バイオインフォマティクスとは サイエンスの人気・最新記事を集めました - はてな (original) (raw)
バイオインフォマティクス
(
サイエンス
)
【
ばいおいんふぉまてぃくす
】
生物学／生命科学への計算機科学の応用、そしてその研究。
生物学者にとっては現在必須のツールであり、情報科学者にとっては今なお進展中の研究対象である。
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※本記事は広告を含みます。 半年前にはなりますが、前々から気になっていた資格の「バイオインフォマティクス」を受験してきました。この資格自体マイナーなのか、あまり受験体験談を見なかったな・・・ということで、自分の体験談をざっくりと書き残します。 結論から言うと、公式の教科書を読破して過去問を解くのが勉強効率は良さそうです。 0. そもそも、バイオインフォマティクスとは 1. 受験申請から受験までのながれ 2. 私の勉強方法 3. 受験結果・・・ギリギリ合格 まとめ 0.そもそも、バイオインフォマティクスとは 「バイオインフォマティクス」と言う言葉に聞き馴染みのない方も多いかと思います。 「バイオ…ネットで話題
64ブックマーク統計的に正しいランキングを行う方法をJavaで書く - バイオインフォマティクスって何ですか？Java | 統計的に正しいランキングを行う方法を見たのでちょっとJavaで書いてみる。はじめになにがしたいかというと、「レイティング」というのをご存じでしょうか。Amazonとかで商品を購入者が星つけて評価したりしてるやつ。ああいうので「良かったランキング」というのを作りたい。みんなが「購入して良かった」という...
42ブックマークバイオインフォマティクス - Wikipedia
25ブックマーク生命情報科学 | バイオインフォマティクス | 生物情報科学バイオインフォマティクスは、膨大で複雑なデータに埋もれている生命現象を、情報科学や統計学などのアルゴリズムを用いて解き明かしていく、生命科学と情報科学の融合分野である。RNA/DNA シークエンシング技術を利用した遺伝子発現量解析、ゲノム解読、ゲノムワイド関連研究（GWAS）、分子動力学シミュレーションによ...
23ブックマークAI創薬の革新――低コスト・低リスクで迅速な新薬開発に向けて/バイオインフォマティクス 山西芳裕氏インタビュー - SYNODOS
22ブックマークJavaテクニック：コンストラクタの代わりに static ファクトリーメソッドを検討する(その１) - バイオインフォマティクスって何ですか？Java | 書籍『Effective Java』から Java のプログラミングテクニックを紹介します。クラスのインスタンスを提供するためには、普通は public コンストラクタを用意します。 public class Hoge { public Hoge() { ... } } そして、この public コンストラクタを new で呼び出し、インスタンスを得ます。 public class Ma...
17ブックマークバイオインフォマティクス人材育成
16ブックマークJavaテクニック：コンストラクタの引数が多いときにはビルダーを検討する(その２) - バイオインフォマティクスって何ですか？Java | 書籍『Effective Java』から Java のプログラミングテクニックを紹介します。前回、コンストラクタの引数が多い場合の解決策として、テレスコーピングコンストラクタパターンと JavaBeans パターンの2つの方法を見ました。これらの方法には、それぞれ「可読性」と「安全性」において問題がありました。今回は、こ...
14ブックマークなぜバイオインフォマティクスの解析はタダではないのか - こんな時間ですがパスタを茹でます
14ブックマーク新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 | 理化学研究所新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 ―ゲノム上の数千もの転写活性を視覚化、解析し、データを共有― ポイント 複雑なゲノム機能解析システムをWeb上で実現 バイオインフォマティクスの専門家以外でも直感的に操作可能 小規模の研究室でも大規模データセットの比較研究が容易に 要旨 理化学研究所（理...
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はじめに 配属された lab で、実際にデータを触って解析をし始めた。 今まではなんでも python でコードを書いて、可視化していたのだが、どうも毎回 python hogehoge.py と実行するのが面倒すぎる。 わざわざ python コードを書くのも嫌だし、ファイルが増えるのも嫌だと思うようになってしまった。 linux コマンドだけで片付くのであれば、それに越したことはない。 そんな中で出会ったのが datamash である。 本記事では datamash でできることとできないことを紹介し、できないことについてはその打開策を紹介する。 datamash について 公式サイトはこ…#生物情報#datamash#SQL#AWK#バイオインフォマティクス
はじめに 本記事では、私が所属する東大の生物情報学科の紹介をしようと思う。 モチベーションとしては、私が２年生のこの時期に、進振りの希望先を選ぶための判断材料として、Twitter やインターネットを徘徊して情報収集に勤しんでおり、生の声を聞きたいと思ったからである。 東大生あるあるだと思うのだが、進振りの真っ只中では「進振り辛い」といった発言が多いのだが、進振りが終わってしまえば、誰も進振りの話をしなくなり、もはや自分が進振りを突破して今の学部学科にいるということも忘れてしまう軽視されてしまう。要は、進振り前はハラハラしているのだが、進振りが終わった瞬間にそういったことを忘れてしまって、後輩…#進振り#東大#バイオインフォマティクス#生物情報#進学#研究#理系#プログラミング
！注意！ ここに書いているのは、本当に「資格試験合格だけでええわー」という人向けのものです。 大切なのは、この試験への勉強を通じて自分に足りていない知識を確かめ補うこと！ 合格はその１つの指標に過ぎないです。 ぶっちゃけ、この試験受かっても解析技術はない（他の方もブログに書いてた気がする） ０：受験者の背景 年齢・・・アラサー 出身学部・・・医学部 卒業して5年程度経過 かれこれ10年弱前に分子生物学や遺伝学、免疫学等々いわゆる基礎医学は修めたけど、情報系は全く履修無し。 仕事・・・手術＆外来。日常業務ではまっっったくバイオインフォ関連の知識は使わない。 勉強時間の確保方法・・・昼休み、通勤電…#バイオインフォマティクス#バイオインフォマティクス技術者認定試験#資格
Windows で バイオインフォ・デジタルパソロジー バイオインフォマティクス（Bioinformatics）やデジタルパソロジー（digital pathology）の開発や実践をするためには、Linux （Ubuntu など）や MacOS が推奨されることが多く、Windows マシンを対象にした解説書やブログなどはあまり多くありません. 理由はいくつもありますが、バイオインフォマティクスなどに用いられるツールの多くが Linux、MacOS 対応であることや、 python や R の環境構築もやりやすいということ、インフォマティックス系の研究者の多くがそもそも Unix ユーザーや…
こんにちは。 本日はバイオインフォマティクス の中でもメジャーなRNA-seqデータの発現比較解析において、ちょっとユニークな解析手法をご紹介します。 EBSeqはRNA-seqデータの遺伝子またはアイソフォームの発現比較解析のためのRパッケージです。 経験ベイズモデルを利用して発現変動遺伝子（DEG）を検出します。３群以上の多群比較におけるDEGの検出にも使用できます。 ベイズモデルを利用しているため、 とくに多群比較でどの群間に差があるのかを1回の計算で判定できるのが長所 サンプル数が大きいとDESeqなどよりDEGの精度が良いという報告もある 一方、p-valueといったお馴染みの値が出…#バイオインフォマティクス#bioinformatics#DevBlog
こんにちは、データ受託解析チームのtsuyuhです。 受託解析では、お客様のご要望に沿った様々な図を作成します。 解析中に出た図たちは最終的に報告書として綺麗にまとめる訳ですが、後々に論文等で"映える"ようにプロットの大きさや色などを密かに工夫しています。 例えば、プロットの色は使うツールによって自動的に塗られることが多いですが、複数のツールを使って様々な図を作成するとどうしても配色が異なってしまいます。 ところが、手動で塗ろうとしても色名が分からず、最後に図を並べたら微妙に違う色になっていてモヤモヤする、なんてことも多いんじゃないでしょうか。 そこで今回は、シングルセルRNA-seq解析 で…
データ受託解析チームのkuboです。 データ解析受託担当ですが、トレーニングや、データ解析のお困りごとの相談にお答えするコンサルにも顔を出すことがあります。 scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使ったデータ解析のトレーニングやコンサルでは、主にscRNA-seq解析においてよく使用されるRパッケージSeuratの使用方法をご紹介しています。 Seuratを使用した複数のデータセットを統合する手順について 「IntegrateDataによる統合とmergeによる統合の違いは何か」 というご質問を何度かいただいたことがあるので、簡単に説明します。 IntegrateDataによる統合 …
オークランドのスカイタワー ＝＝＝ 牧教授レポート ＝＝＝ ニュージーランドと日本の森林に風送される大気微生物の違いを調べるため，オークランド工科大学のKevin Lee助教とともに，ニュージーランド北島において，農場に寝泊まりしながら，雄大なカウリが茂る森とで観測を実施した。 雄大なカウリ この時，国立農業研究所のSteve Archer博士から大気サンプラーを借りることで，採取する大気粒子量を従来よりも大幅に増やすことができたのは大きな収穫であった。 また， 英国マンチェスター大学と共同解析している大阪のメタゲノム（大気微生物の遺伝子）解析データを，Lee助教のバイオインフォマティクス解析…
2020年代に入ってからの生成AIの登場はまさにブレークスルーそのものであった。自然言語の処理は人並み以上となり、機械翻訳を超えてあらゆる分野で違和感なく知識と言語を巧みにあやつり、応答した。 大規模言語モデルに限定して論を進めよう。 科学分野において生成AIは人を超える能力が発揮されるのか？その生産性や新しい発見に対する貢献はどうなるだろうか？ 自分の見解をまとめると「それなりの結果が出すが限定的であろう」だ。 根拠らしきものを書き置く。 二つにわかれる。 １）過去のIT活用の実績 ２）LLMの原理からの推測 はじめに１）についての知見を整理しよう。 21世紀初頭にヒトゲノム解読完了という目…
９月２６日発売の本 ９月２７日発売の本 ９月２８日発売の本 ９月２９日発売の本 ９月３０日発売の本 １０月１日発売の本 １０月２日発売の本 ９月２６日発売の本 ガスクロ自由自在Q&A GC/MS編丸善出版Amazon 書くスキルも設計スキルも飛躍的に上がる！ プログラムを読む技術作者:岩松 洋日経BPAmazon 八百夜（６） (ウィングス・コミックス)作者:那州雪絵新書館Amazon この街の誰かに嫌われています (コミックエッセイ)作者:グラハム子KADOKAWAAmazon ただの恋愛なんかできっこない －こじらせ上司とフェチな部下－ 4【電子限定漫画付き】 ただの恋愛なんかできっこない…
2024年の日本のプレシジョンメディシン市場: プレシジョンメディシン業界の規模は? 日本のプレフィルドシリンジの市場規模は、2024年から2032年の間に8.42%の成長率(CAGR)を示すと予測されています。日本のプレシジョン・メディシン市場は、ゲノミクスの進歩や個々の患者様に合わせた個別化医療の進展により、急速に成長しています。 レポートのサンプルコピーをダウンロード:https://www.imarcgroup.com/japan-precision-medicine-market/requestsample 日本のプレシジョンメディシン市場動向 日本市場は、主に高度な医療インフラと、…
市場概要 ロングリードシーケンシング市場は、2024年の7億5800万ドルから、2029年には31億2900万ドルに成長すると予測されています。これは、年平均成長率(CAGR)32.8%によるものです。この成長は、第3世代シーケンシングの技術進歩、遺伝性疾患の増加率、およびハイスループットシーケンシングに対する需要の高まりによってもたらされています。AIは、データ分析と変異検出を強化することで、複雑なゲノム研究において長鎖シーケンシングをより利用しやすくするという重要な役割を果たしています。オックスフォード・ナノポアやPacBioなどの主要企業が最前線に立っており、その可搬性と精度によりナノ…
市場概要 ロングリードシーケンシング市場は、2024年の7億5800万ドルから、2029年には31億2900万ドルに成長すると予測されています。これは、年平均成長率(CAGR)32.8%によるものです。この成長は、第3世代シーケンシングの技術進歩、遺伝性疾患の増加率、およびハイスループットシーケンシングに対する需要の高まりによってもたらされています。AIは、データ分析と変異検出を強化することで、複雑なゲノム研究において長鎖シーケンシングをより利用しやすくするという重要な役割を果たしています。オックスフォード・ナノポアやPacBioなどの主要企業が最前線に立っており、その可搬性と精度によりナノ…
こんにちは、木の芽味噌です。 今回も、少しマイナーなデータ可視化手法についてのお話です。 今回ご紹介するのは、遺伝子発現データの分析でたびたび登場する『MA plot』になります。 遺伝子発現データ云々は置いておいて、MAプロットは一言でいうと、「共変量の平均的な大きさを考慮して2標本を比較するためのプロット」になります。 さっそく、どんなプロットかご紹介しましょう。 MAプロットは、多次元の共変量（遺伝子）を持つ2標本から計算される「M値」と「A値」を散布図で表現した、以下のようなプロットです。 ここで、M値とA値はそれぞれ以下のような意味を持ちます。 M値（対数変動）：2標本の変数のログ比…
マーケティングリサーチとビジネスコンサルティングのブログへようこそ..！•1ヶ月前
バイオインフォマティクス サービス 市場分析 バイオインフォマティクス サービス市場は、2023年に35.3億米ドルの市場価値から、2033年までに151.7億米ドルに達すると推定され、2023－2033年の予測期間中に15.7％のCAGRで成長すると予想されています。 さまざまな業界でのバイオインフォマティクスのアプリケーションの増加、バイオインフォマティクス プロジェクトのアウトソーシングの増加につながる熟練したバイオインフォマティクスの専門家の不足、バイオインフォマティクス サービスに対する官民セクターの資金調達の増加などの要因が、この市場の成長を促進すると予想されます。 ただし、バイオ…
市場概要 血液学分析装置および試薬市場は、2029年までに88億米ドルの収益を生み出し、2024年の収益は66億米ドルで、年平均成長率は6.1%を記録すると予測されています。予測期間中、市場の成長は、フローサイトメトリーと血液学分析装置の統合、血液疾患の発生率の増加、技術進歩の高まりに起因しています。しかし、新興国では血液学分析装置のコストが高く、高度な血液学機器の導入が遅れていることに加え、熟練した専門家が不足していることが、この市場の成長をある程度抑制すると予想されます。用途別では、出血性疾患の症例数の増加、認知度の向上、出血性疾患のスクリーニングにより、出血性疾患分野が大きなシェアを占…
子作りの生物学的リミットとはについて 子作りの生物学的リミットとは 子作りは人間の生命活動において重要な側面であり、個々の生物学的特性や環境要因によって大きく影響を受けます。生殖に関する生物学的リミットを理解することは、家族計画や生殖健康、さらには人類の未来に対する理解を深める上で不可欠です。本稿では、子作りに影響を与える生物学的要因、年齢、遺伝、環境要因などについて考察し、現代社会におけるその意義を探ります。 https://mindmeister.jp/posts/selfish-genes 目次 1. 生殖の基本概念 - 1.1 生殖の定義 - 1.2 生殖の種類 2. 生物学的リミット…
なーんか、世間ではレプレプうるさいですね。読者のみなさんは反ワクとかに惑わされないよう……IQ800の私の「見立て」「思考」を得て巻き込まれないようにしてください。 とりあえず、問題にならないレベルに公然の情報をもとに思考をしていきましょう。 ■簡単にウイルスのこと理解できる基本の話しておくね 私はＳＡＲＳの時に「分子生物学」「ウイルス学」など詰めて勉強して自分でNCBIのウイルスのＤＮＡ分析も相同性探索ツールまでプログラミングしてやったので……ウイルスについては「ＤＮＡレベル」での分析や思考をすることができます。 ちなみに、ウイルス感染症について「メカニズム」「病理」「体内での挙動」を理解し…
2024/09/06 追記 ゲノム配列決定は生物学者にとって日常的な作業となったが、遺伝子構造アノテーションの課題は依然として残っており、正確なゲノム・遺伝子研究を妨げている。SynGAPは、遺伝子のシンテニー情報を利用して、ゲノムの遺伝子構造アノテーションを正確かつ自動的に研磨するバイオインフォマティクスツールキットである。SynGAPは、遺伝子構造アノテーションの質の向上と、生物種間の統合的な遺伝子シンテニーのプロファイリングにおいて卓越した機能を提供する。さらに、発現変動インデックスは、系統的に近縁な種で観察される異なる形質の発現に関与する候補遺伝子を探索するための比較トランスクリプトー…