Clusters of Mycobacterium tuberculosis Genotypes in Odesa Region (original) (raw)
Related papers
Genetic Diversity of Drug Resistant Strains of Mycobacterium Tuberculosis in Omsk Region
Tuberculosis and Lung Diseases, 2017
ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» МЗ РФ, г. Омск, Россия 2 ФГБУ «Научно-исследовательский институт туберкулеза», г. Новосибирск, Россия 3 ФГБУН «Институт химической биологии и фундаментальной медицины» СО РАН, г. Новосибирск, Россия 4 КУЗОО «Клинический противотуберкулезный диспансер», г. Омск, Россия Представлены результаты изучения особенностей эпидемического процесса туберкулезной инфекции в Омской области за 2006-2015 гг. и молекулярно-генетических характеристик штаммов М. tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), циркулирующих в данном регионе. Использованы бактериологические, молекулярно-генетические методы, VNTR-типирование, а также дескриптивные методы эпидемиологического исследования. Показатель распространенности туберкулеза составлял 269,2 на 100 тыс. населения. Наблюдается рост доли бактериовыделителей среди впервые выявленных больных туберкулезом органов дыхания с 39,8 до 53,4%. У 48,0% впервые выявленных больных обнаружена устойчивость возбудителя к противотуберкулезным препаратам. В структуре лекарственной устойчивости МЛУ составляла 57%, увеличилась доля широкой лекарственной устойчивости (ШЛУ) с 2,5 до 7,0%. Распространенность туберкулеза с ШЛУ составила в 2015 г. 8,9 на 100 тыс. населения Омской области.
2013
С помощью MIRU-VNTR типирования по 24 локусам и делеционного анализа по RD105 и RD207 среди тридцати одного изолята выявлены основные генотипы M. tuberculosis в Бурятии. Штаммы семейства Beijing составили 67,4 % и имели разнообразные профили с превалированием в выборке (22,6 %) двух современных эпидемически значимых субтипов Beijing MIT17 и MIT16. Обнаружены штаммы Beijing MIT 642, которые отличались числом повторов в вариабельных локусах, что может отражать более давнюю циркуляцию этих субтипов без формирования у них свойств эпидемически распространяющихся штаммов в современной популяции или имевших эпидемическое значение в прошлом. Так же проявилась неоднородность в ряде локусов среди штаммов, отнесенных к группе LAM, Т и Х, требующая дополнительных исследований. Целью настоящей работы было выявление современных эпидемически значимых генотипов возбудителя туберкулеза, а так же генотипов, имевших эпидемическое значение в прошлом на примере региона с высокими уровнями распространенн...
Phylogeorgaphy of Mycobacterium Tuberculosis in Central and Border Mongolia
Acta Biomedica Scientifica, 2017
Всемирное распространение Mycobacterium tuberculosis и масштабы заболеваемости туберкулёзом обусловливают важность эпидемиологических исследований возбудителя: бактериологических, физиологических, генетических,-и, кроме того, особенностей пространственной структуры групп микроорганизмов, отличающихся по патогенетическому потенциалу и филогенетическим дистанциям. Данная работа посвящена изучению филогеографии эпидемически значимых генетических групп M. tuberculosis, циркулирующих в Монголии-регионе с высокой заболеваемостью туберкулёзом. По результатам исследования 309 штаммов возбудителя методами MIRU-VNTR типирования, LSP-типирования и субтипирования (сравнение результатов с референсными MIRU-VNTR профилями, выявление специфичных SNPs) в качестве доминирующего идентифицирован генотип Beijing (субтип CC4). Для данного генотипа характерна высокая частота кластеризации, что свидетельствует как о его эпидемической опасности, так и об относительно недавнем заносе «успешных» штаммов на территорию Монголии. Выявлена также достаточно однородная структура распределения генотипов и субтипов возбудителя в пределах изучаемого региона, которая отличается от структуры российской популяции M. tuberculosis своим субтипическим составом. Таким образом, в качестве возможного источника распространения штаммов субтипа CC4 генотипа Beijing на территорию Монголии предполагаются соседние Восточно-Азиатские регионы, наиболее вероятно-северные провинции Китая (Внутренняя Монголия) или ближайшие страны Юго-Восточной Азии.
Characteristics of Mycobacterium Tuberculosis Population in Kareliya Republic
Tuberculosis and lung diseases, 2016
'Ф Б У Н « Н И И эпидемиологии и микробиологии им. И астера», са н к т-Иетербург 2Ф ГБУ « Н И И ф тизиопульмонологии» М З Р Ф , Санкт-Иетербург 3Республиканский противотуберкулезны й диспан сер, г. П етрозаводск Цель исследования: генотипирование штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом легких в Республике Карелия с июня 2013 г. по январь 2014 г. Результаты. Сполиготипирование 78 штаммов M. tuberculosis выявило их принадлежность к генетическим семействам Beijing (n = 43), T (n = 11), URAL (n = 10), LAM (n = 8), Haarlem и Х. Восемь из 24 сполиготипов: SIT1 (Beijing); SIT40, SIT52, SIT53 (T); SIT35 и SIT262 (H 3/U RA L); SIT42 (LAM); SIT50 (Haarlem) были представлены двумя штаммами и более. Установлена ассоциация первичной множественной лекарственной устойчивости с генотипом Beijing возбудителя, причем 43,8% штаммов M. tuberculosis данного генотипа принадлежали к эпидемиологически и клинически значимому кластеру В 0 /^4 8. Группа T была представлена только лекарственно-чувствительными штаммами.
Molecular Epidemiology of Tuberculosis Infection in Omsk Region
Epidemiology and Vaccine Prevention, 2016
Relevance. In the Omsk region in 2005-2014 tended to decrease morbidity of tuberculosis infection. However, the dynamics of tuberculosis with multidrug resistance was characterized by a moderate upward trend from 29.6 to 38.3 per 100 thousand population (P ≤ 0.05). Goal. Characteristics of the epidemic process of tuberculosis in the Omsk region for 10 years, molecular genetic features of leading genotypes of M. tuberculosis, circulating in the area to evaluate and select the most effective measures to prevent the spread of multidrug-resistant tuberculosis. Materials and methods. Studied with MIRU-VNTR-typing M. tuberculosis isolates from patients with active pulmonary tuberculosis (n = 100). All patients were inhabitants of Omsk region and treated in health organizations of TB in 2013-2014. Results. 36 genetic types have been identified in the result of typing. The composition of the 10 clusters of various sizes included 74 isolates. For genetic family Beijing treated 77.0% of isolates clustered (OR = 25.7, CI 6.87 ÷ 96.17). Among the unique isolates of M. tuberculosis was dominated by unidentified genotypes, non-family Beijing (OR = 0.11, 95% CI 0,04 ÷ 0,30), as well as rare genotypes Uganda I, Haarlem, S. Frequency clustering in this study was 64%, indicating that a significant proportion of cases of tuberculosis associated with active Mycobacterium tuberculosis transmission. Conclusions. The data obtained are of interest for the evaluation and selection of the most effective measures to prevent the spread of strains of multi-drug resistance in the Omsk region.
Tuberculosis outcomes related to the Mycobacterium tuberculosis genotype
Russian Journal of Infection and Immunity, 2019
Mycobacterium tuberculosis strains of different phylogenetic lineages and genetic families differ in biological properties that determine, to some extent, epidemiological features and clinical manifestation in tuberculosis (TB) patients.The aim of the study was to assess the risk of an adverse outcome of the disease in TB patients caused by various M. tuberculosis genotypes.Materials and methods. A total of 425 patients with respiratory TB were enrolled in this study. They were registered at phthisiatric facilities in the Omsk region from March 2015 to June 2017 period and included: males — 73.1%, mean age 39.9 years, females — 26.9%, mean age 42.0 years. M. tuberculosis culture and drug susceptibility testing and DNA extraction were performed in accordance with standard methods. Strains were assigned to the M. tuberculosis Beijing genotype and its epidemiologically relevant clusters B0/W148 and 94-32 by PCR based detection of specific markers. Non-Beijing strains were subjected to ...
Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology, 2019
Aim. The clinical and epidemiological significance of the Latin American Mediterranean (LAM) genetic family of Mycobacterium tuberculosis determines the importance of the correct detection of LAM strains. In this study, a complex of molecular methods was used to analyze LAM strains in the population of M. tuberculosis in the Omsk region of Western Siberia, which is characterized by a high incidence of drug-resistant tuberculosis. Materials and methods. The collection included 207 strains of M. tuberculosis, isolated in the Omsk region in 2015 — 2016. The strains were subjected to spoligotyping, analysis of LAM-specific SNP Rv0129c 309GA, and whole genome sequencing followed by bioinformatics analysis. Results. A comparison of the obtained CRISPR-spoligotyping profiles with the international SITVIT_WEB database, assigned 11 strains (5.3%) to the LAM genotype. At the same time, based on analysis of phylogenetic SNP in the gene Rv0129c, 30 isolates (14.5%) were assigned to LAM. Whole g...
Bulletin of the Moscow State Regional University (Natural sciences), 2016
Аннотация. В Клинском, Талдомском, Ногинском и Шатурском районах Московской области определен уровень хромосомной изменчивости 8 популяций малярийного комара An. messeae. Показано, что популяции Клинского района значимо отличаются от других популяций по частотам инверсий. В этой популяции выявлена повышенная частота инверсий XL 1 ; 2R 1 и 3R 1. В популяциях Ногинского и Шатурского районов наблюдается высокая частота инверсионных гомо-и гетерозигот XL 00 , XL 01 , 2R 00 , 2R 01 , 3R 00 и 3R 01. Популяция Талдомского района-промежуточная по хромосомному составу и отличается от других популяций по частотам инверсий хромосомы 2R. Рассмотрена сезонная динамика хромосомного состава у An. messeae. Ключевые слова: малярийные комары Anopheles, хромосомный полиморфизм, инверсия (хромосомная), генетика популяций.
Acta Biomedica Scientifica
Background. Epidemiological and epizootological monitoring of natural plague foci requires an integrated approach to solving problems, taking into account the phenotypic and genetic variability of Y. pestis and zoning of natural plague foci. The introduction of a new molecular genetic methodology aimed at studying the genomic polymorphism of the plague pathogen provides reliable results for the differentiation of not only groups, but also individual strains.The aim. To determine the genotypes of the plague microbe from different autonomous foci of the Republic of Kazakhstan.Materials and methods. 105 strains of Y. pestis isolated from various natural plague foci of Kazakhstan in 1951–2015 were studied. The phenotypic properties of the strains were studied using standard microbiological methods. A polymerase chain reaction (PCR) was used to detect fragments of the cafl, pst and YPO2088 genes. Multilocus variable number tandem repeat (VNTR) analysis (MLVA) was performed for 25 VNTR lo...
Tuberculosis Features in Federal Districts of the Russian Federation
Acta biomedica scientifica
Федерацию к государствам со средним уровнем заболеваемости ТБ. В то же время выявлена устойчивая тенденция к снижению основных показателей ТБ. Неравномерное распределение уровней заболеваемости, распространённости и смертности от туберкулёза по отдельным территориям РФ свидетельствует о различных степенях эпидемиологического благополучия по этой инфекции в разных регионах России. К относительно благополучным территориям отнесены Центральный и Северо-Кавказский федеральные округа, а к неблагополучным-Сибирский и Дальневосточный. Исследование движения заболеваемости в направлении Запад-Восток позволило выявить нарастание уровней заболеваемости в этом направлении. Выявленная неблагоприятная тенденция указывает на существование значительного резервуара туберкулёза в азиатской части России. Определена также вероятность связи миграционных обменов приграничных регионов РФ и соседних с ней стран.