Cytoscape (original) (raw)
Cytoscape is an open source bioinformatics software platform for visualizing molecular interaction networks and integrating with gene expression profiles and other state data. Additional features are available as plugins. Plugins are available for network and molecular profiling analyses, new layouts, additional file format support and connection with databases and searching in large networks. Plugins may be developed using the Cytoscape open Java software architecture by anyone and plugin community development is encouraged. Cytoscape also has a JavaScript-centric sister project named Cytoscape.js that can be used to analyse and visualise graphs in JavaScript environments, like a browser.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Το Cytoscape είναι πλατφόρμα λογισμικού βιοπληροφορικής η οποία κατασκευάστηκε τον Ιούλιο του 2002 για την απεικόνιση και ανάλυση δικτύων μοριακής αλληλεπίδρασης, χρησιμοποιώντας δεδομένα που έχουν προκύψει από πειράματα υψηλής απόδοσης (high-throughput expression data). Πρόσθετες λειτουργίες είναι διαθέσιμες ως plug-ins. Τα plug-ins είναι διαθέσιμα για ανάλυση και σύγκριση δικτύων και μοριακών προφίλ, ομαδοποίηση γράφων, ανάλυση προφιλ γονιδιακής έκφρασης, εντοπισμό συμπλόκων, αναγνώριση μοτίβων σε δίκτυα, νέες διατάξεις, πρόσθετη υποστήριξη μορφής και σύνδεσης αρχείων με βάσεις δεδομένων και αναζήτηση σε μεγάλα πρωτεϊνικά δίκτυα. Τα plug-ins μπορούν να αναπτυχθούν χρησιμοποιώντας το λογισμικό του Cytoscape με αρχιτεκτονική Java . Το Cytoscape διαθέτει επίσης ένα συγγενικό πρόγραμμα με όνομα Cytoscape.js το οποίο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση και την απεικόνιση γραφημάτων σε περιβάλλοντα JavaScript, όπως ένα πρόγραμμα περιήγησης. (el) Cytoscape is an open source bioinformatics software platform for visualizing molecular interaction networks and integrating with gene expression profiles and other state data. Additional features are available as plugins. Plugins are available for network and molecular profiling analyses, new layouts, additional file format support and connection with databases and searching in large networks. Plugins may be developed using the Cytoscape open Java software architecture by anyone and plugin community development is encouraged. Cytoscape also has a JavaScript-centric sister project named Cytoscape.js that can be used to analyse and visualise graphs in JavaScript environments, like a browser. (en) Cytoscape est un logiciel libre utilisé en bioinformatique pour la visualisation de réseaux d'interaction moléculaire. Plus généralement, il permet l'analyse et la visualisation des réseaux complexes. (fr) Cytoscape è un programma libero (disponibile sotto licenza GPL) utilizzato in bioinformatica per la visualizzazione delle reti di interazione molecolare. Molte caratteristiche aggiuntive sono rese disponibili mediante una serie di plugin. Vi sono plugin per la profilatura delle reti molecolari, per nuovi layout, per il supporto di file aggiuntivi e per la connessione con i Database. Ulteriori plugin possono essere sviluppati utilizzando l'architettura Cytoscape open Java e la realizzazione di nuovi plugin è incoraggiata. (it) Cytoscapeは代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。プラグインにより機能が追加でき、ネットワークや分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。プラグインはコミュニティにより開発されており、利用者のコミュニティへの参加や新規プラグインの開発が奨励されている。Ver3.0以降については、モジュール化、拡張性、保守性を重視した開発が続けられている。 (ja) Cytoscape ([ˌsaɪtə(u)'skeɪp], сайтоскейп, в русском биоинформатическом сленге — цитоскейп) — биоинформатическая платформа с открытым исходным кодом, предназначенная для визуализации сетей молекулярных взаимодействий и биологических путей с возможностью использования дополнительных данных, таких как функциональная аннотация, информация об уровне экспрессии генов и прочих. Несмотря на то, что исходно Cytoscape был разработан для биологических исследований, сейчас он широко используется для решения различных задач по анализу сетей и их визуализации. (ru) |
| dbo:author | http://www.systemsbiology.org/ |
| dbo:developer | https://cytoscape.org/development_team.html |
| dbo:genre | dbr:Image_processing |
| dbo:latestReleaseDate | 2020-10-29 (xsd:date) |
| dbo:latestReleaseVersion | 3.8.2 |
| dbo:license | dbr:LGPL |
| dbo:operatingSystem | dbr:Java_platform |
| dbo:programmingLanguage | dbr:Java_platform |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/CytoscapeHome.png?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://www.systemsbiology.org/ http://wiki.cytoscape.org/ http://www.cytoscape.org/ https://cytoscape.org/screenshots.html https://omictools.com/cytoscape-tool https://cytoscape.org/development_team.html http://js.cytoscape.org |
| dbo:wikiPageID | 10921962 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 8686 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1117968151 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Metabolic_network_modelling dbr:Protein–protein_interaction_prediction dbr:TRANSFAC dbc:Bioinformatics_software dbc:Cross-platform_software dbr:Computational_genomics dbr:Gene_expression dbr:Gene_Ontology dbr:Plug-in_(computing) dbr:Graph_Modelling_Language dbr:Graph_drawing dbr:KEGG dbr:JavaScript dbr:Java_(programming_language) dbc:Java_platform_software dbc:Mathematical_and_theoretical_biology dbr:LGPL dbr:Bioinformatics dbc:Graph_drawing_software dbr:JavaScript_library dbr:XGMML dbc:Systems_biology dbr:Open-source_software dbr:Image_processing dbr:JavaScript_framework dbr:Java_platform dbr:Visualization_(graphic) dbr:Force-based_algorithms_(graph_drawing) dbr:Software_platform dbr:File:Cytoscape_network_visualization1.png |
| dbp:author | http://www.systemsbiology.org/ |
| dbp:caption | Cytoscape home page (en) |
| dbp:developer | https://cytoscape.org/development_team.html |
| dbp:genre | dbr:Image_processing |
| dbp:latestReleaseDate | 2020-10-29 (xsd:date) |
| dbp:latestReleaseVersion | 3.800000 (xsd:double) |
| dbp:license | dbr:LGPL |
| dbp:name | Cytoscape (en) |
| dbp:operatingSystem | Any (en) |
| dbp:programmingLanguage | dbr:Java_platform |
| dbp:released | July 2002 (en) |
| dbp:screenshot | CytoscapeHome.png (en) |
| dbp:screenshotSize | 200 (xsd:integer) |
| dbp:website | http://www.cytoscape.org/ |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Genomics-footer dbt:Infobox_software dbt:Reflist dbt:Start_date_and_age dbt:Graph_Analysis_Software |
| dbp:wordnet_type | http://www.w3.org/2006/03/wn/wn20/instances/synset-software-noun-1 |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics_software dbc:Cross-platform_software dbc:Java_platform_software dbc:Mathematical_and_theoretical_biology dbc:Graph_drawing_software dbc:Systems_biology |
| gold:hypernym | dbr:Platform |
| rdf:type | owl:Thing dbo:Company dbo:Software schema:CreativeWork dbo:Work wikidata:Q386724 wikidata:Q7397 yago:Abstraction100002137 yago:Code106355894 yago:CodingSystem106353757 yago:Communication100033020 yago:Writing106359877 yago:WrittenCommunication106349220 yago:Software106566077 |
| rdfs:comment | Cytoscape is an open source bioinformatics software platform for visualizing molecular interaction networks and integrating with gene expression profiles and other state data. Additional features are available as plugins. Plugins are available for network and molecular profiling analyses, new layouts, additional file format support and connection with databases and searching in large networks. Plugins may be developed using the Cytoscape open Java software architecture by anyone and plugin community development is encouraged. Cytoscape also has a JavaScript-centric sister project named Cytoscape.js that can be used to analyse and visualise graphs in JavaScript environments, like a browser. (en) Cytoscape est un logiciel libre utilisé en bioinformatique pour la visualisation de réseaux d'interaction moléculaire. Plus généralement, il permet l'analyse et la visualisation des réseaux complexes. (fr) Cytoscape è un programma libero (disponibile sotto licenza GPL) utilizzato in bioinformatica per la visualizzazione delle reti di interazione molecolare. Molte caratteristiche aggiuntive sono rese disponibili mediante una serie di plugin. Vi sono plugin per la profilatura delle reti molecolari, per nuovi layout, per il supporto di file aggiuntivi e per la connessione con i Database. Ulteriori plugin possono essere sviluppati utilizzando l'architettura Cytoscape open Java e la realizzazione di nuovi plugin è incoraggiata. (it) Cytoscapeは代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。プラグインにより機能が追加でき、ネットワークや分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。プラグインはコミュニティにより開発されており、利用者のコミュニティへの参加や新規プラグインの開発が奨励されている。Ver3.0以降については、モジュール化、拡張性、保守性を重視した開発が続けられている。 (ja) Cytoscape ([ˌsaɪtə(u)'skeɪp], сайтоскейп, в русском биоинформатическом сленге — цитоскейп) — биоинформатическая платформа с открытым исходным кодом, предназначенная для визуализации сетей молекулярных взаимодействий и биологических путей с возможностью использования дополнительных данных, таких как функциональная аннотация, информация об уровне экспрессии генов и прочих. Несмотря на то, что исходно Cytoscape был разработан для биологических исследований, сейчас он широко используется для решения различных задач по анализу сетей и их визуализации. (ru) Το Cytoscape είναι πλατφόρμα λογισμικού βιοπληροφορικής η οποία κατασκευάστηκε τον Ιούλιο του 2002 για την απεικόνιση και ανάλυση δικτύων μοριακής αλληλεπίδρασης, χρησιμοποιώντας δεδομένα που έχουν προκύψει από πειράματα υψηλής απόδοσης (high-throughput expression data). Πρόσθετες λειτουργίες είναι διαθέσιμες ως plug-ins. Τα plug-ins είναι διαθέσιμα για ανάλυση και σύγκριση δικτύων και μοριακών προφίλ, ομαδοποίηση γράφων, ανάλυση προφιλ γονιδιακής έκφρασης, εντοπισμό συμπλόκων, αναγνώριση μοτίβων σε δίκτυα, νέες διατάξεις, πρόσθετη υποστήριξη μορφής και σύνδεσης αρχείων με βάσεις δεδομένων και αναζήτηση σε μεγάλα πρωτεϊνικά δίκτυα. Τα plug-ins μπορούν να αναπτυχθούν χρησιμοποιώντας το λογισμικό του Cytoscape με αρχιτεκτονική Java . (el) |
| rdfs:label | Cytoscape (en) Cytoscape (el) Cytoscape (fr) Cytoscape (it) Cytoscape (ja) Cytoscape (ru) |
| owl:sameAs | freebase:Cytoscape wikidata:Cytoscape dbpedia-el:Cytoscape dbpedia-et:Cytoscape dbpedia-fr:Cytoscape dbpedia-he:Cytoscape dbpedia-it:Cytoscape dbpedia-ja:Cytoscape dbpedia-ru:Cytoscape https://global.dbpedia.org/id/3R8nM |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Cytoscape?oldid=1117968151&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/CytoscapeHome.png wiki-commons:Special:FilePath/Cytoscape_network_visualization1.png |
| foaf:homepage | http://www.cytoscape.org/ |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Cytoscape |
| foaf:name | Cytoscape (en) |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:BioJava dbr:Index_of_JavaScript-related_articles dbr:Protein–protein_interaction dbr:WikiPathways dbr:The_Proteolysis_Map dbr:PathVisio dbr:GenMAPP dbr:GeneNetwork dbr:Genomespace dbr:Gephi dbr:Geworkbench dbr:Pathway_analysis dbr:STRING dbr:MatrixDB dbr:TopFIND dbr:Tulip_(software) dbr:NodeXL dbr:DisGeNET dbr:Floyd–Warshall_algorithm dbr:Force-directed_graph_drawing dbr:Graph_Modelling_Language dbr:Graph_drawing dbr:List_of_JavaScript_libraries dbr:BioMart dbr:Biological_network_inference dbr:Biomolecular_Object_Network_Databank dbr:XGMML dbr:Metascape dbr:OSGi dbr:List_of_systems_biology_visualization_software dbr:National_Center_for_Integrative_Biomedical_Informatics |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Cytoscape |
