Aibarys Melisbek - Academia.edu (original) (raw)
Uploads
Papers by Aibarys Melisbek
Microbiology resource announcements, Jul 18, 2023
We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome ... more We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) obtained from a patient with symptoms of coronavirus disease 2019 (COVID-19), detected in the Republic of Kazakhstan. According to the Pangolin COVID-19 database, the studied strain, SARS-CoV-2/Human/KAZ/Delta-020/2021, belongs to lineage AY.122 and consists of 29,840 nucleotides.
Experimental Biology, 2020
Распространение вирусов гриппa А (ВГА) в природе нерaзрывно связaно с миграционными перемещениями... more Распространение вирусов гриппa А (ВГА) в природе нерaзрывно связaно с миграционными перемещениями диких птиц, являющимся естественным резервуаром вируса гриппа птиц в природе. В работе представлены данные мониторинга территории республики Казахстан в 2018-2019 гг., в ходе которого была выявлена циркуляция ВГА/ НЗN8 среди популяции диких птиц. Проaнaлизировaны изменения в генетической структуре поверхностных генов, циркулирующих нa территории Республики Кaзaхстaн пяти штаммов ВГА/НЗN8 и определена их филогенетическая принадлежность. Генетические расстояния поверхностных генов ВГА/H3N8, выявленные с помощью программного обеспечения MEGA версии 6.0 показывают, что казахстанские штаммы дистанцируется от Азиатских и Европейских штаммов ВГА/H3N8 и образовывают отдельную ветвь, отличающихся от прототипных штаммов. Возможно, данные казахстанские штаммы являются новыми вариантами ВГА/НЗN8. Пять казахстанских штаммов ВГА/H3N8 и штаммы Евроазиатской генетической ветки также продемонстрировали филогенетическую близость по нуклеотидным последовательностям нейраминидазы. При этом генетическая дистанция между казахстанскими штаммами ВГА/H3N8 и самым близким азиатским штаммом A/duck/ Mongolia/566/2018(H3N8) MK978954 составил D≥0.015. Казахстанские штаммы дистанцируются от европейских штаммов, как A/mallard/Sweden/141811/2013 (H3N8) KT725427 со значением D ≥0.027. Ключевые слова: вирус гриппа, штамм, генетическое разнообразие.
Microbiology Resource Announcements, 2020
We report here the draft genome sequence of the new attenuated strain Neethling-RIBSP of the lump... more We report here the draft genome sequence of the new attenuated strain Neethling-RIBSP of the lumpy skin disease virus, obtained by sequential and alternating passages in cell culture and developing chicken embryos. Genome sequencing allowed the identification of differentiation markers of the new strain.
Experimental Biology, 2020
Молекулярно-генетический анализ генов вирусных изолятов позволит оценить распространение вируса г... more Молекулярно-генетический анализ генов вирусных изолятов позволит оценить распространение вируса гриппа А на территории Республики Казахстан. Контроль за гриппом птиц затруднен из-за высокой изменчивости генома вируса. Рaспространение вирусов гриппа среди диких водоплавающих птиц и мест их обитания представляет собой потенциальную угрозу для здоровья населения. В настоящее время возбудитель гриппа является объектом детального изучения, особенно в плане генетической паспортизации штаммов, используемых для разработки диагностических и профилактических средств. Целью исследования является изучение молекулярно-генетических свойств новых изолятов вируса гриппа птиц субтипа Н3N8, выделенных во время мониторинга гриппа птиц в северных регионах Казахстана. При выполнении исследований были использованы современные методы молекулярной биологии и генной инженерии. В 2018 году во время вирусологического мониторинга диких птиц в северных регионах Казахстана были выявлены особи, инфицированные вирусом гриппа А. Клоачные смывы двух птиц, в частности широконоски (Anas clypeata) и чирка-трескунка (Anas querquedula), показали положительную реакцию на вирус гриппа типа А субтипа H3N8 методом ПЦР. В результате исследований получены изоляты вируса гриппа А/ широконоска/СКО/20/2018 (H3N8) и А/чирок-трескунок/СКО/45/2018 (H3N8). Показаны результаты определения нуклеотидных последовательностей и филогенетического анализа важных генов новых изолятов А/широконоска/СКО/20/2018 (H3N8) и А/чирок-трескунок/ СКО/45/2018 (H3N8) вируса гриппа птиц. Новые казахстанские изоляты вируса гриппа птиц по составу М-гена наибольшее родство проявляют со штаммами вируса гриппа птиц субтипа H3N8, выделенными в Монголии в 2018 г. Результаты молекулярно-генетического анализа новых изолятов вируса гриппа птиц субтипа Н3N8, выделенных в северных регионах Казахстана, будут использованы в производстве нового поколения вакцин, диагностикумов и разработке мероприятий по улучшению эпизоотической обстановки по гриппу в Республике Казахстан. Ключевые слова: генетический анализ, вирус гриппа птиц, дикие птицы, ПЦР, РНК.
Microbiology Resource Announcements
We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome ... more We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) obtained from a patient with symptoms of coronavirus disease 2019 (COVID-19), detected in the Republic of Kazakhstan. According to the Pangolin COVID-19 database, the studied strain, SARS-CoV-2/Human/KAZ/Delta-020/2021, belongs to lineage AY.122 and consists of 29,840 nucleotides.
Microbiology Resource Announcements
This article describes the results of sequencing and analysis of the entire genome of the SARS-Co... more This article describes the results of sequencing and analysis of the entire genome of the SARS-CoV-2 virus sampled in Kazakhstan in 2021. The whole-genome sequence of the strain was 29,751 bp. According to the results of phylogenetic analysis (according to the Pangolin COVID-19 database), the SARS-CoV-2/human/KAZ/B1.1/2021 strain studied here was assigned to variant B.1.1.
Pathogens
Ticks carry and transmit a wide variety of pathogens (bacteria, viruses and protozoa) that pose a... more Ticks carry and transmit a wide variety of pathogens (bacteria, viruses and protozoa) that pose a threat to humans and animals worldwide. The purpose of this work was to study ticks collected in different regions of Kazakhstan for the carriage of various pathogens. The collected ticks were examined by PCR for the carriage of various pathogens. A total of 3341 tick samples parasitizing three animal species (cattle, sheep and horses) were collected at eight regions of Kazakhstan. Eight tick species were found infesting animals: Dermacentor marginatus (28.08%), Hyalomma asiaticum (21.28%), Hyalomma anatolicum (17.18%), Dermacentor reticulatus (2.01%), Ixodes ricinus (3.35%), Ixodes persulcatus (0.33%), Hyalomma scupense (12.87%) and Hyalomma marginatum (14.90%). Ticks collected from livestock animals were examined for the pathogen spectrum of transmissible infections to determine the degree of their infection. Four pathogen DNAs (lumpy skin disease virus (LSDV), Coxiella burnetti, Teil...
Viruses
Bats carry thousands of viruses from 28 different families. To determine the presence of various ... more Bats carry thousands of viruses from 28 different families. To determine the presence of various pathogens in bat populations in Kazakhstan, 1149 samples (393 oropharyngeal swabs, 349 brain samples, 407 guano) were collected. The samples were collected from four species of bats (Vespertilio murinus, Nyctalus noctula, Myotis blythii, Eptesicus serotinus) in nine regions. The Coronavirus RNA was found in 38 (4.75%) samples, and the rabies virus in 27 (7.74%) samples from bats. Coronaviruses and the rabies virus were found in bats in six out of nine studied areas. The RNAs of SARS-CoV-2, MERS, TBE, CCHF, WNF, influenza A viruses were not detected in the bat samples. The phylogeny of the RdRp gene of 12 samples made it possible to classify them as alphacoronaviruses and divide them into two groups. The main group (n = 11) was closely related to bat coronaviruses from Ghana, Zimbabwe and Kenya. The second group (n = 1) was closely related to viruses previously isolated in the south of Ka...
Microbiology Resource Announcements
Here, we reported the complete coding sequence of the influenza A/equine/Otar/3/2007 (H3N8) equin... more Here, we reported the complete coding sequence of the influenza A/equine/Otar/3/2007 (H3N8) equine virus, first isolated in Kazakhstan in 2007. The hemagglutinin (HA) sequences of the Kazakhstan isolates appeared to be closely related to viruses isolated in early 2000 in Asia. Phylogenetic analysis characterized the Kazakhstan isolates as a member of the Florida sublineage clade 2 by the HA protein sequence.
Microbiology Resource Announcements
This research describes the genome sequence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (S... more This research describes the genome sequence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) obtained from a patient with symptoms of coronavirus disease 2019 (COVID-19) who was infected in the Republic of Kazakhstan. Strain SARS-CoV-2/human/KAZ/Britain/2021 consists of 29,815 nucleotides and belongs to lineage B.1.1.7, according to the Pangolin COVID-19 database.
Microbiology Resource Announcements, 2020
We report the complete coding genome sequence of the influenza A/H3N8 virus, isolated from Anas q... more We report the complete coding genome sequence of the influenza A/H3N8 virus, isolated from Anas querquedula in northern Kazakhstan in 2018. Phylogenetic analysis of the surface antigens of strain A/garganey/North-Kazakhstan/45/2018 showed that its hemagglutinin belonged to the Asian line, while its neuraminidase was assigned to the Eurasian group.
Microbiology resource announcements, Jul 18, 2023
We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome ... more We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) obtained from a patient with symptoms of coronavirus disease 2019 (COVID-19), detected in the Republic of Kazakhstan. According to the Pangolin COVID-19 database, the studied strain, SARS-CoV-2/Human/KAZ/Delta-020/2021, belongs to lineage AY.122 and consists of 29,840 nucleotides.
Experimental Biology, 2020
Распространение вирусов гриппa А (ВГА) в природе нерaзрывно связaно с миграционными перемещениями... more Распространение вирусов гриппa А (ВГА) в природе нерaзрывно связaно с миграционными перемещениями диких птиц, являющимся естественным резервуаром вируса гриппа птиц в природе. В работе представлены данные мониторинга территории республики Казахстан в 2018-2019 гг., в ходе которого была выявлена циркуляция ВГА/ НЗN8 среди популяции диких птиц. Проaнaлизировaны изменения в генетической структуре поверхностных генов, циркулирующих нa территории Республики Кaзaхстaн пяти штаммов ВГА/НЗN8 и определена их филогенетическая принадлежность. Генетические расстояния поверхностных генов ВГА/H3N8, выявленные с помощью программного обеспечения MEGA версии 6.0 показывают, что казахстанские штаммы дистанцируется от Азиатских и Европейских штаммов ВГА/H3N8 и образовывают отдельную ветвь, отличающихся от прототипных штаммов. Возможно, данные казахстанские штаммы являются новыми вариантами ВГА/НЗN8. Пять казахстанских штаммов ВГА/H3N8 и штаммы Евроазиатской генетической ветки также продемонстрировали филогенетическую близость по нуклеотидным последовательностям нейраминидазы. При этом генетическая дистанция между казахстанскими штаммами ВГА/H3N8 и самым близким азиатским штаммом A/duck/ Mongolia/566/2018(H3N8) MK978954 составил D≥0.015. Казахстанские штаммы дистанцируются от европейских штаммов, как A/mallard/Sweden/141811/2013 (H3N8) KT725427 со значением D ≥0.027. Ключевые слова: вирус гриппа, штамм, генетическое разнообразие.
Microbiology Resource Announcements, 2020
We report here the draft genome sequence of the new attenuated strain Neethling-RIBSP of the lump... more We report here the draft genome sequence of the new attenuated strain Neethling-RIBSP of the lumpy skin disease virus, obtained by sequential and alternating passages in cell culture and developing chicken embryos. Genome sequencing allowed the identification of differentiation markers of the new strain.
Experimental Biology, 2020
Молекулярно-генетический анализ генов вирусных изолятов позволит оценить распространение вируса г... more Молекулярно-генетический анализ генов вирусных изолятов позволит оценить распространение вируса гриппа А на территории Республики Казахстан. Контроль за гриппом птиц затруднен из-за высокой изменчивости генома вируса. Рaспространение вирусов гриппа среди диких водоплавающих птиц и мест их обитания представляет собой потенциальную угрозу для здоровья населения. В настоящее время возбудитель гриппа является объектом детального изучения, особенно в плане генетической паспортизации штаммов, используемых для разработки диагностических и профилактических средств. Целью исследования является изучение молекулярно-генетических свойств новых изолятов вируса гриппа птиц субтипа Н3N8, выделенных во время мониторинга гриппа птиц в северных регионах Казахстана. При выполнении исследований были использованы современные методы молекулярной биологии и генной инженерии. В 2018 году во время вирусологического мониторинга диких птиц в северных регионах Казахстана были выявлены особи, инфицированные вирусом гриппа А. Клоачные смывы двух птиц, в частности широконоски (Anas clypeata) и чирка-трескунка (Anas querquedula), показали положительную реакцию на вирус гриппа типа А субтипа H3N8 методом ПЦР. В результате исследований получены изоляты вируса гриппа А/ широконоска/СКО/20/2018 (H3N8) и А/чирок-трескунок/СКО/45/2018 (H3N8). Показаны результаты определения нуклеотидных последовательностей и филогенетического анализа важных генов новых изолятов А/широконоска/СКО/20/2018 (H3N8) и А/чирок-трескунок/ СКО/45/2018 (H3N8) вируса гриппа птиц. Новые казахстанские изоляты вируса гриппа птиц по составу М-гена наибольшее родство проявляют со штаммами вируса гриппа птиц субтипа H3N8, выделенными в Монголии в 2018 г. Результаты молекулярно-генетического анализа новых изолятов вируса гриппа птиц субтипа Н3N8, выделенных в северных регионах Казахстана, будут использованы в производстве нового поколения вакцин, диагностикумов и разработке мероприятий по улучшению эпизоотической обстановки по гриппу в Республике Казахстан. Ключевые слова: генетический анализ, вирус гриппа птиц, дикие птицы, ПЦР, РНК.
Microbiology Resource Announcements
We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome ... more We describe the coding-complete genome sequence of a strain of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) obtained from a patient with symptoms of coronavirus disease 2019 (COVID-19), detected in the Republic of Kazakhstan. According to the Pangolin COVID-19 database, the studied strain, SARS-CoV-2/Human/KAZ/Delta-020/2021, belongs to lineage AY.122 and consists of 29,840 nucleotides.
Microbiology Resource Announcements
This article describes the results of sequencing and analysis of the entire genome of the SARS-Co... more This article describes the results of sequencing and analysis of the entire genome of the SARS-CoV-2 virus sampled in Kazakhstan in 2021. The whole-genome sequence of the strain was 29,751 bp. According to the results of phylogenetic analysis (according to the Pangolin COVID-19 database), the SARS-CoV-2/human/KAZ/B1.1/2021 strain studied here was assigned to variant B.1.1.
Pathogens
Ticks carry and transmit a wide variety of pathogens (bacteria, viruses and protozoa) that pose a... more Ticks carry and transmit a wide variety of pathogens (bacteria, viruses and protozoa) that pose a threat to humans and animals worldwide. The purpose of this work was to study ticks collected in different regions of Kazakhstan for the carriage of various pathogens. The collected ticks were examined by PCR for the carriage of various pathogens. A total of 3341 tick samples parasitizing three animal species (cattle, sheep and horses) were collected at eight regions of Kazakhstan. Eight tick species were found infesting animals: Dermacentor marginatus (28.08%), Hyalomma asiaticum (21.28%), Hyalomma anatolicum (17.18%), Dermacentor reticulatus (2.01%), Ixodes ricinus (3.35%), Ixodes persulcatus (0.33%), Hyalomma scupense (12.87%) and Hyalomma marginatum (14.90%). Ticks collected from livestock animals were examined for the pathogen spectrum of transmissible infections to determine the degree of their infection. Four pathogen DNAs (lumpy skin disease virus (LSDV), Coxiella burnetti, Teil...
Viruses
Bats carry thousands of viruses from 28 different families. To determine the presence of various ... more Bats carry thousands of viruses from 28 different families. To determine the presence of various pathogens in bat populations in Kazakhstan, 1149 samples (393 oropharyngeal swabs, 349 brain samples, 407 guano) were collected. The samples were collected from four species of bats (Vespertilio murinus, Nyctalus noctula, Myotis blythii, Eptesicus serotinus) in nine regions. The Coronavirus RNA was found in 38 (4.75%) samples, and the rabies virus in 27 (7.74%) samples from bats. Coronaviruses and the rabies virus were found in bats in six out of nine studied areas. The RNAs of SARS-CoV-2, MERS, TBE, CCHF, WNF, influenza A viruses were not detected in the bat samples. The phylogeny of the RdRp gene of 12 samples made it possible to classify them as alphacoronaviruses and divide them into two groups. The main group (n = 11) was closely related to bat coronaviruses from Ghana, Zimbabwe and Kenya. The second group (n = 1) was closely related to viruses previously isolated in the south of Ka...
Microbiology Resource Announcements
Here, we reported the complete coding sequence of the influenza A/equine/Otar/3/2007 (H3N8) equin... more Here, we reported the complete coding sequence of the influenza A/equine/Otar/3/2007 (H3N8) equine virus, first isolated in Kazakhstan in 2007. The hemagglutinin (HA) sequences of the Kazakhstan isolates appeared to be closely related to viruses isolated in early 2000 in Asia. Phylogenetic analysis characterized the Kazakhstan isolates as a member of the Florida sublineage clade 2 by the HA protein sequence.
Microbiology Resource Announcements
This research describes the genome sequence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (S... more This research describes the genome sequence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) obtained from a patient with symptoms of coronavirus disease 2019 (COVID-19) who was infected in the Republic of Kazakhstan. Strain SARS-CoV-2/human/KAZ/Britain/2021 consists of 29,815 nucleotides and belongs to lineage B.1.1.7, according to the Pangolin COVID-19 database.
Microbiology Resource Announcements, 2020
We report the complete coding genome sequence of the influenza A/H3N8 virus, isolated from Anas q... more We report the complete coding genome sequence of the influenza A/H3N8 virus, isolated from Anas querquedula in northern Kazakhstan in 2018. Phylogenetic analysis of the surface antigens of strain A/garganey/North-Kazakhstan/45/2018 showed that its hemagglutinin belonged to the Asian line, while its neuraminidase was assigned to the Eurasian group.