Synteny (original) (raw)
La synténie est la présence simultanée sur le même chromosome de deux ou plusieurs loci, indépendamment de leur liaison génétique. La notion de synténie est de plus en plus utilisée pour décrire la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Dans ce cas, la localisation de plusieurs gènes peut être prédite grâce à un modèle de données. Les comparaisons entre espèces phylogénétiquement éloignées révèlent une augmentation de la perte de synténie.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | في علم الوراثة الكلاسيكي , يعرف التصاحب الجيني أو التزامن، على انه التوطين المادي المشترك للمكان الجيني على نفس الكروموسوم داخل الفرد أو الفصيلة. اليوم، علماء الوراثة يشيرون إلى التصاحب الجيني عادة باعتباره التحفظ على كتل النظام داخل مجموعتين من الكروموسومات التي يتم مقارنتها مع بعضها البعض. يرتبط المفهوم الكلاسيكي بالارتباط الجيني من حين فكرة ان إنشاء الروابط بين موقعي كروموسومات يتم من خلال مراقبة ترددات إعادة التركيب أقل من المتوقع بينهما. على النقيض من ذلك، فإن أي مكان على نفس الكروموسوم يعرف بالتصاحب الجيني (التزامن) ، حتى إذا كان لا يمكن تمييز تردد إعادة تركيبه عن الموقع غير المرتبط من خلال التجارب العملية. و بالتالي، من الناحية النظرية، تكون جميع المواقع المرتبطة متزامنة، ولكن ليس كل المواقع المتزامنة مرتبطة بالضرورة. وبالمثل، في علم الجينوم ، فإن الموقع الجيني على الكروموسوم متزامن بغض النظر عما إذا كان يمكن إنشاء هذه العلاقة من خلال طرق تجريبية مثل تسلسل / تجميع الحمض النووي ، أو المشي الجينومي، أو التوطين الجسدي أو رسم «خرائط الهاب». يستخدم طلاب علم الوراثة مصطلح متزامنة لوصف الحالة التي تم فيها تعيين موقعين جينيين للكروموسوم نفسه ولكن لا يزال من الممكن فصلهما بمسافة كبيرة بما فيه الكفاية في وحدات الخريطة التي لم يتم إثبات الارتباط الوراثي فيها. تقدم موسوعة بريتانكا (Britanca) الوصف الأتي للتزامن: لقد أتاح التسلسل الجيني ورسم الخرائط مقارنة بين الهياكل العامة للجينوم للعديد من الأنواع المختلفة. الاستنتاج العام هو أن الكائنات الحية ذات الاختلاف الحديث نسبيًا تُظهر كتلًا متشابهة من الجينات في المواضع النسبية نفسها في الجينوم. تسمى هذه الحالة التزامن، وتُترجم تقريبًا على أنها تمتلك تسلسلات كروموسوم مشتركة. على سبيل المثال، العديد من جينات البشر متزامنة مع جينات الثدييات الأخرى. ليس فقط القرود ولكن أيضًا الأبقار والفئران وما إلى ذلك. يمكن أن توضح دراسة التوافق النشط كيفية قطع الجينوم ولصقه في سياق التطور. (ar) Die Syntänie, seltener Syntenie, abgeleitet vom Griechischen σύν (syn – zusammen) und ταινία (tainíā – Band), ist ein Begriff aus der vergleichenden Genomik und Bioinformatik. Der Begriff wird heute meist für Genloci orthologer Gene verwendet, die bei verschiedenen biologischen Arten auf Chromosomen-Bereichen gemeinsamer evolutionärer Abstammung liegen. Syntänie verrät die Geschichte konstant erfolgreicher Gene. Enthalten Chromosomen verschiedener Arten dieselben orthologen Gene in derselben Anordnung, bedeutet dies, dass die Syntänie durch ihre Entwicklungsgeschichte beibehalten wurde. Solche konservierten Bereiche heißen Syntänie-Blöcke. Anstelle von konservierter Syntänie wird abkürzend oft nur von Syntänie gesprochen. Ursprünglich wurde der Begriff anders definiert und für Gene verwendet, die bei Individuen derselben Art auf demselben Chromosom sitzen, ohne deswegen immer Genkopplung aufzuweisen. Dieser Sprachgebrauch wird in wissenschaftlichen Zeitschriften manchmal noch verwendet. Syntänie-Studien setzen voraus, dass die in Frage stehenden Genome sequenziert und in Datenbanken zugänglich sind. Einen mächtigen Daten-Browser bietet die University of California Santa Cruz, USA. (de) La synténie est la présence simultanée sur le même chromosome de deux ou plusieurs loci, indépendamment de leur liaison génétique. La notion de synténie est de plus en plus utilisée pour décrire la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Dans ce cas, la localisation de plusieurs gènes peut être prédite grâce à un modèle de données. Les comparaisons entre espèces phylogénétiquement éloignées révèlent une augmentation de la perte de synténie. (fr) In genetics, the term synteny refers to two related concepts: * In classical genetics, synteny describes the physical co-localization of genetic loci on the same chromosome within an individual or species. * In current biology, synteny more commonly refers to colinearity, i.e. conservation of blocks of order within two sets of chromosomes that are being compared with each other. These blocks are referred to as syntenic blocks. The Encyclopædia Britannica gives the following description of synteny, using the modern definition: Genomic sequencing and mapping have enabled comparison of the general structures of genomes of many different species. The general finding is that organisms of relatively recent divergence show similar blocks of genes in the same relative positions in the genome. This situation is called synteny, translated roughly as possessing common chromosome sequences. For example, many of the genes of humans are syntenic with those of other mammals—not only apes but also cows, mice, and so on. Study of synteny can show how the genome is cut and pasted in the course of evolution. (en) Per sintenia si intende l'associazione di due o più geni in uno stesso cromosoma. Il primo studioso ad usare il termine sintenia per intendere associazione fu Thomas Hunt Morgan, successivamente a ricerche su Drosophila. Egli incrociò femmine triple-recessive per tre caratteri legati al sesso con maschi wild-type. Alla F1 ottenne femmine wild-type e maschi tripli-mutanti e alla F2 ottenne una preponderanza di combinazioni parentali. Sapendo che i tre caratteri presi in considerazione erano legati al sesso, Morgan ipotizzò che la causa dell'associazione dei tre caratteri nella F2 fosse la loro appartenenza ad uno stesso cromosoma, e fu perciò ancora più interessato a trovare la causa dei fenotipi non parentali nella F2, ovvero la causa della ricombinazione degli alleli nella progenie. (it) Syntenia – występowanie loci co najmniej dwóch genów na jednym chromosomie niezależnie od tego, czy są ze sobą sprzężone (tj. o częstości rekombinacji poniżej 50%) lub rozchodzą się niezależnie, czy też nie. Termin „syntenia” (ang. synteny) został wprowadzony w 1971 roku przez Johna Renwicka. W języku greckim oznacza „ta sama nić” (lub „taśma”). Konieczność jego wprowadzenia wynikła z nowych wówczas metod przy użyciu somatycznych hybryd komórkowych. W genomice pojęcie „syntenia” bywa używane do określenia występowania genów w tej samej kolejności w różnych genomach. Takie zastosowanie jest jednak sprzeczne z oryginalną definicją tego terminu, dlatego terminem bardziej odpowiednim dla genomicznego rozumienia syntenii może być . (pl) Syntenie is het meer dan een maal voorkomen van (groepen van) genen op hetzelfde chromosoom. Syntenische (of syntene) gebieden kunnen ontstaan zijn bij mutaties en bij soortvorming. Bij meer of minder nauw verwante taxa komen overeenkomstige (of homologe) groepen van genen voor op vergelijkbare chromosomen. Deze groepen van genen heten syntene blokken. (nl) Синтения — по изначальному определению, расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме (независимо от того, наблюдается ли у них сцепленное наследование). Сегодня, однако, синтенией обычно называют ситуацию, когда расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме наблюдается в разных наборах хромосом (например, у разных видов). Это явление также называют общей синтенией (англ. shared synteny). Если при этом совпадает и порядок этих локусов в хромосоме, это называется коллинеарностью (collinearity). Слово «синтения» означает «на той же ленте» (др.-греч. σύν, «син» — «наряду с» + ταινία, «тайниа» — «лента». Его предложил Джон Ренвик (John H. Renwick) из в 1971 году. В 1999 году в журнале Nature Genetics вышла заметка, сообщавшая, что термин стали часто употреблять в новом значении и предлагавшая вернуться к оригинальному определению. Классическая концепция связана с генетической связью: связь между двумя локусами, установленная наблюдениями, оказалась ниже, вопреки ожиданиям, частоты рекомбинации между ними. В противоположность этому, любой локус на той же хромосоме обладает определённой синтенией, даже если его частота рекомбинации не может быть отделена от частоты рекомбинации несвязанных локусов в практических экспериментах. Таким образом, в теории, все связанные локусы синтенические, но не все синтенические локусы обязательно связаны. Аналогичным образом, в геноме, генетические локусы на хромосоме синтенически независимы от других, это может быть установлено с помощью экспериментальных методов, таких как секвенирование ДНК/сборки, физической локализации или . Студенты генетики используют термин синтения для описания ситуации, в которой два генетических локуса присвоены одной и той же хромосоме, но разделены достаточно большом расстоянием в масштабе карты и генетическая связь которых не подтверждена. Синтения в народных терминах — обладание общей последовательностью хромосом. Многие человеческие болезни, вызванные генетической предрасположенностью имеют синтении с другими млекопитающими и степень перекрытия указывает, насколько хорошо лечение одного эффективно для другого. Британская энциклопедия дает следующее описание синтении: Секвенирование и картирование генома сделали возможным сравнение общих структур геномов различных видов. Основной вывод заключается в том, что организмы со сравнительно недавним (эволюционным) расхождением обладают схожими (по последовательности) блоками генов обладающими относительно схожими позициями в геноме. Эта ситуация называется синтенией и грубо переводится как обладание общими последовательностями в хромосомах. Например, многие из генов человека являются синтеничными с генами других млекопитающих и не только обезьян, но и коров, мышей, и так далее. Изучение синтении может показать, как геном вырезался и вставлялся в процессе эволюции. Оригинальный текст (англ.)[показатьскрыть] Genomic sequencing and mapping have enabled comparison of the general structures of genomes of many different species. The general finding is that organisms of relatively recent divergence show similar blocks of genes in the same relative positions in the genome. This situation is called synteny, translated roughly as possessing common chromosome sequences. For example, many of the genes of humans are syntenic with those of other mammals—not only apes but also cows, mice, and so on. Study of synteny can show how the genome is cut and pasted in the course of evolution. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Human-mouse_synteny.jpg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ http://cinteny.cchmc.org/ http://www.simplesynteny.com/ https://urgi.versailles.inra.fr/synteny/synteny/viewer.do http://www.jic.ac.uk/staff/graham-moore/cereal_genome_organisation.htm https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/homology/maps/ http://www.sanger.ac.uk/Software/ACT/ |
| dbo:wikiPageID | 1941578 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 14373 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1082538670 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:BLAST dbr:Hyphomicrobiales dbc:Bioinformatics dbr:Genetic_linkage dbr:Genetic_recombination dbr:Genetics dbr:Classical_genetics dbr:Genomics dbr:Brachypodium dbr:Contig dbr:Animal dbr:Body_plan dbr:Comparative_genomics dbr:Locus_(genetics) dbr:Ancient_Greek dbr:DNA_sequencing dbr:Dynamic_programming dbr:Evolution dbr:Chromosome dbr:Happy_mapping dbr:Enterobacteriales dbr:Rice dbr:Ridge_(biology) dbc:Classical_genetics dbr:John_Innes_Centre dbr:Homology_(biology) dbr:Phylogenetic dbr:Hox_gene dbr:Species dbr:Ultra-conserved_element dbr:Neologism dbr:Chromosome_translocation dbr:Trait_(biology) dbr:Genome_walking dbr:File:Genes_hox.jpeg dbr:File:Human-mouse_synteny.jpg |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Blockquote dbt:Reflist dbt:Vanchor |
| dcterms:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Classical_genetics |
| rdfs:comment | La synténie est la présence simultanée sur le même chromosome de deux ou plusieurs loci, indépendamment de leur liaison génétique. La notion de synténie est de plus en plus utilisée pour décrire la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Dans ce cas, la localisation de plusieurs gènes peut être prédite grâce à un modèle de données. Les comparaisons entre espèces phylogénétiquement éloignées révèlent une augmentation de la perte de synténie. (fr) Syntenie is het meer dan een maal voorkomen van (groepen van) genen op hetzelfde chromosoom. Syntenische (of syntene) gebieden kunnen ontstaan zijn bij mutaties en bij soortvorming. Bij meer of minder nauw verwante taxa komen overeenkomstige (of homologe) groepen van genen voor op vergelijkbare chromosomen. Deze groepen van genen heten syntene blokken. (nl) في علم الوراثة الكلاسيكي , يعرف التصاحب الجيني أو التزامن، على انه التوطين المادي المشترك للمكان الجيني على نفس الكروموسوم داخل الفرد أو الفصيلة. اليوم، علماء الوراثة يشيرون إلى التصاحب الجيني عادة باعتباره التحفظ على كتل النظام داخل مجموعتين من الكروموسومات التي يتم مقارنتها مع بعضها البعض. يستخدم طلاب علم الوراثة مصطلح متزامنة لوصف الحالة التي تم فيها تعيين موقعين جينيين للكروموسوم نفسه ولكن لا يزال من الممكن فصلهما بمسافة كبيرة بما فيه الكفاية في وحدات الخريطة التي لم يتم إثبات الارتباط الوراثي فيها. تقدم موسوعة بريتانكا (Britanca) الوصف الأتي للتزامن: (ar) Die Syntänie, seltener Syntenie, abgeleitet vom Griechischen σύν (syn – zusammen) und ταινία (tainíā – Band), ist ein Begriff aus der vergleichenden Genomik und Bioinformatik. Der Begriff wird heute meist für Genloci orthologer Gene verwendet, die bei verschiedenen biologischen Arten auf Chromosomen-Bereichen gemeinsamer evolutionärer Abstammung liegen. Syntänie verrät die Geschichte konstant erfolgreicher Gene. Enthalten Chromosomen verschiedener Arten dieselben orthologen Gene in derselben Anordnung, bedeutet dies, dass die Syntänie durch ihre Entwicklungsgeschichte beibehalten wurde. Solche konservierten Bereiche heißen Syntänie-Blöcke. Anstelle von konservierter Syntänie wird abkürzend oft nur von Syntänie gesprochen. (de) In genetics, the term synteny refers to two related concepts: * In classical genetics, synteny describes the physical co-localization of genetic loci on the same chromosome within an individual or species. * In current biology, synteny more commonly refers to colinearity, i.e. conservation of blocks of order within two sets of chromosomes that are being compared with each other. These blocks are referred to as syntenic blocks. The Encyclopædia Britannica gives the following description of synteny, using the modern definition: (en) Per sintenia si intende l'associazione di due o più geni in uno stesso cromosoma. Il primo studioso ad usare il termine sintenia per intendere associazione fu Thomas Hunt Morgan, successivamente a ricerche su Drosophila. (it) Syntenia – występowanie loci co najmniej dwóch genów na jednym chromosomie niezależnie od tego, czy są ze sobą sprzężone (tj. o częstości rekombinacji poniżej 50%) lub rozchodzą się niezależnie, czy też nie. Termin „syntenia” (ang. synteny) został wprowadzony w 1971 roku przez Johna Renwicka. W języku greckim oznacza „ta sama nić” (lub „taśma”). Konieczność jego wprowadzenia wynikła z nowych wówczas metod przy użyciu somatycznych hybryd komórkowych. (pl) Синтения — по изначальному определению, расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме (независимо от того, наблюдается ли у них сцепленное наследование). Сегодня, однако, синтенией обычно называют ситуацию, когда расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме наблюдается в разных наборах хромосом (например, у разных видов). Это явление также называют общей синтенией (англ. shared synteny). Если при этом совпадает и порядок этих локусов в хромосоме, это называется коллинеарностью (collinearity). Британская энциклопедия дает следующее описание синтении: (ru) |
| rdfs:label | تصاحب جيني (ar) Syntänie (de) Sintenia (it) Synténie (fr) Syntenie (nl) Syntenia (pl) Synteny (en) Синтения (ru) |
| owl:sameAs | freebase:Synteny wikidata:Synteny dbpedia-ar:Synteny dbpedia-de:Synteny dbpedia-fr:Synteny dbpedia-gl:Synteny dbpedia-he:Synteny dbpedia-it:Synteny dbpedia-nl:Synteny dbpedia-pl:Synteny dbpedia-ru:Synteny https://global.dbpedia.org/id/56QEP |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Synteny?oldid=1082538670&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Human-mouse_synteny.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Genes_hox.jpeg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Synteny |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Non-syntenic dbr:Non-syntenic_genes dbr:Non-syntenic_loci dbr:Non-synteny dbr:Non-systenic dbr:Non_syntenic dbr:Macrosynteny dbr:Microsynteny dbr:Syntenic dbr:Syntenic_gene dbr:Syntenic_genes dbr:Syntenic_loci |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Non-syntenic dbr:Non-syntenic_genes dbr:Non-syntenic_loci dbr:Non-synteny dbr:Non-systenic dbr:Non_syntenic dbr:Joseph_Takahashi dbr:DEFB104A dbr:De_novo_gene_birth dbr:Double_Cut_and_Join_Model dbr:Index_of_genetics_articles dbr:Inferring_horizontal_gene_transfer dbr:Johanson–Blizzard_syndrome dbr:Syntelog dbr:Ancestral_reconstruction dbr:Genomic_imprinting dbr:Genomic_evolution_of_birds dbr:Gibbon dbr:Glossary_of_genetics dbr:Glossary_of_genetics_(M−Z) dbr:Archaeal_virus dbr:Bernard_Dujon dbr:Chordate_genomics dbr:Comparative_genomics dbr:Haloquadratum_walsbyi dbr:Horse_genome dbr:Tiger dbr:Jessica_Kissinger dbr:Eremothecium_gossypii dbr:Centimorgan dbr:Chromosome dbr:Chromosome_5 dbr:Graham_Moore_(scientist) dbr:Happy_mapping dbr:List_of_MeSH_codes_(G06) dbr:List_of_MeSH_codes_(G13) dbr:Teleost_leptins dbr:Australian_ghostshark dbr:CYP16_family dbr:CYP26_family dbr:Indian_cobra dbr:Long_non-coding_RNA dbr:Major_urinary_proteins dbr:Ultra-conserved_element dbr:Vitellogenin dbr:Phylogenetic_profiling dbr:Αr45_RNA dbr:TM7x dbr:Mouse_models_of_breast_cancer_metastasis dbr:Physical_mapping dbr:Popgenie dbr:Sequence_graph dbr:Phaseolus_acutifolius dbr:Macrosynteny dbr:Microsynteny dbr:Syntenic dbr:Syntenic_gene dbr:Syntenic_genes dbr:Syntenic_loci |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Synteny |
