* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 22 декабря 2012. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, откорректировано по состояниюна 5 февраля 2011.
Свою профессиональную карьеру Нагатомо начал в клубе «Токио», за который выступал на протяжении 3,5 сезонов. За «Токио» Нагатомо играл до июня 2010 года, сыграв за него в 72 матчах Джей-лиги. В июле 2010 года Нагатомо на правах аренды на один сезон перешёл в «Чезену». 28 января 2011 года «Чезена» полностью выкупила его контракт за 1.7 миллиона евро.[1]
31 января2011 года Нагатомо на правах аренды перешёл в миланский «Интер»,[2] выбрав 55 номер. 6 февраля дебютировал за «Интер» в матче 24 тура против «Ромы», заменив на 75-й минуте Уэсли Снейдера.[3]6 марта в матче 28 тура против «Дженоа» забил свой первый гол в Серии А, выйдя на замену за 13 минут до конца матча.[4]