BioJava (original) (raw)
مشروع بايو جافا (بالإنجليزية: BioJava) هو مشروع مفتوح المصدر مكرس لتوفير أدوات جافا لمعالجة البيانات الحيوية.مكتبة البايو جافا مفيدة لأتمتة العديد من المهام للتعامل مع المعلوماتية الحيوية.
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| dbo:abstract | مشروع بايو جافا (بالإنجليزية: BioJava) هو مشروع مفتوح المصدر مكرس لتوفير أدوات جافا لمعالجة البيانات الحيوية.مكتبة البايو جافا مفيدة لأتمتة العديد من المهام للتعامل مع المعلوماتية الحيوية. (ar) BioJava is an open-source software project dedicated to provide Java tools to process biological data. BioJava is a set of library functions written in the programming language Java for manipulating sequences, protein structures, file parsers, Common Object Request Broker Architecture (CORBA) interoperability, (DAS), access to AceDB, dynamic programming, and simple statistical routines. BioJava supports a huge range of data, starting from DNA and protein sequences to the level of 3D protein structures. The BioJava libraries are useful for automating many daily and mundane bioinformatics tasks such as to parsing a Protein Data Bank (PDB) file, interacting with Jmol and many more. This application programming interface (API) provides various file parsers, data models and algorithms to facilitate working with the standard data formats and enables rapid application development and analysis. Additional projects from BioJava include rcsb-sequenceviewer, biojava-http, biojava-spark, and rcsb-viewers. (en) BioJava es un proyecto de código abierto dedicado a proveer herramientas Java para el procesamiento de datos biológicos. BioJava es un conjunto de bibliotecas escritas en el lenguaje de programación Java para manipular secuencias, estructuras de proteínas, conversores de archivos (file parsers), la interoperabilidad CORBA, el DAS, el acceso a AceDB, programación dinámica y rutinas estadísticas simples. BioJava es compatible con una amplia gama de datos, a partir de ADN y secuencias de proteínas a nivel de las estructuras 3D de proteínas. Las bibliotecas BioJava son útiles para la automatización de muchas tareas cotidianas y mundanas de la bioinformática como para analizar un archivo PDB , interactuando con Jmol y muchos más. Esta interfaz de programación de aplicaciones ofrece diversos programas de análisis de archivos, modelos de datos y algoritmos para facilitar el trabajo con los formatos de datos estándar y permite el desarrollo rápido de aplicaciones y análisis. Estas bibliotecas también se han utilizado en el desarrollo de diversas herramientas de análisis extendido, por ejemplo : * MUSI : Un sistema integrado para la identificación de la especificidad múltiple de un péptido de gran tamaño o un conjunto de datos de ácidos nucleicos * JEnsembl : Un version-aware de Java API para los sistemas de datos Ensembl * Perfiles de expresión de grupos de firmas genéticas con el método de amplificación Trinucleotide threading (TnT) * La resolución de las características estructurales de las islas genómicas : un enfoque de aprendizaje automático * Biblioteca de utilidad para la bioinformática estructural El proyecto BioJava surgió del trabajo de Thomas Down y Mateo Pocock para crear una API para simplificar el desarrollo de herramientas bioinformáticas basadas en Java. BioJava es un proyecto de código abierto activo que se ha desarrollado durante más de 12 años y con más de 60 desarrolladores. BioJava es uno de una serie de Bio *. Proyectos diseñados para reducir la duplicación de código. Los ejemplos de este tipo de proyectos que se enmarcan en Bio * aparte de BioJava son BioPython , BioPerl ,BioRuby , EMBOSS etc. La última versión de BioJava (3.0.5) es una importante actualización de las versiones anteriores. La nueva versión de BioJava contiene varios módulos independientes. El viejo proyecto ha sido trasladado a un proyecto independiente llamado proyecto BioJava-legacy. La versión más reciente de BioJava es 4.1.0. (es) 바이오자바(BioJava)는 1995년 케임브리지 MRC 센터의 박종화가 아스트리드 라인하르트와 시작한 자바를 이용한 생명정보 분석 모듈프로젝트이다. 바이오펄의 자매 프로젝트이다. (ko) O projeto BioJava é um projeto de código aberto dedicado a fornecer ferramentas Java para o processamento de dados biológicos. Isto inclui objetos para a manipulação de seqüências, estruturas de proteínas, analisadores sintáticos de arquivo, CORBA interoperabilidade, DAS, acesso ao , programação dinâmica, e rotinas de estatística. A biblioteca BioJava é útil para automatizar muitos tarefas diárias e mundanas na área de bioinformática. A medida que a biblioteca amadurece, as bibliotecas BioJava tem fornecido uma base sobre a qual tanto o software livre quanto pacotes comerciais podem ser desenvolvidos. O projeto fornece kits de ferramentas com múltiplas funções que tornam mais fácil a criação de análises ou pipelines customizados. É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation. (pt) BioJava是在Java平台下的一个开源工程项目，它主要被用以处理生物学数据。它包括序列处理，文件解析，CORBA协同性，DAS，的访问，动态程序，和一些简单的统计程序。 BioJava库在日常的生物信息学的自动化处理中很有用处，比如基于matures库，可以开发出用于免费或商务的软件包。 (zh) |
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