Shotgun sequencing (original) (raw)

About DBpedia

Seqüenciació (shotgun) és una tècnica de laboratori per a determinar la seqüència del DNA del genoma d'un organisme. El mètode consisteix a trencar el genoma en una col·lecció de petits fragments de DNA que s'ordenen de forma individual. Un programa de computadores busca coincidències en les seqüències de DNA i les utilitza per col·locar els fragments individuals en l'ordre correcte per a reconstruir el genoma.

thumbnail

Property Value
dbo:abstract Seqüenciació (shotgun) és una tècnica de laboratori per a determinar la seqüència del DNA del genoma d'un organisme. El mètode consisteix a trencar el genoma en una col·lecció de petits fragments de DNA que s'ordenen de forma individual. Un programa de computadores busca coincidències en les seqüències de DNA i les utilitza per col·locar els fragments individuals en l'ordre correcte per a reconstruir el genoma. (ca) Schrotschuss-Sequenzierung bzw. Shotgun Sequencing ist in der Molekularbiologie eine Methode zur Sequenzierung langer DNA-Stränge. Sie wurde von 1979 bis 1981 entwickelt. Hierbei wird die DNA zunächst zufällig fragmentiert und die resultierenden Fragmente anschließend sequenziert (einige Sequenzierverfahren beinhalten zusätzlich einen Schritt, in dem die DNA vor der Sequenzierung vervielfältigt wird). Unter Anwendung bioinformatischer Methoden wird aus den Fragmenten anschließend die zugrundeliegende DNA-Sequenz rekonstruiert, wobei ein Minimum an Fehlern und Lücken in der Sequenz angestrebt wird. (de) En genética, la secuenciación de escopeta o shotgun sequencing es un método utilizado para secuenciar cadenas de ADN aleatorias. Recibe su nombre por analogía con el patrón de disparo cuasialeatorio de rápida expansión de una escopeta. El método de secuenciación de ADN por terminación de cadena ("secuenciación de Sanger") solo se puede utilizar para cadenas cortas de ADN de 100 a 1000 pares de bases. Debido a este límite de tamaño, las secuencias más largas se subdividen en fragmentos más pequeños que se pueden secuenciar por separado, y estas secuencias se ensamblan para dar la secuencia general. Hay dos métodos principales para este proceso de fragmentación y secuenciación. (o "chromosome walking") progresa a través de toda la hebra pieza por pieza, mientras que la secuenciación rápida es un proceso más rápido, pero más complejo que utiliza fragmentos aleatorios. En la secuenciación de escopeta,​​ ADN se divide al azar en numerosos segmentos pequeños, que se secuencian utilizando el método de terminación de cadena para obtener lecturas. Se obtienen múltiples lecturas superpuestas para el ADN diana realizando varias rondas de esta fragmentación y secuenciación. Los programas de computadora luego usan los extremos superpuestos de diferentes lecturas para ensamblarlos en una secuencia continua. La secuenciación por escopeta fue una de las tecnologías precursoras que fue responsable de permitir la secuenciación completa del genoma. (es) En génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu. La méthode de terminaison de chaîne du séquençage d'ADN ("méthode de Sanger") ne peut être utilisée que pour des brins d'ADN courts de 100 à 1 000 paires de bases. En raison de cette limite de taille, les séquences plus longues sont subdivisées en fragments plus petits qui peuvent être séquencés séparément, et ces séquences sont assemblées pour donner la séquence globale. Il existe deux méthodes principales pour ce processus de fragmentation et de séquençage. L'arpentage chromosomique (ou "marche des chromosomes") progresse sur le brin entier morceau par morceau, tandis que le séquençage shotgun est un processus plus rapide mais plus complexe qui utilise des fragments aléatoires. Dans le séquençage shotgun, l'ADN est décomposé aléatoirement en de nombreux petits segments, qui sont séquencés en utilisant la méthode de terminaison de chaîne pour obtenir des lectures (reads). Des lectures multiples qui se chevauchent sur l'ADN cible sont obtenues en effectuant plusieurs itérations de cette fragmentation et de ce séquençage. Les programmes informatiques utilisent ensuite les extrémités qui se chevauchent issues de différentes lectures pour les assembler en une séquence continue. Le séquençage shotgun était l'une des technologies fondatrices à l'origine des projets de séquençage complet du génome. (fr) In genetics, shotgun sequencing is a method used for sequencing random DNA strands. It is named by analogy with the rapidly expanding, quasi-random shot grouping of a shotgun. The chain-termination method of DNA sequencing ("Sanger sequencing") can only be used for short DNA strands of 100 to 1000 base pairs. Due to this size limit, longer sequences are subdivided into smaller fragments that can be sequenced separately, and these sequences are assembled to give the overall sequence. In shotgun sequencing, DNA is broken up randomly into numerous small segments, which are sequenced using the chain termination method to obtain reads. Multiple overlapping reads for the target DNA are obtained by performing several rounds of this fragmentation and sequencing. Computer programs then use the overlapping ends of different reads to assemble them into a continuous sequence. Shotgun sequencing was one of the precursor technologies that was responsible for enabling whole genome sequencing. (en) 샷건 시퀀싱(Shotgun sequencing)은 유전체 서열 분석 방식의 하나이다. DNA를 잘게 토막 낸 후 염기서열을 분석한 뒤, 이 서열 자료들을 컴퓨터에 넣으면 서로 겹치는 부분을 컴퓨터가 찾아내어 순서를 짜맞춰주는 방식이다. (ko) ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。 まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。 簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。 元の配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX第1回のショットガン配列 : XXXAGCATGCTGCAG TCATGCTTAGGCTAXXXX第2回のショットガン配列 : TTAGGCTAXXXX XXXAGCATGCTGCAGTCATGC再構築された配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX 実際に適用する際は数千から数百万件の配列を扱うことになり、またデータ中には転写やシークエンシングなどのエラーも入ってくる。このため実際のプロジェクトでこれらのアライメントの計算を行うには膨大な計算機資源が要求される。 2000年にはショットガン・シークエンシング法は、セレラ・ジェノミクス社によってヒトのゲノム（ヒトゲノム計画）にも適用されており、そこではヒトのDNAを正確にアライメントするために幾つものスーパーコンピュータが数ヶ月にも亘ってフル稼働したとされる。 (ja) Em genética, o Sequenciamento Shotgun ou Sequenciação Shotgun, também conhecido como Clonagem Shotgun, é um método usado para sequenciamento de fitas longas de DNA. É batizado por analogia com o padrão de fogo de rápida expansão, quase aleatório de uma caçadeira (em inglês: shotgun). O método de terminação de cadeia de sequenciamento de DNA (ou "Método de Sanger" por ter sido desenvolvido por Frederick Sanger) só pode ser usado para cadeias muito curtas de 100 a 1000 pares de bases. Sequências mais longas são subdivididas em fragmentos menores, que podem ser sequenciados separadamente, e, subsequentemente, elas são re-montadas para compor a sequência global. Dois métodos principais são usados para isso: (ou "chromosome walking") que progride através de toda a cadeia, pedaço por pedaço, e a Sequenciação Shotgun, que é um processo mais rápido, mas mais complexo que utiliza fragmentos aleatórios. Na Sequenciação Shotgun,o DNA é dividido aleatoriamente em numerosos pequenos segmentos, que são sequenciados utilizando o método de terminação de cadeia para obter leituras. Múltiplas leituras sobrepostas para o DNA-alvo são obtidas através da realização de várias rodadas desta fragmentação, e sequenciamento. Programas de computador, em seguida, usam as extremidades sobrepostas de diferentes leituras para reuni-las em uma sequência contínua. O sequenciamento Shotgun foi uma das tecnologias precursoras que foi responsável por possibilitar o . (pt) 霰彈槍定序法（Shotgun sequencing，又称鸟枪法）是一种广泛使用的为长DNA测序的方法，比傳統的定序法快速，但精確度較差。曾經使用於塞雷拉基因組（Celera Genomics）公司所主持的人類基因組計畫。 霰彈槍測序法的思想是將基因組打斷為數百萬個DNA片段，然後用一定的演算法將片斷的序列信息重新整合在一起，從而得到整個基因組序列。為了提高這一方法的效率，1980年代，測序和片斷信息整合達到了自動化。這一方法雖然已被用於序列長達6百萬個鹼基對的細菌基因組測序，但對於人類基因組中30億個鹼基對的序列測定，這一技術能否成功在當時還未有定論。 (zh) Метод дробовика (англ. Shotgun sequencing) — метод, используемый для секвенирования длинных участков ДНК. Суть метода состоит в получении случайной массированной выборки клонированных фрагментов ДНК данного организма, на основе которых может быть восстановлена исходная последовательность ДНК. Предпосылкой для возникновения метода дробовика являлся тот факт, что первые методы секвенирования были способны восстанавливать лишь небольшие последовательности ДНК порядка 1000 нуклеотидов, следовательно, для секвенирования более длинных последовательностей требовалось разработать новый подход. При секвенировании методом дробовика ДНК случайным образом фрагментируется на мелкие участки, которые затем секвенируют любым доступным методом, например, методом секвенирования по Сэнгеру. Полученные перекрывающиеся случайные фрагменты ДНК затем собирают с помощью специального программного обеспечения в одну целую последовательность. Метод дробовика использовался при получении первых полных геномов организмов. (ru)
dbo:thumbnail wiki-commons:Special:FilePath/Whole_genome_shotgun_...ical_shotgun_sequencing.png?width=300
dbo:wikiPageExternalLink https://web.archive.org/web/20110514111214/http:/www.the-scientist.com/news/20021231/06/ http://www.the-scientist.com/news/20021231/06 http://www.spaceref.com/news/viewpr.html%3Fpid=21532
dbo:wikiPageID 28616 (xsd:integer)
dbo:wikiPageLength 22622 (xsd:nonNegativeInteger)
dbo:wikiPageRevisionID 1122354589 (xsd:integer)
dbo:wikiPageWikiLink dbr:Nucleotide dbr:DNA dbr:DNA_sequencing_theory dbr:Polymerase_chain_reaction dbc:Bioinformatics dbc:Metagenomics dbr:Gene_mapping dbr:Genetics dbr:Genome dbc:1981_in_biotechnology dbr:Contig dbr:Long-read_sequencing dbr:Shot_grouping dbr:Shotgun dbr:Clinical_metagenomic_sequencing dbr:Haemophilus_influenzae dbr:Sequence_assembly dbr:Paired-end_tag dbr:Whole_genome_sequencing dbr:Drosophila_melanogaster dbr:Jared_Roach dbr:K-mer dbr:Gut_flora dbr:Sequencing dbc:DNA_sequencing dbc:Molecular_biology dbr:DNA_sequencing dbr:Base_calling dbr:Base_pair dbr:Cauliflower_mosaic_virus dbr:Restriction_digest dbr:Repeated_sequence_(DNA) dbr:Bacterial_artificial_chromosome dbr:Taxonomy_(biology) dbr:The_Institute_for_Genomic_Research dbr:Hypoxanthine-guanine_phosphoribosyltransferase dbr:Human_Genome_Project dbr:Human_genome dbr:Sequence-tagged_site dbr:Euchromatin dbr:Sanger_sequencing dbr:P1-derived_artificial_chromosome dbr:BAC_library dbr:Vector_DNA dbr:Amplicon_sequencing dbr:Celera_Genomics dbr:Clone_(genetics) dbr:File:Whole_genome_shotgun_sequencing_versus_Hierarchical_shotgun_sequencing.png dbr:File:Tiling_path.png
dbp:wikiPageUsesTemplate dbt:Citation_needed dbt:Cite_web dbt:Main dbt:Refbegin dbt:Refend dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:NCBI-handbook
dct:subject dbc:Bioinformatics dbc:Metagenomics dbc:1981_in_biotechnology dbc:DNA_sequencing dbc:Molecular_biology
gold:hypernym dbr:Method
rdf:type dbo:Software yago:WikicatBiologicalTechniquesAndTools yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:PsychologicalFeature100023100 yago:Technique105665146
rdfs:comment Seqüenciació (shotgun) és una tècnica de laboratori per a determinar la seqüència del DNA del genoma d'un organisme. El mètode consisteix a trencar el genoma en una col·lecció de petits fragments de DNA que s'ordenen de forma individual. Un programa de computadores busca coincidències en les seqüències de DNA i les utilitza per col·locar els fragments individuals en l'ordre correcte per a reconstruir el genoma. (ca) Schrotschuss-Sequenzierung bzw. Shotgun Sequencing ist in der Molekularbiologie eine Methode zur Sequenzierung langer DNA-Stränge. Sie wurde von 1979 bis 1981 entwickelt. Hierbei wird die DNA zunächst zufällig fragmentiert und die resultierenden Fragmente anschließend sequenziert (einige Sequenzierverfahren beinhalten zusätzlich einen Schritt, in dem die DNA vor der Sequenzierung vervielfältigt wird). Unter Anwendung bioinformatischer Methoden wird aus den Fragmenten anschließend die zugrundeliegende DNA-Sequenz rekonstruiert, wobei ein Minimum an Fehlern und Lücken in der Sequenz angestrebt wird. (de) 샷건 시퀀싱(Shotgun sequencing)은 유전체 서열 분석 방식의 하나이다. DNA를 잘게 토막 낸 후 염기서열을 분석한 뒤, 이 서열 자료들을 컴퓨터에 넣으면 서로 겹치는 부분을 컴퓨터가 찾아내어 순서를 짜맞춰주는 방식이다. (ko) 霰彈槍定序法（Shotgun sequencing，又称鸟枪法）是一种广泛使用的为长DNA测序的方法，比傳統的定序法快速，但精確度較差。曾經使用於塞雷拉基因組（Celera Genomics）公司所主持的人類基因組計畫。 霰彈槍測序法的思想是將基因組打斷為數百萬個DNA片段，然後用一定的演算法將片斷的序列信息重新整合在一起，從而得到整個基因組序列。為了提高這一方法的效率，1980年代，測序和片斷信息整合達到了自動化。這一方法雖然已被用於序列長達6百萬個鹼基對的細菌基因組測序，但對於人類基因組中30億個鹼基對的序列測定，這一技術能否成功在當時還未有定論。 (zh) En genética, la secuenciación de escopeta o shotgun sequencing es un método utilizado para secuenciar cadenas de ADN aleatorias. Recibe su nombre por analogía con el patrón de disparo cuasialeatorio de rápida expansión de una escopeta. Hay dos métodos principales para este proceso de fragmentación y secuenciación. (o "chromosome walking") progresa a través de toda la hebra pieza por pieza, mientras que la secuenciación rápida es un proceso más rápido, pero más complejo que utiliza fragmentos aleatorios. (es) In genetics, shotgun sequencing is a method used for sequencing random DNA strands. It is named by analogy with the rapidly expanding, quasi-random shot grouping of a shotgun. The chain-termination method of DNA sequencing ("Sanger sequencing") can only be used for short DNA strands of 100 to 1000 base pairs. Due to this size limit, longer sequences are subdivided into smaller fragments that can be sequenced separately, and these sequences are assembled to give the overall sequence. (en) En génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu. Le séquençage shotgun était l'une des technologies fondatrices à l'origine des projets de séquençage complet du génome. (fr) ショットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。 まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。 簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。 元の配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX第1回のショットガン配列 : XXXAGCATGCTGCAG TCATGCTTAGGCTAXXXX第2回のショットガン配列 : TTAGGCTAXXXX XXXAGCATGCTGCAGTCATGC再構築された配列 : XXXAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTAXXXX (ja) Em genética, o Sequenciamento Shotgun ou Sequenciação Shotgun, também conhecido como Clonagem Shotgun, é um método usado para sequenciamento de fitas longas de DNA. É batizado por analogia com o padrão de fogo de rápida expansão, quase aleatório de uma caçadeira (em inglês: shotgun). O sequenciamento Shotgun foi uma das tecnologias precursoras que foi responsável por possibilitar o . (pt) Метод дробовика (англ. Shotgun sequencing) — метод, используемый для секвенирования длинных участков ДНК. Суть метода состоит в получении случайной массированной выборки клонированных фрагментов ДНК данного организма, на основе которых может быть восстановлена исходная последовательность ДНК. Метод дробовика использовался при получении первых полных геномов организмов. (ru)
rdfs:label Shotgun sequencing (ca) Schrotschuss-Sequenzierung (de) Secuenciación de escopeta (es) Séquençage shotgun (fr) 샷건 시퀀싱 (ko) ショットガン・シークエンシング法 (ja) Sequenciamento Shotgun (pt) Shotgun sequencing (en) Метод дробовика (ru) 霰彈槍定序法 (zh)
owl:sameAs freebase:Shotgun sequencing wikidata:Shotgun sequencing dbpedia-ca:Shotgun sequencing dbpedia-de:Shotgun sequencing dbpedia-es:Shotgun sequencing dbpedia-fa:Shotgun sequencing dbpedia-fr:Shotgun sequencing dbpedia-gl:Shotgun sequencing dbpedia-he:Shotgun sequencing dbpedia-ja:Shotgun sequencing dbpedia-ko:Shotgun sequencing dbpedia-pt:Shotgun sequencing dbpedia-ro:Shotgun sequencing dbpedia-ru:Shotgun sequencing dbpedia-zh:Shotgun sequencing https://global.dbpedia.org/id/9j4q
prov:wasDerivedFrom wikipedia-en:Shotgun_sequencing?oldid=1122354589&ns=0
foaf:depiction wiki-commons:Special:FilePath/Tiling_path.png wiki-commons:Special:FilePath/Whole_genome_shotgun_...s_Hierarchical_shotgun_sequencing.png
foaf:isPrimaryTopicOf wikipedia-en:Shotgun_sequencing
is dbo:knownFor of dbr:Jared_Roach
is dbo:wikiPageDisambiguates of dbr:Shotgun_(disambiguation)
is dbo:wikiPageRedirects of dbr:Metagenomic_shotgun_sequencing dbr:Paired_End_assembly dbr:Paired_end dbr:Paired_end_sequencing dbr:Shotgun_Sequencing dbr:Fold_coverage dbr:Whole-genome_shotgun dbr:Whole_genome_shotgun dbr:Whole_genome_shotgun_sequencing dbr:Shot_gun_sequencing dbr:Shotgun_cloning dbr:Shotgun_method dbr:Shotgun_technique
is dbo:wikiPageWikiLink of dbr:Caenorhabditis_elegans dbr:Prenatal_testing dbr:Primer_walking dbr:METAGENassist dbr:Metagenomics dbr:Metatranscriptomics dbr:Methanocaldococcus_jannaschii dbr:Methanohalophilus_mahii dbr:Animal_genetic_resources_for_food_and_agriculture dbr:Archaeal_Richmond_Mine_acidophilic_nanoorganisms dbr:Human_Microbiome_Project dbr:Culturomics_(microbiology) dbr:DNA_sequencing_theory dbr:De_novo_transcriptome_assembly dbr:Deep_biosphere dbr:Earth_Microbiome_Project dbr:Index_of_biotechnology_articles dbr:Index_of_genetics_articles dbr:Index_of_molecular_biology_articles dbr:Information_Age dbr:Internal_transcribed_spacer dbr:Rare_biosphere dbr:Propionispira_raffinosivorans dbr:Craig_Venter dbr:Chicken_as_biological_research_model dbr:Gene_map dbr:Genome_project dbr:Genomic_library dbr:Shotgun_lipidomics dbr:Quahog_parasite_unknown dbr:Vampirovibrio_chlorellavorus dbr:WU_polyomavirus dbr:Genomics dbr:Glossary_of_genetics dbr:Glossary_of_genetics_(M−Z) dbr:Contig dbr:Chlamydia_felis dbr:Clinical_metagenomic_sequencing dbr:Horizontal_correlation dbr:Sequence_assembly dbr:Medicago_truncatula dbr:Microbacterium_virus_MuffinTheCat dbr:Wheat dbr:Whole_genome_sequencing dbr:Dog_behavior dbr:Hadesarchaea dbr:Jared_Roach dbr:Radix_balthica dbr:Aeroplankton dbr:DNA_sequencing dbr:Cell-free_fetal_DNA dbr:Chromosome_jumping dbr:Chromothripsis dbr:Dictyostelium_class_II_RNA dbr:Dictyostelium_class_I_RNA dbr:History_of_biology dbr:Iron_Mountain_Mine dbr:Isolation_(microbiology) dbr:Bacillus_safensis dbr:Bacterial_artificial_chromosome dbr:Hybrid_genome_assembly dbr:AMPHORA dbr:Joachim_Messing dbr:Bioinformatics dbr:Bit_nibbler dbr:Populus_trichocarpa dbr:Source_attribution dbr:Human_Genome_Project dbr:Human_microbiome dbr:Metagenomic_shotgun_sequencing dbr:MEGAN dbr:Major_urinary_proteins dbr:Mycoplasma_genitalium dbr:Sequence-tagged_site dbr:SequenceVariantAnalyzer dbr:Shotgun_(disambiguation) dbr:Whole_genome_bisulfite_sequencing dbr:Viral_metagenomics dbr:Lysinibacillus_fusiformis dbr:Mycoplasma_alligatoris dbr:Mya_Breitbart dbr:Schistosoma_mansoni dbr:Nocardiopsis_sinuspersici dbr:Paleogenomics dbr:Shotgun_proteomics dbr:Outline_of_biology dbr:Outline_of_genetics dbr:Takifugu_rubripes dbr:Rathayibacter_toxicus dbr:Takeda_Awards dbr:Virome dbr:Paired_End_assembly dbr:Paired_end dbr:Paired_end_sequencing dbr:Shotgun_Sequencing dbr:Fold_coverage dbr:Whole-genome_shotgun dbr:Whole_genome_shotgun dbr:Whole_genome_shotgun_sequencing dbr:Shot_gun_sequencing dbr:Shotgun_cloning dbr:Shotgun_method dbr:Shotgun_technique
is dbp:knownFor of dbr:Jared_Roach
is foaf:primaryTopic of wikipedia-en:Shotgun_sequencing