Juan Carlos Paniagua - Academia.edu (original) (raw)
Uploads
Papers by Juan Carlos Paniagua
A brief account of the second quantization formalism applied to many-electron systems is presented
Presentation used in a cycle of informative talks about the peculiarities that make quantum mecha... more Presentation used in a cycle of informative talks about the peculiarities that make quantum mechanics a theory with a very controversial interpretation. Some notions on quantum computing are also included. These lectures were given to very diverse audiences, from secondary students to university professors
ChemBioChem, 2020
A methionine chemical shift based order parameter characterizing global protein dynamics.
Aquest llibre pretén aproximar el lector a la informàtica i introduir-lo en un llenguatge de prog... more Aquest llibre pretén aproximar el lector a la informàtica i introduir-lo en un llenguatge de programació d’àmbit cientificotècnic. El text està orientat a no professionals de la informàtica —estudiants, graduats i llicenciats en estudis científics o tècnics (física, química, biologia, geologia, enginyeries, etc.)— que vulguin tenir unes nocions de programació suficients per poder elaborar programes senzills o de dificultat mitjana. L’entorn de treball serà el que proporcionen les distribucions del sistema operatiu GNU/Linux, el qual pot estar instal·lat al disc dur o bé carregar-se des d’un CD autònom (live CD). El llenguatge escollit és el Fortran 77, que és senzill i clar, i està molt estès en el camp de les ciències fisicoquímiques. Els conceptes es presenten de manera esglaonada: d’entrada, s’introdueixen amb l’ajut d’exemples fàcils i, a mesura que s’avança en l’explicació, es tracten aplicacions més complexes. La major part dels exercicis proposats inclouen la solució o bé un conjunt de dades i resultats que permetin verificar el funcionament correcte del programa. L’objectiu és que el profà en la matèria pugui iniciar-se de seguida en la pràctica de la programació i que aconsegueixi un nivell que li permeti abordar sense dificultats la lectura de manuals més complets
Barcelona, 1990 (revisado el 18 de octubre de 2007) PROLOGO Existen textos excelentes sobre quími... more Barcelona, 1990 (revisado el 18 de octubre de 2007) PROLOGO Existen textos excelentes sobre química cuántica que abarcan desde el nivel introductorio, orientado al que se enfrenta por primera vez con la materia, hasta niveles avanzados adecuados para una puesta al día del investigador especializado. No obstante, resulta a veces difícil conectar las herramientas que se utilizan para desarrollar la química cuántica en dichos textos con los principios en los que se basa esta disciplina, tal como se enuncian en la mayor parte de los libros de mecánica cuántica orientados a estudiantes de física. Por ejemplo, el formalismo de matrices de densidad reducidas desarrollado, entre otros autores, por Löwdin y McWeeny está estrechamente emparentado con los operadores de densidad que se utilizan para describir estados mezcla en mecánica estadística cuántica, pero la forma en que suelen introducirse uno y otros no evidencia fácilmente la conexión que existe entre ellos. Esto puede conducir a interpretaciones erróneas, como ocurre con la incorrectamente denominada matriz de densidad de primer orden en una base no ortogonal de orbitales (véase §3.5). Por otra parte, la descripción de estados mezcla mediante operadores de densidad ha cobrado renovado interés como consecuencia de la revolución provocada en la resonancia magnética nuclear por las técnicas multi-impulsionales. En efecto, la explicación de muchas de estas técnicas exige la utilización de aquel formalismo, que no suele incluirse ni en los curricula de las licenciaturas en química ni en los textos de química cuántica de nivel de post-grado. Las consideraciones anteriores nos han llevado a alaborar estos apuntes de introducción a aquella disciplina en los que se incide especialmente en la conexión de las herramientas que necesita el químico cuántico con los principios en los que se fundamenta la mecánica cuántica. Muchos usuarios de la química cuántica opinarán que no se precisa un entendimiento detallado * Este texto está sujeto a una licencia de Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual (by-nc-sa) Creative Commons. Para más información véase http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ i
Yugoslav …, 1983
A localization method in the framework of Ruckel MO theory which relies only on molecular topolog... more A localization method in the framework of Ruckel MO theory which relies only on molecular topology, and which can be regarded to as the topological version of well established localization criteria, has been applied to the series of (n)annulenes. The calculations have been effected for both Ruckel and Mobius topologies, and several aspects of the r esulting localized orbitals (homogeneity, equivalence, continuous degeneracy and localizability of degenerate levels) have been considered. It is thus seen that the parallelism between Ruckel and Mobius systems also holds for their localized molecular orbitals.
Inclou gasos ideals, mescles de gasos, pressió de vapor i una petita incursió en els gasos reals.... more Inclou gasos ideals, mescles de gasos, pressió de vapor i una petita incursió en els gasos reals.Breu recull de les propietats dels gasos amb exercicis
y los demás profesores, ayudantes y becarios que han intervenido en la impartición de las práctic... more y los demás profesores, ayudantes y becarios que han intervenido en la impartición de las prácticas recogidas en este guión aportando sugerencias para mejorar su contenido. Septiembre de 2008 Primera edición: mayo de 2001, basada parcialmente en el guión de pràcticas de la asignatura Introducció a la Química Quàntica editado por primera vez en mayo de 1994 Este documento está sujeto a una licencia de Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual (bync-sa) Creative Commons. Para más información véase http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/es/deed.es_CO.
Ayuda. Buscador. Ver el registro completo y el enlace al documento. Registro completo. Recurso de... more Ayuda. Buscador. Ver el registro completo y el enlace al documento. Registro completo. Recurso de origen, Materials Docents en Xarxa. Identificador, http://hdl.handle.net/2445/9192. Identificador, http://hdl.handle.net/2445/9192. Título, Operador de densidad. ...
Unlike many signaling proteins that function as binary switches between "on and off" st... more Unlike many signaling proteins that function as binary switches between "on and off" states, G protein-coupled receptors (GPCRs) exhibit basal activity that can be increased or decreased by numerous ligands. A given receptor can recognize multiple ligands, allosteric modulators, and transducers to create a complex free energy landscape. Many of the lowest energy states have been captured by static structural techniques while detailing the wells widths, metastable states, and the transition between them, is still in its infancy. Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy can monitor the structure and dynamics of GPCR ensembles across fifteen orders-of-magnitude, but technical challenges have limited its application to super-microsecond timescales. Focusing on a prototypical peptide-binding GPCR, the neurotensin receptor 1 (NTS1), we employed NMR and density functional theory (DFT) to probe global sub-nanosecond motions. The near random coil chemical shifts of the apo rec...
Aquesta presentació fou utilitzada en l'assignatura optativa "Espectroscòpia, fotoquímic... more Aquesta presentació fou utilitzada en l'assignatura optativa "Espectroscòpia, fotoquímica i làsers" del Grau de Química de la Universitat de Barcelona
Introducció a la mecànica quàntica i aplicació d'aquesta a l'estudi de l'estructura m... more Introducció a la mecànica quàntica i aplicació d'aquesta a l'estudi de l'estructura molecular i l'espectroscòpia. L'exposició té un enfocament pedagògic i fa especial èmfasi en la interpretació física de la teoria sense defugir la discussió dels aspectes més difícils
* This document was written for the subject Mathematical Foundations of Quantum Mechanics of the ... more * This document was written for the subject Mathematical Foundations of Quantum Mechanics of the Máster Interuniversitario en Química Teórica y Modelización Computacional. It is published under the Attribution 4.
Basic exercises 7 1. Write a program that asks the user to chose one of these 3 letters: r, p or ... more Basic exercises 7 1. Write a program that asks the user to chose one of these 3 letters: r, p or s. The program must print in the text terminal the chosen letter.
The foundations of non-relativistic quantum mechanics are presented with a focus towards quantum ... more The foundations of non-relativistic quantum mechanics are presented with a focus towards quantum chemistry. Emphasis is placed on the physical interpretation of the mathematical tools, and the peculiarities of quantum theory, such as entanglement. The possibility of choosing different time-evolution pictures and different (discrete or continuous) representations is discussed, as well as the second-quantization formalism. Mixed states and density operators are introduced, which provides insight into the meaning of reduced density matrices. Time evolution is illustrated with a brief discussion of the interaction between matter and electromagnetic radiation. Some solved exercises are included
Amb la col·laboració d’Albert Solé i de Sergi MadurgaPresentació utilitzada en un curs d'intr... more Amb la col·laboració d’Albert Solé i de Sergi MadurgaPresentació utilitzada en un curs d'introducció a la programació en el llenguatge Fortran 77 impartit a la Facultat de Química de la Universitat de Barcelona
A brief account of the second quantization formalism applied to many-electron systems is presented
Presentation used in a cycle of informative talks about the peculiarities that make quantum mecha... more Presentation used in a cycle of informative talks about the peculiarities that make quantum mechanics a theory with a very controversial interpretation. Some notions on quantum computing are also included. These lectures were given to very diverse audiences, from secondary students to university professors
ChemBioChem, 2020
A methionine chemical shift based order parameter characterizing global protein dynamics.
Aquest llibre pretén aproximar el lector a la informàtica i introduir-lo en un llenguatge de prog... more Aquest llibre pretén aproximar el lector a la informàtica i introduir-lo en un llenguatge de programació d’àmbit cientificotècnic. El text està orientat a no professionals de la informàtica —estudiants, graduats i llicenciats en estudis científics o tècnics (física, química, biologia, geologia, enginyeries, etc.)— que vulguin tenir unes nocions de programació suficients per poder elaborar programes senzills o de dificultat mitjana. L’entorn de treball serà el que proporcionen les distribucions del sistema operatiu GNU/Linux, el qual pot estar instal·lat al disc dur o bé carregar-se des d’un CD autònom (live CD). El llenguatge escollit és el Fortran 77, que és senzill i clar, i està molt estès en el camp de les ciències fisicoquímiques. Els conceptes es presenten de manera esglaonada: d’entrada, s’introdueixen amb l’ajut d’exemples fàcils i, a mesura que s’avança en l’explicació, es tracten aplicacions més complexes. La major part dels exercicis proposats inclouen la solució o bé un conjunt de dades i resultats que permetin verificar el funcionament correcte del programa. L’objectiu és que el profà en la matèria pugui iniciar-se de seguida en la pràctica de la programació i que aconsegueixi un nivell que li permeti abordar sense dificultats la lectura de manuals més complets
Barcelona, 1990 (revisado el 18 de octubre de 2007) PROLOGO Existen textos excelentes sobre quími... more Barcelona, 1990 (revisado el 18 de octubre de 2007) PROLOGO Existen textos excelentes sobre química cuántica que abarcan desde el nivel introductorio, orientado al que se enfrenta por primera vez con la materia, hasta niveles avanzados adecuados para una puesta al día del investigador especializado. No obstante, resulta a veces difícil conectar las herramientas que se utilizan para desarrollar la química cuántica en dichos textos con los principios en los que se basa esta disciplina, tal como se enuncian en la mayor parte de los libros de mecánica cuántica orientados a estudiantes de física. Por ejemplo, el formalismo de matrices de densidad reducidas desarrollado, entre otros autores, por Löwdin y McWeeny está estrechamente emparentado con los operadores de densidad que se utilizan para describir estados mezcla en mecánica estadística cuántica, pero la forma en que suelen introducirse uno y otros no evidencia fácilmente la conexión que existe entre ellos. Esto puede conducir a interpretaciones erróneas, como ocurre con la incorrectamente denominada matriz de densidad de primer orden en una base no ortogonal de orbitales (véase §3.5). Por otra parte, la descripción de estados mezcla mediante operadores de densidad ha cobrado renovado interés como consecuencia de la revolución provocada en la resonancia magnética nuclear por las técnicas multi-impulsionales. En efecto, la explicación de muchas de estas técnicas exige la utilización de aquel formalismo, que no suele incluirse ni en los curricula de las licenciaturas en química ni en los textos de química cuántica de nivel de post-grado. Las consideraciones anteriores nos han llevado a alaborar estos apuntes de introducción a aquella disciplina en los que se incide especialmente en la conexión de las herramientas que necesita el químico cuántico con los principios en los que se fundamenta la mecánica cuántica. Muchos usuarios de la química cuántica opinarán que no se precisa un entendimiento detallado * Este texto está sujeto a una licencia de Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual (by-nc-sa) Creative Commons. Para más información véase http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ i
Yugoslav …, 1983
A localization method in the framework of Ruckel MO theory which relies only on molecular topolog... more A localization method in the framework of Ruckel MO theory which relies only on molecular topology, and which can be regarded to as the topological version of well established localization criteria, has been applied to the series of (n)annulenes. The calculations have been effected for both Ruckel and Mobius topologies, and several aspects of the r esulting localized orbitals (homogeneity, equivalence, continuous degeneracy and localizability of degenerate levels) have been considered. It is thus seen that the parallelism between Ruckel and Mobius systems also holds for their localized molecular orbitals.
Inclou gasos ideals, mescles de gasos, pressió de vapor i una petita incursió en els gasos reals.... more Inclou gasos ideals, mescles de gasos, pressió de vapor i una petita incursió en els gasos reals.Breu recull de les propietats dels gasos amb exercicis
y los demás profesores, ayudantes y becarios que han intervenido en la impartición de las práctic... more y los demás profesores, ayudantes y becarios que han intervenido en la impartición de las prácticas recogidas en este guión aportando sugerencias para mejorar su contenido. Septiembre de 2008 Primera edición: mayo de 2001, basada parcialmente en el guión de pràcticas de la asignatura Introducció a la Química Quàntica editado por primera vez en mayo de 1994 Este documento está sujeto a una licencia de Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual (bync-sa) Creative Commons. Para más información véase http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/es/deed.es_CO.
Ayuda. Buscador. Ver el registro completo y el enlace al documento. Registro completo. Recurso de... more Ayuda. Buscador. Ver el registro completo y el enlace al documento. Registro completo. Recurso de origen, Materials Docents en Xarxa. Identificador, http://hdl.handle.net/2445/9192. Identificador, http://hdl.handle.net/2445/9192. Título, Operador de densidad. ...
Unlike many signaling proteins that function as binary switches between "on and off" st... more Unlike many signaling proteins that function as binary switches between "on and off" states, G protein-coupled receptors (GPCRs) exhibit basal activity that can be increased or decreased by numerous ligands. A given receptor can recognize multiple ligands, allosteric modulators, and transducers to create a complex free energy landscape. Many of the lowest energy states have been captured by static structural techniques while detailing the wells widths, metastable states, and the transition between them, is still in its infancy. Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy can monitor the structure and dynamics of GPCR ensembles across fifteen orders-of-magnitude, but technical challenges have limited its application to super-microsecond timescales. Focusing on a prototypical peptide-binding GPCR, the neurotensin receptor 1 (NTS1), we employed NMR and density functional theory (DFT) to probe global sub-nanosecond motions. The near random coil chemical shifts of the apo rec...
Aquesta presentació fou utilitzada en l'assignatura optativa "Espectroscòpia, fotoquímic... more Aquesta presentació fou utilitzada en l'assignatura optativa "Espectroscòpia, fotoquímica i làsers" del Grau de Química de la Universitat de Barcelona
Introducció a la mecànica quàntica i aplicació d'aquesta a l'estudi de l'estructura m... more Introducció a la mecànica quàntica i aplicació d'aquesta a l'estudi de l'estructura molecular i l'espectroscòpia. L'exposició té un enfocament pedagògic i fa especial èmfasi en la interpretació física de la teoria sense defugir la discussió dels aspectes més difícils
* This document was written for the subject Mathematical Foundations of Quantum Mechanics of the ... more * This document was written for the subject Mathematical Foundations of Quantum Mechanics of the Máster Interuniversitario en Química Teórica y Modelización Computacional. It is published under the Attribution 4.
Basic exercises 7 1. Write a program that asks the user to chose one of these 3 letters: r, p or ... more Basic exercises 7 1. Write a program that asks the user to chose one of these 3 letters: r, p or s. The program must print in the text terminal the chosen letter.
The foundations of non-relativistic quantum mechanics are presented with a focus towards quantum ... more The foundations of non-relativistic quantum mechanics are presented with a focus towards quantum chemistry. Emphasis is placed on the physical interpretation of the mathematical tools, and the peculiarities of quantum theory, such as entanglement. The possibility of choosing different time-evolution pictures and different (discrete or continuous) representations is discussed, as well as the second-quantization formalism. Mixed states and density operators are introduced, which provides insight into the meaning of reduced density matrices. Time evolution is illustrated with a brief discussion of the interaction between matter and electromagnetic radiation. Some solved exercises are included
Amb la col·laboració d’Albert Solé i de Sergi MadurgaPresentació utilitzada en un curs d'intr... more Amb la col·laboració d’Albert Solé i de Sergi MadurgaPresentació utilitzada en un curs d'introducció a la programació en el llenguatge Fortran 77 impartit a la Facultat de Química de la Universitat de Barcelona