* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 10 августа 2012. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Фонсека начинал свою карьеру в клубе «Ребосерос» из города Ла-Пьедад. Через два года он перешёл а клуб «Пумас УНАМ». В 2004 году он помог «пумам» стать чемпионами Мексики, после чего перешёл в «Крус Асуль». После чемпионата мира 2006 года он перешёл в португальскую «Бенфику», однако сыграл за неё только 8 официальных матчей. Зимой 2007 года он перешёл в «УАНЛ Тигрес», а через четыре года — в «Атланте».