Proteogenomics (original) (raw)
Proteogenomics is a field of biological research that utilizes a combination of proteomics, genomics, and transcriptomics to aid in the discovery and identification of peptides. Proteogenomics is used to identify new peptides by comparing MS/MS spectra against a protein database that has been derived from genomic and transcriptomic information. Proteogenomics often refers to studies that use proteomic information, often derived from mass spectrometry, to improve gene annotations. The utilization of both proteomics and genomics data alongside advances in the availability and power of spectrographic and chromatographic technology led to the emergence of proteogenomics as its own field in 2004.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Proteogenomics is a field of biological research that utilizes a combination of proteomics, genomics, and transcriptomics to aid in the discovery and identification of peptides. Proteogenomics is used to identify new peptides by comparing MS/MS spectra against a protein database that has been derived from genomic and transcriptomic information. Proteogenomics often refers to studies that use proteomic information, often derived from mass spectrometry, to improve gene annotations. The utilization of both proteomics and genomics data alongside advances in the availability and power of spectrographic and chromatographic technology led to the emergence of proteogenomics as its own field in 2004. Proteomics deals with proteins in the same way that Genomics studies the genetic code of entire organisms, while Transcriptomics deals with the study of RNA sequencing and transcripts. While all three fields might use forms of mass spectrometry and chromatography to identify and study the functions of DNA, RNA, and proteins, proteomics relies on the assumption that current gene models are correct and that all relevant protein sequences can be found in a reference database such as the Proteomics Identifications Database. Proteogenomics helps eliminate this reliance on existing, limited genetic models by combining datasets from multiple fields in order to produce a database of proteins or genetic markers. In addition, the emergence of novel protein sequences due to mutations often cannot be accounted for in traditional proteomic databases, but can be predicted and studied using a synthesis of genomic and transcriptomic data. The resulting research has applications in improving gene annotations, studying mutations, and understanding the effects of genetic manipulation. More recently, the joint profiling of surface proteins and mRNA transcripts from single cells by methods such as CITE-Seq and ESCAPE has been referred to as single-cell proteogenomics, although the goals of these studies are not related to peptide identification. Since 2019 these methods are more commonly referred to as multimodal omics or multi-omics. (en) Протеогеномика — это область биологических исследований, в которой используется сочетание протеомики, геномики и транскриптомики, с целью обнаружения и идентификации пептидов. Протеогеномика применяется для идентификации новых пептидов путем сравнения спектров (англ. Tandem mass spectrometry) с базой данных белков, которая была получена из геномной и транскриптомной информации. Протеогеномика часто относится к исследованиям, использующим протеомную информацию, полученную, например, методом масс-спектрометрии, для улучшения (англ. DNA annotation). Геномика изучает ДНК и генетический код целых организмов, в то время как транскриптомика имеет дело с последовательностями РНК и транскриптов. Протеомика использует и жидкостную хроматографию для определения и изучения функций белков. Протеомика используется для обнаружения всех белков, в организме, известных как его протеом. Нерешённая проблема протеомики заключается в том, что она основывается на предположении, что современные модели генов верны и что правильные последовательности белка можно найти с помощью базы данных эталонных последовательностей; Однако это не всегда так, поскольку некоторые пептиды не могут быть найдены в базах данных. Кроме того, новые белковые последовательности могут возникать в результате мутаций. Данная проблема может быть решена с использованием протеомных, геномных и транскриптомных данных. Совместное использование методов протеомики и геномики привело к появлению протеогеномики, которая выделилась в самостоятельную область в 2004 году. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Proteogenomics_Image_2.png?width=300 |
| dbo:wikiPageID | 28722065 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 17232 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1116268308 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Mutation dbr:Methylation dbr:Peptide dbr:DNA dbr:DNA_annotation dbr:Mass_spectrometry dbr:Proteomics_Identifications_Database dbr:Proteomics dbr:Signal_peptide dbc:Genomics dbr:Open_reading_frame dbr:Proteolysis dbr:Gene dbr:Genetic_engineering dbr:Genomics dbr:George_Church_(geneticist) dbr:Mutations dbr:Post-translational_modification dbr:Tandem_mass_spectrometry dbc:Proteomics dbc:Mass_spectrometry dbr:Escherichia_coli dbr:Chromatography dbr:Chromosomal_translocation dbr:RNA dbr:Chemotherapy dbr:CITE-Seq dbr:Somatic_(biology) dbr:Methionine dbr:Oncology dbr:Shewanella dbr:Scaffolding_(bioinformatics) dbr:Expressed_sequence_tag dbr:Mycobacterium dbr:Mycoplasma_pneumoniae dbr:Transcriptomics_technologies dbr:Frameshift dbr:Six-frame_translation dbr:Coding_regions dbr:MS/MS dbr:File:How_proteins_are_made_NSF.jpg dbr:File:Proteogenomics_Image_2.png |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Reflist dbt:Genomics |
| dcterms:subject | dbc:Genomics dbc:Proteomics dbc:Mass_spectrometry |
| gold:hypernym | dbr:Field |
| rdfs:comment | Proteogenomics is a field of biological research that utilizes a combination of proteomics, genomics, and transcriptomics to aid in the discovery and identification of peptides. Proteogenomics is used to identify new peptides by comparing MS/MS spectra against a protein database that has been derived from genomic and transcriptomic information. Proteogenomics often refers to studies that use proteomic information, often derived from mass spectrometry, to improve gene annotations. The utilization of both proteomics and genomics data alongside advances in the availability and power of spectrographic and chromatographic technology led to the emergence of proteogenomics as its own field in 2004. (en) Протеогеномика — это область биологических исследований, в которой используется сочетание протеомики, геномики и транскриптомики, с целью обнаружения и идентификации пептидов. Протеогеномика применяется для идентификации новых пептидов путем сравнения спектров (англ. Tandem mass spectrometry) с базой данных белков, которая была получена из геномной и транскриптомной информации. Протеогеномика часто относится к исследованиям, использующим протеомную информацию, полученную, например, методом масс-спектрометрии, для улучшения (англ. DNA annotation). Геномика изучает ДНК и генетический код целых организмов, в то время как транскриптомика имеет дело с последовательностями РНК и транскриптов. Протеомика использует и жидкостную хроматографию для определения и изучения функций белков. Протеомик (ru) |
| rdfs:label | Proteogenomics (en) Протеогеномика (ru) |
| owl:sameAs | freebase:Proteogenomics wikidata:Proteogenomics dbpedia-ru:Proteogenomics https://global.dbpedia.org/id/4tdX4 |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Proteogenomics?oldid=1116268308&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/How_proteins_are_made_NSF.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Proteogenomics_Image_2.png |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Proteogenomics |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Proteogeonomics dbr:Proteogenomic |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:DNA_annotation dbr:Protein_mass_spectrometry dbr:Proteomics dbr:Pseudogene dbr:Overlapping_gene dbr:Proteogeonomics dbr:Omics dbr:Soil_ecology dbr:Micropeptide dbr:Proteogenomic |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Proteogenomics |
