NAMD (original) (raw)
NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program) es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Se hizo acreedor de un premio Gordon Bell en 2002. Está basado en objetos paralelos Charm++ y es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en cómodos clusters usando ethernet gigabit. NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecular VMD para configurar la simulación y analizar las trayectorias, siendo también parcialmente compatible con , CHARMM y X-PLOR.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | الديناميكيات الجزيئية النانوية (بالإنجليزية: Nanoscale Molecular Dynamics) وهي اختصار (NAMD). هو برنامج كمبيوتر لمحاكاة الدينميات الجزئية، وتمت كتابتة باستخدام نموذج البرمجة المتوازية (Charm++) تمت الملاحظة أن لديه كفاءة متوازية وغالبا ما يستخدم لمحاكاة الأنظمة الكبيرة (ملايين الذرات). تم العمل على تطويرة بالتعاون مع مجموعة الفيرياء الحيوية النظرية والحاسوبية (TCB) ومختبر البرمجة الموازية (PPL) في جامعة إلينوي في أوربانا شامبين. قُدم بواسطة (Nelson et al) في عام 1995. كرمز ديناميكي جزيئي متوازي يتيح المحاكاة التفاعلية عن طريق ربطه برمز التصورVMD . تتطورت نامدا منذ ذلك الحين ، حيث أضافت العديدد من الميزات وقامت بتوسيع نطاق يتجاوز 500000 نواة معالجة . تحتوي نامد على واجهة لحزم الكم الكيميائي لـ (ORCA و MOPAC) بالإضافة إلى واجهة تم كتابة العديد من الحزم الكم الكيميائية الأخرى. يتجميع الديناميكات الجزئية المرئية (VMD) و (QwikMD) جنبا إلى جنب ، تم الوصول وتوفير واجهة النامدا وعمليات المحاكاة وإدارة جودة QM/MM فتمت المحاكاة بشكل متكامل وشامل وقابل للتخصيص وسهل الأستخدام. الآن يتوفر نامد كأكبر برنامج مجاني للإستخدام غير التجاري من قبل الأفراد والمؤسسات الأكادمية والشركات لكن للإستخدامات التجارية الداخلية فقط. (ar) NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics program) ist ein Programm zur Simulation molekulardynamischer Prozesse, das an der University of Illinois at Urbana-Champaign als Kooperationsprojekt zwischen der Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und dem Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird. Eine Besonderheit von NAMD ist das zugrunde liegende parallele Programmiermodell Charm++, das vom Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird und NAMD eine Skalierung bis zu mehreren zehntausend Prozessoren erlaubt. NAMD wurde vom Biophysiker Klaus Schulten und den Informatikern Robert Skeel und Laxmikant V. Kale entwickelt. (de) NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program) es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Se hizo acreedor de un premio Gordon Bell en 2002. Está basado en objetos paralelos Charm++ y es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en cómodos clusters usando ethernet gigabit. NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecular VMD para configurar la simulación y analizar las trayectorias, siendo también parcialmente compatible con , CHARMM y X-PLOR. (es) Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, formerly Not Another Molecular Dynamics Program) is computer software for molecular dynamics simulation, written using the Charm++ parallel programming model. It is noted for its parallel efficiency and is often used to simulate large systems (millions of atoms). It has been developed by the collaboration of the Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) and the Parallel Programming Laboratory (PPL) at the University of Illinois at Urbana–Champaign. It was introduced in 1995 by Nelson et al. as a parallel molecular dynamics code enabling interactive simulation by linking to the visualization code VMD. NAMD has since matured, adding many features and scaling beyond 500,000 processor cores. NAMD has an interface to quantum chemistry packages ORCA and MOPAC, as well as a scripted interface to many other quantum packages. Together with Visual Molecular Dynamics (VMD) and QwikMD, NAMD's interface provides access to hybrid QM/MM simulations in an integrated, comprehensive, customizable, and easy-to-use suite. NAMD is available as freeware for non-commercial use by individuals, academic institutions, and corporations for in-house business uses. (en) NAMD(Nanoscale Molecular Dynamics, 이전 명칭: Not Another Molecular Dynamics Program)는 분자동역학 시뮬레이션을 위한 컴퓨터 소프트웨어로서 병렬 프로그래밍 모델을 사용하여 개발되었다. 병렬 효율성이 있는 것으로 알려져 있으며 수백만 개의 원자 등 대형 시스템을 시뮬레이트하기 위해 자주 사용된다. 1995년 넬슨 등이 시각화 코드 VMD를 연결시킴으로써 상호작용 시뮬레이션을 가능케 하는 병렬 분자 동역학 코드로 선보였다. NAMD는 그 뒤로 성숙하여 500,000개 이상의 프로세서 코어를 스케일링하며 수많은 기능을 더하고 있다. (ko) NAMD (Nanoscale Molecular Dinamics, precedentemente Not Another Molecular Dynamics Program) è un software per la modelazione molecolare scritto con il linguaggio di programmazione Charm++. Noto per la sua efficienza in ambienti di programmazione parallela, è spesso usato per simulazioni di sistemi complessi (milioni di atomi). (it) NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics program)は、フリーウェアの分子動力学シミュレーションパッケージの一つである。並列プログラミングモデルを用いて書かれ、並列効率の高さで知られており、大規模な系（数百万の原子）をシミュレートするためにしばしば使われている。NAMDはイリノイ大学アーバナ・シャンペーン校のTheoretical and Computational Biophysics Group (TCB) とParallel Programming Laboratory (PPL) との共同研究によって開発されている。 NAMDは1995年にNelsonらによって、可視化コードであるVMDとの連携によってインタラクティブなシミュレーションを可能にする並列分子動力学コードとして導入された。NAMDは、多くの機能を追加し、数千のプロセッサにスケーリングされ、成熟している。2020年8月現在の最新安定版は2.14である。 非商用利用する個人、学術機関、社内ビジネス目的の企業は、コンパイル済みのバイナリとソースコードの両方が無償で入手可能である。 (ja) NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) — бесплатная программа для молекулярной динамики, написанная с использованием модели параллельного программирования Charm++, обладающей высокой эффективностью распараллеливания и часто используемой для симуляции больших систем (миллионы атомов). Программа была создана совместно Группой Теоретической и Вычислительной Биофизики (TCB) и Лабораторией параллельного программирования (PPL) из Иллинойсского университета в Урбане и Шампейне. Программа была анонсирована в 1995 г Нэльсоном и др. как параллельная программа для молекулярной динамики, включающая интерактивное моделирование, связанное с программой визуализации . Программа поддерживает мультипроцессорность, возможность использовать для расчетов графические процессоры (технология CUDA). (ru) |
| dbo:computingPlatform | dbr:X86 dbr:X86-64 |
| dbo:developer | dbr:University_of_Illinois_at_Urbana–Champaign |
| dbo:genre | dbr:Molecular_dynamics |
| dbo:latestReleaseDate | 2020-08-05 (xsd:date) |
| dbo:latestReleaseVersion | 2.14 |
| dbo:license | dbr:Proprietary_software dbr:Freeware |
| dbo:operatingSystem | dbr:Unix dbr:Cross-platform dbr:Linux dbr:MacOS |
| dbo:programmingLanguage | dbr:C++ |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://www.nvidia.com/object/namd_on_tesla.html http://charm.cs.uiuc.edu/research/moldyn/ |
| dbo:wikiPageID | 306767 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 3990 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1098449920 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Quantum_chemistry dbr:MOPAC dbr:University_of_Illinois_at_Urbana–Champaign dbr:Unix dbr:Visual_Molecular_Dynamics dbr:Proprietary_software dbc:Science_software dbr:Cross-platform dbr:ORCA_(quantum_chemistry_program) dbr:Linux dbr:MacOS dbr:Comparison_of_software_for_molecular_mechanics_modeling dbr:C++ dbr:QM/MM dbr:Molecular_dynamics dbr:Atom dbc:Molecular_dynamics_software dbr:Charm++ dbr:Freeware dbr:Microsoft_Windows dbr:X86 dbr:X86-64 dbr:Software |
| dbp:developer | University of Illinois at Urbana–Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group , Parallel Programming Laboratory (en) |
| dbp:genre | Molecular dynamics simulation (en) |
| dbp:language | English (en) |
| dbp:latestReleaseDate | 2020-08-05 (xsd:date) |
| dbp:latestReleaseVersion | 2.140000 (xsd:double) |
| dbp:license | Proprietary, freeware for noncommercial use (en) |
| dbp:name | Nanoscale Molecular Dynamics (en) |
| dbp:operatingSystem | dbr:Unix dbr:Cross-platform dbr:Linux dbr:MacOS dbr:Microsoft_Windows |
| dbp:platform | dbr:X86 dbr:X86-64 |
| dbp:programmingLanguage | dbr:C++ |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Commons_category dbt:Infobox_software dbt:Official_website dbt:Reflist dbt:Start_date_and_age dbt:URL dbt:Computer-chemistry-stub dbt:Chemistry_software dbt:Science-software-stub |
| dct:subject | dbc:Science_software dbc:Molecular_dynamics_software |
| gold:hypernym | dbr:Package |
| rdf:type | owl:Thing dbo:Software schema:CreativeWork dbo:Work wikidata:Q386724 wikidata:Q7397 yago:Abstraction100002137 yago:Code106355894 yago:CodingSystem106353757 yago:Communication100033020 yago:Writing106359877 yago:WrittenCommunication106349220 yago:Software106566077 |
| rdfs:comment | NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program) es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares. Se hizo acreedor de un premio Gordon Bell en 2002. Está basado en objetos paralelos Charm++ y es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en cómodos clusters usando ethernet gigabit. NAMD usa el popular programa de presentación gráfica molecular VMD para configurar la simulación y analizar las trayectorias, siendo también parcialmente compatible con , CHARMM y X-PLOR. (es) NAMD (Nanoscale Molecular Dinamics, precedentemente Not Another Molecular Dynamics Program) è un software per la modelazione molecolare scritto con il linguaggio di programmazione Charm++. Noto per la sua efficienza in ambienti di programmazione parallela, è spesso usato per simulazioni di sistemi complessi (milioni di atomi). (it) NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics program)は、フリーウェアの分子動力学シミュレーションパッケージの一つである。並列プログラミングモデルを用いて書かれ、並列効率の高さで知られており、大規模な系（数百万の原子）をシミュレートするためにしばしば使われている。NAMDはイリノイ大学アーバナ・シャンペーン校のTheoretical and Computational Biophysics Group (TCB) とParallel Programming Laboratory (PPL) との共同研究によって開発されている。 NAMDは1995年にNelsonらによって、可視化コードであるVMDとの連携によってインタラクティブなシミュレーションを可能にする並列分子動力学コードとして導入された。NAMDは、多くの機能を追加し、数千のプロセッサにスケーリングされ、成熟している。2020年8月現在の最新安定版は2.14である。 非商用利用する個人、学術機関、社内ビジネス目的の企業は、コンパイル済みのバイナリとソースコードの両方が無償で入手可能である。 (ja) الديناميكيات الجزيئية النانوية (بالإنجليزية: Nanoscale Molecular Dynamics) وهي اختصار (NAMD). هو برنامج كمبيوتر لمحاكاة الدينميات الجزئية، وتمت كتابتة باستخدام نموذج البرمجة المتوازية (Charm++) تمت الملاحظة أن لديه كفاءة متوازية وغالبا ما يستخدم لمحاكاة الأنظمة الكبيرة (ملايين الذرات). تم العمل على تطويرة بالتعاون مع مجموعة الفيرياء الحيوية النظرية والحاسوبية (TCB) ومختبر البرمجة الموازية (PPL) في جامعة إلينوي في أوربانا شامبين. الآن يتوفر نامد كأكبر برنامج مجاني للإستخدام غير التجاري من قبل الأفراد والمؤسسات الأكادمية والشركات لكن للإستخدامات التجارية الداخلية فقط. (ar) NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics program) ist ein Programm zur Simulation molekulardynamischer Prozesse, das an der University of Illinois at Urbana-Champaign als Kooperationsprojekt zwischen der Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und dem Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird. Eine Besonderheit von NAMD ist das zugrunde liegende parallele Programmiermodell Charm++, das vom Parallel Programming Laboratory (PPL) entwickelt wird und NAMD eine Skalierung bis zu mehreren zehntausend Prozessoren erlaubt. (de) Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, formerly Not Another Molecular Dynamics Program) is computer software for molecular dynamics simulation, written using the Charm++ parallel programming model. It is noted for its parallel efficiency and is often used to simulate large systems (millions of atoms). It has been developed by the collaboration of the Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) and the Parallel Programming Laboratory (PPL) at the University of Illinois at Urbana–Champaign. (en) NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) — бесплатная программа для молекулярной динамики, написанная с использованием модели параллельного программирования Charm++, обладающей высокой эффективностью распараллеливания и часто используемой для симуляции больших систем (миллионы атомов). Программа была создана совместно Группой Теоретической и Вычислительной Биофизики (TCB) и Лабораторией параллельного программирования (PPL) из Иллинойсского университета в Урбане и Шампейне. (ru) |
| rdfs:label | NAMD (ar) NAMD (de) NAMD (es) NAMD (it) NAMD (ja) NAMD (ko) NAMD (en) NAMD (ru) |
| owl:sameAs | freebase:NAMD wikidata:NAMD dbpedia-ar:NAMD dbpedia-de:NAMD dbpedia-es:NAMD dbpedia-it:NAMD dbpedia-ja:NAMD dbpedia-ko:NAMD dbpedia-ru:NAMD dbpedia-sh:NAMD dbpedia-sr:NAMD dbpedia-tr:NAMD https://global.dbpedia.org/id/yo1U |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:NAMD?oldid=1098449920&ns=0 |
| foaf:homepage | http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:NAMD |
| foaf:name | Nanoscale Molecular Dynamics (en) |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Q-Chem dbr:Q_(software) dbr:OpenAtom dbr:Beckman_Institute_for_Advanced_Science_and_Technology dbr:Visual_Molecular_Dynamics dbr:Index_of_physics_articles_(N) dbr:Interface_force_field dbr:OPLS dbr:General-purpose_computing_on_graphics_processing_units dbr:GROMACS dbr:Grace_(plotting_tool) dbr:Molecular_mechanics dbr:MARTINI dbr:MBN_Explorer dbr:MDynaMix dbr:MacroModel dbr:Comparison_of_force-field_implementations dbr:Comparison_of_nucleic_acid_simulation_software dbr:Comparison_of_software_for_molecular_mechanics_modeling dbr:BOSS_(molecular_mechanics) dbr:CHARMM dbr:Laxmikant_Kale dbr:Abalone_(molecular_mechanics) dbr:PLUMED dbr:Molecular_dynamics dbr:Charm++ dbr:Free_energy_perturbation dbr:Klaus_Schulten dbr:OpenMM dbr:Metadynamics dbr:Molecular_modeling_on_GPUs dbr:Polish_Grid_Infrastructure_PL-Grid |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:NAMD |