Verlet list (original) (raw)

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ベルレ・リスト(英: Verlet list)は、任意のカットオフ(打ち切り)相互距離内の全ての粒子のリストを効率的に維持するための分子動力学シミュレーションにおけるデータ構造である。名称はに因む。 この方法はモンテカルロシミュレーションに容易に応用できる。短距離相互作用については、カットオフ半径が大抵使われる。カットオフ半径を超えると粒子の相互作用はゼロに「十分近い」と見なされ安全に無視される。個々の粒子について、ベルレ・リストが構築される。これにはポテンシャルカットオフ距離内のその他の全ての粒子が記載され、さらに更新される前に複数の連続したモンテカルロ「スイープ」に使用できるようにいくらか余分な距離を含む。更新の前に同じベルレ・リストをn回使用したい場合は、ベルレ・リストに含めるカットオフ距離は(はポテンシャルのカットオフ距離、は単一粒子の最大モンテカルロステップ)でなければならない。ゆえに、ベルレ・リストを計算するためにはオーダーの時間を費すが(は粒子の総数)、(ではなく)オーダーのモンテカルロ「スイープ」という見返りが得られる。の選択を最適化することで、ベルレ・リストを用いることによってモンテカルロスイープの問題をへ変換できることが示されている。 における最近傍を同定するために用いると、さらに計算コストを削減できる。

Property Value
dbo:abstract A Verlet list (named after Loup Verlet) is a data structure in molecular dynamics simulations to efficiently maintain a list of all particles within a given cut-off distance of each other. This method may easily be applied to Monte Carlo simulations. For short-range interactions, a cut-off radius is typically used, beyond which particle interactions are considered "close enough" to zero to be safely ignored. For each particle, a Verlet list is constructed that lists all other particles within the potential cut-off distance, plus some extra distance so that the list may be used for several consecutive Monte Carlo "sweeps" (set of Monte Carlo steps or moves) before being updated. If we wish to use the same Verlet list times before updating, then the cut-off distance for inclusion in the Verlet list should be , where is the cut-off distance of the potential, and is the maximum Monte Carlo step (move) of a single particle. Thus, we will spend of order time to compute the Verlet lists ( is the total number of particles), but are rewarded with Monte Carlo "sweeps" of order instead of . By optimizing our choice of it can be shown that Verlet lists allow converting the problem of Monte Carlo sweeps to an problem. Using cell lists to identify the nearest neighbors in further reduces the computational cost. (en) ベルレ・リスト(英: Verlet list)は、任意のカットオフ(打ち切り)相互距離内の全ての粒子のリストを効率的に維持するための分子動力学シミュレーションにおけるデータ構造である。名称はに因む。 この方法はモンテカルロシミュレーションに容易に応用できる。短距離相互作用については、カットオフ半径が大抵使われる。カットオフ半径を超えると粒子の相互作用はゼロに「十分近い」と見なされ安全に無視される。個々の粒子について、ベルレ・リストが構築される。これにはポテンシャルカットオフ距離内のその他の全ての粒子が記載され、さらに更新される前に複数の連続したモンテカルロ「スイープ」に使用できるようにいくらか余分な距離を含む。更新の前に同じベルレ・リストをn回使用したい場合は、ベルレ・リストに含めるカットオフ距離は(はポテンシャルのカットオフ距離、は単一粒子の最大モンテカルロステップ)でなければならない。ゆえに、ベルレ・リストを計算するためにはオーダーの時間を費すが(は粒子の総数)、(ではなく)オーダーのモンテカルロ「スイープ」という見返りが得られる。の選択を最適化することで、ベルレ・リストを用いることによってモンテカルロスイープの問題をへ変換できることが示されている。 における最近傍を同定するために用いると、さらに計算コストを削減できる。 (ja) 韦尔莱表(Verlet table 或 Verlet list)是分子模拟中常用的一种减少粒子间距离计算量的方法,由法国物理学家首先提出。 (zh)
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