Баскетбольную карьеру игрок начинал в молодёжных командах «Кавалас» и «Ивискос». Профессиональная карьера Стратоса Перпероглу началась в 2002 году, когда он начал выступать за греческий «Иллисиакос». В 2004 году перешёл в «Панионис». В 2007 году стал игроком «Панатинаикоса», за который выступает до сих пор.
С «Панатинаикосом» четырежды становился чемпионом Греции (2008, 2009, 2010, 2011), а также трижды выигрывал Кубок Греции (2008, 2009, 2011). Дважды выигрывал Евролигу (2009, 2011), а в 2009 году являлся обладателем всех трёх титулов одновременно.
В 2012 году подписал двухлетний контракт с «Олимпиакосом».
Международная
В составе молодёжной сборной Греции Перпероглу выигрывал бронзу на молодёжном чемпионате Европы 2002 года, а также завоевывал в её составе бронзу на молодёжном чемпионате мира 2003. В 2004 году выступал на чемпионате Европы среди игроков не старше 20 лет. В настоящее время - игрок первой сборной Греции. В составе национальной команды завоевал бронзу на Евробаскете 2009. Также выступал на мировом первенстве 2010 года в Турции.
Личная жизнь
Женат на бывшей баскетболистке Женской НБА Эрин Перпероглу (Буше)[2].
Перпероглу с №5 на футболке на заднем плане
Греция