Metagenomics (original) (raw)
Metagenomika adalah suatu ilmu yang mempelajari yaitu seluruh DNA dari suatu ekosistem secara lengkap (bukan hanya dari satu organisme saja), misalnya segenggam tanah, sepuluh mililiter air laut, atau isi perut manusia. Dengan membaca seluruh cetak biru genetik dari seluruh spesies organisme yang ada pada suatu ekosistem, dapat diketahui jenis-jenis organisme (mikrob) apa saja yang terdapat dalam ekosistem mikro tersebut, serta interaksi yang terjadi di dalamnya.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | هي دراسة المادة الوراثية المستخرجة مباشرة من العينات البيئية. يمكن الإشارة إلى المجال الواسع أيضًا باسم الجينوم البيئي أو الجينوميات المجتمعية. في حين أن علم الأحياء المجهرية التقليدية وتسلسل الجينوم الميكروبي وعلم الجينوم يعتمدان على الثقافات المستنسخة المزروعة ، فإن تسلسل الجينات البيئية المبكرة استنسخ جينات معينة لإنتاج لمحة عن التنوع في عينة طبيعية. وكشف هذا العمل أن الغالبية العظمى من التنوع البيولوجي الميكروبي قد ضاعت من خلال الأساليب القائمة على الزراعة. تستخدم الدراسات الحديثة إما «بندقية» أو تسلسل موجه PCR للحصول على عينات غير متحيزة إلى حد كبير من جميع الجينات من جميع أفراد المجتمعات التي تم أخذ عينات منها. نظرًا لقدرتها على الكشف عن التنوع الخفي سابقًا للحياة المجهرية، تقدم metagenomics عدسة قوية لمشاهدة العالم الميكروبي الذي لديه القدرة على إحداث ثورة في فهم العالم الحي بأكمله. مع استمرار انخفاض سعر تسلسل الحمض النووي، تسمح الميتاجينوميات الآن بالتحقيق في علم البيئة الجرثومية على نطاق وتفصيل أكبر بكثير من ذي قبل. (ar) La metagenòmica és la ciència que estudia els gens microbians extrets directament de comunitats en mostres ambientals sense cultivar. La microbiologia tradicional i la seqüenciació del genoma microbià es basen cultius clonats. La metagenòmica, un camp d'estudi relativament nou, permet fer estudis d'organismes que no poden ser fàcilment cultivats en un laboratori, així com estudis d'organismes en el seu medi natural. Els primers intents de seqüenciar gens del medi ambient van ser dedicats a la clonació de gens específics (habitualment el gen 16s rRNA) per produir un perfil de diversitat en una mostra natural. Aquest estudi va revelar que la gran majoria de la diversitat microbiana s'havia perdut a través dels mètodes basats en el cultiu. L'ús del prefix meta fa referència a «allò que ve després». Aquí, la metagenòmica ve després de la genòmica estudiant els organismes microbians directament en el seu ambient sense passar per una etapa de cultiu en laboratori. La metagenòmica és un nou camp de l'estudi genètic que ha estat possible gràcies a l'abaratiment de cost i a la rapidesa de la nova generació de tecnologies de seqüenciació ('next generation sequencing' o NGS). (ca) Metagenomika studuje genetický materiál získaný z různých prostředí. Zatímco mikrobiologie, sekvenování DNA a genomika používají ke studiu kultivované vzorky mikroorganismů, ukázalo se, že izolace organismů silně podhodnocuje skutečnou mikrobiální diversitu. Současné metagenomické studie používají sekvenování celkové DNA izolované ze studovaného prostředí. Protože metagenomika nachází nové sekvence DNA a jejich prostřednctvím dosud nepoznané druhy organismů, vytváří prostor pro nové objevy. S klesající cenou sekvenace DNA se metagenomické postupy aplikují na nové oblasti. Vývoj metagenomiky podpořily doklady o tom, že dosud nekultivované mikroorganismy představují převládající organismy ve většině prostředí na Zemi. Důkazem jsou analýzy genových sekvencí ribozomální DNA přímo v prostředí. Jde o přístup, který není závislý na kultivaci a který vedl k objevu ohromujících nových vazeb mikrobiálního světa. (cs) Metagenomik (englisch metagenomics) ist ein Forschungsgebiet der Biowissenschaften, bei dem genetisches Material direkt aus Umweltproben extrahiert, sequenziert und analysiert wird. Dies unterscheidet es von klassischen mikrobiologischen Methoden bei denen Mikroorganismen vor der DNA-Extraktion kultiviert werden. Metagenomische Methoden ermöglichen die Identifizierung von Mikroorganismen unabhängig von ihrer Kultivierbarkeit. Neben den damit erstmals ermöglichten Einblicken in die Komplexität der Physiologie und der Ökologie von Mikroorganismen bergen metagenomische Ansätze mit der Analyse der natürlich vorkommenden Biodiversität auch ein gewaltiges Potential für die Identifizierung und Entwicklung neuer biotechnologischer und pharmazeutischer Produkte. Metagenomische Analysen können sich nicht nur auf Mikroorganismengesellschaften, sondern auch auf Tiere und Pflanzen beziehen, um etwa deren spät-pleistozänen Vorkommen im Permafrostboden zu analysieren, ohne deren Fossilien makroskopisch wahrzunehmen. Zwei generelle Typen von metagenomischen Untersuchungen können unterschieden werden: funktionelle Ansätze und sequenzorientierte Ansätze. (de) La metagenómica se define como el estudio del material genético, el cual es obtenido directamente de muestras ambientales. Este amplio campo también puede ser conocido como genómica ambiental, ecogenómica o genómica de la comunidad. Por otro lado, la microbiología tradicional, la secuenciación del genoma microbiano y la genómica están basadas en la clonación. Las primeras secuenciaciones génicas clonaban genes específicos (normalmente el gen del ARNr 16S) para producir un perfil específico de la diversidad en una muestra natural. Dicho trabajo reveló que la gran mayoría de la biodiversidad microbiana se había perdido debido a los métodos basados en el cultivo. Estudios recientes, usando tanto secuenciación escopeta como el método de secuenciación de PCR dirigido para obtener muestras no alteradas de todos los genes de todos los miembros de la comunidad de la muestra tomada. Debido a su habilidad para revelar la vida microscópica previa escondida, la metagenómica ofrece una manera poderosa de poder ver y conocer el mundo microbiano que tiene el potencial de revolucionar el entendimiento de todo el mundo vivo. Como el precio de la secuenciación de ADN sigue cayendo, la metagenómica ahora permite investigar la ecología microbiana a mayor escala y con mejor detalle que antes. (es) La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Cette approche, via le séquençage direct de l'ADN présent dans l'échantillon, permet une description génomique du contenu de l'échantillon, mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d'un environnement. L'utilisation du préfixe « méta- » signifiant « au-delà », « après » ; ici, la métagénomique vient au-delà la génomique en étudiant les organismes directement dans leur environnement sans passer par une étape de culture en laboratoire. (fr) Metagenomics is the study of genetic material recovered directly from environmental or clinical samples. The broad field may also be referred to as environmental genomics, ecogenomics, community genomics or microbiomics. While traditional microbiology and microbial genome sequencing and genomics rely upon cultivated clonal cultures, early environmental gene sequencing cloned specific genes (often the 16S rRNA gene) to produce a profile of diversity in a natural sample. Such work revealed that the vast majority of microbial biodiversity had been missed by cultivation-based methods. Because of its ability to reveal the previously hidden diversity of microscopic life, metagenomics offers a powerful lens for viewing the microbial world that has the potential to revolutionize understanding of the entire living world. As the price of DNA sequencing continues to fall, metagenomics now allows microbial ecology to be investigated at a much greater scale and detail than before. Recent studies use either "shotgun" or PCR directed sequencing to get largely unbiased samples of all genes from all the members of the sampled communities. (en) Metagenomika adalah suatu ilmu yang mempelajari yaitu seluruh DNA dari suatu ekosistem secara lengkap (bukan hanya dari satu organisme saja), misalnya segenggam tanah, sepuluh mililiter air laut, atau isi perut manusia. Dengan membaca seluruh cetak biru genetik dari seluruh spesies organisme yang ada pada suatu ekosistem, dapat diketahui jenis-jenis organisme (mikrob) apa saja yang terdapat dalam ekosistem mikro tersebut, serta interaksi yang terjadi di dalamnya. (in) 군유전체학은 영어의 "metagenomics"를 번역한 말이다. 군유전체학은(메타지노믹스)는 배양가능하지 않은 미생물전체를 한꺼번에 갈아서 동정한 결과물인 DNA나, RNA 등을 한꺼번에 유기적으로 연구하는 체학의 한 분야를 말한다. 식물과 동물, 바이러스까지의 모든 생명계를 다 포함하여 동정, 분류하여 연구하는 것은 이보다 더 큰 개념인 통유전체학(pangenomics)이라고 한다. (ko) La metagenomica è un approccio basato sull'utilizzo di tecniche genomiche moderne per lo studio di comunità microbiche direttamente nel loro ambiente naturale, con il vantaggio di evitare il problema del prelevamento e coltivazione in laboratorio, attualmente viene applicata in ambienti acquatici e terricoli, ma vi sono anche approcci verso la metagenomica atmosferica . Si basa sul sequenziamento del genoma di microrganismi di uno stesso luogo, la cui analisi effettuata nel proprio habitat naturale viene definita metagenoma, pionieri di questa tecnica sono stati Carl Woese e nel 1981. La maggior parte di questi organismi è di difficile coltivazione a causa delle loro particolari esigenze (temperature elevatissime, pressioni pari a quella dei fondali oceanici, concentrazioni saline alte, ecc). Non potendo coltivare queste forme di vita, occorre un prelievo nei siti in cui esse crescono attivamente. Ad esempio, cercando un particolare microrganismo produttore di petrolio, occorre un carotaggio in un terreno dove sappiamo si trova un giacimento. Si estrae il DNA che è presente in tutto il campione e si avvia il sequenziamento. Saranno presenti genomi di svariati organismi (tra cui anche insetti e altre forme di vita), ma non interessa tanto andare a sequenziare un genoma in particolare, bensì solo identificare quel particolare gene produttore di petrolio. Questa tecnica ovviamente si può applicare anche per la ricerca di un nuovo antibiotico, di produttori di metano, etc. (it) メタゲノミクス（英:Metagenomics）は、環境サンプルから直接回収されたゲノムDNAを扱う微生物学・ウイルス学の研究分野である。広義には環境ゲノミクスやエコゲノミクス、群集ゲノミクスとも呼ばれる。メタゲノム解析(Metagenomic analysis)、あるいは単純にメタゲノム(Metagenome)とも呼称される。従来の微生物のゲノム解析では、単一の菌株を環境サンプルから分離培養する過程を経る必要があったが、メタゲノム解析はこの過程を経ることなく、微生物コミュニティ（細菌叢）から直接ゲノムDNAを抽出し、様々な系統由来のDNAがミックスされた状態でDNAシーケンスを行う。そのため、メタゲノム解析では従来の培養を基本とする方法では困難であった難培養・未培養系統に属する微生物のゲノム情報が入手可能である。一説には、地球上に棲息する細菌の99%以上は単独では培養できない系統であると推察されており、メタゲノム解析は環境中に埋没する膨大な数の未知の細菌、未知の遺伝子を解明できる手法として期待されている。DNAシークエンシングのコストは年々安価になってきており、より大規模で詳細なメタゲノム解析研究が行われることも見込まれる。狭義には、メタゲノム解析はショットガンシーケンスにより得られたゲノム全体の配列情報を解析することを指し、ターゲット遺伝子を絞りPCRを経た増幅シーケンス（16S rRNAタグシーケンスなど）とは区別されるが、後者を広義のメタゲノム解析に含めて扱われることもある。 今日では、海水や土壌、腸内や口腔といった様々な常在細菌叢、海底の鯨骨細菌群、鉱山廃水中のバイオフィルム、動植物の共生細菌、下水処理施設、南極氷床、温泉、大深層の地殻など、様々な環境を対象としたメタゲノム解析が論文として報告されている。 (ja) A é a da comunidade de microrganismos de um determinado ambiente por técnicas independentes de cultivo. Essa abordagem consiste na extração de DNA diretamente do ambiente e construção de uma biblioteca metagenômica com este genoma misto. Essa estratégia permite o acesso a genes de bactérias incultiváveis de inúmeros ambientes. Através de técnicas de cultivo puro, os microrganismos podem ser estudados individualmente. Entretanto essa abordagem limita a avaliação taxonômica, filogenética e a estimativa da da biosfera, porque apenas uma pequena parcela dos microrganismos, em torno de 1%, são cultiváveis em laboratório pelas técnicas padrões de cultivo. Com a metagenômica foi possível realizar análises de comunidades microbianas de ambiente por técnicas independentes de cultivo . Devido ao vasto domínio do campo, esta área de estudo também pode ser referenciada como genômica ambiental, ecogenômica ou genômica de comunidade. Enquanto a microbiologia tradicional, a genômica e o sequenciamento do genoma microbiano dependem de culturas clonais, a metagenômica usa o sequenciamento de regiões gênicas conservadas (muitas vezes o gene 16S rRNA) para possibilitar a identificação dos gêneros em uma amostra natural. Esse trabalho revelou que parte da biodiversidade microbiana é perdida quando métodos de cultivo são usados. Estudos recentes utilizam o seqüenciamento Sanger ou em paralelo o pirosequenciamento para obter informações imparciais de todos os genes, de todos os organismos da comunidade amostrada. Devido à capacidade de revelar a diversidade de vida microscópica anteriormente oculta, a metagenômica oferece uma poderosa lente para enxergar o potencial que o mundo microbiano oferece. A técnica de metagenômica foi citada primeiramente em 1998, tratando-se da recuperação de genomas de bactérias cultiváveis e não cultiváveis, a partir de amostras de solo . O método envolvia a extração do DNA total das amostras seguida da clonagem em cromossomo artificial de bactéria e sequenciamento. A partir dessa abordagem, os projetos em metagenômica tiveram como objetivo a montagem de genomas completos de bactérias não cultiváveis . As análises de metagenômica proporcionam uma compreensão da diversidade microbiana sem a necessidade de cultivos, além de ampliar o conhecimento da diversidade genética, organizações de populações e papeis e/ou funções ecológicas dos microrganismos . Atualmente, através das análises de metagenômica é possível capturar e identificar desde um microrganismo até mesmo um microbioma, sem a necessidade de cultura, clonagem e conhecimento prévio de sua identidade taxonômica/composição. A metagenômica pode ser aplicada em diferentes tipos amostras: de solo, água, intestino de humanos entre outras, tornando possível, as análises de amostras complexas, compostas por diferentes ácidos nucleicos, sendo capaz, inclusive, de recuperar genomas completos de organismos desconhecidos . O acerelado crescimento dos estudos de metagenômica de forma quantitativa e qualitativa, só foi possível devido a capacidade da produção densa de dados de forma rápida e sensível dos sequenciadores com alto desempenho e de última geração (Higt Throughput Sequencing-HTS) . Com o progresso e amplitude das tecnologias de sequenciamentos, questões biológicas que eram incompreensíveis, agora com a contribuição da metagenômica estão sendo esclarecidas . Os sequenciamentos realizados com a tecnologia de HTS geram terabytes de dados e informações que precisam ser armazenados, processados e analisados, o que é um grande desafio para os profissionais de bioinformática. Por outro lado, o desenvolvimento de software de bioinformática está evoluindo rapidamente, o que torna viável a produção de grandes volumes de dados e consequentemente, possibilita a exploração dessas informações genômicas por uma ampla gama de pesquisadores . A metodologia e análises de bioinformática a serem aplicadas são específicas para diferentes situações, o que faz necessário o conhecimento prévio do cenário a ser estudado, quando aplicado a abordagem de metagenômica para uma questão biológica. Geralmente, uma análise de metagenômica entende três etapas principais: processamento das amostras biológicas; sequenciamento em uma plataforma de alto desempenho (NGS), como por exemplo, a plataforma Illumina; e análises dos dados, nesta terceira parte, utiliza-se apenas ferramentas computacionais para o processamento dos dados. Após o sequenciamento, são obtidos os dados brutos, que devem ser passados primeiramente, em todos os casos, pelo controle de qualidade, etapa fundamental para prosseguir somente com as sequências boas, programas que podem ser utilizados para essa etapa são o FastQC, para a visualização da qualidade e, o PRINSEQ, usado para filtrar, reformatar ou aparar as sequências. Após o controle de qualidade, as análises podem ser realizadas de maneiras diferentes e com vários programas de bioinformáticas que são específicos para análises de metagenômica. Integrar as três etapas é de extrema importância para entendimento, interpretação e sucesso da análise. (pt) Metagenomik är inom biologi studiet av metagenom, vilket är alla genom, från olika organismer, inom ett visst prov från en provtagning eller inom en viss typ av miljö. Metagenomik används främst för att studera ett områdes mikrobiella sammansättning eller för att identifiera och studera mikroorganismer som inte går att kultivera med metoder som bakterieodling. Väldigt få arter av bakterier, arkéer och encelliga eukaryoter går att isolera och odla enskilt, och representerar en väldigt liten del av del totala biodiversiteten. Detta gör metagenomik mycket viktigt för att identifiera olika typer av bakterier, arkéer och encelliga eukaryoter samt för att förstå deras evolutionära släktskap. Om ett metagenom DNA-sekvenseras för alla gener, istället för enskilda markörer som 16S, och sedan analyseras med bioinformatiska metoder så kan enskilda genom eller delar av dem identifieras ur metagenomet för att sedan analyseras individuellt. Detta har till exempel använts för att identifiera och beskriva Lokiarchaeota, ett fylum av arkéer. (sv) Metagenom – pula DNA organizmów zamieszkujących dane środowisko. Analiza metagenomu danego środkowiska (np. metagenomu z próbki gleby) pozwala na dokładniejszą analizę społeczności mikroorganizmów zamieszkujących dany habitat (zastosowanie w analizie różnorodności biologicznej) oraz odkrycie genów z DNA organizmów niehodowalnych w warunkach laboratoryjnych (które stanowią ponad 99% organizmów glebowych). Nazwę metagenom po raz pierwszy zastosowała (w pracy z roku 1998) Jo Handelsman. (pl) Метагеноміка (екологічна геноміка, метагеномний аналіз) — геномний аналіз ДНК організмів, виділеної безпосередньо з природних угрупувань, що не потребує ізоляції і культивування окремих різновидів. Восновному метагеномний аналіз використовується для дослідження прокаріот та їхніх спільнот, інколи вірусів, значно рідше еукаріот. (uk) Метагено́мика — раздел молекулярной генетики, в котором изучается генетический материал, полученный из образцов окружающей среды. Метагеномика изучает набор генов всех микроорганизмов, находящихся в образце среды, — метагеном. Метагеномный анализ позволяет определить видовое разнообразие исследуемого образца без необходимости выделения и культивирования микроорганизмов. Основным преимуществом использования метагеномного подхода является учёт не только культивируемых микроорганизмов, но и некультивируемых. Оказалось, что такие организмы вносят основной вклад в видовое разнообразие сообществ. Метагеномика позволяет детально изучить разнообразие сообществ, а значит и выяснить механизмы их функционирования, определить метаболические взаимосвязи. Широкое развитие метагеномики обусловлено распространением методов секвенирования нового поколения. Они позволяют получить последовательности практически всех генов каждого микроорганизма сообщества. Так как цена на секвенирование ДНК падает с каждым днём, такой анализ становится всё более доступным. (ru) 宏基因组学（英語：Metagenomics），又譯元基因组学、总体基因体学，是一門直接取得環境中所有遺傳物質的研究。研究領域廣泛，也可稱為環境基因體學、生態基因體學或群落基因體學。在早期研究微生物基因體必須將環境基因DNA或RNA轉殖進入大腸桿菌體內，利用複製選殖方式，分析在自然環境中複製選殖特定基因(通常為16S rRNA)的多樣性。但是，這樣的工作表明，絕大多數的微生物生物多樣性已被基於複製選殖的方法所遺漏。最近的研究使用“霰彈槍”或PCR定向測序來獲得來自所有樣本社區所有成員的所有基因的大部分無偏差的樣本基因。由於其能夠揭示以前隱藏的微生物多樣性，總體基因體學提供了一個強大的鏡頭，用於觀察微生物世界，這些微生物世界有可能徹底改變對整個生命世界的理解。隨著DNA測序的價格不斷下降，總體基因體學現在允許微生物生態學以比以前更大的規模和細節進行調查。 (zh) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Environmental_shotgun_sequencing.png?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan http://jgi.doe.gov/programs/GEBA/index.html http://www.theseed.org/wiki/Main_Page https://motu-tool.org/ http://www.nature.com/nrmicro/focus/metagenomics/index.html http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi http://cami-challenge.org https://github.com/seqan/slimm |
| dbo:wikiPageID | 1408929 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 88087 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1123482985 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:BLAST dbr:Primer_(molecular_biology) dbr:Sample_(material) dbr:San_Diego_State_University dbr:Sargasso_Sea dbr:Encephalitis dbr:Endangered_species dbr:Metaproteomics dbr:Methanogen dbr:Rumen dbr:Pathogenomics dbr:Biodiversity dbr:Biofuel dbr:Biomass dbr:Black_Sea dbr:De_Bruijn_graph dbr:Human_Microbiome_Project dbr:Human_genome_project dbr:Joint_Genome_Institute dbr:Jon_Clardy dbr:Pharmaceutical_drug dbr:DNA dbr:DNA_microarray dbr:University_of_California,_Berkeley dbr:University_of_Chicago dbr:Vector_(molecular_biology) dbr:Velvet_assembler dbr:Integrated_Microbial_Genomes_System dbr:Invasive_species dbr:Polymerase_chain_reaction dbr:Library_(biology) dbr:Pollutant dbr:Proteomics dbr:MRNA dbr:Penn_State_University dbr:16S_ribosomal_RNA dbc:Bioinformatics dbc:Genomics dbc:Metagenomics dbr:Craig_Venter dbr:Ant-fungus_mutualism dbr:Mediterranean_Sea dbr:Chiral_synthesis dbr:GeneMark dbr:Gene_cluster dbr:Gene_expression dbr:Genetic_screen dbr:Genetics dbr:Genome dbr:Pyrosequencing dbr:18S_ribosomal_RNA dbr:Edward_DeLong dbr:Engineering dbr:Enzyme_catalysis dbr:Enzymes dbr:GLIMMER dbr:GUI dbr:Gene_regulation dbr:Genomics dbr:Global_Ocean_Sampling_Expedition dbr:Grass dbr:Consensus_sequence dbr:Conserved_sequence dbr:Contig dbr:Convergent_evolution dbr:Crop dbr:Switchgrass dbr:Archaea dbr:Lior_Pachter dbr:MG-RAST dbr:Maize dbr:Malacidin dbr:Sugar dbr:Commodity_chemicals dbr:Fuel dbr:Sequence_assembly dbr:Girus dbr:Paired-end_tag dbr:Pipeline_(software) dbr:Markov_model dbr:Microarray dbr:Microbial_ecology dbr:Bacteria dbr:Bacteriophages dbr:Baltic_Sea dbr:Cellulose dbr:West_Coast_of_the_United_States dbr:GC-content dbr:DNA_Sequencing dbr:Health dbr:Ion_semiconductor_sequencing dbr:Leafcutter_ant dbr:Livestock dbr:Sequencing dbr:Agriculture dbr:Agrochemical dbr:454_Life_Sciences dbr:Ecology dbr:Ethanol dbr:Eukaryotic dbr:Base_pair dbr:Norman_R._Pace dbr:Oxford_Nanopore_Technologies dbr:Pacific_Biosciences dbr:Cellulosic_ethanol dbr:Chromosome_conformation_capture dbr:Binning_(Metagenomics) dbr:Forest_Rohwer dbr:Glycoside_hydrolase dbr:Issues_relating_to_biofuels dbr:KEGG dbr:Microbiological_culture dbr:Molecular_cloning dbr:Gigabase dbr:RNA dbr:Repeated_sequence_(DNA) dbr:Iron dbr:Bacterial_artificial_chromosome dbr:Syntrophy dbr:Argonne_National_Laboratory dbr:ABI_Solid_Sequencing dbr:AMPHORA dbc:Microbiology_techniques dbr:Ab_initio dbr:Acid_mine_drainage dbc:Environmental_microbiology dbr:Jo_Handelsman dbr:Bioaugmentation dbr:Biogas dbr:Biohydrogen dbr:Bioinformatics dbr:Bioprospecting dbr:Bioreactor dbr:Biostimulation dbr:Sustainability dbr:Syntrophobacterales dbr:Codon_usage_bias dbr:Ecosystem dbr:Ecosystem_service dbr:Herbivore dbr:Homology_(biology) dbr:Illumina_(company) dbr:Marine_biology dbr:Marine_sediment dbr:Plankton dbr:Human_Genome_Project dbr:Human_microbiome dbr:DNA_cloning dbr:Metabolomic dbr:Indiana_University dbr:Insect dbr:Metadata dbr:Metal dbr:Methane dbr:Microbiology dbr:Microbiome dbr:Natural_environment dbr:MEGAN dbr:Medicine dbr:Species dbr:Shotgun_sequencing dbr:Similarity_measure dbr:Soil dbr:Siderophore dbr:Ethanol_fermentation dbr:In_situ dbr:Noncoding_DNA dbr:Evidence-based_medicine dbr:Giant_Virus_Finder dbr:Mya_Breitbart dbr:Nature_Reviews_Microbiology dbr:Synergistia dbr:Fine_chemicals dbr:Molecular_biology dbr:Phrap dbr:Sequence_database dbr:Personalized_medicine dbr:Sanger_sequencing dbr:Sewage dbr:Bioenergy dbr:Transcriptomics_technologies dbr:Robert_M._Goodman dbr:Environmental_RNA dbr:Viral_species dbr:Microbial_communities dbr:Genome_sequencing dbr:Celera dbr:Fold_coverage dbr:RRNA dbr:Replicability dbr:Ribosomal dbr:Nutrient_cycling dbr:Clone_(genetics) dbr:File:Iron_hydroxide_precipitate_in_stream.jpg dbr:File:Environmental_shotgun_sequencing.png dbr:File:Flow_diagram_of_a_typical_metagenome_projects.tiff dbr:File:WGS_metagenomics_analysis_steps.gif |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Citation_needed dbt:Further dbt:Good_article dbt:Main dbt:Missing_information dbt:Portal_bar dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:Use_dmy_dates dbt:Genomics dbt:Prone_to_spam dbt:DNA_barcoding |
| dcterms:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Genomics dbc:Metagenomics dbc:Microbiology_techniques dbc:Environmental_microbiology |
| gold:hypernym | dbr:Study |
| rdf:type | yago:WikicatMicrobiologyTechniques yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:PsychologicalFeature100023100 dbo:Book yago:Technique105665146 |
| rdfs:comment | Metagenomika adalah suatu ilmu yang mempelajari yaitu seluruh DNA dari suatu ekosistem secara lengkap (bukan hanya dari satu organisme saja), misalnya segenggam tanah, sepuluh mililiter air laut, atau isi perut manusia. Dengan membaca seluruh cetak biru genetik dari seluruh spesies organisme yang ada pada suatu ekosistem, dapat diketahui jenis-jenis organisme (mikrob) apa saja yang terdapat dalam ekosistem mikro tersebut, serta interaksi yang terjadi di dalamnya. (in) 군유전체학은 영어의 "metagenomics"를 번역한 말이다. 군유전체학은(메타지노믹스)는 배양가능하지 않은 미생물전체를 한꺼번에 갈아서 동정한 결과물인 DNA나, RNA 등을 한꺼번에 유기적으로 연구하는 체학의 한 분야를 말한다. 식물과 동물, 바이러스까지의 모든 생명계를 다 포함하여 동정, 분류하여 연구하는 것은 이보다 더 큰 개념인 통유전체학(pangenomics)이라고 한다. (ko) Metagenom – pula DNA organizmów zamieszkujących dane środowisko. Analiza metagenomu danego środkowiska (np. metagenomu z próbki gleby) pozwala na dokładniejszą analizę społeczności mikroorganizmów zamieszkujących dany habitat (zastosowanie w analizie różnorodności biologicznej) oraz odkrycie genów z DNA organizmów niehodowalnych w warunkach laboratoryjnych (które stanowią ponad 99% organizmów glebowych). Nazwę metagenom po raz pierwszy zastosowała (w pracy z roku 1998) Jo Handelsman. (pl) Метагеноміка (екологічна геноміка, метагеномний аналіз) — геномний аналіз ДНК організмів, виділеної безпосередньо з природних угрупувань, що не потребує ізоляції і культивування окремих різновидів. Восновному метагеномний аналіз використовується для дослідження прокаріот та їхніх спільнот, інколи вірусів, значно рідше еукаріот. (uk) 宏基因组学（英語：Metagenomics），又譯元基因组学、总体基因体学，是一門直接取得環境中所有遺傳物質的研究。研究領域廣泛，也可稱為環境基因體學、生態基因體學或群落基因體學。在早期研究微生物基因體必須將環境基因DNA或RNA轉殖進入大腸桿菌體內，利用複製選殖方式，分析在自然環境中複製選殖特定基因(通常為16S rRNA)的多樣性。但是，這樣的工作表明，絕大多數的微生物生物多樣性已被基於複製選殖的方法所遺漏。最近的研究使用“霰彈槍”或PCR定向測序來獲得來自所有樣本社區所有成員的所有基因的大部分無偏差的樣本基因。由於其能夠揭示以前隱藏的微生物多樣性，總體基因體學提供了一個強大的鏡頭，用於觀察微生物世界，這些微生物世界有可能徹底改變對整個生命世界的理解。隨著DNA測序的價格不斷下降，總體基因體學現在允許微生物生態學以比以前更大的規模和細節進行調查。 (zh) هي دراسة المادة الوراثية المستخرجة مباشرة من العينات البيئية. يمكن الإشارة إلى المجال الواسع أيضًا باسم الجينوم البيئي أو الجينوميات المجتمعية. في حين أن علم الأحياء المجهرية التقليدية وتسلسل الجينوم الميكروبي وعلم الجينوم يعتمدان على الثقافات المستنسخة المزروعة ، فإن تسلسل الجينات البيئية المبكرة استنسخ جينات معينة لإنتاج لمحة عن التنوع في عينة طبيعية. وكشف هذا العمل أن الغالبية العظمى من التنوع البيولوجي الميكروبي قد ضاعت من خلال الأساليب القائمة على الزراعة. تستخدم الدراسات الحديثة إما «بندقية» أو تسلسل موجه PCR للحصول على عينات غير متحيزة إلى حد كبير من جميع الجينات من جميع أفراد المجتمعات التي تم أخذ عينات منها. نظرًا لقدرتها على الكشف عن التنوع الخفي سابقًا للحياة المجهرية، تقدم metagenomics عدسة قوية لمشاهدة العالم الميكروبي الذي لديه القدرة على إحداث ثورة في فهم العالم الحي بأكمله. (ar) La metagenòmica és la ciència que estudia els gens microbians extrets directament de comunitats en mostres ambientals sense cultivar. La microbiologia tradicional i la seqüenciació del genoma microbià es basen cultius clonats. La metagenòmica, un camp d'estudi relativament nou, permet fer estudis d'organismes que no poden ser fàcilment cultivats en un laboratori, així com estudis d'organismes en el seu medi natural. (ca) Metagenomika studuje genetický materiál získaný z různých prostředí. Zatímco mikrobiologie, sekvenování DNA a genomika používají ke studiu kultivované vzorky mikroorganismů, ukázalo se, že izolace organismů silně podhodnocuje skutečnou mikrobiální diversitu. Současné metagenomické studie používají sekvenování celkové DNA izolované ze studovaného prostředí. Protože metagenomika nachází nové sekvence DNA a jejich prostřednctvím dosud nepoznané druhy organismů, vytváří prostor pro nové objevy. S klesající cenou sekvenace DNA se metagenomické postupy aplikují na nové oblasti. (cs) Metagenomik (englisch metagenomics) ist ein Forschungsgebiet der Biowissenschaften, bei dem genetisches Material direkt aus Umweltproben extrahiert, sequenziert und analysiert wird. Dies unterscheidet es von klassischen mikrobiologischen Methoden bei denen Mikroorganismen vor der DNA-Extraktion kultiviert werden. Metagenomische Analysen können sich nicht nur auf Mikroorganismengesellschaften, sondern auch auf Tiere und Pflanzen beziehen, um etwa deren spät-pleistozänen Vorkommen im Permafrostboden zu analysieren, ohne deren Fossilien makroskopisch wahrzunehmen. (de) La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire). Cette approche, via le séquençage direct de l'ADN présent dans l'échantillon, permet une description génomique du contenu de l'échantillon, mais aussi un aperçu du potentiel fonctionnel d'un environnement. (fr) La metagenómica se define como el estudio del material genético, el cual es obtenido directamente de muestras ambientales. Este amplio campo también puede ser conocido como genómica ambiental, ecogenómica o genómica de la comunidad. (es) Metagenomics is the study of genetic material recovered directly from environmental or clinical samples. The broad field may also be referred to as environmental genomics, ecogenomics, community genomics or microbiomics. While traditional microbiology and microbial genome sequencing and genomics rely upon cultivated clonal cultures, early environmental gene sequencing cloned specific genes (often the 16S rRNA gene) to produce a profile of diversity in a natural sample. Such work revealed that the vast majority of microbial biodiversity had been missed by cultivation-based methods. (en) La metagenomica è un approccio basato sull'utilizzo di tecniche genomiche moderne per lo studio di comunità microbiche direttamente nel loro ambiente naturale, con il vantaggio di evitare il problema del prelevamento e coltivazione in laboratorio, attualmente viene applicata in ambienti acquatici e terricoli, ma vi sono anche approcci verso la metagenomica atmosferica . (it) メタゲノミクス（英:Metagenomics）は、環境サンプルから直接回収されたゲノムDNAを扱う微生物学・ウイルス学の研究分野である。広義には環境ゲノミクスやエコゲノミクス、群集ゲノミクスとも呼ばれる。メタゲノム解析(Metagenomic analysis)、あるいは単純にメタゲノム(Metagenome)とも呼称される。従来の微生物のゲノム解析では、単一の菌株を環境サンプルから分離培養する過程を経る必要があったが、メタゲノム解析はこの過程を経ることなく、微生物コミュニティ（細菌叢）から直接ゲノムDNAを抽出し、様々な系統由来のDNAがミックスされた状態でDNAシーケンスを行う。そのため、メタゲノム解析では従来の培養を基本とする方法では困難であった難培養・未培養系統に属する微生物のゲノム情報が入手可能である。一説には、地球上に棲息する細菌の99%以上は単独では培養できない系統であると推察されており、メタゲノム解析は環境中に埋没する膨大な数の未知の細菌、未知の遺伝子を解明できる手法として期待されている。DNAシークエンシングのコストは年々安価になってきており、より大規模で詳細なメタゲノム解析研究が行われることも見込まれる。狭義には、メタゲノム解析はショットガンシーケンスにより得られたゲノム全体の配列情報を解析することを指し、ターゲット遺伝子を絞りPCRを経た増幅シーケンス（16S rRNAタグシーケンスなど）とは区別されるが、後者を広義のメタゲノム解析に含めて扱われることもある。 (ja) Metagenomik är inom biologi studiet av metagenom, vilket är alla genom, från olika organismer, inom ett visst prov från en provtagning eller inom en viss typ av miljö. Metagenomik används främst för att studera ett områdes mikrobiella sammansättning eller för att identifiera och studera mikroorganismer som inte går att kultivera med metoder som bakterieodling. Väldigt få arter av bakterier, arkéer och encelliga eukaryoter går att isolera och odla enskilt, och representerar en väldigt liten del av del totala biodiversiteten. Detta gör metagenomik mycket viktigt för att identifiera olika typer av bakterier, arkéer och encelliga eukaryoter samt för att förstå deras evolutionära släktskap. (sv) A é a da comunidade de microrganismos de um determinado ambiente por técnicas independentes de cultivo. Essa abordagem consiste na extração de DNA diretamente do ambiente e construção de uma biblioteca metagenômica com este genoma misto. Essa estratégia permite o acesso a genes de bactérias incultiváveis de inúmeros ambientes. (pt) Метагено́мика — раздел молекулярной генетики, в котором изучается генетический материал, полученный из образцов окружающей среды. Метагеномика изучает набор генов всех микроорганизмов, находящихся в образце среды, — метагеном. Метагеномный анализ позволяет определить видовое разнообразие исследуемого образца без необходимости выделения и культивирования микроорганизмов. (ru) |
| rdfs:label | Metagenomics (en) الميتاجينومية (ar) Metagenòmica (ca) Metagenomika (cs) Metagenomik (de) Metagenómica (es) Métagénomique (fr) Metagenomika (in) Metagenomica (it) 군유전체학 (ko) メタゲノミクス (ja) Metagenom (pl) Metagenomica (nl) Metagenômica (pt) Метагеномика (ru) Metagenomik (sv) Метагеноміка (uk) 宏基因组学 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Metagenomics yago-res:Metagenomics wikidata:Metagenomics dbpedia-ar:Metagenomics dbpedia-ca:Metagenomics dbpedia-cs:Metagenomics dbpedia-de:Metagenomics dbpedia-es:Metagenomics dbpedia-fa:Metagenomics dbpedia-fr:Metagenomics dbpedia-gl:Metagenomics dbpedia-he:Metagenomics dbpedia-hu:Metagenomics dbpedia-id:Metagenomics dbpedia-is:Metagenomics dbpedia-it:Metagenomics dbpedia-ja:Metagenomics dbpedia-ko:Metagenomics dbpedia-nl:Metagenomics dbpedia-nn:Metagenomics dbpedia-pl:Metagenomics dbpedia-pnb:Metagenomics dbpedia-pt:Metagenomics dbpedia-ru:Metagenomics dbpedia-sv:Metagenomics dbpedia-uk:Metagenomics dbpedia-vi:Metagenomics dbpedia-zh:Metagenomics https://global.dbpedia.org/id/545FA |
| skos:closeMatch | http://www.springernature.com/scigraph/things/subjects/metagenomics |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Metagenomics?oldid=1123482985&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Iron_hydroxide_precipitate_in_stream.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Environmental_shotgun_sequencing.png wiki-commons:Special:FilePath/WGS_metagenomics_analysis_steps.gif |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Metagenomics |
| is dbo:academicDiscipline of | dbr:Curtis_Huttenhower dbr:Jennifer_Biddle dbr:Tandy_Warnow dbr:Jillian_Banfield dbr:Mark_Pallen dbr:Oded_Beja |
| is dbo:knownFor of | dbr:Prabhu_B._Patil dbr:Edward_DeLong dbr:Nikos_Kyrpides dbr:Floyd_E._Romesberg dbr:Jemma_Geoghegan |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Metagenomics:_An_Alternative_Approach_to_Genomics dbr:Meta-genomics dbr:Metagenome dbr:Metagenomic dbr:Environmental_genomics dbr:Human_metagenome dbr:Ecogenomics dbr:Community_genomics |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Candidate_phyla_radiation dbr:Candidatus dbr:Prabhu_B._Patil dbr:Public_health_genomics dbr:Sargasso_Sea dbr:Elementary_modes dbr:Enteroaggregative_Escherichia_coli dbr:Eocyte_hypothesis dbr:METAGENassist dbr:Metabolic_network_modelling dbr:Metaproteomics dbr:Metatranscriptomics dbr:Pathogenic_Escherichia_coli dbr:Alignment-free_sequence_analysis dbr:Antimicrobial dbr:Human_Microbiome_Project dbr:Hydroxyarchaeol dbr:Jon_Clardy dbr:List_of_Cornell_University_alumni_(natural_sciences) dbr:Pelagibacterales dbr:Phase_Genomics dbr:Culturomics_(microbiology) dbr:Cyanophage dbr:DNA_sequencing_theory dbr:Deep_biosphere dbr:Earth_Microbiome_Project dbr:Index_of_biotechnology_articles dbr:Index_of_environmental_articles dbr:Integrated_Microbial_Genomes_System dbr:Leviviricetes dbr:List_of_omics_topics_in_biology dbr:List_of_open-source_bioinformatics_software dbr:Norzivirales dbr:Zixibacteria dbr:Community_Cyberinfrastructure_for_Adva...crobial_Ecology_Research_and_Analysis dbr:Computomics dbr:Cow-rumen_RNA_motif dbr:Craig_Venter dbr:Anaerobic_oxidation_of_methane dbr:Ancient_pathogen_genomics dbr:Chemical_biology dbr:Esperanza_Martínez-Romero dbr:Gene_prediction dbr:Genome dbr:Genomic_Standards_Consortium dbr:Geobiology dbr:Geodia_barretti dbr:Natural_product dbr:Neanderthal_genome_project dbr:Open_reading_frame dbr:Proteorhodopsin dbr:Syndinium dbr:SAM-V_riboswitch dbr:Organic_Lake_virophage dbr:Pyrosequencing dbr:Sea_ice_microbial_communities dbr:Timlovirales dbr:Zamilon_virophage dbr:Cold-seep-1_RNA_motif dbr:Edward_DeLong dbr:Environmental_DNA dbr:Functional_cloning dbr:GOLLD_RNA_motif dbr:Genomics dbr:German_Network_for_Bioinformatics_Infrastructure dbr:Global_Ocean_Sampling_Expedition dbr:Glossary_of_genetics dbr:Glossary_of_genetics_(M−Z) dbr:Conserved_sequence dbr:Third-generation_sequencing dbr:Roseobacter dbr:Archaeal_virus dbr:MG-RAST dbr:Malacidin dbr:Clinical_metagenomic_sequencing dbr:Community_fingerprinting dbr:Dendroscope dbr:Halobacterium_noricense dbr:Haloquadratum_walsbyi dbr:Hopanoids dbr:John_P._Morrissey_(biologist) dbr:Machine_learning_in_bioinformatics dbr:Marker_gene dbr:MicrobesOnline dbr:Microbial_dark_matter dbr:Microbial_ecology dbr:Microbial_intelligence dbr:Microbiome-wide_association_study dbr:Microbiomes_of_the_built_environment dbr:Omics dbr:RNAs_present_in_environmental_samples dbr:Agrophysics dbr:Diversity_arrays_technology dbr:Hadesarchaea dbr:John_G._Cleary dbr:Jumping_library dbr:Lokiarchaeota dbr:Polyketide dbr:Nikos_Kyrpides dbr:A._Murat_Eren dbr:Ace_Lake dbr:Aeroplankton dbr:Amazon_River dbr:Curtis_Huttenhower dbr:DNA_sequencing dbr:Escherichia_coli dbr:Evolution_of_mammals dbr:Bartonella_apis dbr:Brine_pool dbr:Nitrososphaerota dbr:Digital_transcriptome_subtraction dbr:Fastidious_organism dbr:Floyd_E._Romesberg dbr:Forest_Rohwer dbr:Formatotrophs dbr:Gracilibacteria dbr:Grapevine_red_blotch_disease dbr:Joseph_DeRisi dbr:KEGG dbr:Microbial_Culture_Collection dbr:Nicole_Dubilier dbr:Realm_(virology) dbr:AstridBio dbr:Astrovirology dbr:Isolation_(microbiology) dbr:Jemma_Geoghegan dbr:Jennifer_Biddle dbr:Bacterial_phyla dbr:Bacteriophage dbr:Bacterioplankton_counting_methods dbr:Tandy_Warnow dbr:The_Carpentries dbr:Hydrothermal_vent_microbial_communities dbr:Jelly_roll_fold dbr:Jingmenvirus dbr:Metagenomics:_An_Alternative_Approach_to_Genomics dbr:Argonne_National_Laboratory dbr:Asgard_(archaea) dbr:AMPHORA dbr:Jillian_Banfield dbr:Jo_Handelsman dbr:Katherine_Pollard dbr:Lake_Hillier dbr:Lake_Untersee dbr:Binning_(metagenomics) dbr:Bloom_filters_in_bioinformatics dbr:Susie_Wood dbr:Ekpoma_virus dbr:Hologenomics dbr:Jay_Short dbr:Redondoviridae dbr:Association_of_Biomolecular_Resource_Facilities dbr:Marine_food_web dbr:Marine_microorganisms dbr:Marine_primary_production dbr:Marine_viruses dbr:Mark_Pallen dbr:Mary_Ann_Moran dbr:CRISPR dbr:Pierre_Monsan dbr:Plant_microbiome dbr:Soil_ecology dbr:Solorina_crocea dbr:Srinivasan_Ramachandran dbr:Fiersviridae dbr:Filamentous_bacteriophage dbr:Human_microbiome dbr:Human_milk_microbiome dbr:Human_virome dbr:Meta-genomics dbr:Metagenome dbr:Metagenomic dbr:Kryptonia dbr:Metadata dbr:Microbiome dbr:Microbiota dbr:Mimivirus dbr:Oded_Beja dbr:Candidate_division dbr:Redeemer's_University_Nigeria dbr:Suppression_subtractive_hybridization dbr:Short_Oligonucleotide_Analysis_Package dbr:Viral_metagenomics dbr:Tracy_Teal dbr:FARME dbr:Gut_microbiota dbr:IMES-1_RNA_motif dbr:IMES-2_RNA_motif dbr:IMES-3_RNA_motif dbr:IMES-4_RNA_motif dbr:Illumina_dye_sequencing dbr:Viriome dbr:Virophage dbr:Root_microbiome dbr:Evolution_of_the_human_oral_microbiome dbr:Fiona_Highet dbr:Ghanaian_bat_henipavirus dbr:Giant_Virus_Finder dbr:Mya_Breitbart dbr:Natalie_Prystajecky dbr:Resistome dbr:Nasutitermes_corniger dbr:Phototrophic_biofilm dbr:Pan-genome dbr:Riboviria dbr:Sewage dbr:TimeLogic dbr:Spaced_seed dbr:Robert_M._Goodman dbr:Varidnaviria dbr:Stordalen_Mire dbr:Virome dbr:Environmental_genomics dbr:Human_metagenome dbr:Ecogenomics dbr:Community_genomics |
| is dbp:fields of | dbr:Jennifer_Biddle dbr:Oded_Beja |
| is dbp:knownFor of | dbr:Floyd_E._Romesberg dbr:Jemma_Geoghegan |
| is dbp:taxDomain of | dbr:SAM-V_riboswitch |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Metagenomics |
