Substitution model (original) (raw)
Модель замен (в биологии) - набор теоретических или эмпирических правил, описывающих процесс замещения нуклеотидов или аминокислот в ходе эволюции последовательности ДНК или белка. Изменение нуклеотидных последовательностей в результате случайных замен нуклеотидов, инсерций и делеций ведет к дивергенции последовательностей в ходе эволюции. Такие изменения могут оставаться на уровне ДНК или же приводить к изменению белковой последовательности, в результате чего белок может утратить свою функциональность или приобрести новые свойства. Выбор правил, по которым одни нуклеотиды или аминокислоты замещаются другими с течением времени, является важной составляющей частью моделирования эволюции и тестирования филогенетических гипотез.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | In biology, a substitution model, also called models of DNA sequence evolution, are Markov models that describe changes over evolutionary time. These models describe evolutionary changes in macromolecules (e.g., DNA sequences) represented as sequence of symbols (A, C, G, and T in the case of DNA). Substitution models are used to calculate the likelihood of phylogenetic trees using multiple sequence alignment data. Thus, substitution models are central to maximum likelihood estimation of phylogeny as well as Bayesian inference in phylogeny. Estimates of evolutionary distances (numbers of substitutions that have occurred since a pair of sequences diverged from a common ancestor) are typically calculated using substitution models (evolutionary distances are used input for distance methods such as neighbor joining). Substitution models are also central to phylogenetic invariants since they can be used to predict the frequencies of site pattern frequencies given a tree topology. Substitution models are necessary to simulate sequence data for a group of organisms related by a specific tree. (en) Модель замен (в биологии) - набор теоретических или эмпирических правил, описывающих процесс замещения нуклеотидов или аминокислот в ходе эволюции последовательности ДНК или белка. Изменение нуклеотидных последовательностей в результате случайных замен нуклеотидов, инсерций и делеций ведет к дивергенции последовательностей в ходе эволюции. Такие изменения могут оставаться на уровне ДНК или же приводить к изменению белковой последовательности, в результате чего белок может утратить свою функциональность или приобрести новые свойства. Выбор правил, по которым одни нуклеотиды или аминокислоты замещаются другими с течением времени, является важной составляющей частью моделирования эволюции и тестирования филогенетических гипотез. (ru) У біології модель заміщення нуклеотидів, яку також називають модель еволюції послідовності ДНК, — модель Маркова, яка описує зміни протягом еволюційного часу. Ці моделі описують еволюційні зміни в макромолекулах (наприклад, послідовності ДНК), представлених у вигляді послідовності символів (A, C, G і T у випадку ДНК). Моделі заміщення використовуються для обчислення ймовірності отримання філогенетичних дерев з використанням даних вирівнювання кількох послідовностей. Таким чином, калькуляція моделі заміщення є важливим етапом для оцінки максимальної правдоподібності філогенезу, а також баєсового висновування. Оцінки еволюційних відстаней (кількість замін, які відбулися після того, як пара послідовностей розійшлися від спільного предка) зазвичай розраховуються з використанням моделей заміщення або ж підстановки (еволюційні відстані використовуються як вхідні дані для таких як приєднання сусідів). Моделі підстановки також є центральними для , оскільки їх можна використовувати для прогнозування частоти частот шаблону сайту з урахуванням топології дерева. Моделі заміни необхідні для моделювання даних послідовності для групи організмів, пов'язаних філогенетичними зв'язками. (uk) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Site_pattern_frequencies_models.jpg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://giphy.pasteur.fr/empirical-models-of-amino-acid-substitution/ https://www.wired.com/2016/02/twitter-nerd-fight-reveals-a-long-bizarre-scientific-feud/ |
| dbo:wikiPageID | 1937800 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 68780 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1102226853 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Cambrian_explosion dbr:Bayesian_inference_in_phylogeny dbr:Primate dbr:Proteins dbr:Purine dbr:Pyrimidine dbr:Rodent dbr:Nucleotide dbr:Metabolic_rate dbr:Bat dbr:Bird dbr:Detailed_balance dbr:Hummingbird dbr:Joseph_Felsenstein dbr:DNA dbr:Vertebrate dbr:Degrees_of_freedom_(statistics) dbr:Nuisance_parameter dbr:Null_distribution dbc:Bioinformatics dbr:Matrix_(mathematics) dbr:Matrix_exponential dbr:Maximum_likelihood_estimation dbr:Gene_expression dbr:Generation_time dbr:Genetic_code dbr:Genome dbr:Nonsense_mutation dbr:Cladistic dbr:Cladistics dbr:Molecular_clock dbr:Monte_Carlo_method dbr:Moore's_law dbr:Motoo_Kimura dbr:Thomas_H._Jukes dbr:Nonsynonymous_substitution dbr:Archaea dbr:Alphabet_(computer_science) dbr:Likelihood_function dbr:Mammal dbr:Simon_Tavaré dbr:PAUP* dbr:Point_accepted_mutation dbr:Protein_structure dbr:Synonymous_substitution dbr:Systematics dbr:Markov_model dbr:Bacteria dbc:Statistical_genetics dbr:Transition_(genetics) dbr:Distance_matrices_in_phylogeny dbr:Codon dbr:Hadamard_transform dbr:DNA_codon_table dbr:Baltimore_classification dbr:Ostrich dbr:Cattle dbr:Fossil dbr:Ka/Ks_ratio dbr:Protein dbr:RNA dbr:Time_reversibility dbr:Speciation dbc:Computational_phylogenetics dbc:Stochastic_models dbr:Charles_Cantor dbr:Jerzy_Neyman dbr:Karl_Popper dbr:Models_of_DNA_evolution dbr:Diagonalizable_matrix dbr:BLOSUM dbr:Margaret_Oakley_Dayhoff dbr:Phylogenetic_tree dbr:DNA_sequence dbr:Kronecker_delta dbr:Neighbor_joining dbr:Maximum_likelihood dbr:Maximum_parsimony_(phylogenetics) dbr:Multiple_sequence_alignment dbr:Substitution_matrix dbr:Proteinogenic_amino_acid dbr:Molecular_evolution dbr:Phylogenetic_invariants dbr:Transversion dbr:Tree-Puzzle dbr:Stationarity_(statistics) dbr:Sequence_of_symbols dbr:Body_size dbr:Compositional_bias dbr:File:Site_pattern_frequencies_models.jpg |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Efn dbt:Main dbt:Notelist dbt:Reflist dbt:Short_description |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Statistical_genetics dbc:Computational_phylogenetics dbc:Stochastic_models |
| rdf:type | yago:WikicatStochasticModels yago:Assistant109815790 yago:CausalAgent100007347 yago:LivingThing100004258 yago:Model110324560 yago:Object100002684 yago:Organism100004475 yago:Person100007846 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Worker109632518 yago:YagoLegalActor yago:YagoLegalActorGeo yago:Whole100003553 |
| rdfs:comment | Модель замен (в биологии) - набор теоретических или эмпирических правил, описывающих процесс замещения нуклеотидов или аминокислот в ходе эволюции последовательности ДНК или белка. Изменение нуклеотидных последовательностей в результате случайных замен нуклеотидов, инсерций и делеций ведет к дивергенции последовательностей в ходе эволюции. Такие изменения могут оставаться на уровне ДНК или же приводить к изменению белковой последовательности, в результате чего белок может утратить свою функциональность или приобрести новые свойства. Выбор правил, по которым одни нуклеотиды или аминокислоты замещаются другими с течением времени, является важной составляющей частью моделирования эволюции и тестирования филогенетических гипотез. (ru) In biology, a substitution model, also called models of DNA sequence evolution, are Markov models that describe changes over evolutionary time. These models describe evolutionary changes in macromolecules (e.g., DNA sequences) represented as sequence of symbols (A, C, G, and T in the case of DNA). Substitution models are used to calculate the likelihood of phylogenetic trees using multiple sequence alignment data. Thus, substitution models are central to maximum likelihood estimation of phylogeny as well as Bayesian inference in phylogeny. Estimates of evolutionary distances (numbers of substitutions that have occurred since a pair of sequences diverged from a common ancestor) are typically calculated using substitution models (evolutionary distances are used input for distance methods suc (en) У біології модель заміщення нуклеотидів, яку також називають модель еволюції послідовності ДНК, — модель Маркова, яка описує зміни протягом еволюційного часу. Ці моделі описують еволюційні зміни в макромолекулах (наприклад, послідовності ДНК), представлених у вигляді послідовності символів (A, C, G і T у випадку ДНК). Моделі заміщення використовуються для обчислення ймовірності отримання філогенетичних дерев з використанням даних вирівнювання кількох послідовностей. Таким чином, калькуляція моделі заміщення є важливим етапом для оцінки максимальної правдоподібності філогенезу, а також баєсового висновування. Оцінки еволюційних відстаней (кількість замін, які відбулися після того, як пара послідовностей розійшлися від спільного предка) зазвичай розраховуються з використанням моделей заміщен (uk) |
| rdfs:label | Substitution model (en) Модель замен (ru) Модель заміщення нуклеотидів (uk) |
| owl:sameAs | freebase:Substitution model yago-res:Substitution model wikidata:Substitution model dbpedia-fa:Substitution model dbpedia-ru:Substitution model dbpedia-uk:Substitution model https://global.dbpedia.org/id/4vuF8 |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Substitution_model?oldid=1102226853&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Site_pattern_frequencies_models.jpg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Substitution_model |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Generalised_time_reversible dbr:F81_model dbr:HKY85 dbr:HKY85_model dbr:JC69 dbr:JC69_model dbr:Kimura_two-parameter_model dbr:K80_model dbr:Jukes-Cantor_model dbr:Jukes–Cantor dbr:Jukes–Cantor_model dbr:T92_model dbr:TN93 dbr:TN93_model |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:F81 dbr:Metalearning_(neuroscience) dbr:K80 dbr:Ancestral_reconstruction dbr:Viral_phylodynamics dbr:Computational_phylogenetics dbr:Treefinder dbr:Hadamard_transform dbr:Karl_Kjer dbr:Generalised_time_reversible dbr:Covarion dbr:Acoelomorpha dbr:HomoloGene dbr:Models_of_DNA_evolution dbr:BEAST_2 dbr:Phylogenetic_tree dbr:Source_attribution dbr:F81_model dbr:HKY85 dbr:HKY85_model dbr:List_of_statistics_articles dbr:Olinguito dbr:Substitution_matrix dbr:Phylogenetic_inference_using_transcriptomic_data dbr:Phylogenetic_invariants dbr:JC69 dbr:JC69_model dbr:Kimura_two-parameter_model dbr:K80_model dbr:Jukes-Cantor_model dbr:Jukes–Cantor dbr:Jukes–Cantor_model dbr:T92_model dbr:TN93 dbr:TN93_model |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Substitution_model |
