PLUMED (original) (raw)
PLUMED is an open-source library implementing enhanced-sampling algorithms, various free-energy methods, and analysis tools for molecular dynamics simulations. It is designed to be used together with ACEMD, AMBER, DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, OpenMM, ABIN, CP2K, i-PI, PINY-MD, and Quantum ESPRESSO, but it can also be used to together with analysis and visualization tools VMD, HTMD, and OpenPathSampling. In addition, PLUMED can be used as a standalone tool for analysis of molecular dynamics trajectories. A graphical user interface named METAGUI is available.
| Property | Value |
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| dbo:abstract | PLUMED is an open-source library implementing enhanced-sampling algorithms, various free-energy methods, and analysis tools for molecular dynamics simulations. It is designed to be used together with ACEMD, AMBER, DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, OpenMM, ABIN, CP2K, i-PI, PINY-MD, and Quantum ESPRESSO, but it can also be used to together with analysis and visualization tools VMD, HTMD, and OpenPathSampling. In addition, PLUMED can be used as a standalone tool for analysis of molecular dynamics trajectories. A graphical user interface named METAGUI is available. (en) PLUMED（PLugin for MolEcular Dynamics、プルームド）は、分子動力学シミュレーションのための拡張サンプリングアルゴリズム、様々な自由エネルギー手法、および解析ツールを実装するオープンソースライブラリである。ACEMD、AMBER、DL_POLY、GROMACS、LAMMPS、NAMD、OpenMM、ABIN、CP2K、i-PI、PINY-MD、およびQuantum ESPRESSOと一緒に使うために設計されているが、解析および可視化ツールのVMD、HTMD、OpenPathSamplingと一緒に使うこともできる。 加えて、PLUMEDは分子動力学トラジェクトリの分析のためのスタンドアローンツールとして使うこともできる。METAGUIと名付けられたグラフィカルユーザインタフェースも入手可能である。 "Plumed" は英語で「羽毛のある」の意。 (ja) |
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| rdfs:comment | PLUMED is an open-source library implementing enhanced-sampling algorithms, various free-energy methods, and analysis tools for molecular dynamics simulations. It is designed to be used together with ACEMD, AMBER, DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, OpenMM, ABIN, CP2K, i-PI, PINY-MD, and Quantum ESPRESSO, but it can also be used to together with analysis and visualization tools VMD, HTMD, and OpenPathSampling. In addition, PLUMED can be used as a standalone tool for analysis of molecular dynamics trajectories. A graphical user interface named METAGUI is available. (en) PLUMED（PLugin for MolEcular Dynamics、プルームド）は、分子動力学シミュレーションのための拡張サンプリングアルゴリズム、様々な自由エネルギー手法、および解析ツールを実装するオープンソースライブラリである。ACEMD、AMBER、DL_POLY、GROMACS、LAMMPS、NAMD、OpenMM、ABIN、CP2K、i-PI、PINY-MD、およびQuantum ESPRESSOと一緒に使うために設計されているが、解析および可視化ツールのVMD、HTMD、OpenPathSamplingと一緒に使うこともできる。 加えて、PLUMEDは分子動力学トラジェクトリの分析のためのスタンドアローンツールとして使うこともできる。METAGUIと名付けられたグラフィカルユーザインタフェースも入手可能である。 "Plumed" は英語で「羽毛のある」の意。 (ja) |
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