Riboswitch (original) (raw)

About DBpedia

リボスイッチ（Riboswitch）とは、mRNA分子の一部分で、低分子化合物がそこに特異的に結合することで遺伝子発現が影響を受けるものをいう。リボスイッチを含むmRNAは標的分子の有無に応じて直接それ自身の活性調節に関与する。 ある種のリボスイッチが関与する代謝経路は数十年前から研究されてきたが、リボスイッチの存在が明らかになったのはごく最近で、最初の実験的確認は2002年のことである。この見逃しは、「遺伝子調節はmRNAではなくタンパク質によって行われる」というこれまでの思い込みによるものであろう。現在では遺伝子調節機構としてのリボスイッチが知られ、今後もさらに多くのリボスイッチが見出されると予想される。 これまでに知られているほとんどのリボスイッチは細菌で見出されたものであるが、植物と一部の菌類でもあるタイプのリボスイッチ（TPPリボスイッチ）が働いていることが明らかにされている。TPPリボスイッチは古細菌にも予測されているが、まだ実験的に確認されてはいない。

thumbnail

Property Value
dbo:abstract الريبوسويتش (بالإنجليزية: Riboswitch)‏ هو عنصر (تسلسل) من عناصر المنطقة 5' غير المترجمة في بعض جزيئات الرنا الرسول والذي يرتبط بجزيئات صغيرة ويعمل على تنظيم ترجمة البروتينات المشفرة بها. يتكون الريبوسويتش عادة من نطاقين: الأبتمر ومنصة التعبير، وظيفة الأبتمر هي التعرف على والارتباط بالجزيئات الصغيرة وعادة ما تكون مستقلبات التفاعل الذي يحفزه البروتين المشفر بواسطة ذلك الرنا الرسول، ارتباط الأمبتر يسبب تغييرا في بنية منصة التعبير التي تتخذ بنية ثانوية وتتآثر مع بروتينات الترجمة وتعمل على تنظيم التعبير عن ذلك الجين بتثبيط أو تنشيط عمل تلك البروتينات. أي أن الريبوسويتشات هي إحدى آليات تنظيم التعبير الجيني على مستوى الترجمة. يتداخل نطاقا الأبتمر ومنصة التعبير في منطقة تسمى تسلسل التبديل وهو المسؤول عن تطوي منصة التعبير إلى بنية ثانوية. اكتشاف أن الكائنات الحديثة تستخدم الرنا للارتباط بجزيئات صغيرة، وتميزها عن نظائرها الأكثر قربا، يوسع قدرات الرنا الطبيعية المعروفة زيادة على تشفير البروتينات، تحفيز التفاعلات أو الارتباط بجزيئات رنا أخرى أو جزيئات بروتينية ضخمة. التعريف الأصلي للمصطلح «ريبوسويتش» يشير إلى أنها تُحِسُّ مباشرة بتراكيز جزيئات المستقلبات الصغيرة. ورغم أن هذا التعريف مازال شائع الاستخدام، إلى أن بعض علماء البيولوجيا يستخدمون التعريف الأشمل الذي يشمل الأخرى. لوحظت الريبوسويتشات بشكل أساسي لدى البكتيريا، لكنها تتواجد كذلك لدى بعض النباتات، والفطريات، والعاثيات، والعتائق. وهي تنظم جزءا معتبرا من جينوم البكتيريا، على سبيل المثال: حوال 2% من جينوم العصوية الرقيقة ينظم بواسطة الريبوسويتشات. (ar) Στη μοριακή βιολογία, ριβοδιακόπτης είναι μία βραχεία αλληλουχία RNA, που αλλάζει διαμόρφωση όταν προσδένει μικρά μόρια, για παράδειγμα μεταβολίτες. Έτσι, ένα mRNA που περιέχει ριβοδιακόπτη εμπλέκεται άμεσα στη ρύθμιση της δικής του δραστηριότητας, σε απόκριση των συγκεντρώσεων του μορίου τελεστή του. Η ανακάλυψη ότι οι σύγχρονοι οργανισμοί χρησιμοποιούν το RNA για να δεσμεύσουν μικρά μόρια, επεκτείνει τις γνωστές φυσικές δυνατότητες του RNA πέρα ​​από την ικανότητά του να κωδικοποιεί πρωτεΐνες, να καταλύει αντιδράσεις ή να δεσμεύει άλλα RNA ή πρωτεϊνικά μακρομόρια. Ο αρχικός ορισμός του όρου ριβοδιακόπτης σχετίστηκε με τις συγκεντρώσεις μεταβολιτών. Οι περισσότερο γνωστοί ριβοδιακόπτες εμφανίζονται σε βακτήρια, αλλά λειτουργικοί ριβοδιακόπτες ενός τύπου (ριβοδιακόπτης TPP) έχουν ανακαλυφθεί σε φυτά και ορισμένους μύκητες. Ριβοδιακόπτες TPP έχουν προβλεφθεί επίσης για τα αρχαία, αλλά δεν έχουν δοκιμαστεί πειραματικά. (el) Riboswitches sind RNA-Elemente in den untranslatierten Regionen der mRNA, die niedermolekulare Metabolite binden und daraufhin die Genexpression regulieren. Sie können die Transkription oder Translation der eigenen mRNA regulieren. Regulatorproteine sind in diesem Fall also nicht nötig. Die meisten Riboswitches werden in Prokaryoten gefunden. Trotzdem treten sie auch in Archebakterien, Pilzen und Pflanzen (Thiaminpyrophosphat Riboswitches in Arabidopsis thaliana) auf. Mehr als zwei Prozent aller Gene im Bakterium Bacillus subtilis werden durch Riboswitches erkannt. Die Verteilung von Riboswitches in anderen Bakterien variiert stark. Die RNA bildet eine Sekundär- und Tertiärstruktur aus und erkennt damit Metabolite (beispielsweise Guanin, Adenin, L-Lysin). Bei dieser Struktur handelt es sich zumeist um ein Aptamer. Die Erkennung der Liganden erfolgt sehr präzise über die Erkennung von Ladungen, funktionellen Gruppen und den stereochemischen Eigenschaften. Um diese zu erkennen gibt es spezielle Taschen, die unter anderem durch Stacking und Schleifen gebildet werden. Wenn der Ligand bindet, so kommt es bei fast allen Riboswitches zu einer Konformationsänderung in der RNA. Dadurch kann die ribosomale Bindungsstelle (Shine-Dalgarno-Sequenz) im Inneren des RNA-Moleküls verborgen werden, wodurch es nicht zum Start der Translation kommt. Durch die Konformationsänderung kann es auch zur Bildung einer Haarnadelstruktur kommen, wodurch die Transkription abgebrochen wird. Beim GlmS-Riboswitch erfolgt die Regulation der Transkription durch Spaltung der mRNA nach Bindung des Liganden. Die Länge von Riboswitches variiert zwischen 35 und 200 bp. (de) Un riboswitch est un des systèmes de type riborégulateur. Il s'agit d'une structure d'ARN présente sur la partie amont (en 5'), non traduite, de certains ARN messagers. Un riboswitch comporte deux parties : l'aptamère (simple ou en tandem) et la plateforme d'expression. L'aptamère peut lier directement un ligand (une petite molécule) ce qui déclenche une modification de structure de la plateforme d'expression. Cette modification va influer sur l'expression du gène porté par l'ARNm en bloquant ou en activant la transcription ou la traduction de la protéine correspondante. Les riboswitches sont ainsi une des voies possibles de régulation de la traduction. Très souvent, le ligand du riboswitch est un métabolite de la réaction catalysée par la protéine codée par l'ARNm, ce qui conduit à un mécanisme de rétroaction directe. Les riboswitches ont été principalement observés chez les bactéries, bien qu'ils existent aussi chez certains plantes, champignons, phages et archées. Ils réguleraient ainsi une partie non négligeable du génome bactérien, par exemple environ 2 % du génome de B. subtilis est sous le contrôle de riboswitches. (fr) En biología molecular, un ribointerruptor es un segmento regulatorio de una molécula de ARN mensajero que se une a una molécula pequeña, resultando en un cambio en la producción de las proteínas codificadas por el ARNm.​​​​Un riboswitch es un elemento del ARN mensajero que es sensitivo a los metabolitos, este tipo de moléculas predominan en la región 5' que no es traducida.​ Algunos biólogos han usado una definición más amplia que incluye otros ARN que funcionan como elementos reguladores en cis. La mayor parte de los riboswitches conocidos se encuentran presentes en bacterias, pero los riboswitches funcionales de un tipo (el riboswitch TPP) han sido descubiertos en plantas y algunos hongos. Los riboswitches TPP también se han encontrado en arqueas,​ pero no han sido probados experimentalmente. Los riboswitches son importantes en las bacterias debido a que es una manera a través de la cual han ido perfeccionando su habilidad de poder regular la producción de recursos a través de este método de regulación de la expresión génica que permite disminuir la pérdida de recursos. (es) In molecular biology, a riboswitch is a regulatory segment of a messenger RNA molecule that binds a small molecule, resulting in a change in production of the proteins encoded by the mRNA. Thus, an mRNA that contains a riboswitch is directly involved in regulating its own activity, in response to the concentrations of its effector molecule. The discovery that modern organisms use RNA to bind small molecules, and discriminate against closely related analogs, expanded the known natural capabilities of RNA beyond its ability to code for proteins, catalyze reactions, or to bind other RNA or protein macromolecules. The original definition of the term "riboswitch" specified that they directly sense small-molecule metabolite concentrations. Although this definition remains in common use, some biologists have used a broader definition that includes other cis-regulatory RNAs. However, this article will discuss only metabolite-binding riboswitches. Most known riboswitches occur in bacteria, but functional riboswitches of one type (the TPP riboswitch) have been discovered in archaea, plants and certain fungi. TPP riboswitches have also been predicted in archaea, but have not been experimentally tested. (en) リボスイッチ（Riboswitch）とは、mRNA分子の一部分で、低分子化合物がそこに特異的に結合することで遺伝子発現が影響を受けるものをいう。リボスイッチを含むmRNAは標的分子の有無に応じて直接それ自身の活性調節に関与する。 ある種のリボスイッチが関与する代謝経路は数十年前から研究されてきたが、リボスイッチの存在が明らかになったのはごく最近で、最初の実験的確認は2002年のことである。この見逃しは、「遺伝子調節はmRNAではなくタンパク質によって行われる」というこれまでの思い込みによるものであろう。現在では遺伝子調節機構としてのリボスイッチが知られ、今後もさらに多くのリボスイッチが見出されると予想される。 これまでに知られているほとんどのリボスイッチは細菌で見出されたものであるが、植物と一部の菌類でもあるタイプのリボスイッチ（TPPリボスイッチ）が働いていることが明らかにされている。TPPリボスイッチは古細菌にも予測されているが、まだ実験的に確認されてはいない。 (ja) Een riboswitch (van ribonucleïnezuur (RNA), waaruit het bestaat, en het Engelse switch, 'aan-uitknop') is een RNA-sequentie die deel uitmaakt van een mRNA en een specifiek ligand kan binden en daarmee expressie van het betreffende gen beïnvloedt. Het is een aptameer dat van nature voorkomt in sommige bacteriën, planten en schimmels. (nl) In biologia molecolare, un riboswitch (o interruttore genico a RNA) è un corto filamento di RNA, parte di una molecola di mRNA, in grado di legare direttamente una piccola molecola bersaglio, e come effetto di questo legame modulare l'espressione di un gene. Un mRNA che contiene un riboswitch è pertanto direttamente coinvolto nella regolazione della propria attività, in risposta alla concentrazione delle sue molecole bersaglio. La scoperta che i moderni organismi usino RNA per legare piccole molecole, discriminando molecole analoghe strettamente correlate, ha ampliato le abilità naturali note dell'RNA al di là della sua abilità di codificare per proteine, catalizzare reazioni e legare altro RNA o macromolecole.La definizione originale di "riboswitch" sottolinea come essi siano sensibili direttamente alle concentrazioni di piccole molecole di metaboliti. Sebbene questa definizione sia rimasta nell'uso comune, alcuni biologi hanno concepito una definizione più ampia, che include altri RNA regolatori in cis. La maggior parte dei riboswitch conosciuti si trova nei batteri, ma un tipo di riboswitch funzionale (il riboswitch TPP) è stato scoperto nelle piante ed in certi funghi. Si pensa che il riboswitch TPP sia presente anche negli archibatteri, ma non è ancora stata ottenuta alcuna prova sperimentale al riguardo. (it) Ryboprzełączniki (ang. riboswitches) to ustrukturyzowane, (regiony niekodujące, regulujące transkrypcję sąsiadujących genów) cząsteczki RNA zlokalizowane w regionie 5’ UTR mRNA. Pełnią funkcje regulatorowe ekspresji genów, indukowane bodźcem (wiązanie liganda, zmiana warunków fizykochemicznych). Mechanizm ryboprzełączników jest ściśle związany z ich budową. (pl) Riboswitches são domínios complexos enovelados de RNA que servem como receptores para metabólitos específicos. Estes domínios são encontrados em regiões não codificadoras de proteínas de vários mRNAs, que controlam a expressão gênica de diversos genes através de mudanças estruturais do mRNA provocadas pela ligação com o metabólito. Os riboswitches são importantes elementos genéticos presentes em procariontes e eucariontes que estão envolvidos na regulação de processos metabólicos fundamentais e ficam localizados quase que exclusivamente em regiões não codificadoras de proteínas (- untranslated regions) na porção 5’. São compostos por dois domínios funcionais; o domínio aptâmero e a plataforma de expressão. O domínio aptâmero funciona como um sensor que reconhece o metabólito específico para aquele tipo de riboswitch. Após o reconhecimento do metabólito pelo domínio aptâmero, a plataforma de expressão, por sua vez, é quem provoca a alteração da estrutura a porção 5´-UTR do mRNA. A plataforma de expressão varia substancialmente até mesmo em organismo bastante próximos evolutivamente, o que reflete a diversidade de funções das plataformas de expressão. Os riboswitches podem modular a expressão gênica controlando a eficiência do início da tradução, o alongamento da transcrição do mRNA e até mesmo a estabilidade e o dos mRNAs. Portanto, um grande número de variações de plataformas de expressão permite ao riboswitches controlar a expressão gênica em diversos níveis. Até o momento, foram descobertas sete classes distintas de aptâmeros que reconhecem oito . Com uma única exceção, diferentes enovelamentos do são necessários para formar diferentes bolsões de ligação para os diferentes metabólitos. A exceção é uma classe de aptâmero que se liga à guanina, mas pode trocar a sua especificidade molecular para adenina através de uma única mutação. Abaixo, segue a descrição e o mecanismo de controle da expressão gênica de cada tipo de riboswitch: - Riboswitch sensível à coenzima B12: esta classe de riboswitch possui dois mecanismos de controle da expressão gênica. O primeiro deles , impede a transcrição do RNA e envolve a formação de um terminador intrínseco, uma estrutura em forma de loop, localizada na plataforma de expressão, que é seguido por seis ou mais resíduos de uracila que induz ao término da transcrição. Quando a coenzima B12 não está presente em quantidades suficientes, a transcrição de um mRNA associado a um riboswitch de B12 ocorre porque o aptâmero não consegue se complexar ao metabólito e forma um tronco antiterminador ,o qual impede a formação do terminador intrínseco e permite a transcrição da mRNA completo. Entretanto, quando as concentrações de coenzima B12 são suficientes, o mRNA liga-se a molécula de coenzima B12 que provoca uma mudança estrutural na molécula de mRNA, induzindo a formação do terminador intrínseco impedindo a transcrição. O segundo mecanismo utilizado pelo riboswitch de coenzima B12 para controlar a expressão gênica atua impedindo o início da tradução. A coenzima B12, quando em concentrações suficientes, é capaz de se ligar à molécula completa de mRNA e controlar o acesso ao sítio de ligação do ribossomo (ribosome-binding site – RBS). -Riboswitch sensível à tiamina pirofosfato (TPP): Esses riboswitches controlam a expressão gênica de tiamina pirofosfato, coenzimas necessárias para a atividade de enzimas descarboxilases, que atuam em importantes vias metabólicas. Esta classe de riboswitches controla a transcrição e a tradução de maneira similar aos riboswitches sensíveis à coenzima B12. -Riboswitch sensível à flavina mononucleotídeo (FMN): De maneira similar aos anteriores, estes riboswitches controlam a transcrição e a tradução de genes de flavinas mononucleotídeo, coenzimas necessárias para a atividade de enzimas redox-ativas. -Riboswitches sensíveis à guanina/adenina: Essa classe de riboswitches é capaz de se ligar à guanina e desta maneira, impedir a expressão de genes do metabolismo de guaninas, assim como, através de uma mutação C-U em sua estrutura, é capaz de se ligar a adenina e impedir a expressão de genes ligados a seu metabolismo. -Riboswitches sensíveis à S-adenosilmetionina (SAM): A S-adenosilmetionina (SAM) é usada como coenzima para metilases, mas em algumas bactérias ela constitui um importante sinal gênico. Em B. subtilis, por exemplo, são 11 unidades transcricionais (em procariontes, por conta dos óperons, um único transcrito pode dar origem a duas ou mais proteínas), que codificam 26 genes, são controlados por riboswitches sensíveis à SAM. Em B. antracis, 17 unidades transcricionais, ligadas a codificação de genes relacionados ao metabolismo de sulfa e biossíntese de cisteína, metionina e da própria SAM, são regulados por essa classe de riboswitches. -Riboswitches sensíveis à lisina: É o único tipo de riboswitch em que, ao contrário dos anteriores, a molécula reconhecida pelo aptâmero não possui similaridades químicas com ácidos nucléicos. Apesar disso, sua seqüência consenso e sua estrutura secundária são bastante conhecidas. -Riboswitches sensíveis à glucosamina 6-fosfato (GlcN6P): esses riboswitches apresentam um mecanismo diferente dos demais para controlar a expressão do gene glmS. Esse gene codifica uma enzima que produz glucosamina 6-fosfato (GlcN6P). A GlcN6P, por sua vez, ativa uma ribozima auto-clivante localizada na porção 5’-UTR do mRNA. Ainda não é claro se a ação da ribozima (neste caso, funcionando como um aptâmero) leva a repressão da expressão gênica por induzir alterações estruturais através da clivagem ou se outros processos estão envolvidos. De qualquer maneira, a integração entre ribozimas e aptâmeros adiciona novas possibilidades ao controle da expressão gênica através dos riboswitches. -Outros switches de RNA: Alguns elementos de RNA que exercem controle gênico em procariotos, como os termosensores de RNA e os T-Box RNAs, compartilham algumas características dos riboswitches, mas lhes falta alguma característica que impede de serem classificados como um riboswitch. Os termosensores de RNA localizam-se na região 5’-UTR do gene prfA de Listeria monocytogenes e bloqueiam o acesso ao sítio de ligação do ribossomo (RBS). Uma mudança na temperatura de 30°C para 37º induz um aumento de expressão do prfA, presumidamente pelo afastamento dos pares de bases da região do RBS e permitir o acesso do ribossomo. Experimentos de mutação indicam que a estabilidade da estrutura secundária é crucial para o funcionamento deste switch e, portanto, a molécula de RNA funciona como um termômetro molecular. Os T-Box RNAs são normalmente encontrados na porção 5’-UTR de genes que codificam aminoacil-tRNA-sintetases em bactérias Gram positivas. O reconhecimento entre o T-box RNA e o loop do anticódon do tRNA se dá pelo pareamento de suas bases. A expressão gênica é ativada na presença de tRNAs que não estão aminoacetilados. Os T-Box RNAs associados ao gene tyrS de B. subtilis funcionam como um bloqueador da transcrição. Quando o tRNA está aminoacetilado ele não consegue se ligar ao T-Box RNAs e sua transcrição não acontece. Entretanto, quando o tRNA não está aminoacetilado ele consegue se ligar ao T-Box RNA e sua transcrição acontece. (pt) 核糖開關 （英語：Riboswitch）是位于信使RNA(mRNA)上可结合小分子配基的操控元件。一般情况下，与配基结合的核糖開關通過改變二級结構或高級结構而改變其与下游信使RNA的相互作用狀態，從而達到调控信使RNA所编碼基因的功能。 多数核糖開關僅見於真细菌類生物體中，但也有少數在植物或真菌中被發現。 (zh) Рибопереключа́тель (англ. riboswitch) — элемент, как правило, 5'-нетранслируемой области (5'-НТО) мРНК (есть и рибосвичи в 3'-НТО, например, в гене THIC у резуховидки Таля, фермента биосинтеза тиамина). Он осуществляет цис-регуляцию мРНК, на которой находится, путём связывания с лигандами — разнообразными малыми молекулами, например, кобамамидом, тиаминпирофосфатом, лизином, глицином, флавинмононуклеотидом, гуанином, аденином и другими. Типичный рибопереключатель включает два основных домена: аптамерный домен, осуществляющий распознавание лиганда и связывание с ним, и платформу экспрессии (англ. expression platform), которая взаимодействует с белками транскрипции или трансляции. Аптамерный домен и платформа экспрессии перекрываются в области так называемой переключающей последовательности, которая и отвечает за сворачивание РНК в две взаимноисключающие вторичные структуры, за счёт чего и осуществляется регуляция. Рибопереключатели выявлены у представителей всех трёх доменов жизни, а также некоторых вирусов. (ru)
dbo:thumbnail wiki-commons:Special:FilePath/Lys_ribosw_1.jpg?width=300
dbo:wikiPageExternalLink http://rfam.xfam.org/family/RF00050 http://rfam.xfam.org/family/RF00059 http://rfam.xfam.org/family/RF00162 http://rfam.xfam.org/family/RF00167 http://rfam.xfam.org/family/RF00168 http://rfam.xfam.org/family/RF00174 http://rfam.xfam.org/family/RF00234 http://rfam.xfam.org/family/RF00380 http://rfam.xfam.org/family/RF00504 http://rfam.xfam.org/family/RF00521 http://rfam.xfam.org/family/RF00522 http://rfam.xfam.org/family/RF00634 http://rfam.xfam.org/family/RF01051 http://rfam.xfam.org/family/RF01054 http://rfam.xfam.org/family/RF01055 http://rfam.xfam.org/family/RF01057
dbo:wikiPageID 507342 (xsd:integer)
dbo:wikiPageLength 36812 (xsd:nonNegativeInteger)
dbo:wikiPageRevisionID 1112582550 (xsd:integer)
dbo:wikiPageWikiLink dbr:BLAST dbr:PreQ1-II_riboswitch dbr:PreQ1_riboswitch dbr:Purine dbr:Purine_riboswitch dbr:Pyrimidine dbr:Queuosine dbr:Messenger_RNA dbr:Nitrogen dbr:Nucleotide dbr:Metabolite dbr:Deoxyguanosine dbr:Antibiotic dbr:Aptamer dbr:Betaproteobacteria dbc:Riboswitch dbr:Rfam dbr:Riboflavin dbr:Ribozyme dbr:Untranslated_region dbr:Uracil dbr:Vitamin_B12 dbr:Downstream-peptide_motif dbr:PreQ1-III_riboswitch dbr:10-Formyltetrahydrofolate dbr:CrcB_RNA_Motif dbr:CrcB_RNA_motif dbr:SAH_riboswitch dbr:SAM-II_riboswitch dbr:SAM-IV_riboswitch dbr:SMK_box_riboswitch dbr:Gene_therapy dbr:Small_molecule dbr:RNA_thermometer dbr:Cobalamin dbr:Cobalamin_riboswitch dbr:Cobalt dbr:Fungus dbr:Gammaproteobacteria dbr:GlmS_glucosamine-6-phosphate_activated_ribozyme dbr:GlnA_RNA_motif dbr:Glucosamine dbr:Glutamine dbr:Glycine_riboswitch dbr:Moco_RNA_motif dbr:Cooperative_binding dbr:Archaea dbr:Lysine dbr:Lysine_riboswitch dbr:Manganese dbr:Clostridium_acetobutylicum dbr:Comparative_genomics dbr:YybP-ykoY_leader dbr:Macromolecule dbr:Tetrahydrofolate dbr:Bacteria dbr:Translation_(genetics) dbr:Ion dbr:Adenine dbr:Adenosylcobalamin dbr:Alphaproteobacteria dbc:Cis-regulatory_RNA_elements dbr:Cyclic_di-AMP dbr:Cyclic_di-GMP dbr:Cyclic_di-GMP-II_riboswitch dbr:Cyclic_di-GMP-I_riboswitch dbr:Cytosine dbr:FMN_riboswitch dbr:Flavin_mononucleotide dbr:Fluoride dbr:Nickel dbr:Protein dbr:RNA dbc:RNA dbr:Guanine dbr:Bacillus_subtilis dbr:Pfl_RNA_motif dbr:Lactobacillales dbr:Bioinformatics dbr:Biosynthesis dbr:TPP_riboswitch dbr:Effector_(biology) dbr:Homology_(biology) dbr:Translation_(biology) dbr:Plant dbr:Cis-regulatory_element dbr:Methionine_adenosyltransferase dbr:Methionine dbr:NiCo_riboswitch dbr:Catabolism dbr:Shine-Dalgarno_sequence dbr:YdaO/yuaA_leader dbr:YjdF_RNA_motif dbr:YkkC-yxkD_leader dbr:Neurospora_crassa dbr:Listeria_monocytogenes dbr:Molybdenum_cofactor dbr:Five_prime_untranslated_region dbr:ManA_RNA_motif dbr:Molecular_biology dbr:SAM_riboswitch_(S_box_leader) dbr:SAM-SAH_riboswitch dbr:S-adenosyl_methionine dbr:Tetrahydrofolate_riboswitch dbr:RNA_world_hypothesis dbr:Thiamin dbr:Upstream_Open_Reading_Frame dbr:Secondary_structure dbr:S-adenosylhomocysteine dbr:S-adenosylmethionine dbr:Rho-independent_transcription_termination dbr:Splicing_(genetics) dbr:Thiamin_pyrophosphate dbr:Cyclic_AMP-GMP dbr:Pyrithiamine dbr:Aquocobalamin dbr:Cyclic_AMP-GMP_riboswitch dbr:File:Lys_ribosw_1.jpg dbr:File:RF00167.jpg dbr:ZMP_(de_novo_purine_metabolism) dbr:ZTP_(de_novo_purine_metabolism)
dbp:state autocollapse (en)
dbp:title Gallery of secondary structure images (en)
dbp:titlestyle background:#e7dcc3 (en)
dbp:wikiPageUsesTemplate dbt:Authority_control dbt:Cite_book dbt:Cleanup_bare_URLs dbt:Gallery dbt:Reflist dbt:See_also dbt:Navbox
dcterms:subject dbc:Riboswitch dbc:Cis-regulatory_RNA_elements dbc:RNA
gold:hypernym dbr:Segment
rdf:type owl:Thing yago:WikicatCis-regulatoryRNAElements yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Component105868954 yago:Concept105835747 yago:Content105809192 yago:Idea105833840 yago:Part105867413 yago:PsychologicalFeature100023100 dbo:TelevisionEpisode
rdfs:comment リボスイッチ（Riboswitch）とは、mRNA分子の一部分で、低分子化合物がそこに特異的に結合することで遺伝子発現が影響を受けるものをいう。リボスイッチを含むmRNAは標的分子の有無に応じて直接それ自身の活性調節に関与する。 ある種のリボスイッチが関与する代謝経路は数十年前から研究されてきたが、リボスイッチの存在が明らかになったのはごく最近で、最初の実験的確認は2002年のことである。この見逃しは、「遺伝子調節はmRNAではなくタンパク質によって行われる」というこれまでの思い込みによるものであろう。現在では遺伝子調節機構としてのリボスイッチが知られ、今後もさらに多くのリボスイッチが見出されると予想される。 これまでに知られているほとんどのリボスイッチは細菌で見出されたものであるが、植物と一部の菌類でもあるタイプのリボスイッチ（TPPリボスイッチ）が働いていることが明らかにされている。TPPリボスイッチは古細菌にも予測されているが、まだ実験的に確認されてはいない。 (ja) Een riboswitch (van ribonucleïnezuur (RNA), waaruit het bestaat, en het Engelse switch, 'aan-uitknop') is een RNA-sequentie die deel uitmaakt van een mRNA en een specifiek ligand kan binden en daarmee expressie van het betreffende gen beïnvloedt. Het is een aptameer dat van nature voorkomt in sommige bacteriën, planten en schimmels. (nl) Ryboprzełączniki (ang. riboswitches) to ustrukturyzowane, (regiony niekodujące, regulujące transkrypcję sąsiadujących genów) cząsteczki RNA zlokalizowane w regionie 5’ UTR mRNA. Pełnią funkcje regulatorowe ekspresji genów, indukowane bodźcem (wiązanie liganda, zmiana warunków fizykochemicznych). Mechanizm ryboprzełączników jest ściśle związany z ich budową. (pl) 核糖開關 （英語：Riboswitch）是位于信使RNA(mRNA)上可结合小分子配基的操控元件。一般情况下，与配基结合的核糖開關通過改變二級结構或高級结構而改變其与下游信使RNA的相互作用狀態，從而達到调控信使RNA所编碼基因的功能。 多数核糖開關僅見於真细菌類生物體中，但也有少數在植物或真菌中被發現。 (zh) الريبوسويتش (بالإنجليزية: Riboswitch)‏ هو عنصر (تسلسل) من عناصر المنطقة 5' غير المترجمة في بعض جزيئات الرنا الرسول والذي يرتبط بجزيئات صغيرة ويعمل على تنظيم ترجمة البروتينات المشفرة بها. يتكون الريبوسويتش عادة من نطاقين: الأبتمر ومنصة التعبير، وظيفة الأبتمر هي التعرف على والارتباط بالجزيئات الصغيرة وعادة ما تكون مستقلبات التفاعل الذي يحفزه البروتين المشفر بواسطة ذلك الرنا الرسول، ارتباط الأمبتر يسبب تغييرا في بنية منصة التعبير التي تتخذ بنية ثانوية وتتآثر مع بروتينات الترجمة وتعمل على تنظيم التعبير عن ذلك الجين بتثبيط أو تنشيط عمل تلك البروتينات. أي أن الريبوسويتشات هي إحدى آليات تنظيم التعبير الجيني على مستوى الترجمة. يتداخل نطاقا الأبتمر ومنصة التعبير في منطقة تسمى تسلسل التبديل وهو المسؤول عن تطوي منصة التعبير إلى بنية ثانوية. (ar) Στη μοριακή βιολογία, ριβοδιακόπτης είναι μία βραχεία αλληλουχία RNA, που αλλάζει διαμόρφωση όταν προσδένει μικρά μόρια, για παράδειγμα μεταβολίτες. Έτσι, ένα mRNA που περιέχει ριβοδιακόπτη εμπλέκεται άμεσα στη ρύθμιση της δικής του δραστηριότητας, σε απόκριση των συγκεντρώσεων του μορίου τελεστή του. Η ανακάλυψη ότι οι σύγχρονοι οργανισμοί χρησιμοποιούν το RNA για να δεσμεύσουν μικρά μόρια, επεκτείνει τις γνωστές φυσικές δυνατότητες του RNA πέρα ​​από την ικανότητά του να κωδικοποιεί πρωτεΐνες, να καταλύει αντιδράσεις ή να δεσμεύει άλλα RNA ή πρωτεϊνικά μακρομόρια. (el) Riboswitches sind RNA-Elemente in den untranslatierten Regionen der mRNA, die niedermolekulare Metabolite binden und daraufhin die Genexpression regulieren. Sie können die Transkription oder Translation der eigenen mRNA regulieren. Regulatorproteine sind in diesem Fall also nicht nötig. Die meisten Riboswitches werden in Prokaryoten gefunden. Trotzdem treten sie auch in Archebakterien, Pilzen und Pflanzen (Thiaminpyrophosphat Riboswitches in Arabidopsis thaliana) auf. Mehr als zwei Prozent aller Gene im Bakterium Bacillus subtilis werden durch Riboswitches erkannt. Die Verteilung von Riboswitches in anderen Bakterien variiert stark. (de) En biología molecular, un ribointerruptor es un segmento regulatorio de una molécula de ARN mensajero que se une a una molécula pequeña, resultando en un cambio en la producción de las proteínas codificadas por el ARNm.​​​​Un riboswitch es un elemento del ARN mensajero que es sensitivo a los metabolitos, este tipo de moléculas predominan en la región 5' que no es traducida.​ Algunos biólogos han usado una definición más amplia que incluye otros ARN que funcionan como elementos reguladores en cis. (es) Un riboswitch est un des systèmes de type riborégulateur. Il s'agit d'une structure d'ARN présente sur la partie amont (en 5'), non traduite, de certains ARN messagers. Un riboswitch comporte deux parties : l'aptamère (simple ou en tandem) et la plateforme d'expression. L'aptamère peut lier directement un ligand (une petite molécule) ce qui déclenche une modification de structure de la plateforme d'expression. Cette modification va influer sur l'expression du gène porté par l'ARNm en bloquant ou en activant la transcription ou la traduction de la protéine correspondante. Les riboswitches sont ainsi une des voies possibles de régulation de la traduction. (fr) In molecular biology, a riboswitch is a regulatory segment of a messenger RNA molecule that binds a small molecule, resulting in a change in production of the proteins encoded by the mRNA. Thus, an mRNA that contains a riboswitch is directly involved in regulating its own activity, in response to the concentrations of its effector molecule. The discovery that modern organisms use RNA to bind small molecules, and discriminate against closely related analogs, expanded the known natural capabilities of RNA beyond its ability to code for proteins, catalyze reactions, or to bind other RNA or protein macromolecules. (en) In biologia molecolare, un riboswitch (o interruttore genico a RNA) è un corto filamento di RNA, parte di una molecola di mRNA, in grado di legare direttamente una piccola molecola bersaglio, e come effetto di questo legame modulare l'espressione di un gene. Un mRNA che contiene un riboswitch è pertanto direttamente coinvolto nella regolazione della propria attività, in risposta alla concentrazione delle sue molecole bersaglio. La scoperta che i moderni organismi usino RNA per legare piccole molecole, discriminando molecole analoghe strettamente correlate, ha ampliato le abilità naturali note dell'RNA al di là della sua abilità di codificare per proteine, catalizzare reazioni e legare altro RNA o macromolecole.La definizione originale di "riboswitch" sottolinea come essi siano sensibili di (it) Riboswitches são domínios complexos enovelados de RNA que servem como receptores para metabólitos específicos. Estes domínios são encontrados em regiões não codificadoras de proteínas de vários mRNAs, que controlam a expressão gênica de diversos genes através de mudanças estruturais do mRNA provocadas pela ligação com o metabólito. Os riboswitches são importantes elementos genéticos presentes em procariontes e eucariontes que estão envolvidos na regulação de processos metabólicos fundamentais e ficam localizados quase que exclusivamente em regiões não codificadoras de proteínas (- untranslated regions) na porção 5’. São compostos por dois domínios funcionais; o domínio aptâmero e a plataforma de expressão. (pt) Рибопереключа́тель (англ. riboswitch) — элемент, как правило, 5'-нетранслируемой области (5'-НТО) мРНК (есть и рибосвичи в 3'-НТО, например, в гене THIC у резуховидки Таля, фермента биосинтеза тиамина). Он осуществляет цис-регуляцию мРНК, на которой находится, путём связывания с лигандами — разнообразными малыми молекулами, например, кобамамидом, тиаминпирофосфатом, лизином, глицином, флавинмононуклеотидом, гуанином, аденином и другими. Типичный рибопереключатель включает два основных домена: аптамерный домен, осуществляющий распознавание лиганда и связывание с ним, и платформу экспрессии (англ. expression platform), которая взаимодействует с белками транскрипции или трансляции. Аптамерный домен и платформа экспрессии перекрываются в области так называемой переключающей последовательности, (ru)
rdfs:label Riboswitch (en) ريبوسويتش (ar) Riboswitch (de) Ριβοδιακόπτης (el) Riboswitch (es) Riboswitch (fr) Riboswitch (it) リボスイッチ (ja) Riboswitch (nl) Ryboprzełącznik (pl) Riboswitch (pt) Рибопереключатель (ru) 核糖开关 (zh)
rdfs:seeAlso dbr:AAC dbr:AAD_leader
owl:sameAs freebase:Riboswitch yago-res:Riboswitch wikidata:Riboswitch dbpedia-ar:Riboswitch dbpedia-de:Riboswitch dbpedia-el:Riboswitch dbpedia-es:Riboswitch dbpedia-fi:Riboswitch dbpedia-fr:Riboswitch dbpedia-gl:Riboswitch dbpedia-it:Riboswitch dbpedia-ja:Riboswitch dbpedia-nl:Riboswitch dbpedia-pl:Riboswitch dbpedia-pt:Riboswitch dbpedia-ru:Riboswitch dbpedia-tr:Riboswitch dbpedia-zh:Riboswitch https://global.dbpedia.org/id/3t3Sn
skos:closeMatch http://www.springernature.com/scigraph/things/subjects/riboswitches
prov:wasDerivedFrom wikipedia-en:Riboswitch?oldid=1112582550&ns=0
foaf:depiction wiki-commons:Special:FilePath/C-di-GMP-II-update.svg wiki-commons:Special:FilePath/Cyclic_di-GMP_riboswitch_secondary_structure.jpg wiki-commons:Special:FilePath/GlmS_ribozyme_secondary_structure.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Lys_ribosw_1.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Moco_riboswitch.svg wiki-commons:Special:FilePath/PreQ1-II.svg wiki-commons:Special:FilePath/RF00050.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00059.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00162.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00167.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00168.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00174.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00380.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00504.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00521.jpg wiki-commons:Special:FilePath/RF00522.jpg wiki-commons:Special:FilePath/SAH-riboswitch.svg wiki-commons:Special:FilePath/SAM-IV_secondary_structure.jpg wiki-commons:Special:FilePath/SAM-SAH-riboswitch.svg wiki-commons:Special:FilePath/SAM-V_SScon.png wiki-commons:Special:FilePath/SMK_riboswitch_structure.jpg wiki-commons:Special:FilePath/THF-riboswitch.svg
foaf:isPrimaryTopicOf wikipedia-en:Riboswitch
is dbo:wikiPageRedirects of dbr:Riboswitches
is dbo:wikiPageWikiLink of dbr:CarA_ncRNA_motif dbr:PreQ1-II_riboswitch dbr:PreQ1_riboswitch dbr:Purine_riboswitch dbr:QueA_RNA_motif dbr:Queuosine dbr:List_of_biophysically_important_macromolecular_crystal_structures dbr:Messenger_RNA dbr:Moco-II_RNA_motif dbr:Aptamer dbr:PemK_RNA_motif dbr:DIMPL dbr:Uup_RNA_motif dbr:Downstream-peptide_motif dbr:Intrinsic_termination dbr:Inverted_repeat dbr:Nucleic_acid_structure_prediction dbr:PreQ1-III_riboswitch dbr:SAH_riboswitch dbr:SAM-II_riboswitch dbr:SAM-IV_riboswitch dbr:SAM_riboswitch_(S-box_leader) dbr:SMK_box_riboswitch dbr:Gene_structure dbr:Nucleic_acid_tertiary_structure dbr:SAM-V_riboswitch dbr:RNA_motif dbr:RNA_origami dbr:RNA_therapeutics dbr:Chris_Abell dbr:Cluster_of_Excellence_Frankfurt_Macromolecular_Complexes dbr:Cobalamin_riboswitch dbr:GlmS_glucosamine-6-phosphate_activated_ribozyme dbr:Glossary_of_genetics dbr:Glossary_of_genetics_(M−Z) dbr:Glycine_riboswitch dbr:Moco_RNA_motif dbr:NLPC-P60_RNA_motif dbr:NMT1_RNA_motif dbr:NadA_RNA_motif dbr:Thiamine dbr:Optimer_ligand dbr:Lysine_riboswitch dbr:MalK_RNA_motifs dbr:SucA_RNA_motif dbr:Sul1_RNA_motif dbr:YybP-ykoY_leader dbr:RNAs_present_in_environmental_samples dbr:Karissa_Sanbonmatsu dbr:Transplastomic_plant dbr:Riboregulator dbr:Cyclic_di-GMP dbr:Cyclic_di-GMP-II_riboswitch dbr:Cyclic_di-GMP-I_riboswitch dbr:DUF1646_RNA_motif dbr:DUF805_RNA_motif dbr:FMN_riboswitch dbr:Fibro-purF_RNA_motif dbr:FolE_RNA_motif dbr:Pascale_Cossart dbr:Central_dogma_of_molecular_biology dbr:Dictyostelium_class_I_RNA dbr:Dinshaw_Patel dbr:Fluoride_riboswitch dbr:Glutamine_riboswitch dbr:History_of_RNA_biology dbr:Isocitrate_dehydrogenase dbr:List_of_Polish_Americans dbr:List_of_RNA_structure_prediction_software dbr:Tooth_enamel dbr:RNA dbr:Iwona_Stroynowski dbr:Bacterial_small_RNA dbr:TerC_RNA_motif dbr:Pfl_RNA_motif dbr:AAC/AAD_leader dbr:Charles_Yanofsky dbr:LOOT_RNA_motif dbr:Biomolecule dbr:TPP_riboswitch dbr:Effector_(biology) dbr:Mitzi_Kuroda dbr:Autoregulation dbr:Cis-regulatory_element dbr:Icd-II_ncRNA_motif dbr:Mesoplasma_florum_riboswitch dbr:NhaA-I_RNA_motif dbr:NiCo_riboswitch dbr:RaiA_RNA_motif dbr:YdaO/yuaA_leader dbr:YjdF_RNA_motif dbr:YkkC-yxkD_leader dbr:YkoK_leader dbr:YlbH_leader dbr:LysC dbr:Evgeny_Nudler dbr:ManA_RNA_motif dbr:Triple_helix dbr:Non-coding_RNA dbr:Riboswitches dbr:Pan_RNA_motif dbr:Tetrahydrofolate_riboswitch dbr:Riboswitch_s0670 dbr:WcaG_RNA_motif dbr:SAM-VI_riboswitch dbr:SAM–SAH_riboswitch
is dbp:rnaType of dbr:PreQ1-II_riboswitch dbr:PreQ1_riboswitch dbr:Purine_riboswitch dbr:SAH_riboswitch dbr:SAM-II_riboswitch dbr:SAM-IV_riboswitch dbr:SAM_riboswitch_(S-box_leader) dbr:SMK_box_riboswitch dbr:SAM-V_riboswitch dbr:Cobalamin_riboswitch dbr:GlmS_glucosamine-6-phosphate_activated_ribozyme dbr:Glycine_riboswitch dbr:Moco_RNA_motif dbr:Lysine_riboswitch dbr:Sul1_RNA_motif dbr:Cyclic_di-GMP-II_riboswitch dbr:DUF1646_RNA_motif dbr:FMN_riboswitch dbr:Fluoride_riboswitch dbr:TPP_riboswitch dbr:Mesoplasma_florum_riboswitch dbr:NhaA-I_RNA_motif dbr:RaiA_RNA_motif dbr:Tetrahydrofolate_riboswitch dbr:Riboswitch_s0670 dbr:SAM–SAH_riboswitch
is gold:hypernym of dbr:Cyclic_di-GMP-I_riboswitch
is foaf:primaryTopic of wikipedia-en:Riboswitch