Nucleic acid thermodynamics (original) (raw)
الديناميكا الحرارية للحمض النووي هي دراسة لكيفية تأثير درجة الحرارة على بِنية الحمض النووي الدنا المزدوج (dsDNA). تُعرَّف درجة حرارة الانصهار (Tm) بأنها درجة الحرارة التي يكون عندها نصف سلاسل الدنا في حالة الملف العشوائي أو الحالة المنفردة (ssDNA). تعتمد Tm على طول جزيء الدنا وتسلسل النيوكليوتيدات الخاص به. عندما تكون سلسلتي الدنا في حالة انفصال (بمعنى أن جزيء dsDNA موجود كخيطين مستقلين) فإن جزيء الدنا في هذه الحالة يكون قد حدث له تمسُّخ بفعل درجة الحرارة المرتفعة.
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| dbo:abstract | الديناميكا الحرارية للحمض النووي هي دراسة لكيفية تأثير درجة الحرارة على بِنية الحمض النووي الدنا المزدوج (dsDNA). تُعرَّف درجة حرارة الانصهار (Tm) بأنها درجة الحرارة التي يكون عندها نصف سلاسل الدنا في حالة الملف العشوائي أو الحالة المنفردة (ssDNA). تعتمد Tm على طول جزيء الدنا وتسلسل النيوكليوتيدات الخاص به. عندما تكون سلسلتي الدنا في حالة انفصال (بمعنى أن جزيء dsDNA موجود كخيطين مستقلين) فإن جزيء الدنا في هذه الحالة يكون قد حدث له تمسُّخ بفعل درجة الحرارة المرتفعة. (ar) En genètica, l'aparellament és quan l'ADN o l'ARN s'uneix en parells per mitjà d'enllaços d'hidrogen a una , formant un polinucleòtid bicatenari (vegeu ). El terme es fa servir sovint per a descriure la unió d'una o un a una cadena d'ADN durant una reacció en cadena de la polimerasa (PCR). El terme també es fa servir per a descriure la reformació (renaturalització) de cadenes complementàries que han estat separades per la calor (tèrmicament desnaturalitzades). (ca) Nucleic acid thermodynamics is the study of how temperature affects the nucleic acid structure of double-stranded DNA (dsDNA). The melting temperature (Tm) is defined as the temperature at which half of the DNA strands are in the random coil or single-stranded (ssDNA) state. Tm depends on the length of the DNA molecule and its specific nucleotide sequence. DNA, when in a state where its two strands are dissociated (i.e., the dsDNA molecule exists as two independent strands), is referred to as having been denatured by the high temperature. (en) La dénaturation de l'ADN, ou fonte de l'ADN, est un processus qui conduit à transformer un double brin d'ADN en deux simples brins, en rompant les liaisons hydrogène entre les bases nucléiques des deux chaînes complémentaires de l'ADN. Cette dénaturation peut être réalisée in vitro en soumettant l'ADN à tout agent chimique ou physique capable de déstabiliser les liaisons hydrogène, comme le pH, la température, certains solvants, des concentrations ioniques élevées, des agents alcalins,... Contrairement à la dénaturation des protéines, celle de l'ADN est parfaitement réversible, lors d'un retour suffisamment lent aux conditions initiales : les bases se réapparient naturellement. C'est la renaturation, ré-association des deux brins de l'ADN qui se recombinent en une seule molécule bicaténaire. La dénaturation peut être facilement suivie par spectroscopie d'absorption UV à 260 nm grâce à l'existence d'un effet hyperchrome. Le coefficient d'extinction molaire ε de la molécule est augmenté d'un facteur environ 1,4 au cours de la transition double brin → simple brin. Ceci est dû au changement d'environnement des bases de l'ADN qui passent d'un état empilé dans le duplex à un état désordonné, exposé au solvant aqueux dans le simple brin. (fr) La denaturazione del DNA, detta anche DNA melting (melting=fusione), è il processo per cui l'acido desossiribonucleico a doppio filamento (dsDNA double-stranded DNA) si svolge e si separa in due filamenti singoli (ssDNA single-stranded DNA) rompendo i legami idrogeno tra le basi appaiate. Entrambi i termini “melting” e “denaturazione” sono usati per indicare il processo che avviene sottoponendo il materiale genetico al calore, mentre si usa “denaturazione” per indicare la separazione dei filamenti dovuta all'uso di reagenti chimici come l'urea. Quando abbiamo diverse copie di molecole di dsDNA la Temperatura di melting (Tm) è definita come la temperatura media a cui viene denaturato un determinato filamento di DNA. Abbassando nuovamente la temperatura, i due filamenti si riuniranno tornando nella forma in cui erano in origine, per questo si dice che il processo è reversibile. La temperatura di melting dipende sia dalla lunghezza totale della molecola di DNA, sia dalla specifica sequenza dei nucleotidi. (it) Denaturacja DNA, topnienie DNA, mięknięcie DNA – separacja podwójnej nici DNA na dwie pojedyncze wskutek zerwania wiązań wodorowych między nimi. Dwuniciowa helikalna struktura DNA jest względnie stabilna dzięki wiązaniom wodorowym między zasadami oraz oddziaływaniom warstwowym nakładających się zasad. Dodatkowo helisa ulega solwatacji, powodującej wytwarzanie się powłoki hydratacyjnej z cząsteczek wody wokół DNA. Oddziaływania te trzeba przezwyciężyć, jeżeli chce się przeprowadzić proces denaturacji DNA. Dwie nici DNA ulegają wyraźnemu rozdzieleniu po inkubacji w roztworach o pH powyżej 12 i poniżej 2, ze względu na jonizację zasad. Jonizacja ta powoduje zmianę właściwości tworzenia wiązań wodorowych przez zasady, która prowadzi do zaburzenia normalnych wiązań wodorowych typu Watsona-Cricka między A i T oraz C i G. Dodatkowo przy bardzo wysokim lub niskim pH powłoka hydratacyjna otaczająca cząsteczkę DNA ulega zaburzeniu, destabilizując nakładanie się par zasad. Poddanie DNA działaniu kwasu prowadzi do depurynacji i depirymidynacji – utraty zasad przez trawienie wiązania glikozydowego. Wiązanie fosfodiestrowe w miejscach pozbawionych zasad staje się bardziej podatne na hydrolizę, wobec czego silne kwasy wywołują degradację DNA. Ze względu na to, że pojedyncze nici DNA są stosunkowo stabilne w środowisku alkalicznym, denaturację przeprowadza się zazwyczaj właśnie w takich warunkach. (pl) A desnaturação do DNA é o processo através do qual o ácido desoxirribonucleico de dupla cadeia se desenrola e separa-se em duas cadeias simples, através da quebra de ligações de hidrogénio entre as bases. O termo é utilizado para referir ao processo que ocorre quando uma mistura é aquecida, apesar de "desnaturação" também poder referir a separação das cadeias de ADN induzidas por químicos como a ureia. Para múltiplas cópias de moléculas de DNA, a temperatura de desnaturação (Tm) é definida como a temperatura na qual metade das cadeias de ADN estão no estado de dupla hélice e a outras metade estados de "random coils". A temperatura de desnaturação depende do comprimento da molécula e da composição específica da sequência de nucleotídeos. (pt) 核酸熱力學是指溫度影響雙鏈DNA（dsDNA）的核酸結構。DNA变性（DNA denaturation）又稱DNA融化（DNA melting）是DNA雙螺旋解開成為兩條單股長鏈的過程。在過程中，使兩股長鏈上的鹼基相連的氫鍵會斷裂。DNA的變性可以是溫度升高而產生的作用，也可能是其他化學物質如尿素的誘導。使DNA解開的融化溫度（Tm）是依DNA鏈的長度，以及特定核苷酸序列的組成形式而定。 (zh) |
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