anndata.abc.CSCDataset (original) (raw)
-
- anndata.AnnData
* anndata.AnnData.T
* anndata.AnnData.X
* anndata.AnnData.filename
* anndata.AnnData.is_view
* anndata.AnnData.isbacked
* anndata.AnnData.layers
* anndata.AnnData.n_obs
* anndata.AnnData.n_vars
* anndata.AnnData.obs
* anndata.AnnData.obs_names
* anndata.AnnData.obsm
* anndata.AnnData.obsp
* anndata.AnnData.raw
* anndata.AnnData.shape
* anndata.AnnData.uns
* anndata.AnnData.var
* anndata.AnnData.var_names
* anndata.AnnData.varm
* anndata.AnnData.varp
* anndata.AnnData.chunk_X
* anndata.AnnData.chunked_X
* anndata.AnnData.concatenate
* anndata.AnnData.copy
* anndata.AnnData.obs_keys
* anndata.AnnData.obs_names_make_unique
* anndata.AnnData.obs_vector
* anndata.AnnData.obsm_keys
* anndata.AnnData.rename_categories
* anndata.AnnData.strings_to_categoricals
* anndata.AnnData.to_df
* anndata.AnnData.to_memory
* anndata.AnnData.transpose
* anndata.AnnData.uns_keys
* anndata.AnnData.var_keys
* anndata.AnnData.var_names_make_unique
* anndata.AnnData.var_vector
* anndata.AnnData.varm_keys
* anndata.AnnData.write
* anndata.AnnData.write_csvs
* anndata.AnnData.write_h5ad
* anndata.AnnData.write_loom
* anndata.AnnData.write_zarr - anndata.concat
- anndata.io.read_h5ad
- anndata.io.read_zarr
- anndata.io.read_elem
- anndata.io.sparse_dataset
- anndata.io.read_csv
- anndata.io.read_excel
- anndata.io.read_hdf
- anndata.io.read_loom
- anndata.io.read_mtx
- anndata.io.read_text
- anndata.io.read_umi_tools
- anndata.AnnData.write_h5ad
- anndata.AnnData.write_zarr
- anndata.io.write_h5ad
- anndata.io.write_zarr
- anndata.io.write_elem
- anndata.AnnData.write_csvs
- anndata.AnnData.write_loom
- anndata.experimental.AnnCollection
* anndata.experimental.AnnCollection.attrs_keys
* anndata.experimental.AnnCollection.convert
* anndata.experimental.AnnCollection.has_backed
* anndata.experimental.AnnCollection.n_obs
* anndata.experimental.AnnCollection.n_vars
* anndata.experimental.AnnCollection.obs
* anndata.experimental.AnnCollection.obsm
* anndata.experimental.AnnCollection.shape
* anndata.experimental.AnnCollection.iterate_axis
* anndata.experimental.AnnCollection.lazy_attr
* anndata.experimental.AnnCollection.to_adata - anndata.experimental.AnnLoader
- anndata.experimental.concat_on_disk
- anndata.experimental.read_elem_as_dask
- anndata.experimental.read_dispatched
- anndata.experimental.write_dispatched
- anndata.experimental.IOSpec
* anndata.experimental.IOSpec.encoding_type
* anndata.experimental.IOSpec.encoding_version - anndata.experimental.Read
- anndata.experimental.Write
- anndata.experimental.ReadCallback
- anndata.experimental.WriteCallback
- anndata.experimental.StorageType
- anndata.ImplicitModificationWarning
- anndata.settings
- anndata.settings.override
- anndata.abc.CSRDataset
* anndata.abc.CSRDataset.format
* anndata.abc.CSRDataset.shape
* anndata.abc.CSRDataset.dtype
* anndata.abc.CSRDataset.backend
* anndata.abc.CSRDataset.__getitem__
* anndata.abc.CSRDataset.to_memory - anndata.abc.CSCDataset
* anndata.abc.CSCDataset.format
* anndata.abc.CSCDataset.shape
* anndata.abc.CSCDataset.dtype
* anndata.abc.CSCDataset.backend
* anndata.abc.CSCDataset.__getitem__
* anndata.abc.CSCDataset.to_memory - anndata.typing.Index
- anndata.typing.AxisStorable
- anndata.typing.RWAble
- anndata.AnnData
anndata.abc.CSCDataset#
class anndata.abc.CSCDataset[source]#
On disk CSC sparse matrix.
Analogous to h5py.Dataset or zarr.core.Array, but for sparse matrices.
Attributes
| format | The format of the sparse matrix. |
|---|---|
| shape | Shape of the matrix. |
| dtype | The numpy.dtype of the data attribute of the sparse matrix. |
| backend | Which file type is used on-disk. |
Methods
| __getitem__(index) | Load a slice or an element from the sparse dataset into memory. |
|---|---|
| to_memory() | Load the sparse dataset into memory. |