ChIP-on-chip (original) (raw)
Ein ChIP-on-Chip oder ChIP-Chip (von engl. Chromatin-Immunoprecipitation Chip) ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen. Der ChIP-on-Chip ist eine Kombination aus einer Chromatin-Immunpräzipitation und der Hybridisierung mit einem DNA-Microarray (synonym DNA-Chip). DNA-Protein-Interaktionen kommen bei Bindungssequenzen für Transkriptionsfaktoren, Promotoren, Enhancer, Repressoren, Silencer, Isolatoren sowie bei Bindungssequenzen für die DNA-Replikation vor.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | ChIP-on-chip (تعرف أيضا بChIP-CHIP) هي تكنولوجيا تجمع الترسيب المناعي للكروماتين (‘ChIP’) مع مصفوفة حمض نووي دقيقة(chip). مثل ChIP العادي، تستخدم ChIP-on-chip للبحث في التفاعلات بين البروتينات والحمض النووي في الجسم الحي. فهي تسمح بتحديد هوية تعديلات الهيستون، ومجموع مواقع الارتباط، للبروتينات المرتبطة بالحمض النووي على قواعد الجينوم الواسع. يمكن إجراء تحليل الجينوم الكامل لتحديد أماكن مواقع الارتباط لاي بروتين مهم تقريبا. كما يوحى اسم التقنية، مثل هذه البروتينات بشكل عام هي تلك التي تعمل في سياق الكروماتين. أبرز ممثلي هذه الفئة هم عوامل النسخ والبروتينات المتعلقة بالنسخ، مثل مجمع التعرف على اصل البروتين (ORC)، الهيستونات، المتغيرات الخاصة بهم، وتعديلات الهيستون. هدف ال ChIP-on-chip هو تحديد مواقع الارتباط للبروتين الذي قد تساعد في تحديد العناصر الوظيفية في الجينوم. على سبيل المثال، في حالة عامل النسخ كبروتين مهم، يمكن للمرء تحديد مواقع ربط عامل النسخ في جميع انحاء الجينوم. تسمح البروتينات الأخرى بتحديد مناطق التحفيز، المعززات، المثبطات وعناصر الكتم، العوازل، العناصر الحدودية والتسلسلات التي تتحكم في تضاعف الحمض النووي. إذا كانت الهيستونات محل اهتمام، فمن المعتقد ان توزيع التعديلات وتوطينها قد تقدم رؤى جديدة حول آليات التنظيم. من أحد الاهداف الطويلة الامد الذي كانت للChIP-on-chip مصنوعه لها هو لتأسيس كاتالوج يعرض تفاعلات البروتين المرتبط بالحمض النووي تحت الكثير من الحالات الفسيولوجيه. هذه المعارف في النهاية سوف تساعد في فهم الميكانيكية خلف تنظيم الجين، التكاثر الخلوي وتقدم الأمراض. بالتالي، ChIP-on-chip توفر كلا من القدرة على تكملة معرفتنا عن تزامن الجينوم الذي يكون على درجة النوكليوتيد ومعلومه على درجة عاليه من المعلومات والتنظيم، حيث انها منتشره من قبل البحث على علم التخلق. (ar) Ein ChIP-on-Chip oder ChIP-Chip (von engl. Chromatin-Immunoprecipitation Chip) ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen. Der ChIP-on-Chip ist eine Kombination aus einer Chromatin-Immunpräzipitation und der Hybridisierung mit einem DNA-Microarray (synonym DNA-Chip). DNA-Protein-Interaktionen kommen bei Bindungssequenzen für Transkriptionsfaktoren, Promotoren, Enhancer, Repressoren, Silencer, Isolatoren sowie bei Bindungssequenzen für die DNA-Replikation vor. (de) ChIP-on-chip (also known as ChIP-chip) is a technology that combines chromatin immunoprecipitation ('ChIP') with DNA microarray ("chip"). Like regular ChIP, ChIP-on-chip is used to investigate interactions between proteins and DNA in vivo. Specifically, it allows the identification of the cistrome, the sum of binding sites, for DNA-binding proteins on a genome-wide basis. Whole-genome analysis can be performed to determine the locations of binding sites for almost any protein of interest. As the name of the technique suggests, such proteins are generally those operating in the context of chromatin. The most prominent representatives of this class are transcription factors, replication-related proteins, like origin recognition complex protein (ORC), histones, their variants, and histone modifications. The goal of ChIP-on-chip is to locate protein binding sites that may help identify functional elements in the genome. For example, in the case of a transcription factor as a protein of interest, one can determine its transcription factor binding sites throughout the genome. Other proteins allow the identification of promoter regions, enhancers, repressors and silencing elements, insulators, boundary elements, and sequences that control DNA replication. If histones are subject of interest, it is believed that the distribution of modifications and their localizations may offer new insights into the mechanisms of regulation. One of the long-term goals ChIP-on-chip was designed for is to establish a catalogue of (selected) organisms that lists all protein-DNA interactions under various physiological conditions. This knowledge would ultimately help in the understanding of the machinery behind gene regulation, cell proliferation, and disease progression. Hence, ChIP-on-chip offers both potential to complement our knowledge about the orchestration of the genome on the nucleotide level and information on higher levels of information and regulation as it is propagated by research on epigenetics. (en) In biochimica La ChIP-on-chip (anche detta ChIP-chip) è una tecnica che combina l'immunoprecipitazione della cromatina ("ChIP") con la tecnologia dei microarray ("chip"). Come la classica ChIP, la ChIP-on-chip è usata per ricercare interazioni tra proteine e DNA in vivo. In particolare, permette l'identificazione dei cistroni, insiemi di siti di legame per proteine leganti il DNA. (it) La méthode de Chromatin ImmunoPrecipitation on Chip (abrégée ChIP-on-chip ou ChIP-chip) permet l'étude des protéines interagissant avec la molécule d'ADN. Il s'agit d'une combinaison de la technique de Chromatin Immunoprécipitation avec la méthode des puces à ADN. Elle est en général utilisée pour repérer des sites de fixation de facteurs de transcription. Elle permet donc de localiser ces sites et d'étudier les séquences d'ADN correspondantes. Contrairement aux autres techniques classiques d'étude des interactions protéines - ADN, l'ADN utilisé ici est directement récupéré in vivo. (fr) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/ChIP-on-chip_workflow_overview.svg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://www.ciml.univ-mrs.fr/software/cocas/index.html https://amkor.com/technology/chip-on-chip/ http://www.bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/rMAT.html http://www.genome.gov/10005107 |
| dbo:wikiPageID | 9756354 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 22333 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1123480935 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Enhancer_(genetics) dbr:Epigenetics dbr:Epitope dbr:Algorithm dbr:DNA dbr:DNA_microarray dbr:DNA_replication dbr:In_vitro dbr:In_vivo dbr:Intergenic_region dbr:Polymerase_chain_reaction dbr:Saccharomyces_cerevisiae dbr:Nucleosome dbc:Bioinformatics dbr:Genetic_recombination dbr:Genome dbr:Oligonucleotide dbr:Open_reading_frame dbr:Origin_recognition_complex dbr:Gene_regulation dbr:Cross-link dbr:Antibody dbr:Statistics dbr:Denaturation_(biochemistry) dbr:DamID dbr:Micrococcal_nuclease dbr:Affymetrix dbr:Amkor_Technology dbc:Genomics_techniques dbc:Molecular_biology dbc:Molecular_biology_techniques dbr:File:ChIP-on-chip_dry-lab.png dbr:File:ChIP-on-chip_wet-lab.png dbr:Fluorescence dbr:Formaldehyde dbr:Normalization_(statistics) dbr:Cell_Signaling_Technology dbr:Cell_proliferation dbr:Chromatin dbr:Chromatin_immunoprecipitation dbr:Histone dbr:Histone_code dbr:Transcription_factor dbr:Protein dbr:RNA dbr:Hemagglutinin dbr:Histone_H3 dbr:CDNA dbc:Protein_methods dbc:Microarrays dbr:Binding_site dbr:Yeast dbr:CUT&RUN_sequencing dbr:Cistrome dbr:DNA_hybridization dbr:Budding dbr:ChIP-exo dbr:ChIP_sequencing dbr:Lysis dbr:FLAG-tag dbr:Immunoprecipitation dbr:In_situ dbr:Tiling_array dbr:Sonication dbr:Silencer_(DNA) dbr:Chromatin_insulation dbr:Promoter_(biology) dbr:Protein-DNA_interaction dbr:Ch-IP dbr:ChIP dbr:False-color dbr:Repressors dbr:Abcam_plc dbr:Immunoprecipitate dbr:Expression_profiling dbr:ChIP-grade dbr:File:ChIP-on-chip_workflow_overview.svg dbr:Median_percentile_rank dbr:Single-array_error dbr:Sliding-window |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Cite_journal dbt:Reflist dbt:See_also dbt:Short_description |
| dcterms:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Genomics_techniques dbc:Molecular_biology dbc:Molecular_biology_techniques dbc:Protein_methods dbc:Microarrays |
| gold:hypernym | dbr:Technology |
| rdf:type | owl:Thing dbo:Company yago:WikicatMolecularBiologyTechniques yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:PsychologicalFeature100023100 yago:Technique105665146 yago:WikicatProteinMethods |
| rdfs:comment | Ein ChIP-on-Chip oder ChIP-Chip (von engl. Chromatin-Immunoprecipitation Chip) ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen. Der ChIP-on-Chip ist eine Kombination aus einer Chromatin-Immunpräzipitation und der Hybridisierung mit einem DNA-Microarray (synonym DNA-Chip). DNA-Protein-Interaktionen kommen bei Bindungssequenzen für Transkriptionsfaktoren, Promotoren, Enhancer, Repressoren, Silencer, Isolatoren sowie bei Bindungssequenzen für die DNA-Replikation vor. (de) In biochimica La ChIP-on-chip (anche detta ChIP-chip) è una tecnica che combina l'immunoprecipitazione della cromatina ("ChIP") con la tecnologia dei microarray ("chip"). Come la classica ChIP, la ChIP-on-chip è usata per ricercare interazioni tra proteine e DNA in vivo. In particolare, permette l'identificazione dei cistroni, insiemi di siti di legame per proteine leganti il DNA. (it) La méthode de Chromatin ImmunoPrecipitation on Chip (abrégée ChIP-on-chip ou ChIP-chip) permet l'étude des protéines interagissant avec la molécule d'ADN. Il s'agit d'une combinaison de la technique de Chromatin Immunoprécipitation avec la méthode des puces à ADN. Elle est en général utilisée pour repérer des sites de fixation de facteurs de transcription. Elle permet donc de localiser ces sites et d'étudier les séquences d'ADN correspondantes. Contrairement aux autres techniques classiques d'étude des interactions protéines - ADN, l'ADN utilisé ici est directement récupéré in vivo. (fr) ChIP-on-chip (تعرف أيضا بChIP-CHIP) هي تكنولوجيا تجمع الترسيب المناعي للكروماتين (‘ChIP’) مع مصفوفة حمض نووي دقيقة(chip). مثل ChIP العادي، تستخدم ChIP-on-chip للبحث في التفاعلات بين البروتينات والحمض النووي في الجسم الحي. فهي تسمح بتحديد هوية تعديلات الهيستون، ومجموع مواقع الارتباط، للبروتينات المرتبطة بالحمض النووي على قواعد الجينوم الواسع. يمكن إجراء تحليل الجينوم الكامل لتحديد أماكن مواقع الارتباط لاي بروتين مهم تقريبا. كما يوحى اسم التقنية، مثل هذه البروتينات بشكل عام هي تلك التي تعمل في سياق الكروماتين. أبرز ممثلي هذه الفئة هم عوامل النسخ والبروتينات المتعلقة بالنسخ، مثل مجمع التعرف على اصل البروتين (ORC)، الهيستونات، المتغيرات الخاصة بهم، وتعديلات الهيستون. (ar) ChIP-on-chip (also known as ChIP-chip) is a technology that combines chromatin immunoprecipitation ('ChIP') with DNA microarray ("chip"). Like regular ChIP, ChIP-on-chip is used to investigate interactions between proteins and DNA in vivo. Specifically, it allows the identification of the cistrome, the sum of binding sites, for DNA-binding proteins on a genome-wide basis. Whole-genome analysis can be performed to determine the locations of binding sites for almost any protein of interest. As the name of the technique suggests, such proteins are generally those operating in the context of chromatin. The most prominent representatives of this class are transcription factors, replication-related proteins, like origin recognition complex protein (ORC), histones, their variants, and histone mod (en) |
| rdfs:label | الترسيب المناعي للكروماتين مع مصفوفة حمض نووي دقيقة (ar) ChIP-on-Chip (de) ChIP-on-chip (en) ChIP-on-Chip (fr) ChIP-on-chip (it) |
| rdfs:seeAlso | dbr:DNA_microarray |
| owl:sameAs | freebase:ChIP-on-chip yago-res:ChIP-on-chip wikidata:ChIP-on-chip dbpedia-ar:ChIP-on-chip dbpedia-de:ChIP-on-chip dbpedia-fr:ChIP-on-chip dbpedia-it:ChIP-on-chip https://global.dbpedia.org/id/4wAZp |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:ChIP-on-chip?oldid=1123480935&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/ChIP-on-chip_dry-lab.png wiki-commons:Special:FilePath/ChIP-on-chip_wet-lab.png wiki-commons:Special:FilePath/ChIP-on-chip_workflow_overview.svg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:ChIP-on-chip |
| is dbo:knownFor of | dbr:Michael_P._Snyder |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:ChIP-Chip dbr:ChIP-chip dbr:Chip_on_chip |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Protein_methods dbr:Epigenetics dbr:DNA_adenine_methyltransferase_identification dbr:DNA_methylation dbr:DNA_microarray dbr:Organ-on-a-chip dbr:RNA_immunoprecipitation_chip dbr:Anduril_(workflow_engine) dbr:Computational_epigenetics dbr:Zebrafish dbr:Paired-end_tag dbr:Formaldehyde dbr:Chromatin_immunoprecipitation dbr:Regulator_gene dbr:CUT&RUN_sequencing dbr:CUT&Tag_sequencing dbr:Cistrome dbr:Michael_P._Snyder dbr:ChIL-sequencing dbr:ChIP-exo dbr:ChIP_sequencing dbr:Immunoprecipitation dbr:Tiling_array dbr:ChIP-Chip dbr:ChIP-chip dbr:Chip_on_chip |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:ChIP-on-chip |
