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Metadynamics (MTD; also abbreviated as METAD or MetaD) is a computer simulation method in computational physics, chemistry and biology. It is used to estimate the free energy and other state functions of a system, where ergodicity is hindered by the form of the system's energy landscape. It was first suggested by and Michele Parrinello in 2002 and is usually applied within molecular dynamics simulations. MTD closely resembles a number of recent methods such as adaptively biased molecular dynamics, adaptive reaction coordinate forces and local elevation umbrella sampling. More recently, both the original and well-tempered metadynamics were derived in the context of importance sampling and shown to be a special case of the adaptive biasing potential setting. MTD is related to the Wang–Landau sampling. (en) メタダイナミクス法（メタダイナミクスほう、英: Metadynamics (method)、MTD法、METAD法、MetaD法とも）は、計算物理、計算化学、計算生物学において用いられるコンピュータシミュレーション手法の一つである。エネルギー地形の形状によりが妨げられているような系における、自由エネルギーその他の状態量を計算する際に用いられる。とにより2002年に初めて提案された手法で、分子動力学シミュレーションにも用いられることが多い。MTD法は、適応バイアス分子動力学法、適応反応座標力法、局所上昇アンブレラサンプリングなどの数々の新しい手法と非常によく似ている。さらに新しくは、メタダイナミクス法とwell-tempered メタダイナミクス法は、重要度サンプリングの文脈では適応バイアスポテンシャル設定法の特殊例であることがしめされている。MTD法は、ワン・ランダウ法と関連している。 (ja) |
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メタダイナミクス法（メタダイナミクスほう、英: Metadynamics (method)、MTD法、METAD法、MetaD法とも）は、計算物理、計算化学、計算生物学において用いられるコンピュータシミュレーション手法の一つである。エネルギー地形の形状によりが妨げられているような系における、自由エネルギーその他の状態量を計算する際に用いられる。とにより2002年に初めて提案された手法で、分子動力学シミュレーションにも用いられることが多い。MTD法は、適応バイアス分子動力学法、適応反応座標力法、局所上昇アンブレラサンプリングなどの数々の新しい手法と非常によく似ている。さらに新しくは、メタダイナミクス法とwell-tempered メタダイナミクス法は、重要度サンプリングの文脈では適応バイアスポテンシャル設定法の特殊例であることがしめされている。MTD法は、ワン・ランダウ法と関連している。 (ja) Metadynamics (MTD; also abbreviated as METAD or MetaD) is a computer simulation method in computational physics, chemistry and biology. It is used to estimate the free energy and other state functions of a system, where ergodicity is hindered by the form of the system's energy landscape. It was first suggested by and Michele Parrinello in 2002 and is usually applied within molecular dynamics simulations. MTD closely resembles a number of recent methods such as adaptively biased molecular dynamics, adaptive reaction coordinate forces and local elevation umbrella sampling. More recently, both the original and well-tempered metadynamics were derived in the context of importance sampling and shown to be a special case of the adaptive biasing potential setting. MTD is related to the Wang–Landa (en) |
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メタダイナミクス法 (ja) Metadynamics (en) |
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