* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 23 января 2010. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, откорректировано по состояниюна январь 2010.
Начал профессиональную карьеру в асунсьонской «Олимпии» в 1994 году. Довольно скоро получил вызов из сборной Парагвая и с 1996 года довольно регулярно выступал за национальную команду. После чемпионата мира 2006 года, уже третьего в карьере Канисы, игрок принял решение завершить выступления за сборную, однако в 2007 году принял приглашение вновь назначенного главного тренера сборной аргентинца Херардо Мартино возобновить выступления за «Альбироху», где высоко ценится его универсальность — умение сыграть как в центре обороны, так и в середине поля.
Между тем, на клубном уровне Каниса впервые решил сменить команду лишь в 1999 году. Поиграв 2 сезона за аргентинский «Ланус», он перебрался в Мексику, где успешно выступал за три команды. В 2008 году вернулся в «Олимпию». В 2009 году в очередной раз стал чемпионом Парагвая (Клаусура), однако сделал он это с клубом «Насьональ», который выиграл свой первый трофей за последние 63 года.
С 2010 года выступает за мексиканский клуб «Леон».