STRING (original) (raw)
In molecular biology, STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) is a biological database and web resource of known and predicted protein–protein interactions. The STRING database contains information from numerous sources, including experimental data, computational prediction methods and public text collections. It is freely accessible and it is regularly updated. The resource also serves to highlight functional enrichments in user-provided lists of proteins, using a number of functional classification systems such as GO, Pfam and KEGG. The latest version 11b contains information on about 24,5 million proteins from more than 5000 organisms. STRING has been developed by a consortium of academic institutions including CPR, EMBL, KU, SIB, TUD and UZH.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) ist eine Bioinformatik-Datenbank, die einen umfassenden Überblick über direkte (physikalische) und indirekte (funktionelle) Zusammenhänge und Interaktionen zwischen Proteinen gibt. Sie wird gemeinsam vom European Molecular Biology Laboratory (EMBL) und der Universität Zürich betrieben. Die frei zugängliche Datenbank wird regelmäßig aktualisiert und enthält Informationen aus experimentellen Daten, anderen Datenbanken, Literatur und am Computermodell berechneten Interaktionsvorhersagen.In der aktuellen Version 11.0b (Stand Oktober 2020) werden ca. 24,5 Millionen Proteine von 5090 Spezies berücksichtigt. (de) Η ανάπτυξη των τεχνολογιών υψηλής απόδοσης σε συνδυασμό με την δυνατότητα των ηλεκτρονικών υπολογιστών να αναλύουν μεγάλο όγκο δεδομένων έδωσε ώθηση στους επιστήμονες να καταχωρήσουν και να εντάξουν μεγάλο όγκο βιολογικών δεδομένων σε εξειδικευμένες βάσεις. Η βάση δεδομένων STRING (The Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes) είναι μια διαδικτυακή βάση που παρέχει πληροφορίες σχετικά με αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών: είτε άμεσες (φυσικές) είτε έμμεσες (λειτουργικές), συνοψίζοντας τόσο πειραματικά δεδομένα όσο και υπολογιστικές προβλέψεις καθώς και δημόσια αναζήτηση κειμένου. Οι πρωτεΐνες είναι μεγαλομόρια που συμμετέχουν σε πολλές κυτταρικές διεργασίες, από την μεταφορά της πληροφορίας από το εξωκυττάριο περιβάλλον μέχρι την γενετική πληροφορία μέσω των mRNA. Για να γίνουν επομένως αντιληπτές οι κυτταρικές διεργασίες και ο τρόπος λειτουργίας του κυττάρου είναι σημαντικό να γνωρίζει κανείς τον ρόλο των πρωτεϊνών και τις μεταξύ τους αλληλεπιδράσεις, καθώς και τις αλληλεπιδράσεις με άλλα μόρια του κυττάρου. Θα πρέπει να τονισθεί ότι μόνο τα τελευταία χρόνια άρχισε να γίνεται αντιληπτό ότι πολλές ασθένειες, όπως το Alzheimer, το Parkinson και καρδιαγγειακές βλάβες οφείλονται στην δυσλειτουργία των πρωτεϊνών. Επομένως, το ενδιαφέρον των επιστημόνων προς την συλλογή και κατάταξη των πληροφοριών σχετικά με την συμπεριφορά των πρωτεϊνών, τόσο σε υγιή κύτταρα όσο και σε ασθενή θεωρείται επιβεβλημένο. Οι πειραματικές και κλινικές παρατηρήσεις σε συνδυασμό με τα μαθηματικά πρότυπα και οι προσομοιώσεις της συμπεριφοράς των πρωτεϊνών θα συμβάλλουν στην αντίληψη των βλαβών που προκαλούνται είτε από την γήρανση είτε από την ανάπτυξη των ασθενειών. Ο απώτερος στόχος των επιστημόνων είναι η ανάπτυξη μιας κοινής βάσης δεδομένων, στην οποία θα συμπεριλαμβάνονται οι βιοχημικές παρατηρήσεις και οι θεωρητικές προσομοιώσεις της συμπεριφοράς των πρωτεϊνών ώστε να γίνουν προβλέψεις για τη συστημική προσέγγιση των λειτουργιών τους και προφανώς την πρόληψη των ασθενειών. Η τελευταία έκδοση της STRING 10.0 περιέχει πληροφορίες για πάνω από 2.000 οργανισμούς ταξινομημένες σε οικογένειες με βάση τα διαφορετικά επίπεδα φυλογενετικής ανάπτυξης και μέσα από ένα σύστημα ανάκτησης δεδομένων υπολογίζει με τη χρήση ενός αλγόριθμου ένα σκορ εμπιστοσύνης για τις πιθανές αλληλεπιδράσεις και τις σχέσεις που διέπουν τις πρωτεΐνες. Η περιγραφή των σχέσεων γίνεται συνήθως με δίκτυο πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, το οποίο αναπαρίσταται σαν ένας μη κατευθυνόμενος, αβαρής γράφος G(V,E), με τις πρωτεΐνες σαν σύνολο κόμβων V και τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ τους σαν σύνολο ακμών Ε, προσεγγίζοντας έτσι ολιστικά το σύστημα και δίνοντας στο χρήστη τη δυνατότητα ανάκτησης όλων των πληροφοριών που αφορούν τις μελετώμενες σχέσεις. Σημαντικό είναι να αναφερθεί ότι ο χαρακτηρισμός των πρωτεϊνών που βρίσκεται στη βάση και η ταξινόμηση των σχημάτων γίνεται βάση της σημαντικότητας των σχέσεων που διέπουν τις πρωτεΐνες, όπως σε φυσικά σύμπλοκα, είτε σηματοδοτικά μονοπάτια, είτε σε αρθρώματα. Επιπλέον, η βάση αυτή χρησιμοποιείται για την εμφάνιση λειτουργικών εμπλουτισμών στις πρωτεϊνικές λίστες, χρησιμοποιώντας πληθώρα συστημάτων λειτουργικής ταξινόμησης, όπως GO, Pfam και KEGG. Η STRING έχει αναπτυχθεί από μια κοινοπραξία των ακαδημαϊκών ιδρυμάτων, συμπεριλαμβανομένων CPR, EMBL, KU, SIB, TUD και UZH. (el) In molecular biology, STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) is a biological database and web resource of known and predicted protein–protein interactions. The STRING database contains information from numerous sources, including experimental data, computational prediction methods and public text collections. It is freely accessible and it is regularly updated. The resource also serves to highlight functional enrichments in user-provided lists of proteins, using a number of functional classification systems such as GO, Pfam and KEGG. The latest version 11b contains information on about 24,5 million proteins from more than 5000 organisms. STRING has been developed by a consortium of academic institutions including CPR, EMBL, KU, SIB, TUD and UZH. (en) STRING (сокр. от англ. Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) — база данных и веб-ресурс для поиска информации об известных и предсказанных белок-белковых взаимодействиях. STRING обобщает информацию из различных источников: экспериментальные данные, литературные данные и предсказания de novo. Версия 10 содержит информацию о взаимодействиях 9 643 763 белков в 2031 виде организмов, от бактерий и архей до человека. База данных регулярно обновляется и доступна для свободного скачивания. STRING разработан консорциумом европейских университетов CPR, EMBL, KU, SIB, TUD и UZH. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/STRING_Homepage_2016.png?width=300 |
| dbo:title | STRING (en) |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://string-db.org/ http://string-db.org/ http://stitch.embl.de/ http://string-db.org/cgi/download http://string-db.org/cgi/help%3Fsubpage=api https://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ |
| dbo:wikiPageID | 21194600 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 8776 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 993747833 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:PubMed dbr:BioGRID dbr:Pfam dbr:University_of_Copenhagen dbr:University_of_Zurich dbr:Novo_Nordisk_Foundation_Center_for_Protein_Research dbr:Gene_Ontology dbr:Gene_ontology dbr:Application_programming_interface dbr:Database_of_Interacting_Proteins dbr:Cytoscape dbr:EcoCyc dbr:FlyBase dbr:KEGG dbr:Web_resource dbr:EMBL dbr:Biological_database dbr:Swiss_Institute_of_Bioinformatics dbr:Homology_(biology) dbr:Reactome dbc:Biochemistry_databases dbc:Systems_biology dbr:HPRD dbr:Organisms dbr:Saccharomyces_Genome_Database dbr:Phylogenetic_profiling dbr:NCI-Nature_Pathway_Interaction_Database dbr:Text_mining dbr:Protein–protein_interactions dbr:Dresden_Technical_University dbr:OMIM dbr:Biomolecular_Interaction_Network_Database dbr:File:STRING_network_image.png dbr:File:STRING_Homepage_2016.png dbr:IntAct_database dbr:Mint_database |
| dbp:center | Academic Consortium (en) |
| dbp:description | Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins (en) |
| dbp:download | http://string-db.org/cgi/download |
| dbp:logo | 200 (xsd:integer) |
| dbp:pmid | 30476243 (xsd:integer) |
| dbp:title | STRING (en) |
| dbp:url | http://string-db.org/ |
| dbp:version | 11 (xsd:integer) |
| dbp:webservice | http://string-db.org/cgi/help%3Fsubpage=api |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Infobox_biodatabase dbt:Reflist dbt:Use_dmy_dates |
| dc:description | Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins |
| dct:subject | dbc:Biochemistry_databases dbc:Systems_biology |
| gold:hypernym | dbr:Database |
| rdf:type | owl:Thing schema:CreativeWork dbo:Work wikidata:Q386724 dbo:Database dul:InformationObject dbo:BiologicalDatabase |
| rdfs:comment | In molecular biology, STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) is a biological database and web resource of known and predicted protein–protein interactions. The STRING database contains information from numerous sources, including experimental data, computational prediction methods and public text collections. It is freely accessible and it is regularly updated. The resource also serves to highlight functional enrichments in user-provided lists of proteins, using a number of functional classification systems such as GO, Pfam and KEGG. The latest version 11b contains information on about 24,5 million proteins from more than 5000 organisms. STRING has been developed by a consortium of academic institutions including CPR, EMBL, KU, SIB, TUD and UZH. (en) STRING (сокр. от англ. Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) — база данных и веб-ресурс для поиска информации об известных и предсказанных белок-белковых взаимодействиях. STRING обобщает информацию из различных источников: экспериментальные данные, литературные данные и предсказания de novo. Версия 10 содержит информацию о взаимодействиях 9 643 763 белков в 2031 виде организмов, от бактерий и архей до человека. База данных регулярно обновляется и доступна для свободного скачивания. STRING разработан консорциумом европейских университетов CPR, EMBL, KU, SIB, TUD и UZH. (ru) STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) ist eine Bioinformatik-Datenbank, die einen umfassenden Überblick über direkte (physikalische) und indirekte (funktionelle) Zusammenhänge und Interaktionen zwischen Proteinen gibt. Sie wird gemeinsam vom European Molecular Biology Laboratory (EMBL) und der Universität Zürich betrieben. (de) Η ανάπτυξη των τεχνολογιών υψηλής απόδοσης σε συνδυασμό με την δυνατότητα των ηλεκτρονικών υπολογιστών να αναλύουν μεγάλο όγκο δεδομένων έδωσε ώθηση στους επιστήμονες να καταχωρήσουν και να εντάξουν μεγάλο όγκο βιολογικών δεδομένων σε εξειδικευμένες βάσεις. Η βάση δεδομένων STRING (The Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes) είναι μια διαδικτυακή βάση που παρέχει πληροφορίες σχετικά με αλληλεπιδράσεις πρωτεϊνών: είτε άμεσες (φυσικές) είτε έμμεσες (λειτουργικές), συνοψίζοντας τόσο πειραματικά δεδομένα όσο και υπολογιστικές προβλέψεις καθώς και δημόσια αναζήτηση κειμένου. (el) |
| rdfs:label | STRING (de) STRING (el) STRING (en) STRING (ru) |
| owl:sameAs | freebase:STRING wikidata:STRING dbpedia-de:STRING dbpedia-el:STRING dbpedia-ru:STRING https://global.dbpedia.org/id/26JRu |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:STRING?oldid=993747833&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/STRING_Homepage_2016.png wiki-commons:Special:FilePath/STRING_network_image.png |
| foaf:homepage | http://string-db.org/ |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:STRING |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:String |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Bioinformatic_Harvester dbr:Death_Domain_database dbr:Protein_function_prediction dbr:Protein–protein_interaction dbr:PSMB6 dbr:Pathway_analysis dbr:String dbr:DOP1B dbr:PRP36 dbr:ARMH3 dbr:ATPase_ASNA1 dbr:Biological_network dbr:Swiss_Institute_of_Bioinformatics dbr:MobiDB dbr:IRX1 dbr:C14orf80 dbr:CXorf66 dbr:Metascape dbr:FAM214A dbr:FAM71D dbr:Transmembrane_protein_151A dbr:Swiss-model dbr:SBK3 dbr:Tetratricopeptide_repeat_protein_39C |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:STRING |
