| dbo:abstract |
تم اقتراح عدد من نماذج سلسلة ماركوف المختلفة لتطور تسلسل الحمض النووي. تختلف نماذج الاستبدال هذه من حيث المعايير المستخدمة لوصف النسب التي يستبدل فيها أحد النوكليوتيدات مكان الآخر خلال التطور. وكثيرا ما تستخدم هذه النماذج في تحليلات التطور الجزيئية ( النسالة الجزيئية ) . على وجه الخصوص، يتم استخدامها أثناء حساب احتمالية الشجرة (في استدلال بايزي و تقدير الاحتمال) ويتم استخدامها لتقدير المسافة التطورية بين التسلسلات من الاختلافات المرصودة بينها. (ar) S'ha proposat un nombre de models d'evolució de l'ADN de Màrkov. Aquests difereixen pel que fa als paràmetres emprats per a descriure les taxes de mutació, és a dir en les que els nucleòtids reemplacen a altres amb el pas de les generacions. Aquests models s'utilitzen freqüentment en anàlisis de filogènia molecular. En particular, s'utilitzen en el càlcul de la versemblança d'un arbre, en aproximacions de l'estimació dels arbres bayesians i de màxima versemblança (Maximum Likehood), i s'utilitzen per a estimar la distància evolutiva entre seqüències a partir de les diferències observades entre aquestes. Aquests models són descripcions fenomenològiques de l'evolució de l'ADN com una cadena de quatre estats discrets. Aquests models de Màrkov no representen explícitament el mecanisme de mutació ni l'acció de la selecció natural. Més aviat descriuen les taxes relatives dels diferents canvis. Per exemple, biaixos de mutació i afavoreixen els cansi conservatius i probablement ambdós són responsables de la taxa relativament elevada de en comparació amb les en les seqüències que evolucionen. Tanmateix, el model de Kimura (K80) que es descriu més avall senzillament intenta capturar l'efecte de les dues forces en un paràmetre que reflecteix la taxa relativa de transicions i transversions. Les anàlisis evolutives de seqüències es duen a terme en una àmplia varietat d'escales temporals. Per això és convenient expressar aquests models en termes de taxes instantànies de canvis entre diferents estats (les matrius Q de sota). Si donem un estat inicial (ancestral) a la primera posició, la matriu del model Q i la longitud de la branca expressant el nombre esperat de canvis que s'han donat des de l'ancestre, aleshores podem derivar la probabilitat de la seqüència descendent tenint cadascun dels quatre estadis. Els detalls matemàtics d'aquesta transformació des de taxa-matriu a matriu de probabilitats en descriuen a la secció de models matemàtics de substitució de la pàgina de . Expressant en termes de taxes instantànies de canvi podem evitar estimar grans nombres de paràmetres per a cada branca en un arbre filogenètic (o cada comparació si l'anàlisi inclou moltes comparacions de seqüències per parelles). (ca) A number of different Markov models of DNA sequence evolution have been proposed. These substitution models differ in terms of the parameters used to describe the rates at which one nucleotide replaces another during evolution. These models are frequently used in molecular phylogenetic analyses. In particular, they are used during the calculation of likelihood of a tree (in Bayesian and maximum likelihood approaches to tree estimation) and they are used to estimate the evolutionary distance between sequences from the observed differences between the sequences. (en) |
| dbo:thumbnail |
wiki-commons:Special:FilePath/Jukes_and_Cantor_(1969)_JC69_Pij_Pii.jpg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink |
http://scit.us/projects/dawg |
| dbo:wikiPageID |
7025924 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength |
36009 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID |
1115179345 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink |
dbr:Bayesian_inference dbr:Proteins dbr:Nucleotide dbr:Joseph_Felsenstein dbr:Chargaff's_rules dbr:Substitution_model dbc:Bioinformatics dbr:Masatoshi_Nei dbr:Neutral_theory_of_molecular_evolution dbr:Molecular_clock dbr:Molecular_phylogenetics dbr:Motoo_Kimura dbr:Thomas_H._Jukes dbr:Simon_Tavaré dbr:Stationary_process dbr:Transition_(genetics) dbr:GC-content dbr:Codon dbr:Hadamard_transform dbr:Locus_(genetics) dbr:Hamming_distance dbc:Computational_phylogenetics dbc:Markov_models dbc:Phylogenetics dbr:Charles_Cantor dbr:Homoplasy dbr:Markov_chains dbr:Iid dbr:Markov_chain dbr:Maximum_likelihood dbr:Molecular_evolution dbr:Transversion dbr:UPGMA dbr:Sufficient_statistic dbr:Transversions dbr:Matrix_exponentiation dbr:Mutation_rates dbr:Purifying_selection dbr:Jukes–Cantor dbr:File:Jukes_and_Cantor_(1969)_JC69_Pij_Pii.jpg |
| dbp:wikiPageUsesTemplate |
dbt:Evolution dbt:Anchor dbt:Cite_journal dbt:More_footnotes dbt:Refbegin dbt:Refend dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:MolecularEvolution |
| dct:subject |
dbc:Bioinformatics dbc:Computational_phylogenetics dbc:Markov_models dbc:Phylogenetics |
| rdf:type |
yago:WikicatMarkovModels yago:Assistant109815790 yago:CausalAgent100007347 yago:LivingThing100004258 yago:Model110324560 yago:Object100002684 yago:Organism100004475 yago:Person100007846 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Worker109632518 yago:YagoLegalActor yago:YagoLegalActorGeo yago:Whole100003553 |
| rdfs:comment |
تم اقتراح عدد من نماذج سلسلة ماركوف المختلفة لتطور تسلسل الحمض النووي. تختلف نماذج الاستبدال هذه من حيث المعايير المستخدمة لوصف النسب التي يستبدل فيها أحد النوكليوتيدات مكان الآخر خلال التطور. وكثيرا ما تستخدم هذه النماذج في تحليلات التطور الجزيئية ( النسالة الجزيئية ) . على وجه الخصوص، يتم استخدامها أثناء حساب احتمالية الشجرة (في استدلال بايزي و تقدير الاحتمال) ويتم استخدامها لتقدير المسافة التطورية بين التسلسلات من الاختلافات المرصودة بينها. (ar) A number of different Markov models of DNA sequence evolution have been proposed. These substitution models differ in terms of the parameters used to describe the rates at which one nucleotide replaces another during evolution. These models are frequently used in molecular phylogenetic analyses. In particular, they are used during the calculation of likelihood of a tree (in Bayesian and maximum likelihood approaches to tree estimation) and they are used to estimate the evolutionary distance between sequences from the observed differences between the sequences. (en) S'ha proposat un nombre de models d'evolució de l'ADN de Màrkov. Aquests difereixen pel que fa als paràmetres emprats per a descriure les taxes de mutació, és a dir en les que els nucleòtids reemplacen a altres amb el pas de les generacions. Aquests models s'utilitzen freqüentment en anàlisis de filogènia molecular. En particular, s'utilitzen en el càlcul de la versemblança d'un arbre, en aproximacions de l'estimació dels arbres bayesians i de màxima versemblança (Maximum Likehood), i s'utilitzen per a estimar la distància evolutiva entre seqüències a partir de les diferències observades entre aquestes. (ca) |
| rdfs:label |
نماذج تطور الحمض النووي (ar) Models d'evolució de l'ADN (ca) Models of DNA evolution (en) |
| owl:sameAs |
freebase:Models of DNA evolution freebase:Models of DNA evolution yago-res:Models of DNA evolution wikidata:Models of DNA evolution dbpedia-ar:Models of DNA evolution dbpedia-ca:Models of DNA evolution dbpedia-fa:Models of DNA evolution https://global.dbpedia.org/id/4s363 |
| prov:wasDerivedFrom |
wikipedia-en:Models_of_DNA_evolution?oldid=1115179345&ns=0 |
| foaf:depiction |
wiki-commons:Special:FilePath/Jukes_and_Cantor_(1969)_JC69_Pij_Pii.jpg |
| foaf:isPrimaryTopicOf |
wikipedia-en:Models_of_DNA_evolution |
| is dbo:wikiPageRedirects of |
dbr:Models_of_DNA_Evolution dbr:Models_of_Nucleotide_Substitution dbr:Kimura's_two_parameter_model dbr:K2P dbr:Nucleotide_substitution_rate dbr:Jukes-Cantor dbr:Model_of_evolution dbr:Models_of_nucleotide_substitution dbr:Evolution_of_DNA dbr:Evolutionary_model |
| is dbo:wikiPageWikiLink of |
dbr:Substitution_model dbr:Cosmos:_A_Spacetime_Odyssey dbr:Ancestral_reconstruction dbr:Ancestral_sequence_reconstruction dbr:Viral_phylodynamics dbr:Molecular_clock dbr:Molecular_phylogenetics dbr:WPGMA dbr:Stochastic_matrix dbr:Complete-linkage_clustering dbr:Hadamard_transform dbr:Anania_shanxiensis dbr:Frances_James_(ecologist) dbr:Bacterial_phylodynamics dbr:The_Immortals_(Cosmos:_A_Spacetime_Odyssey) dbr:Single-linkage_clustering dbr:Source_attribution dbr:Methylophaga_muralis dbr:Markov_chain dbr:Olinguito dbr:Substitution_matrix dbr:Phylogenetic_invariants dbr:Trigonopterus_dacrycarpi dbr:Zospeum_tholussum dbr:UPGMA dbr:Outline_of_machine_learning dbr:Xrate dbr:Models_of_DNA_Evolution dbr:Models_of_Nucleotide_Substitution dbr:Kimura's_two_parameter_model dbr:K2P dbr:Nucleotide_substitution_rate dbr:Jukes-Cantor dbr:Model_of_evolution dbr:Models_of_nucleotide_substitution dbr:Evolution_of_DNA dbr:Evolutionary_model |
| is foaf:primaryTopic of |
wikipedia-en:Models_of_DNA_evolution |
