Environmental DNA (original) (raw)
Umwelt-DNA (englisch environmental DNA, kurz eDNA) bezeichnet freie DNA in der Umwelt. Sie wird in geringen Mengen von Organismen in die Umwelt abgegeben.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | الحمض النووي البيئي هو الحمض النووي التي يتم تجميعها من مجموعة متنوعة من العينات البيئية مثل التربة، مياه البحر، الثلج أو حتى الهواء بدلا من أخذ عينات مباشرة من كائن فردي. كما تتفاعل الكائنات الحية المختلفة مع البيئة، يتم طرد الحمض النووي ويتراكم في المناطق المحيطة بها. تتضمن أمثلة مصادر الحمض النووي البيئي، على سبيل المثال لا الحصر والبراز والمخاط والأمشاج والجلد المهترئ والذبائح والشعر. يمكن تحليل هذه العينات من خلال طرق تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية، والمعروفة باسم الميتاجينومية والكشف عن نوع واحد من أجل قياس ومراقبة التنوع البيولوجي بسرعة. من أجل التمييز بشكل أفضل بين الكائنات الحية داخل العينة، يتم استخدام استقلاب الحمض النووي الذي يتم فيه تحليل العينة ويستخدم مكتبات دي ان أي التي تمت دراستها مسبقًا لتحديد الكائنات الموجودة (مثل BLAST). تحليل الحمض النووي البيئي له إمكانات كبيرة، ليس فقط لرصد الأنواع الشائعة، ولكن للكشف الوراثي وتحديد الأنواع الأخرى الموجودة التي يمكن أن تؤثر على جهود الحفظ. تسمح هذه الطريقة بمراقبة بيولوجية دون الحاجة إلى جمع الكائن الحي، مما يخلق القدرة على دراسة الكائنات الحية الغازية، أو المراوغة، أو المهددة بالانقراض دون إدخال ضغوط بشرية المنشأ على الكائن الحي. يساهم الوصول إلى هذه المعلومات الوراثية مساهمة مهمة في فهم حجم السكان وتوزيع الأنواع والديناميات السكانية للأنواع غير الموثقة جيدًا. سلامة عينات الحمض النووي البيئي تعتمد على الحفاظ عليها داخل البيئة. التربة والتربة الصقيعية والمياه العذبة ومياه البحر هي بيئات كبيرة مدروسة جيدًا تم استخراج عينات من الحمض النووي البيئي، كل منها يشمل العديد من البيئات الفرعية المكيفة. بسبب تنوعها، يتم تطبيق الحمض النووي البيئي في العديد من البيئات الفرعية مثل أخذ عينات من المياه العذبة، وأخذ عينات من مياه البحر، وأخذ عينات من التربة الأرضية (التندرا بيرمفروست)، وأخذ عينات من التربة المائية (النهر، البحيرة، البركة، ورواسب المحيط)، أو غيرها من البيئات حيث يمكن أن تصبح إجراءات أخذ العينات العادية مشكلة. (ar) Umwelt-DNA (englisch environmental DNA, kurz eDNA) bezeichnet freie DNA in der Umwelt. Sie wird in geringen Mengen von Organismen in die Umwelt abgegeben. (de) Environmental DNA or eDNA is DNA that is collected from a variety of environmental samples such as soil, seawater, snow or air, rather than directly sampled from an individual organism. As various organisms interact with the environment, DNA is expelled and accumulates in their surroundings from various sources. In recent years, eDNA has been used as a tool to detect endangered wildlife that were otherwise unseen. In 2020, human health researchers began repurposing eDNA techniques to track the COVID-19 pandemic. Example sources of eDNA include, but are not limited to, feces, mucus, gametes, shed skin, carcasses and hair. Samples can be analyzed by high-throughput DNA sequencing methods, known as metagenomics, metabarcoding, and single-species detection, for rapid monitoring and measurement of biodiversity. In order to better differentiate between organisms within a sample, DNA metabarcoding is used in which the sample is analyzed and uses previously studied DNA libraries, such as BLAST, to determine what organisms are present. is a novel method of assessing biodiversity wherein samples are taken from the environment via water, sediment or air from which DNA is extracted, and then amplified using general or universal primers in polymerase chain reaction and sequenced using next-generation sequencing to generate thousands to millions of reads. From this data, species presence can be determined, and overall biodiversity assessed. It is an interdisciplinary method that brings together traditional field-based ecology with in-depth molecular methods and advanced computational tools. The analysis of eDNA has great potential, not only for monitoring common species, but to genetically detect and identify other extant species that could influence conservation efforts. This method allows for biomonitoring without requiring collection of the living organism, creating the ability to study organisms that are invasive, elusive, or endangered without introducing anthropogenic stress on the organism. Access to this genetic information makes a critical contribution to the understanding of population size, species distribution, and population dynamics for species not well documented. Importantly, eDNA is often more cost-effective compared to traditional sampling methods. The integrity of eDNA samples is dependent upon its preservation within the environment. Soil, permafrost, freshwater and seawater are well-studied macro environments from which eDNA samples have been extracted, each of which include many more conditioned subenvironments. Because of its versatility, eDNA is applied in many subenvironments such as freshwater sampling, seawater sampling, terrestrial soil sampling (tundra permafrost), aquatic soil sampling (river, lake, pond, and ocean sediment), or other environments where normal sampling procedures can become problematic. On 7 December 2022, The New York Times reported that two-million year old eDNA genetic material was found in Greenland, and is currently considered the oldest DNA discovered so far. (en) En taxonomía y filogenia, se llama ADN ambiental (environmental DNA, eDNA) al ADN extraído de una muestra del ambiente (por ejemplo una muestra de tierra del suelo, del agua, de heces, etc.) sobre el que se hacen los análisis moleculares de ADN sin diferenciarlo por organismo. Contiene típicamente el ADN de múltiples especies y muchas veces el ADN está degradado. Se considera una forma rápida de medir la biodiversidad de una forma "filogenética" en lugar de taxonómica. El ADN ambiental solo será útil para medir la biodiversidad taxonómica, luego de que los análisis filogenéticos, que delimitan a las especies, estén resueltos El ADN ambiental completa su identificación con métodos moleculares haciendo uso de las bibliotecas de referencia taxonómica, esperablemente al menos con los genomas enteros de organelos y con las regiones nucleares de ARNr repetitivo de cada especie. Para ello se debe separar las muestras por organismo. El análisis del genoma tomado colectivamente de muestras de ADN ambiental, en su secuenciación y en su función, se llama metagenómica (metagenomics; Riesenfeld et al. 2004 citado en Taberlet et al. 2012). (es) Ingurumen DNA zuzenean organismo batetik hartutakoa izan ordez ingurumenean -lurzoruan, uretan, elurrean edo airean- jasotzen den DNA da. Izaki bizidunek ingurunearekin elkarrekiten duten neurrian, haien ADNa askatu eta barreiatu egiten da. DNA iturri dira gorotza, ilea, mukia, gametoak, oskolak eta beste hainbat. Lagin horiek DNA sekuentziazioko teknika aurreratuekin azter daitezke eta aurretik dauden ADN liburutegiekin konparatu, lagina jaso den ingurunean zein espezie egon den ezagutzeko. Ingurumen DNAren analisiak potentzial handia du bai espezie arruntak ikuskatzeko bai espezie bakan eta mehatxatuak identifikatu eta horiek kontserbatzeko ahaleginak egiteko. Metodo honen bidez, ez da beharrezkoa organismo bizia biltzea eta organismoei sortutako estresaren ondorioz gerta daitezkeen kalteak saihesten dira. Erabilera asko dituen teknika denez, ingurune anitzetan erabiltzen da, adibidez ibai, aintzira eta lakuetako uretan, itsasoan, lurzoruko laginetan (adibidez permafrostean) eta abar. (eu) L'ADN environnemental, parfois abrégé en ADNe, est de l'ADN collecté dans l'environnement (eau, sédiments, sol...) plutôt que directement sur un organisme. Sa collecte permet, grâce à des outils génétiques comme le métabarcoding, d'identifier la ou les espèces dont il provient. L'ADN environnemental est utilisé pour effectuer des inventaires de biodiversité, détecter des espèces d'intérêt soit menacées, soit envahissantes, ou pour étudier des paléoenvironnements. Le terme est parfois utilisé pour désigner directement la technique d'identification utilisant l'ADN prélevé dans l'environnement. (fr) 環境DNAまたは英語の略称でeDNA (environmental DNA) とは、土壌や水などのさまざまな環境中から採取される、そこに生息する生物由来のDNAのことである。環境DNAを解析することで、その環境に生息する、または過去に生息していた生物を網羅的に特定したり、ある特定の種が生息しているかどうかを判定できる手法が開発されており、保全生物学、生態学、系統分類学、微生物学、古生物学などの分野の研究に利用されている。 (ja) O ADN ambiental, ou eDNA é o ADN que é coletado de uma variedade de amostras ambientais tais como solo, água de qualquer corpo de água, ou mesmo ar, em vez de amostrar diretamente a partir de um organismo individual. À medida que vários organismos interagem com o ambiente, o DNA é expulso e acumula-se em seu ambiente. Exemplo das fontes de "eDNA" incluem, mas não estão limitados a, fezes, muco, gâmetas, pedaços de pele, carcaças e pelos. A análise do DNA ambiental mostra-se promissora como um meio rápido, seguro, sensível e econômico de detectar e estudar espécies marinhas raras. Com o ADN ambiental, é possível identificar uma abundância populacional estimada de espécies de peixes. (pt) e-DNA ("environmental DNA") är de rester av DNA som finns i omgivningen utanför en organism. Alla organismer lämnar DNA-spår i sin omgivning via läckage från hud, blad, sporer, saliv, avföring, etc. Det finns tekniker för att samla in denna typ av DNA och med hjälp av DNA-streckkodning spåra organismer som vistats i/haft kontakt med miljön, utan att någonsin se en organism eller vävnadsdel. Det är t.ex. möjligt att i ett vattenprov från en sjö kunna avläsa vilka fiskar som finns/funnits i sjön, eller att i ett luftprov spåra vilka svampar som lever i omgivningen. Tekniken bedöms ha potential inom t.ex. miljöövervakning. (sv) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Longhorn_beetle_Leptura_quadrifasciata.jpg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://biomeme.com/environmental-dna/ https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi |
| dbo:wikiPageID | 46925036 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 127480 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1120485961 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Calcite dbr:Carrion dbr:Amplicon dbr:Properties_of_water dbr:Protist_shell dbr:Endangered_species dbr:Microenvironment_(ecology) dbr:Moulting dbr:Mucus dbr:Next-generation_sequencing dbr:Metagenomics dbr:Biodiversity dbr:Biofilm dbr:Biological_pump dbr:Boreal_forest_of_Canada dbc:Measurement_of_biodiversity dbr:DNA dbr:DNA_barcoding dbr:DNA_extraction dbr:University_of_Naples_Federico_II dbr:Polymerase_chain_reaction dbr:Sedimentary_rock dbc:DNA dbr:Ancient_DNA dbr:McGill_University dbr:Essential_fish_habitat dbr:Gene_amplification dbr:Operational_taxonomic_unit dbr:Collapse_of_the_Atlantic_northwest_cod_fishery dbr:Gametes dbr:Morphology_(biology) dbr:Planktonic dbr:Anoxic_waters dbr:Demersal_fish dbr:Feces dbr:Horizontal_gene_transfer dbr:Permafrost dbr:Phenotypic_plasticity dbr:Pitfall_trap dbr:Malaise_trap dbr:Measurement_of_biodiversity dbr:Microbial_DNA_barcoding dbr:RNAs_present_in_environmental_samples dbr:BLAST_(biotechnology) dbr:Clastic dbr:Cryptic_species_complex dbr:Habitat dbr:Lake_stratification dbr:Lake_trout dbr:Seawater dbr:Air dbr:DNA_sequencing dbr:Damage-associated_molecular_patterns dbr:Daucus_carota dbr:Ecology dbr:Experimental_Lakes_Area dbr:Fisheries_management dbr:Flowering_plant dbr:Foraminifera dbr:Angelica_archangelica dbr:PH dbr:Cell_culture dbr:Centaurea_jacea dbr:Digital_polymerase_chain_reaction dbr:Dimictic_lake dbr:Species_distribution dbr:Population_dynamics dbr:Rare_species dbr:Hair dbr:Taxonomy_(biology) dbr:Arthropod dbr:Atlantic_cod dbr:Echium_vulgare dbr:Test_(biology) dbr:Marine_protists dbr:Marine_sediment dbr:Circulating_free_DNA dbr:DNA_barcode dbr:Metabarcoding dbr:Ontario dbr:Catch_per_unit_effort dbr:Solidago_canadensis dbr:Snow dbr:Soil dbr:New_Phytologist dbr:Undescribed_taxon dbr:Eupatorium_cannabinum dbr:Exogenous_DNA dbr:Extracellular_RNA dbr:Plant_litter dbr:Fish_stocks dbr:Pollinator dbr:Population_dynamics_of_fisheries dbr:Water_column dbr:Ribosomal_RNA dbr:Tanacetum_vulgare dbr:Taxonomy dbr:Universal_primers dbr:Trawl dbr:Fish_biomass dbr:Taxonomic_resolution dbr:Marine_environments dbr:Marine_microbes dbr:Phytophagous dbr:High_throughput_sequencing dbr:Plant-pollinator_interactions dbr:Plant–pollinator_interactions dbr:Community_DNA dbr:Molecular_methods dbr:Biogenic_mineral dbr:Biological_monitoring dbr:Bipartite_plot dbr:COI_gene dbr:Sequenced dbr:Extracellular_DNA dbr:File:Surexploitation_morue_surpêcheEn.jpg dbr:File:EDNA_gif_without_time.gif dbr:File:Longhorn_beetle_Leptura_quadrifasciata.jpg dbr:Wiktionary:oxic |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Center dbt:Cite_journal dbt:Clear dbt:Clear_right dbt:Further dbt:Hsp dbt:Reflist dbt:See_also dbt:Short_description dbt:Use_British_English dbt:Use_dmy_dates dbt:DNA_barcoding |
| dct:subject | dbc:Measurement_of_biodiversity dbc:DNA |
| gold:hypernym | dbr:DNA |
| rdf:type | owl:Thing dbo:Species |
| rdfs:comment | Umwelt-DNA (englisch environmental DNA, kurz eDNA) bezeichnet freie DNA in der Umwelt. Sie wird in geringen Mengen von Organismen in die Umwelt abgegeben. (de) L'ADN environnemental, parfois abrégé en ADNe, est de l'ADN collecté dans l'environnement (eau, sédiments, sol...) plutôt que directement sur un organisme. Sa collecte permet, grâce à des outils génétiques comme le métabarcoding, d'identifier la ou les espèces dont il provient. L'ADN environnemental est utilisé pour effectuer des inventaires de biodiversité, détecter des espèces d'intérêt soit menacées, soit envahissantes, ou pour étudier des paléoenvironnements. Le terme est parfois utilisé pour désigner directement la technique d'identification utilisant l'ADN prélevé dans l'environnement. (fr) 環境DNAまたは英語の略称でeDNA (environmental DNA) とは、土壌や水などのさまざまな環境中から採取される、そこに生息する生物由来のDNAのことである。環境DNAを解析することで、その環境に生息する、または過去に生息していた生物を網羅的に特定したり、ある特定の種が生息しているかどうかを判定できる手法が開発されており、保全生物学、生態学、系統分類学、微生物学、古生物学などの分野の研究に利用されている。 (ja) O ADN ambiental, ou eDNA é o ADN que é coletado de uma variedade de amostras ambientais tais como solo, água de qualquer corpo de água, ou mesmo ar, em vez de amostrar diretamente a partir de um organismo individual. À medida que vários organismos interagem com o ambiente, o DNA é expulso e acumula-se em seu ambiente. Exemplo das fontes de "eDNA" incluem, mas não estão limitados a, fezes, muco, gâmetas, pedaços de pele, carcaças e pelos. A análise do DNA ambiental mostra-se promissora como um meio rápido, seguro, sensível e econômico de detectar e estudar espécies marinhas raras. Com o ADN ambiental, é possível identificar uma abundância populacional estimada de espécies de peixes. (pt) e-DNA ("environmental DNA") är de rester av DNA som finns i omgivningen utanför en organism. Alla organismer lämnar DNA-spår i sin omgivning via läckage från hud, blad, sporer, saliv, avföring, etc. Det finns tekniker för att samla in denna typ av DNA och med hjälp av DNA-streckkodning spåra organismer som vistats i/haft kontakt med miljön, utan att någonsin se en organism eller vävnadsdel. Det är t.ex. möjligt att i ett vattenprov från en sjö kunna avläsa vilka fiskar som finns/funnits i sjön, eller att i ett luftprov spåra vilka svampar som lever i omgivningen. Tekniken bedöms ha potential inom t.ex. miljöövervakning. (sv) الحمض النووي البيئي هو الحمض النووي التي يتم تجميعها من مجموعة متنوعة من العينات البيئية مثل التربة، مياه البحر، الثلج أو حتى الهواء بدلا من أخذ عينات مباشرة من كائن فردي. كما تتفاعل الكائنات الحية المختلفة مع البيئة، يتم طرد الحمض النووي ويتراكم في المناطق المحيطة بها. تتضمن أمثلة مصادر الحمض النووي البيئي، على سبيل المثال لا الحصر والبراز والمخاط والأمشاج والجلد المهترئ والذبائح والشعر. يمكن تحليل هذه العينات من خلال طرق تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية، والمعروفة باسم الميتاجينومية والكشف عن نوع واحد من أجل قياس ومراقبة التنوع البيولوجي بسرعة. من أجل التمييز بشكل أفضل بين الكائنات الحية داخل العينة، يتم استخدام استقلاب الحمض النووي الذي يتم فيه تحليل العينة ويستخدم مكتبات دي ان أي التي تمت دراستها مسبقًا لتحديد الكائنات الموجودة (مثل BLAST). تحليل الحمض النووي البيئي له إمكانات كبير (ar) Environmental DNA or eDNA is DNA that is collected from a variety of environmental samples such as soil, seawater, snow or air, rather than directly sampled from an individual organism. As various organisms interact with the environment, DNA is expelled and accumulates in their surroundings from various sources. In recent years, eDNA has been used as a tool to detect endangered wildlife that were otherwise unseen. In 2020, human health researchers began repurposing eDNA techniques to track the COVID-19 pandemic. (en) En taxonomía y filogenia, se llama ADN ambiental (environmental DNA, eDNA) al ADN extraído de una muestra del ambiente (por ejemplo una muestra de tierra del suelo, del agua, de heces, etc.) sobre el que se hacen los análisis moleculares de ADN sin diferenciarlo por organismo. Contiene típicamente el ADN de múltiples especies y muchas veces el ADN está degradado. El análisis del genoma tomado colectivamente de muestras de ADN ambiental, en su secuenciación y en su función, se llama metagenómica (metagenomics; Riesenfeld et al. 2004 citado en Taberlet et al. 2012). (es) Ingurumen DNA zuzenean organismo batetik hartutakoa izan ordez ingurumenean -lurzoruan, uretan, elurrean edo airean- jasotzen den DNA da. Izaki bizidunek ingurunearekin elkarrekiten duten neurrian, haien ADNa askatu eta barreiatu egiten da. DNA iturri dira gorotza, ilea, mukia, gametoak, oskolak eta beste hainbat. Lagin horiek DNA sekuentziazioko teknika aurreratuekin azter daitezke eta aurretik dauden ADN liburutegiekin konparatu, lagina jaso den ingurunean zein espezie egon den ezagutzeko. (eu) |
| rdfs:label | الحمض النووي البيئي (ar) Umwelt-DNA (de) Environmental DNA (en) ADN ambiental (es) Ingurumen DNA (eu) ADN environnemental (fr) 環境DNA (ja) ADN ambiental (pt) E-DNA (sv) |
| rdfs:seeAlso | dbr:Ancient_DNA dbr:Circulating_free_DNA |
| owl:sameAs | freebase:Environmental DNA wikidata:Environmental DNA dbpedia-ar:Environmental DNA dbpedia-da:Environmental DNA dbpedia-de:Environmental DNA dbpedia-es:Environmental DNA dbpedia-eu:Environmental DNA dbpedia-fr:Environmental DNA dbpedia-ja:Environmental DNA dbpedia-pt:Environmental DNA dbpedia-sv:Environmental DNA https://global.dbpedia.org/id/2Moxp |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Environmental_DNA?oldid=1120485961&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Brooks_Range_(19)_Lynx_trail.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Canadian_lynx_by_Keith_Williams.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Surexploitation_morue_surpêcheEn.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Applications_of_envir...quatic_and_terrestrial_ecosystems.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Drilling_vessel_recov...ediment_core_for_sedaDNA_analysis.jpg wiki-commons:Special:FilePath/EDNA_gif_without_time.gif wiki-commons:Special:FilePath/Global_ecosystem_and_...h_environmental_DNA_metabarcoding.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Longhorn_beetle_Leptura_quadrifasciata.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Methodological_approa...odern_and_ancient_marine_genomics.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Modeling_relic_DNA_dynamics.jpg wiki-commons:Special:FilePath/Subglacial_aquatic_sediment_continuous_coring.jpg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Environmental_DNA |
| is dbo:academicDiscipline of | dbr:Eske_Willerslev__Eske_Willerslev__1 |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:EDNA_barcoding dbr:Environmental_RNA dbr:SedaDNA dbr:Sediment_dna dbr:Sedimentary_DNA dbr:Sedimentary_ancient_DNA |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Rozellida dbr:Monothalamea dbr:Denisovan dbr:Algae_DNA_barcoding dbr:Aquatic_macroinvertebrate_DNA_barcoding dbr:Jon_Clardy dbr:DNA dbr:DNA_barcoding dbr:Earth_Microbiome_Project dbr:Ancient_DNA dbr:Climate_change_and_invasive_species dbr:Cryomonadida dbr:Arise_(research_project) dbr:Mammoth dbr:Haemadipsidae dbr:Microbial_DNA_barcoding dbr:RNAs_present_in_environmental_samples dbr:Timeline_of_biotechnology dbr:Gammarus_fossarum dbr:Alabama_sturgeon dbr:Eske_Willerslev dbr:Centre_for_Geogenetics dbr:Forest_genetic_resources dbr:Steven_D'Hondt dbr:Jakobid dbr:January–March_2022_in_science dbr:Hypostomus_robinii dbr:EDNA_barcoding dbr:Arctodus dbr:Chicken_turtle dbr:Lakes380 dbr:Blind_cave_eel dbr:Susie_Wood dbr:Ecological_genetics dbr:Marine_protists dbr:Soil_ecology dbr:Edna dbr:Tiara_Moore dbr:Metabarcoding dbr:Neil_Gemmell dbr:Woolly_mammoth dbr:Woolly_rhinoceros dbr:Marine_engineering dbr:Neobodo dbr:Viral_metagenomics dbr:Extracellular_RNA dbr:Fish_DNA_barcoding dbr:Nanopore_sequencing dbr:Pollen_DNA_barcoding dbr:Serendipitaceae dbr:Ramellogammarus_similimanus dbr:Environmental_RNA dbr:SedaDNA dbr:Sediment_dna dbr:Sedimentary_DNA dbr:Sedimentary_ancient_DNA |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Environmental_DNA |
