General feature format (original) (raw)
El General Feature Format, abreviat GFF, format de característiques generals en anglès, és un format de fitxer utilitzat per a descriure gens (p. ex., llur ubicació en els cromosomes) i altres característiques de l'ADN, l'ARN o les seqüències de proteïnes. L'extensió de fitxer que s'utilitza habitualment és .gff.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | El General Feature Format, abreviat GFF, format de característiques generals en anglès, és un format de fitxer utilitzat per a descriure gens (p. ex., llur ubicació en els cromosomes) i altres característiques de l'ADN, l'ARN o les seqüències de proteïnes. L'extensió de fitxer que s'utilitza habitualment és .gff. (ca) إن تنسيق السمات العامة (شكل اكتشاف الجينات، نسق المعالم العامة، GFF) هو تنسيق ملف يستخدم لوصف الجينات والميزات الأخرى لتسلسلات الدنا والرنا والبروتين. ملحق اسم الملف المقترن بمثل هذه الملفات هو.GFF ونوع المحتوى المرتبط بهما هو text / gff3 هناك إصداران لتنسيق ملف GFF في الاستخدام العام: * تنسيق عام Feature Format الإصدار 2.2 بشكل خاص في متغير GTF الخاص به * الإصدار العام لتنسيق الميزات الإصدار 3 (مشروع تواجد الوجود المتسلسل) إصدارات GFF : ان GFF الإصدار 2 (إلى جانب متغير GTF الأكثر شيوعًا) عددًا من القصور، ولا سيما أنه لا يمكن إلا أن تمثل التسلسلات الهرمية ميزة من مستويين ووبالتالي لا يمكن التعامل مع التسلسل الهرمي من ثلاثة مستويات من الجين → نسخة → exon. يعالج GFF3 هذا وأوجه القصور الأخرى. على سبيل المثال، يدعم العديد من المستويات الهرمية تعسفيًا، ويعطي معان محددة لعلامات معينة في حقل السمات. الهيكل العام GFF جميع تنسيقات GFF (GFF2 و GFF3 و GTF) هي ملفات مجدولة مع 9 حقول في كل سطر، مفصولة بعلامات تبويب. جميعهم يشاركون نفس البنية للحقول السبعة الأولى، بينما يختلفون في محتوى وشكل الحقل التاسع. (ar) In bioinformatics, the general feature format (gene-finding format, generic feature format, GFF) is a file format used for describing genes and other features of DNA, RNA and protein sequences. (en) Le format d'élément général, general feature format (gene-finding format, generic feature format, GFF) est un format de fichier utilisé pour décrire les gènes et d'autres éléments de séquences d'ADN, d'ARN et de protéines. L'extension de fichier associée à de tels fichiers est .GFF et le type de contenu qui leur est associé est text/gff3 . Il existe deux versions du format de fichier GFF généralement utilisées: * General Feature Format Version 2.2 en particulier dans sa variante GTF * Format d'entité générique version 3 (projet d'ontologie de séquence) Les serveurs qui génèrent ce format: Les clients qui utilisent ce format: (fr) GFF (англ. General Feature Format, GFF) — формат файлов, используемый для хранения разметки генов и других элементов последовательностей ДНК, РНК и белков. Используемое для такого типа файлов расширение обозначается как .GFF. Формат был предложен исследователями из Института Сенгера, его версия GFF2 (старейшая из ныне используемых) вышла в 1998 году. (ru) |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://web.archive.org/web/20090613045440/http:/www.charite.de/bioinf/strap/exampleOutput.html http://3d-alignment.eu/ http://genometools.org/cgi-bin/gff3validator.cgi http://gmod.org/wiki/Gbrowse http://mblab.wustl.edu/GTF22.html http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/ http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml http://gmod.org/wiki/GFF2 http://jbrowse.org https://archive.today/20121211073849/http:/modencode.oicr.on.ca/cgi-bin/validate_gff3_online https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gvf.md https://www.uniprot.org/uniprot/P0A7B8.gff |
| dbo:wikiPageID | 7374160 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 7446 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1069877008 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:DNA dbr:UniProt dbr:Variant_Call_Format dbr:Integrated_Genome_Browser dbr:Sequence_alignment dbc:Bioinformatics dbc:Computer_file_formats dbr:Gene_transfer_format dbr:Gene dbr:Tab_key dbr:The_Arabidopsis_Information_Resource dbr:Augustus dbr:File_format dbr:Protein dbr:RNA dbr:Jalview dbr:Bioinformatics dbr:Tab-separated_values dbr:BED_(file_format) dbr:Sense_(molecular_biology) dbr:Distributed_Annotation_System dbr:ModENCODE dbr:RepeatMasker |
| dbp:developer | Sanger Centre , Sequence Ontology Project (en) |
| dbp:extendedFrom | dbr:Tab-separated_values |
| dbp:genre | dbr:Bioinformatics |
| dbp:name | General feature format (en) |
| dbp:open | yes (en) |
| dbp:text | For features of type "CDS", the phase indicates where the feature begins with reference to the reading frame. The phase is one of the integers 0, 1, or 2, indicating the number of bases that should be removed from the beginning of this feature to reach the first base of the next codon. (en) |
| dbp:url | https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Citation_needed dbt:Code dbt:Infobox_file_format dbt:Quote dbt:Short_description |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Computer_file_formats |
| gold:hypernym | dbr:Format |
| rdf:type | dbo:Software yago:WikicatComputerFileFormats yago:Abstraction100002137 yago:Communication100033020 yago:Format106636806 yago:Information106634376 yago:Message106598915 |
| rdfs:comment | El General Feature Format, abreviat GFF, format de característiques generals en anglès, és un format de fitxer utilitzat per a descriure gens (p. ex., llur ubicació en els cromosomes) i altres característiques de l'ADN, l'ARN o les seqüències de proteïnes. L'extensió de fitxer que s'utilitza habitualment és .gff. (ca) In bioinformatics, the general feature format (gene-finding format, generic feature format, GFF) is a file format used for describing genes and other features of DNA, RNA and protein sequences. (en) GFF (англ. General Feature Format, GFF) — формат файлов, используемый для хранения разметки генов и других элементов последовательностей ДНК, РНК и белков. Используемое для такого типа файлов расширение обозначается как .GFF. Формат был предложен исследователями из Института Сенгера, его версия GFF2 (старейшая из ныне используемых) вышла в 1998 году. (ru) إن تنسيق السمات العامة (شكل اكتشاف الجينات، نسق المعالم العامة، GFF) هو تنسيق ملف يستخدم لوصف الجينات والميزات الأخرى لتسلسلات الدنا والرنا والبروتين. ملحق اسم الملف المقترن بمثل هذه الملفات هو.GFF ونوع المحتوى المرتبط بهما هو text / gff3 هناك إصداران لتنسيق ملف GFF في الاستخدام العام: * تنسيق عام Feature Format الإصدار 2.2 بشكل خاص في متغير GTF الخاص به * الإصدار العام لتنسيق الميزات الإصدار 3 (مشروع تواجد الوجود المتسلسل) إصدارات GFF : الهيكل العام GFF (ar) Le format d'élément général, general feature format (gene-finding format, generic feature format, GFF) est un format de fichier utilisé pour décrire les gènes et d'autres éléments de séquences d'ADN, d'ARN et de protéines. L'extension de fichier associée à de tels fichiers est .GFF et le type de contenu qui leur est associé est text/gff3 . Il existe deux versions du format de fichier GFF généralement utilisées: * General Feature Format Version 2.2 en particulier dans sa variante GTF * Format d'entité générique version 3 (projet d'ontologie de séquence) Les serveurs qui génèrent ce format: (fr) |
| rdfs:label | تنسيق السمات العامة (ar) General Feature Format (ca) General feature format (en) General feature format (fr) GFF (формат файла) (ru) |
| owl:sameAs | freebase:General feature format yago-res:General feature format http://linked-web-apis.fit.cvut.cz/resource/gff_format wikidata:General feature format dbpedia-ar:General feature format dbpedia-ca:General feature format dbpedia-fr:General feature format dbpedia-ru:General feature format https://global.dbpedia.org/id/4kAZd |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:General_feature_format?oldid=1069877008&ns=0 |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:General_feature_format |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:GFF |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:GFF3 |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:List_of_alignment_visualization_software dbr:List_of_file_formats dbr:UniProt dbr:Variant_Call_Format dbr:Integrated_Genome_Browser dbr:InterMine dbr:GFF dbr:Gene_transfer_format dbr:Gene_Disease_Database dbr:UGENE dbr:BED_(file_format) dbr:Transcriptomics_technologies dbr:GFF3 |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:General_feature_format |