Retrotransposon (original) (raw)

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Retrotranspozon je běžný typ transpozonů, tedy sekvencí DNA přítomných v genomu a schopných se přesouvat z místa na místo. Pro retrotranspozony je typické, že mechanismus jejich šíření je velice podobný životnímu cyklu retrovirů – DNA retrotranspozonů se přepíše do RNA (pomocí RNA polymeráz II či III), načež se tato RNA může opět přepsat reverzní transkripcí do DNA. Retrotranspozony známe z genomu většiny organizmů, včetně kvasinek, octomilky i savců. V lidské DNA tvoří možná kolem 45% celkové sekvence a mají tedy obrovský význam pro pochopení nekódující DNA vůbec.

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dbo:abstract الينقولات الراجعة (وتسمى كذلك ينقولات عبر وسائط رنا) (بالإنجليزية: Retrotransposon )‏ هي عناصر وراثية قادرة على إدراج نفسها في الجينوم وهي مكونات شائعة للدنا لدى العديد من الكائنات حقيقيات النوى. تستخدم تسلسلات الدنا هذه آلية «نسخ ولصق» يتم خلالها ترجمتها أولا إلى جزيئات رنا، ثم تحويلها إلى تسلسل دنا مماثل باستخدام النسخ العكسي وبعدها يتم إدراج هذه التسلسلات في الجينوم في مواقع محددة. تشكل الينقولات الراجعة أحد القسمين الفرعيين من الينقولات، والقسم الآخر هو ينقولات الدنا التي لا تتطلب وسيط رنا. تتواجد الينقولات الراجعة بكثرة عند النبات خاصة؛ أي تمثل فيه النسبة الأكبر من الحمض النووي، فمثلا لدى الذرة 49-78% من جينومه عبارة عن ينقولات راجعة ، جينوم القمح 90% منه عبارة عن تسلسلات متكررة و68% منه عناصر متحركة ، لدى الثدييات نصف الجينوم تقريبا (45-48%) عبارة عن عناصر متحركة أو بقايا عناصر متحركة، وحوالي 42% من الجينوم البشري مكون من الينقولات الراجعة في حين أن 2-3% منه عبارة عن ينقولات دنا (ar) Retrotranspozon je běžný typ transpozonů, tedy sekvencí DNA přítomných v genomu a schopných se přesouvat z místa na místo. Pro retrotranspozony je typické, že mechanismus jejich šíření je velice podobný životnímu cyklu retrovirů – DNA retrotranspozonů se přepíše do RNA (pomocí RNA polymeráz II či III), načež se tato RNA může opět přepsat reverzní transkripcí do DNA. Retrotranspozony známe z genomu většiny organizmů, včetně kvasinek, octomilky i savců. V lidské DNA tvoří možná kolem 45% celkové sekvence a mají tedy obrovský význam pro pochopení nekódující DNA vůbec. (cs) Mit dem Begriff Retrotransposon wird eine Klasse der transponierbaren DNA-Sequenzen bezeichnet. Diese trägt ihren Namen aufgrund der strukturellen Ähnlichkeit mit Retroviren. Retrotransposons verwenden RNA als mobile Zwischenstufe. Sie werden in Abgrenzung zu DNA-Transposons (Klasse II) auch als Klasse I Transposons bezeichnet. Die Untergruppe der LTR-Retrotransposons weist innerhalb der Retrotransposons die größte strukturelle Ähnlichkeit mit Retroviren auf. Vollständige LTR-Retrotransposons enthalten mehrere Abschnitte Protein-codierender DNA, die für den Transpositionsprozess benötigt wird: eine Protease, eine reverse Transkriptase, eine Ribonuklease, eine Integrase. Weiterhin bestehen vollständige LTR-Retrotransposons aus zwei terminalen LTRs (d. h. long terminal repeats). Eine Sonderform stellen Solo-LTRs dar, bei denen nach Deletion durch Homologe Rekombination nur noch ein einzelner LTR-Abschnitt im Genom vorhanden ist. Stark degenerierte Transposons haben in der Regel die Fähigkeit zur autonomen Transposition verloren. (de) Los retrotransposones (también llamados transposones a través de productos intermedios de ARN) son elementos genéticos que se pueden amplificar a sí mismos en un genoma y son ubicuos componentes del ADN de muchos organismos eucariotas. Según los análisis filogenéticos los retrotransposones se originaron de los intrones del grupo II procariotas después del momento que darían origen a los eucariotas. Ellos son una subclase de transposón, y son particularmente abundantes en las plantas, donde a menudo son un componente principal de ADN nuclear. En las plantas: en el maíz, 49-78% del genoma se compone de retrotransposones.​ En el trigo, aproximadamente el 90% del genoma consiste en secuencias repetidas y el 68% de elementos transponibles.​ En los animales: en mamíferos, casi la mitad del genoma (del 45% al 48%) comprende transposones o restos de transposones. Alrededor de 42% del genoma humano está compuesto de retrotransposones, mientras que los transposones de ADN representan aproximadamente el 2-3%.​ Hay dos tipos principales de retrotransposón, LTR y no LTR. Los retrotransposones se clasifican según la secuencia y el método de transposición. La mayoría de los retrotransposones en el genoma del maíz son LTR, mientras que en los humanos en su mayoría no son LTR. Los retrotransposones (principalmente del tipo LTR) se pueden pasar a la próxima generación de una especie huésped a través de la línea germinal. El otro tipo de transposón es el transposón de ADN. Los transposones de ADN se insertan en diferentes ubicaciones genómicas sin copiarse, lo que puede causar mutaciones dañinas (ver transferencia horizontal de genes). Por lo tanto, los retrotransposones pueden considerarse replicativos, mientras que los transposones de ADN no son replicativos. Debido a su naturaleza replicativa, los retrotransposones pueden aumentar el tamaño del genoma eucariota rápidamente y sobrevivir en genomas eucariotas de forma permanente. Se cree que permanecer en genomas eucariotas durante períodos tan largos dio lugar a métodos de inserción especiales que no afectan drásticamente la función del gen eucariota. (es) Les rétrotransposons appartiennent à la grande famille des éléments transposables (éléments de Classe I à intermédiaire ARN). Ils correspondent à des séquences d'ADN endogènes capables de se déplacer et surtout de se multiplier dans le génome de l'hôte, donnant naissance à des séquences répétées dispersées. Ils se différencient des transposons (Classe II des éléments transposables) par leur intermédiaire à ARN (et non ADN). Le préfixe rétro- vient du fait que les rétrotransposons vont « à l'inverse » du dogme central de l'ADN, car leur ARN est « rétro »-transcrit en ADN. Certains d'entre eux, les rétrotransposons à LTR (long terminal repeat sequence), sont apparentés aux rétrovirus, mais sans toutefois être infectieux. (fr) Retrotransposons (also called Class I transposable elements or transposons via RNA intermediates) are a type of genetic component that copy and paste themselves into different genomic locations (transposon) by converting RNA back into DNA through the reverse transcription process using an RNA transposition intermediate. Through reverse transcription, retrotransposons amplify themselves quickly to become abundant in eukaryotic genomes such as maize (49–78%) and humans (42%). They are only present in eukaryotes but share features with retroviruses such as HIV, for example, discontinuous reverse transcriptase-mediated extrachromosomal recombination. These retrotransposons are regulated by a family of short non-coding RNAs termed as PIWI [P-element induced wimpy testis]-interacting RNAs (piRNAs). piRNA is a recently discovered class of ncRNAs, which are in the length range of ~24-32 nucleotides. Initially, piRNAs were described as repeat-associated siRNAs (rasiRNAs) because of their origin from the repetitive elements such as transposable sequences of the genome. However, later it was identified that they acted via PIWI-protein. In addition to having a role in the suppression of genomic transposons, various roles of piRNAs have been recently reported like regulation of 3’ UTR of protein-coding genes via RNAi, transgenerational epigenetic inheritance to convey a memory of past transposon activity, and RNA-induced epigenetic silencing. There are two main types of retrotransposons, long terminal repeats (LTRs) and non-long terminal repeats (non-LTRs). Retrotransposons are classified based on sequence and method of transposition. Most retrotransposons in the maize genome are LTR, whereas in humans they are mostly non-LTR. Retrotransposons (mostly of the LTR type) can be passed onto the next generation of a host species through the germline. The other type of transposon is the DNA transposon. DNA transposons encode a transposase which, when translated, catalyses the excision of the transposase gene and its flanking region and its insertion into a different genomic location: a 'jumping' DNA element. Hence retrotransposons can be thought of as replicative, whereas DNA transposons are non-replicative. Due to their replicative nature, retrotransposons can increase eukaryotic genome size quickly and survive in eukaryotic genomes permanently. It is thought that staying in eukaryotic genomes for such long periods gave rise to special insertion methods that do not affect eukaryotic gene function drastically. (en) レトロトランスポゾン (Retrotransposon) は、トランスポゾンつまり「可動遺伝因子」の一種であり、多くの真核生物組織のゲノム内に普遍的に存在する。レトロトランスポゾンは、自分自身を RNA に複写した後、逆転写酵素によって DNA に複写し返されることで移動、つまり「転移」する。DNA 型トランスポゾン（狭義のトランスポゾン）が転移する場合と異なり、レトロトランスポゾンの転移では、DNA 配列の複製が起こる。「レトロトランスポゾン」は「レトロポゾン (retroposon)」とも呼ばれる。 レトロトランスポゾンは、植物では特に多く、しばしば核 DNA の主要成分となる。例えば、トウモロコシでは、ゲノムの 80%、コムギでは、ゲノムの 90% がレトロトランスポゾンである。 (ja) 레트로트랜스포존(retrotransposon)은 레트로트랜스포존 DNA의 전사체인 RNA를 매개체로 하여, 유전체 내에서 이동하는 전위인자이다. 트랜스포존의 부분집합이다. 식물에 특히 많으며 종종 DNA에서 중요한 부분을 구성한다. 옥수수에선 게놈의 49-78%가 레트로트랜스포존이다. 밀은 90%가 반복된 시퀀스의 게놈으로 이루어져있고 68%는 전위가능한 엘레먼트다. 포유류에서는 45-48%의 트랜스포존이거나 트랜스포존의 찌꺼기이다. 사람 게놈은 42%정도가 레트로트랜스포존으로 되어있는반면 은 2-3%에 불과하다. (ko) Een retrotransposon is een genetische sequentie die zichzelf in een genoom kan vermeerderen en komt in het DNA van vele eukaryote organismen voor. De aanduiding retro in retrotransposon is gekozen omdat dit een omkering is van het normale procedé, waarbij de DNA-volgorde wordt omgezet in een RNA-volgorde. De structuur van een retrotransposon komt overeen met die van retrovirussen. Bij retrovirale retrotransposons wordt eerst een RNA-transcriptie gemaakt. Bij niet-retrovirale retrotransposons wordt van het transposon een transcript aangemaakt, waarbij het transcript een rechtstreekse (matrijs) is voor het reverse-transcriptase bij de invoeging in het genoom. Retrotransposons gebruiken een kopieer- en plak-mechanisme (reverse-transcriptie), waarbij eerst een RNA getranscribeerd wordt en vervolgens dit RNA omgezet wordt in de DNA-sequentie door gebruik te maken van reverse-transcriptase. Vervolgens wordt deze DNA-sequentie in een specifiek gebied van het genoom opgenomen door middel van het enzym . Retrotransposons komen vooral voor in planten, waar ze vaak een belangrijk deel van het kern-DNA zijn. In mais bijvoorbeeld bestaat 49–78% van het genoom uit retrotransposons. Bij gewone tarwe bestaat ongeveer 90% van het genoom uit repeats (herhalingen), waarvan 68% springende genen zijn. Bij zoogdieren bestaat bijna de helft (45% to 48%) van het genoom uit transposons of overblijfselen van transposons. Ongeveer 40% van het menselijk genoom bestaat uit retrotransposons en 2–3% uit DNA-transposons. Bij de mens zijn enkel nog de niet-virale retrotransposons actief, waarbij deze verantwoordelijk zijn voor 0,2% van de mutaties. (nl) In genetica, si definiscono retrotrasposoni dei frammenti di DNA capaci di trascriversi autonomamente in un intermedio ad RNA e conseguentemente replicarsi in diverse posizioni all'interno del genoma. Sono un tipo particolare di trasposoni e, come questi ultimi, fanno parte di quella classe di elementi genetici chiamati elementi trasponibili. Sono particolarmente abbondanti nelle piante, di cui costituiscono una frazione consistente dell'intero genoma, e nei mammiferi, compresi gli esseri umani. (it) Retrotranspozon – typ transpozonu (transpozon RNA), stanowiący znaczną część genomów organizmów eukariotycznych. Wszystkie retrotranspozony występują w postaci cząsteczki RNA. Retrotranspozony zawierają geny kodujące enzymy niezbędne do przemieszczania się w procesie transpozycji - po wniknięciu do komórki gospodarza (lub po transkrypcji retrotranspozonu zintegrowanego z genomem gospodarza) następuje synteza pierwszej nici DNA przez enzym zwany odwrotną transkryptazą. W ten sposób powstaje pozachromosomowa, dwuniciowa cząsteczka zbudowana z jednej nici RNA i jednej nici DNA. Następnie matrycowa nić RNA jest wytrawiana (przez enzym RNA-zę), a na jej miejsce syntetyzowana jest druga (komplementarna do pierwszej) nić DNA. Taki dwuniciowy DNA zostaje za pomocą enzymu integrazy wstawiony do genomu gospodarza. Istnieją dwa typy retrotranspozonów: * zawierające na obu końcach długie powtórzone sekwencje nukleotydów - LTR (z ang. Long Terminal Repeats); * nieposiadające sekwencji LTR - non-LTR. Przykładem retrotranspozonów zawierających sekwencje LTR należą: retrowirusy (u zwierząt), Ty1-copia oraz Ty3-gypsy. Do retrotranspozonów niezawierających sekwencji LTR zalicza się elementy LINE oraz SINE. (pl) Retrotransposões são elementos genéticos que se podem amplificar a eles próprios num genoma, sendo componentes frequentes em muitos organismos eucariotas. São uma subclasse de transposões. São particularmente abundantes em plantas, onde muitas vezes são o principal componente do ADN nuclear. No milho, 49-78% do genoma é compostos por retrotransposões. No trigo, cerca de 90% é composto por sequências repetitivas e 68% por elementos transponíveis. Nos mamíferos, cerca de metade do genoma (45% a 48%) é composto por transposões ou reminiscentes de transposões. Cerca de 42% do genoma humano é composto de retrotransposões, enquanto que os transposões de ADN perfazem cerca de 2-3%. Isto traduz-se em milhões de elementos, pelo que para gene no genoma humano existe, em média, cerca de 3 retrotransposões. (pt) Ретротранспозоны (мобильные генетические элементы первого типа, или транспозоны, перемещающиеся через РНК-интермедиаты) — это генетические элементы, которые могут самовоспроизводиться в геноме и являются вездесущими компонентами ДНК многих эукариотических организмов. Ретротранспозоны являются подклассом транспозонов. Ретротранспозоны широко распространены у растений, где они часто являются важным компонентом ядерной ДНК. У кукурузы 49-78 % генома состоит из ретротранспозонов, у пшеницы около 90 % генома представлены повторяющими последовательностями, из них 68 % — перемещающимися элементами. У млекопитающих практически половина генома (45-48 %) состоит из транспозонов или остатков транспозонов. Примерно 42 % генома человека состоит из ретротранспозонов, и около 2-3 % — из ДНК-транспозонов. (ru) 反转录转座子（Retrotransposon）是由RNA介导转座的转座子的元件，在结构和复制上与反转录病毒（retrovirus）类似，只是没有病毒感染必需的env基因。它通过转录合成mRNA，再逆转录合成新的元件整合到基因组中完成转座，每转座1次拷贝数就会增加1份，可以增強自己的基因組。因此，它是許多真核生物中数量最大的一类可活动遗传成分。在植物中特别丰富，它们是核DNA的一个主要组成部分。在玉米的基因组49-78％是反转录转座子，而在小麦中包含约90％的基因组重复序列和68％的转座子。在哺乳动物中，几乎有一半的基因组（45％至48％）包含转座子或残余转座子。人类基因组有大约42％反转录转座子，而DNA转座子约占2-3％。 反轉錄轉座子與反座子 (retroposon) 較為相似，然而兩者的主要區別為反轉錄轉座子具有反轉錄酶，而反座子沒有。 (zh)
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Ils se différencient des transposons (Classe II des éléments transposables) par leur intermédiaire à ARN (et non ADN). Le préfixe rétro- vient du fait que les rétrotransposons vont « à l'inverse » du dogme central de l'ADN, car leur ARN est « rétro »-transcrit en ADN. Certains d'entre eux, les rétrotransposons à LTR (long terminal repeat sequence), sont apparentés aux rétrovirus, mais sans toutefois être infectieux. (fr) レトロトランスポゾン (Retrotransposon) は、トランスポゾンつまり「可動遺伝因子」の一種であり、多くの真核生物組織のゲノム内に普遍的に存在する。レトロトランスポゾンは、自分自身を RNA に複写した後、逆転写酵素によって DNA に複写し返されることで移動、つまり「転移」する。DNA 型トランスポゾン（狭義のトランスポゾン）が転移する場合と異なり、レトロトランスポゾンの転移では、DNA 配列の複製が起こる。「レトロトランスポゾン」は「レトロポゾン (retroposon)」とも呼ばれる。 レトロトランスポゾンは、植物では特に多く、しばしば核 DNA の主要成分となる。例えば、トウモロコシでは、ゲノムの 80%、コムギでは、ゲノムの 90% がレトロトランスポゾンである。 (ja) 레트로트랜스포존(retrotransposon)은 레트로트랜스포존 DNA의 전사체인 RNA를 매개체로 하여, 유전체 내에서 이동하는 전위인자이다. 트랜스포존의 부분집합이다. 식물에 특히 많으며 종종 DNA에서 중요한 부분을 구성한다. 옥수수에선 게놈의 49-78%가 레트로트랜스포존이다. 밀은 90%가 반복된 시퀀스의 게놈으로 이루어져있고 68%는 전위가능한 엘레먼트다. 포유류에서는 45-48%의 트랜스포존이거나 트랜스포존의 찌꺼기이다. 사람 게놈은 42%정도가 레트로트랜스포존으로 되어있는반면 은 2-3%에 불과하다. (ko) In genetica, si definiscono retrotrasposoni dei frammenti di DNA capaci di trascriversi autonomamente in un intermedio ad RNA e conseguentemente replicarsi in diverse posizioni all'interno del genoma. Sono un tipo particolare di trasposoni e, come questi ultimi, fanno parte di quella classe di elementi genetici chiamati elementi trasponibili. Sono particolarmente abbondanti nelle piante, di cui costituiscono una frazione consistente dell'intero genoma, e nei mammiferi, compresi gli esseri umani. (it) 反转录转座子（Retrotransposon）是由RNA介导转座的转座子的元件，在结构和复制上与反转录病毒（retrovirus）类似，只是没有病毒感染必需的env基因。它通过转录合成mRNA，再逆转录合成新的元件整合到基因组中完成转座，每转座1次拷贝数就会增加1份，可以增強自己的基因組。因此，它是許多真核生物中数量最大的一类可活动遗传成分。在植物中特别丰富，它们是核DNA的一个主要组成部分。在玉米的基因组49-78％是反转录转座子，而在小麦中包含约90％的基因组重复序列和68％的转座子。在哺乳动物中，几乎有一半的基因组（45％至48％）包含转座子或残余转座子。人类基因组有大约42％反转录转座子，而DNA转座子约占2-3％。 反轉錄轉座子與反座子 (retroposon) 較為相似，然而兩者的主要區別為反轉錄轉座子具有反轉錄酶，而反座子沒有。 (zh) الينقولات الراجعة (وتسمى كذلك ينقولات عبر وسائط رنا) (بالإنجليزية: Retrotransposon )‏ هي عناصر وراثية قادرة على إدراج نفسها في الجينوم وهي مكونات شائعة للدنا لدى العديد من الكائنات حقيقيات النوى. تستخدم تسلسلات الدنا هذه آلية «نسخ ولصق» يتم خلالها ترجمتها أولا إلى جزيئات رنا، ثم تحويلها إلى تسلسل دنا مماثل باستخدام النسخ العكسي وبعدها يتم إدراج هذه التسلسلات في الجينوم في مواقع محددة. تشكل الينقولات الراجعة أحد القسمين الفرعيين من الينقولات، والقسم الآخر هو ينقولات الدنا التي لا تتطلب وسيط رنا. (ar) Mit dem Begriff Retrotransposon wird eine Klasse der transponierbaren DNA-Sequenzen bezeichnet. Diese trägt ihren Namen aufgrund der strukturellen Ähnlichkeit mit Retroviren. Retrotransposons verwenden RNA als mobile Zwischenstufe. Sie werden in Abgrenzung zu DNA-Transposons (Klasse II) auch als Klasse I Transposons bezeichnet. Stark degenerierte Transposons haben in der Regel die Fähigkeit zur autonomen Transposition verloren. (de) Los retrotransposones (también llamados transposones a través de productos intermedios de ARN) son elementos genéticos que se pueden amplificar a sí mismos en un genoma y son ubicuos componentes del ADN de muchos organismos eucariotas. Según los análisis filogenéticos los retrotransposones se originaron de los intrones del grupo II procariotas después del momento que darían origen a los eucariotas. Ellos son una subclase de transposón, y son particularmente abundantes en las plantas, donde a menudo son un componente principal de ADN nuclear. (es) Retrotransposons (also called Class I transposable elements or transposons via RNA intermediates) are a type of genetic component that copy and paste themselves into different genomic locations (transposon) by converting RNA back into DNA through the reverse transcription process using an RNA transposition intermediate. (en) Retrotransposões são elementos genéticos que se podem amplificar a eles próprios num genoma, sendo componentes frequentes em muitos organismos eucariotas. São uma subclasse de transposões. São particularmente abundantes em plantas, onde muitas vezes são o principal componente do ADN nuclear. No milho, 49-78% do genoma é compostos por retrotransposões. No trigo, cerca de 90% é composto por sequências repetitivas e 68% por elementos transponíveis. Nos mamíferos, cerca de metade do genoma (45% a 48%) é composto por transposões ou reminiscentes de transposões. 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(nl) Retrotranspozon – typ transpozonu (transpozon RNA), stanowiący znaczną część genomów organizmów eukariotycznych. Wszystkie retrotranspozony występują w postaci cząsteczki RNA. Retrotranspozony zawierają geny kodujące enzymy niezbędne do przemieszczania się w procesie transpozycji - po wniknięciu do komórki gospodarza (lub po transkrypcji retrotranspozonu zintegrowanego z genomem gospodarza) następuje synteza pierwszej nici DNA przez enzym zwany odwrotną transkryptazą. W ten sposób powstaje pozachromosomowa, dwuniciowa cząsteczka zbudowana z jednej nici RNA i jednej nici DNA. Następnie matrycowa nić RNA jest wytrawiana (przez enzym RNA-zę), a na jej miejsce syntetyzowana jest druga (komplementarna do pierwszej) nić DNA. Taki dwuniciowy DNA zostaje za pomocą enzymu integrazy wstawiony do gen (pl) Ретротранспозоны (мобильные генетические элементы первого типа, или транспозоны, перемещающиеся через РНК-интермедиаты) — это генетические элементы, которые могут самовоспроизводиться в геноме и являются вездесущими компонентами ДНК многих эукариотических организмов. (ru)
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