Structural alignment (original) (raw)
التراصف البنيوي هو أحد أشكال التراصف التسلسلي المعتمد على مقارنة الشكل. هذه التراصفات تحاول أن تؤسس توازنات بين اثنين أو أكثر من البنى البوليمرات استنادا على شكلهم ثلاثي الأبعاد. هذه العمليات تطبق عادة على للبروتينات لكن يمكن استخدامها أيضا لجزيئات الرنا الضخمة. بعكس البنيوي structural superposition البسيط، حيث تقوم تعرف فقط ثمالتين على الأقل، فإن طرق التراصف البنيوي لا تتطلب أي معرفة مسبقة بالمواقع المكافئة. التراصف البنيوي يشكل أداة قيمة لمقارنة البروتينات ذات التشابه التسلسي الضئيل، حيث تكون العلاقات التطورية بين هذه البروتينات غير قابلة للكشف بسهولة عن طريق تقنيات التراصف التسلسلي المعيارية. يمكن أيضا أن تستخدم طرق التراصف البنيوي للتحقق من علاقات تطورية بين البروتنيات التي تتشارك تسلسلات مشتركة ضئيلة جدا. في جميع الأحوال يجب أن نكون حذرين عند استعمال هذه النتائج كإثباتات لأصل تطوري
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Strukturní alignment je způsob porovnávání polymerních struktur na základě jejich tvaru a prostorového rozložení. Kromě určování podobností proteinů nachází využití i při porovnávání molekul RNA. Určení podobnosti proteinů patří mezi důležité faktory správné klasifikace proteinů, ze strukturní podobnosti s ostatními proteiny lze vyvodit informace o evolučním vývoji, nebo biologické funkci, čehož se využívá např. při klasifikaci nově objevených proteinů, u kterých je známa pouze struktura. Pro strukturní alignment není potřeba předem znát informace o společných oblastech proteinů. V případě, že mají proteiny velkou sekvenční podobnost, využívá se spíše sekvenční alignment namísto strukturního. Pro tvorbu alignmentu existují desítky algoritmů, liší se především v reprezentaci terciární struktury a rozdílnému přístupu ke kvantifikaci rozdílů ve struktuře. Optimálním alignmentem nazýváme soustavy souřadnic v prostoru reprezentující porovnávané proteiny, které se překrývají tak, aby mezi nimi byla nejmenší možná odchylka. (cs) التراصف البنيوي هو أحد أشكال التراصف التسلسلي المعتمد على مقارنة الشكل. هذه التراصفات تحاول أن تؤسس توازنات بين اثنين أو أكثر من البنى البوليمرات استنادا على شكلهم ثلاثي الأبعاد. هذه العمليات تطبق عادة على للبروتينات لكن يمكن استخدامها أيضا لجزيئات الرنا الضخمة. بعكس البنيوي structural superposition البسيط، حيث تقوم تعرف فقط ثمالتين على الأقل، فإن طرق التراصف البنيوي لا تتطلب أي معرفة مسبقة بالمواقع المكافئة. التراصف البنيوي يشكل أداة قيمة لمقارنة البروتينات ذات التشابه التسلسي الضئيل، حيث تكون العلاقات التطورية بين هذه البروتينات غير قابلة للكشف بسهولة عن طريق تقنيات التراصف التسلسلي المعيارية. يمكن أيضا أن تستخدم طرق التراصف البنيوي للتحقق من علاقات تطورية بين البروتنيات التي تتشارك تسلسلات مشتركة ضئيلة جدا. في جميع الأحوال يجب أن نكون حذرين عند استعمال هذه النتائج كإثباتات لأصل تطوري مشترك بسبب وجود احتمالية التأثيرات المحيرة convergent evolution الذي يمكن به لعدة تسلسلات الحموض الأمينية لامترابطة (غير ذات قربى) أن تتقارب وتتشابه على أساس مشتركة. التراصفات البنيوية يمكن لها أن تقارن تسلسلين أ, أكثر أو . بسبب كون هذه التراصفات معتمدة على معلومات حول كل التشكيلات ثلاثية الأبعاد للتسلسلات موضع التساؤل، فإن هذه الطريقة يمكن أن تسعمل فقط بناء على تسلسلات تكون فيها البنى التشكيلية معروفة. التشكيلات ثلاثية الأبعاد هذه تعرف عن طريق دراسة البلورات بالأشعة السينية أو NMR spectroscopy. من الممكن غنجاز التراصف البنيوي على بنى يتم إنتاجها عن طريق طرق التنبؤ البنيوي. وبالفعل تطوير هذه الطرق التنبؤية يتطلب غالبا تراصفات بنيوية بين النموذج والبنية المعروفة حقيقة لتقييم نوعية النموذج المنتج. التراصفات البنيوية مفيدة بشكل خاص في تحليل البيانات من علم الجينوم البنيوي أو جهود البروتيوميات، ويمكن استخدامها كنقاط مقارنة لتقييم التراصفات المنتجة عن طريق طرائق المعلوماتية الحيوية تسلسلية الأساس فقط.نتائج التراصفات البنيوية غالبا ما تكون تموضعات فائقة لمجموعات إحداثية ذرية إضافة لمسافات root mean square بين البنى. RMSD لبيتين متراصفتين يدل على مدى التقارب والشبه بينهما. التراصف البنيوي يمكن أن يتعقد بوجود protein domain متعددة ضمن واحد أو أكثر من البنى المدخلة، لأن التغيرات في التوجهات النسبية للنطاقات بين البنيتين ليحدث التراصف يمكن أن يضخم كثيرا ال آر.إم.إس.دي (انحراف مربع المتوسط الجذري). (ar) Un alineamiento estructural es un tipo de alineamiento de secuencias basado en la comparación de la forma. Estos alineamientos intentan establecer equivalencias entre dos o más estructuras de polímeros basándose en su forma y conformación tridimensional. El proceso se aplica normalmente a las estructuras terciarias de las proteínas, pero también puede usarse para largas moléculas de ARN. En contraste a la simple superposición estructural, donde al menos se conocen algunos residuos equivalentes de las dos estructuras, el alineamiento estructural no requiere un conocimiento previo de posiciones equivalentes. Es una valiosa herramienta para la comparación de proteínas con baja similitud entre sus secuencias, en donde las relaciones evolutivas entre proteínas no pueden ser fácilmente detectadas por técnicas estándares de alineamiento de secuencias. El alineamiento estructural puede usarse, por lo tanto, para sugerir relaciones evolutivas entre proteínas que comparten una secuencia común muy corta. Sin embargo, el uso de los resultados como evidencia de un ancestro evolutivo común debe realizarse con cautela dados los posibles efectos de confusión con la evolución convergente, según la cual múltiples secuencias de aminoácidos sin relación filogenética entre sí convergen a una misma estructura terciaria. Los alineamientos estructurales pueden comparar dos o múltiples secuencias. Puesto que estos alineamientos dependen de información sobre todas las conformaciones tridimensionales de las secuencias problema, el método solo puede ser usado sobre secuencias donde estas estructuras sean conocidas. Estas se encuentran normalmente por cristalografía de rayos X o espectroscopia de resonancia magnética nuclear. Es posible realizar un alineamiento estructural sobre estructuras producidas mediante métodos de predicción de estructura. En efecto, la evaluación de tales predicciones requiere a menudo un alineamiento estructural entre el modelo y la estructura real conocida para evaluar la calidad del modelo. Los alineamientos estructurales son especialmente útiles para analizar datos surgidos de los campos de la genómica estructural y de la proteómica, y pueden usarse como puntos de comparación para evaluar alineamientos generados por métodos bioinformáticos basados exclusivamente en secuencias. El resultado de un alineamiento estructural es una superposición de los conjuntos de coordenadas atómicas, así como una distancia media cuadrática mínima (o RMSD, de Root Mean Square Deviation, o ) entre las estructuras básicas de las proteínas superpuestas. La RMSD de estructuras alineadas indica las divergencias entre ellas. El alineamiento estructural puede complicarse por la existencia de múltiples dominios proteicos en el interior de una o más de las estructuras de entrada, ya que cambios en la orientación relativa de los dominios entre dos estructuras a alinear pueden exagerar la RMSD artificialmente. (es) Structural alignment attempts to establish homology between two or more polymer structures based on their shape and three-dimensional conformation. This process is usually applied to protein tertiary structures but can also be used for large RNA molecules. In contrast to simple structural superposition, where at least some equivalent residues of the two structures are known, structural alignment requires no a priori knowledge of equivalent positions. Structural alignment is a valuable tool for the comparison of proteins with low sequence similarity, where evolutionary relationships between proteins cannot be easily detected by standard sequence alignment techniques. Structural alignment can therefore be used to imply evolutionary relationships between proteins that share very little common sequence. However, caution should be used in using the results as evidence for shared evolutionary ancestry because of the possible confounding effects of convergent evolution by which multiple unrelated amino acid sequences converge on a common tertiary structure. Structural alignments can compare two sequences or multiple sequences. Because these alignments rely on information about all the query sequences' three-dimensional conformations, the method can only be used on sequences where these structures are known. These are usually found by X-ray crystallography or NMR spectroscopy. It is possible to perform a structural alignment on structures produced by structure prediction methods. Indeed, evaluating such predictions often requires a structural alignment between the model and the true known structure to assess the model's quality. Structural alignments are especially useful in analyzing data from structural genomics and proteomics efforts, and they can be used as comparison points to evaluate alignments produced by purely sequence-based bioinformatics methods. The outputs of a structural alignment are a superposition of the atomic coordinate sets and a minimal root mean square deviation (RMSD) between the structures. The RMSD of two aligned structures indicates their divergence from one another. Structural alignment can be complicated by the existence of multiple protein domains within one or more of the input structures, because changes in relative orientation of the domains between two structures to be aligned can artificially inflate the RMSD. (en) Um alinhamento estrutural é um tipo de alinhamento de sequências baseado na comparação da forma das moléculas. Estes alinhamentos tentam estabelecer equivalências entre duas ou mais estruturas de polímeros baseando-se na sua forma e . O processo normalmente aplica-se às das proteínas, mas também pode ser usado para longas moléculas de RNA. Ao contrário da sobreposição estrutural simples, onde se conhecem alguns resíduos equivalentes das duas estruturas, o alinhamento estrutural não requer um conhecimento prévio de posições equivalentes. É uma valiosa ferramenta para a comparação de proteínas que têm poucas semelhanças entre as suas sequências, onde as relações evolutivas entre proteínas não podem ser facilmente detectadas por técnicas padrão de alinhamento de seqüências. Portanto, o alinhamento estrutural pode ser utilizado para sugerir relações evolutivas entre proteínas que compartilham uma sequência comum muito curta. Porém, o uso dos resultados como evidência dum antepassado evolutivo comum deve ser feito com cautela, dado os possíveis efeitos da confusão com a evolução convergente, segundo a qual múltiplas sequências de aminoácidos sem relação filogenética entre eles convergem originando uma mesma estrutura terciária. Os alinhamentos estruturais podem comparar duas ou múltiplas sequências. Como estes alinhamentos dependem da informação sobre todas as conformações tridimensionais das sequências do problema, o método só pode ser usado para seqüências onde essas estruturas sejam conhecidas. Estes encontram-se normalmente por cristalografia de raios X ou espectroscopia de ressonância magnética nuclear. É possível realizar um alinhamento estrutural de estruturas produzidas por métodos de . Para a avaliação destas previsões, muitas vezes é necessário fazer um alinhamento estrutural entre o modelo e a estrutura real conhecida para avaliar a qualidade do modelo. Os alinhamentos estruturais são especialmente úteis para analisar dados surgidos dos campos da genómica estrutural e da proteómica, e podem ser utilizados como pontos de comparação para avaliar alinhamentos gerados por métodos bioinformáticos baseados exclusivamente em sequências. O resultado dum alinhamento estrutural é uma superposição dos conjuntos de coordenadas atómicas, e uma distância mínima (ou RMSD, acrónimo de Root Mean Square Deviation, ou ) entre as estruturas básicas das proteínas sobrepostas. A RMSD de estruturas alinhadas indica as divergências entre elas. O alinhamento estrutural pode complicar-se pela existência de múltiplos no interior duma ou mais estruturas de entrada (input), uma vez que alterações na orientação relativa dos domínios entre duas estruturas a alinhar podem exagerar para RMSD artificialmente. (pt) Простра́нственное выра́внивание — способ установления гомологии между двумя или более полимерными структурами на основании их трёхмерной структуры. Этот процесс обычно применяется к третичной структуре белков, но может также использоваться и для больших молекул РНК. В противоположность простому наложению структур, когда известно по крайней мере несколько эквивалентных аминокислотных остатков, пространственное выравнивание не требует никаких предварительных данных, кроме координат атомов. Пространственное выравнивание подходит для сравнения белков с непохожими последовательностями, когда эволюционные отношения не могут быть установлены стандартными методами выравнивания последовательностей, но в этом случае необходимо принимать во внимание влияние конвергентной эволюции. Пространственное выравнивание позволяет сравнивать две и более молекулы, для которых известны трехмерные структуры. Два основных метода их получения — рентгеноструктурный анализ и ЯМР-спектроскопия. Для пространственного выравнивания можно также использовать структуры, полученные методами предсказания структуры белка. Пространственные выравнивания особенно важны для анализа данных, полученных методами структурной геномики и протеомики, они также могут использоваться для оценки выравниваний, полученных путём сравнения последовательностей. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Alignment_of_thioredoxins2.png?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://wishart.biology.ualberta.ca/SuperPose/ http://cl.sdsc.edu/ http://foldalign.kvl.dk/ http://siret.cz/setter/ http://www.rcsb.org/pdb/explore.do%3FstructureId=1XWC http://www.rcsb.org/pdb/explore.do%3FstructureId=3TRX http://proteopedia.org/wiki/index.php/Structural_alignment_tools http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/README.v5.html https://web.archive.org/web/19981203071023/http:/cl.sdsc.edu/ https://web.archive.org/web/20070517161248/http:/www.cathdb.info/latest/index.html http://www.rcsb.org/pdb/workbench/workbench.do |
| dbo:wikiPageID | 474908 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 44465 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1107031349 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:ProBiS dbr:Quaternion dbr:Nucleotide dbr:Hydrogen_bond dbr:CATH dbr:Vector_(geometric) dbr:Information_content dbr:Sequence_alignment dbr:List_of_sequence_alignment_software dbr:Protein_structure_prediction dbr:Proteomics dbr:Pseudoknot dbr:NMR_spectroscopy dbr:Coordinates dbr:Matrix_(mathematics) dbr:Genomics dbr:Monte_Carlo_method dbr:NP-complete dbr:Convergent_evolution dbr:Thermodynamic_free_energy dbr:Plane_(geometry) dbr:Protein_Data_Bank dbr:Macromolecule dbr:Main_diagonal dbr:Protein_superfamily dbr:CASP dbr:Helix_bundle dbr:Families_of_structurally_similar_proteins dbr:Structural_alignment_software dbr:Amino_acid dbr:Dynamic_programming dbr:Evolution dbr:Base_pair dbr:Global_distance_test dbr:Protein_domain dbr:Protein_folding dbr:Protein dbr:RNA dbr:Root_mean_square dbc:Protein_methods dbr:Bioinformatics dbr:Tertiary_structure dbr:Dihedral_angle dbr:Distance_matrix dbr:Polymer dbr:X-ray_crystallography dbr:Sequence_homology dbr:Multiple_sequence_alignment dbr:Structural_Classification_of_Proteins dbr:Noncoding_RNA dbr:Native_contact dbr:Structural_genomics dbr:Side_chain dbr:Peptide_bond dbr:SuperPose dbr:Protein_threading dbr:Base_stacking dbr:Secondary_structure dbr:Rotamer dbr:Circular_Permutation_Proteins dbr:Polynomial-time dbr:Signal_noise dbr:Alpha_carbon dbr:RNA_structure dbr:Beta_carbon dbr:Root_mean_square_deviation_(bioinformatics) dbr:File:Alignment_of_thioredoxins2.png dbr:File:Ssap-vectors.png |
| dbp:date | 1998-12-03 (xsd:date) |
| dbp:url | https://web.archive.org/web/19981203071023/http:/cl.sdsc.edu/ |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Protein_methods dbt:Cite_journal dbt:Col_div dbt:Colend dbt:Expand_section dbt:Good_article dbt:ISBN dbt:Main dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:Webarchive |
| dct:subject | dbc:Protein_methods |
| rdf:type | yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:PsychologicalFeature100023100 yago:WikicatProteinMethods |
| rdfs:comment | التراصف البنيوي هو أحد أشكال التراصف التسلسلي المعتمد على مقارنة الشكل. هذه التراصفات تحاول أن تؤسس توازنات بين اثنين أو أكثر من البنى البوليمرات استنادا على شكلهم ثلاثي الأبعاد. هذه العمليات تطبق عادة على للبروتينات لكن يمكن استخدامها أيضا لجزيئات الرنا الضخمة. بعكس البنيوي structural superposition البسيط، حيث تقوم تعرف فقط ثمالتين على الأقل، فإن طرق التراصف البنيوي لا تتطلب أي معرفة مسبقة بالمواقع المكافئة. التراصف البنيوي يشكل أداة قيمة لمقارنة البروتينات ذات التشابه التسلسي الضئيل، حيث تكون العلاقات التطورية بين هذه البروتينات غير قابلة للكشف بسهولة عن طريق تقنيات التراصف التسلسلي المعيارية. يمكن أيضا أن تستخدم طرق التراصف البنيوي للتحقق من علاقات تطورية بين البروتنيات التي تتشارك تسلسلات مشتركة ضئيلة جدا. في جميع الأحوال يجب أن نكون حذرين عند استعمال هذه النتائج كإثباتات لأصل تطوري (ar) Strukturní alignment je způsob porovnávání polymerních struktur na základě jejich tvaru a prostorového rozložení. Kromě určování podobností proteinů nachází využití i při porovnávání molekul RNA. Určení podobnosti proteinů patří mezi důležité faktory správné klasifikace proteinů, ze strukturní podobnosti s ostatními proteiny lze vyvodit informace o evolučním vývoji, nebo biologické funkci, čehož se využívá např. při klasifikaci nově objevených proteinů, u kterých je známa pouze struktura. Pro strukturní alignment není potřeba předem znát informace o společných oblastech proteinů. V případě, že mají proteiny velkou sekvenční podobnost, využívá se spíše sekvenční alignment namísto strukturního. (cs) Un alineamiento estructural es un tipo de alineamiento de secuencias basado en la comparación de la forma. Estos alineamientos intentan establecer equivalencias entre dos o más estructuras de polímeros basándose en su forma y conformación tridimensional. El proceso se aplica normalmente a las estructuras terciarias de las proteínas, pero también puede usarse para largas moléculas de ARN. En contraste a la simple superposición estructural, donde al menos se conocen algunos residuos equivalentes de las dos estructuras, el alineamiento estructural no requiere un conocimiento previo de posiciones equivalentes. Es una valiosa herramienta para la comparación de proteínas con baja similitud entre sus secuencias, en donde las relaciones evolutivas entre proteínas no pueden ser fácilmente detectada (es) Structural alignment attempts to establish homology between two or more polymer structures based on their shape and three-dimensional conformation. This process is usually applied to protein tertiary structures but can also be used for large RNA molecules. In contrast to simple structural superposition, where at least some equivalent residues of the two structures are known, structural alignment requires no a priori knowledge of equivalent positions. Structural alignment is a valuable tool for the comparison of proteins with low sequence similarity, where evolutionary relationships between proteins cannot be easily detected by standard sequence alignment techniques. Structural alignment can therefore be used to imply evolutionary relationships between proteins that share very little common (en) Um alinhamento estrutural é um tipo de alinhamento de sequências baseado na comparação da forma das moléculas. Estes alinhamentos tentam estabelecer equivalências entre duas ou mais estruturas de polímeros baseando-se na sua forma e . O processo normalmente aplica-se às das proteínas, mas também pode ser usado para longas moléculas de RNA. Ao contrário da sobreposição estrutural simples, onde se conhecem alguns resíduos equivalentes das duas estruturas, o alinhamento estrutural não requer um conhecimento prévio de posições equivalentes. É uma valiosa ferramenta para a comparação de proteínas que têm poucas semelhanças entre as suas sequências, onde as relações evolutivas entre proteínas não podem ser facilmente detectadas por técnicas padrão de alinhamento de seqüências. Portanto, o alinh (pt) Простра́нственное выра́внивание — способ установления гомологии между двумя или более полимерными структурами на основании их трёхмерной структуры. Этот процесс обычно применяется к третичной структуре белков, но может также использоваться и для больших молекул РНК. В противоположность простому наложению структур, когда известно по крайней мере несколько эквивалентных аминокислотных остатков, пространственное выравнивание не требует никаких предварительных данных, кроме координат атомов. (ru) |
| rdfs:label | تراصف بنيوي (ar) Strukturní alignment (cs) Alineamiento estructural (es) Structural alignment (en) Alinhamento estrutural (pt) Пространственное выравнивание (ru) |
| owl:sameAs | freebase:Structural alignment yago-res:Structural alignment wikidata:Structural alignment dbpedia-ar:Structural alignment dbpedia-cs:Structural alignment dbpedia-da:Structural alignment dbpedia-es:Structural alignment dbpedia-fa:Structural alignment dbpedia-gl:Structural alignment dbpedia-pt:Structural alignment dbpedia-ru:Structural alignment dbpedia-sh:Structural alignment dbpedia-sr:Structural alignment https://global.dbpedia.org/id/3p5UN |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Structural_alignment?oldid=1107031349&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Alignment_of_thioredoxins2.png wiki-commons:Special:FilePath/Ssap-vectors.png |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Structural_alignment |
| is dbo:academicDiscipline of | dbr:Christine_Orengo |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:Alignment |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Approximate_algorithms_for_structural_alignment dbr:Protein_structural_alignment dbr:Protein_structural_similarity dbr:Protein_structure_comparison |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Rosetta@home dbr:List_of_alignment_visualization_software dbr:Protein_fragment_library dbr:Biochemistry dbr:Align-m dbr:List_of_sequence_alignment_software dbr:Geometric_hashing dbr:Template_modeling_score dbr:Christine_Orengo dbr:LSm dbr:Top7 dbr:Approximate_algorithms_for_structural_alignment dbr:Fréchet_distance dbr:Protein_superfamily dbr:Structural_alignment_software dbr:Dynamic_programming dbr:Euclidean_distance_matrix dbr:PA_clan_of_proteases dbr:Protein_domain dbr:Biophysics dbr:Homology_modeling dbr:Distance_matrix dbr:Philip_Bourne dbr:Circular_permutation_in_proteins dbr:Alignment dbr:Multiple_sequence_alignment dbr:SSAP dbr:Sabretooth dbr:Sequential_structure_alignment_program dbr:Structural_bioinformatics dbr:R.EcoRII dbr:Structural_Classification_of_Proteins_database dbr:SuperPose dbr:Protein_structural_alignment dbr:Protein_structural_similarity dbr:Protein_structure_comparison |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Structural_alignment |
