* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 18 августа 2012. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, откорректировано по состояниюна 18 августа 2012.
Маркес Луго дебютировал в «УНАМ Пумас» в Апертуре 2000 года, один раз выйдя на замену. В течение следующих двух лет Рафаэль играл редко, в основном выходя на замену. За время проведенное в составе «пум», он сыграл 38 матчей и забил 9 голов. В 2003 году, Маркес Луго переходит в «Хагуарес Чьяпас», но снова не добившись особого успеха, всего 3 гола в 31 матче, перебирается в «Монаркас Морелия». В рядах «персиков», Рафаэль вырастает в настоящего бомбардира. В Клаусуре 2003 он забивает 7 голов в 13 матчах, в Апертуре 2004 отличается 11 раз в 16 играх, а в Клаусуре 2005 добавляет еще 6 мячей. 11 июня 2007 года Маркес Луго вместе с партнером по команде Луисом Габриэлем Рейем, были отданы в аренду в Пачуку, а 11 няваря 2008 года перешел в «Эстудиантос Текос», где провел 13 матчей и забил два гола. По окончании сезона Рей и Маркес Луго были отданы в аренду в «Пуэблу», но тренеру «полосатых» Луису Сола, футболисты оказались не нужны, и Рафаэль отправился в аренду в столичную «Америку». В 2009 году нападающий подписывает соглашение с «Атланте».