbre phylogénétique. Cette méthode permet la transformation d'une matrice de distances (entre différents organismes, populations, ou séquences de nucléotides) en un arbre enraciné. (fr) UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean) is a simple agglomerative (bottom-up) hierarchical clustering method. The method is generally attributed to Sokal and Michener. The UPGMA method is similar to its weighted variant, the WPGMA method. Note that the unweighted term indicates that all distances contribute equally to each average that is computed and does not refer to the math by which it is achieved. Thus the simple averaging in WPGMA produces a weighted result and the proportional averaging in UPGMA produces an unweighted result. (en) 非加重結合法（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean、UPGMAと略す）は系統樹を作製するためのボトムアップ式のクラスタ解析法である。入力データは対象の各ペア間の距離であり、有根系統樹が作製される。進化速度が一定（分子時計仮説）と仮定して有根系統樹を作成する際に用いられる。 (ja) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/UPGMA_Dendrogram_5S_data.svg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://www.slimsuite.unsw.edu.au/teaching/upgma/ https://books.google.com/books%3Fid=KBoHuoNRO5MC&pg=PA319&lpg=PA319&dq=UPGMA+clustering&source=bl&ots=9t_4R2kFgr&sig=c4jHFEouGm-KCxbg9lwKQZNnWcQ&hl=de&ei=G7kqSo_wFc2Rsga86MyeDA&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=3 https://github.com/SergioFierens/ai4r/blob/master/lib/ai4r/clusterers/average_linkage.rb |
| dbo:wikiPageID | 355968 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 17100 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1116395633 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Bacillus_stearothermophilus dbr:Robert_R._Sokal dbr:DNA dbr:Ultrametric dbr:Sequence_alignment dbr:Molecular_clock dbr:WPGMA dbr:Phenetic dbr:Cluster_analysis dbr:Complete-linkage_clustering dbr:Dendrogram dbr:Micrococcus_luteus dbr:Weissella dbr:5S_ribosomal_RNA dbr:Acholeplasma dbr:Ecology dbr:Cardinality dbr:Protein dbr:RNA dbr:Bacillus_subtilis dbc:Computational_phylogenetics dbc:Cluster_analysis_algorithms dbc:Phylogenetics dbr:Charles_Duncan_Michener dbr:Bioinformatics dbr:Hierarchical_clustering dbr:Models_of_DNA_evolution dbr:Single-linkage_clustering dbr:Distance_matrix dbc:Bioinformatics_algorithms dbr:Phylogenetic_trees dbr:Phylogenetics dbr:Molecular_clock_hypothesis dbr:Protein_electrophoresis dbr:Similarity_matrix dbr:Single_linkage_clustering dbr:Complete_linkage_clustering dbr:Neighbor-joining dbr:Ultrametricity dbr:File:Complete_linkage_Dendrogram_5S_data.svg dbr:File:Simple_linkage-5S.svg dbr:File:UPGMA_Dendrogram_5S_data.svg dbr:File:WPGMA_Dendrogram_5S_data.svg |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Anchor dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:Phylogenetics |
| dcterms:subject | dbc:Computational_phylogenetics dbc:Cluster_analysis_algorithms dbc:Phylogenetics dbc:Bioinformatics_algorithms |
| gold:hypernym | dbr:Method |
| rdf:type | dbo:Software yago:Abstraction100002137 yago:Act100030358 yago:Activity100407535 yago:Algorithm105847438 yago:Cognition100023271 yago:Datum105816622 yago:Event100029378 yago:Information105816287 yago:Procedure101023820 yago:PsychologicalFeature100023100 yago:YagoPermanentlyLocatedEntity yago:Rule105846932 yago:WikicatAlgorithms yago:WikicatDataClusteringAlgorithms |
| rdfs:comment | Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, kurz UPGMA (deutsch etwa: Ungewichtete Paargruppenmethode mit arithmetischem Mittel) bezeichnet eine Variante der Hierarchische Clusteranalyse. Sie wird oft in der Bioinformatik zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume angewendet. Im Gegensatz zu anderen Verfahren wie der Neighbor-Joining-Algorithmus basiert UPGMA auf der Annahme der Molekularen Uhr, d. h., dass alle Taxa mit derselben konstanten Rate evolvieren. (de) UPGMA (Unweighted pair group method with arithmetic mean) est le nom d'un algorithme destiné à la construction d'un arbre phylogénétique. Cette méthode permet la transformation d'une matrice de distances (entre différents organismes, populations, ou séquences de nucléotides) en un arbre enraciné. (fr) UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean) is a simple agglomerative (bottom-up) hierarchical clustering method. The method is generally attributed to Sokal and Michener. The UPGMA method is similar to its weighted variant, the WPGMA method. Note that the unweighted term indicates that all distances contribute equally to each average that is computed and does not refer to the math by which it is achieved. Thus the simple averaging in WPGMA produces a weighted result and the proportional averaging in UPGMA produces an unweighted result. (en) 非加重結合法（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean、UPGMAと略す）は系統樹を作製するためのボトムアップ式のクラスタ解析法である。入力データは対象の各ペア間の距離であり、有根系統樹が作製される。進化速度が一定（分子時計仮説）と仮定して有根系統樹を作成する際に用いられる。 (ja) UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) és el nom en anglès d'un algorisme d'agrupament jeràrquic (clustering). Aquest mètode permet la transformació d'una matriu de distàncies (entre diferents organismes, poblacions o seqüències de nucleòtids) en un arbre arrelat. La matriu proporciona la unió de les distàncies entre tots els parells d'elements. L'algorisme funciona per iteracions successives, que redueixen progressivament la mida de les matrius. (ca) UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean; česky metoda neváženého párování s aritmetickým průměrem) je jednoduchá aglomerativní hierarchická shluková metoda (jde o tzv. bottom-up metodu, kdy se nejprve shlukují páry sobě nejpodobnější, které se následně shlukují až do konečné sítě). Metodu představili Sokal a Michener. (cs) |
| rdfs:label | UPGMA (ca) UPGMA (cs) Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (de) Unweighted pair group method with arithmetic mean (fr) 非加重結合法 (ja) UPGMA (en) |
| owl:sameAs | freebase:UPGMA yago-res:UPGMA wikidata:UPGMA dbpedia-ca:UPGMA dbpedia-cs:UPGMA dbpedia-de:UPGMA dbpedia-fa:UPGMA dbpedia-fr:UPGMA dbpedia-ja:UPGMA dbpedia-sr:UPGMA dbpedia-vi:UPGMA https://global.dbpedia.org/id/irjj |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:UPGMA?oldid=1116395633&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Complete_linkage_Dendrogram_5S_data.svg wiki-commons:Special:FilePath/Simple_linkage-5S.svg wiki-commons:Special:FilePath/UPGMA_Dendrogram_5S_data.svg wiki-commons:Special:FilePath/WPGMA_Dendrogram_5S_data.svg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:UPGMA |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Unweighted_Pair_Group_Method_with_Arithmetic_mean |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:List_of_algorithms dbr:List_of_alignment_visualization_software dbr:MacVector dbr:Bisoid_languages dbr:Alignment-free_sequence_analysis dbr:Limnanthaceae dbr:List_of_phylogenetics_software dbr:Ancestral_reconstruction dbr:Clustal dbr:Molecular_Evolutionary_Genetics_Analysis dbr:Molecular_phylogenetics dbr:WPGMA dbr:MUSCLE_(alignment_software) dbr:Cluster_analysis dbr:Complete-linkage_clustering dbr:Computational_phylogenetics dbr:Dendrogram dbr:Microarray_analysis_techniques dbr:Brown_pelican dbr:Distance_matrices_in_phylogeny dbr:PHYLIP dbr:Quantitative_comparative_linguistics dbr:Bacterial_phylodynamics dbr:Hierarchical_clustering dbr:Models_of_DNA_evolution dbr:Single-linkage_clustering dbr:Distance_matrix dbr:Phylogenetic_tree dbr:Neighbor_joining dbr:Multiple_sequence_alignment dbr:Ultrametric_space dbr:Protein_engineering dbr:Outline_of_machine_learning dbr:Rathayibacter_toxicus dbr:Unweighted_Pair_Group_Method_with_Arithmetic_mean |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:UPGMA |
