Metabolic network modelling (original) (raw)
إعادة بناء وتحفيز شبكة الأيض يسمح بنظرة في العمق إلى الآليات الجزيئية لكائن حي معين. وبالتحديد, فإن هذه النماذج تربط الجينوم بعلم وظائف الأعضاء الجزيئي.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | إعادة بناء وتحفيز شبكة الأيض يسمح بنظرة في العمق إلى الآليات الجزيئية لكائن حي معين. وبالتحديد, فإن هذه النماذج تربط الجينوم بعلم وظائف الأعضاء الجزيئي. (ar) El modelatge i reconstrucció de xarxes metabòliques permet un enfocament detallat per la comprensió dels mecanismes moleculars d'un determinat organisme, especialment en la corelació del genoma amb la fisiologia molecular. Una reconstrucció descompon les rutes metabòliques en els seus enzims i reaccions específics, i els analitza dins el marc de la xarxa completa. Alguns exemples de rutes metabòliques són la glicòlisi, el cicle de Krebs, la ruta de la pentosa fosfat, etc. De manera simplificada, una reconstrucció implica recollir tota la informació rellevant sobre el metabolisme d'un organisme i llavors fixar-la d'una manera en què se la pugui analitzar de diverses maneres. (ca) La reconstrucción y simulación de rutas metabólicas permite una visión más detallada de los mecanismos moleculares de un organismo en específico. En particular, estos modelos correlacionan el genoma con la fisiología molecular. Una reconstrucción rompe las vías metabólicas (tales como la glucólisis y el ciclo del ácido cítrico) en sus respectivas reacciones y enzimas, y los analiza en la perspectiva de una red entera. En términos simples, una reconstrucción reúne toda la información metabólica relevante de un organismo y la compila en un modelo matemático. La validación y el análisis de las reconstrucciones permite la identificación de características clave del metabolismo, como el rendimiento del crecimiento, la distribución de recursos, la robustez de la red y la esencialidad de genes. Este conocimiento puede ser aplicado para la creación de biotecnología novedosa. En general, el proceso para elaborar una reconstrucción es el siguiente: 1. * Hacer un borrador de la reconstrucción 2. * Clarificar el modelo 3. * Convertir el modelo en una representación matemática o computacional 4. * Evaluar y depurar el modelo por medio de experimentación (es) Metabolic network modelling, also known as metabolic network reconstruction or metabolic pathway analysis, allows for an in-depth insight into the molecular mechanisms of a particular organism. In particular, these models correlate the genome with molecular physiology. A reconstruction breaks down metabolic pathways (such as glycolysis and the citric acid cycle) into their respective reactions and enzymes, and analyzes them within the perspective of the entire network. In simplified terms, a reconstruction collects all of the relevant metabolic information of an organism and compiles it in a mathematical model. Validation and analysis of reconstructions can allow identification of key features of metabolism such as growth yield, resource distribution, network robustness, and gene essentiality. This knowledge can then be applied to create novel biotechnology. In general, the process to build a reconstruction is as follows: 1. * Draft a reconstruction 2. * Refine the model 3. * Convert model into a mathematical/computational representation 4. * Evaluate and debug model through experimentation The related method of flux balance analysis seeks to mathematically simulate metabolism in genome-scale reconstructions of metabolic networks. (en) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/A_thaliana_metabolic_network.png?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/ https://web.archive.org/web/20070428110552/http:/www.eng.ox.ac.uk/samp/ https://web.archive.org/web/20150506193454/http:/www.brenda-enzymes.org/ http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ http://www.brenda-enzymes.info/ http://img.jgi.doe.gov/ http://www.ebi.ac.uk/interpro/ http://inparanoid.sbc.su.se/cgi-bin/index.cgi http://bigg.ucsd.edu/ http://ecocyc.org/ http://ergo.integratedgenomics.com/ http://metacyc.org/ http://modelseed.org/ http://nemo-cyclone.sourceforge.net/ http://pht.tu-bs.de/ http://pubseed.theseed.org/ http://sbrg.ucsd.edu/InSilicoOrganisms/OtherOrganisms. http://string.embl.de/ http://www.copasi.org/tiki-index.php%3Fpage=homepage/ http://www.csb.ethz.ch/tools/software/efmtool.html http://www.genedb.org/ http://www.metacyc.org/ http://biocyc.org/ http://biocyc.org/metacyc/index.shtml http://www.biocyc.org/ http://enzyme.expasy.org/ http://www.brenda.uni-koeln.de/ http://www.mpi-magdeburg.mpg.de/projects/cna/cna.html/ http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/SBMLsimulator http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/SBMLsqueezer https://github.com/esaskar/CoReCo https://github.com/eullah01/gEFM https://web.archive.org/web/20051023171117/http:/nashua.case.edu/PathwaysWeb/ https://web.archive.org/web/20060218084611/http:/www.expasy.org/enzyme/ https://web.archive.org/web/20081006152857/http:/apps.sbri.org/Genome/Link/Bioinformatics_Tools_Software.aspx https://web.archive.org/web/20090224062051/http:/www.genome.ad.jp/ https://web.archive.org/web/20120304065541/http:/www.bioinformatics.leeds.ac.uk/metatiger/ https://web.archive.org/web/20120402233919/http:/www.jcvi.org/ https://web.archive.org/web/20161104141929/http:/www.ra.cs.uni-tuebingen.de/software/SBMLsqueezer/ https://web.archive.org/web/20180417230651/http:/genome-www.stanford.edu/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd http://www.kegg.jp/ |
| dbo:wikiPageID | 3408308 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 48679 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1119642212 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Prokaryotes dbr:Scientific_classification dbr:Elementary_modes dbr:Enzyme_promiscuity dbr:Metabolic_network dbr:Metagenomics dbr:Basis_(linear_algebra) dbr:DNA dbr:MIRIAM dbc:Bioinformatics dbc:Genomics dbc:Metabolism dbr:SBML dbr:Gene_knockout dbr:Generative_Modelling_Language dbr:Genome dbr:Citric_acid_cycle dbr:GIF dbr:Glycolysis dbr:Constraint_(mathematics) dbr:Macrophages dbr:Stoichiometry dbr:Substrate_(chemistry) dbr:Succinyl-CoA dbr:Computer_simulation dbr:Metabolic_pathway dbr:Steady_state dbr:Mass_balance dbr:COPASI dbr:Drug_delivery dbr:Linear_programming dbr:Acetyl-CoA dbr:Escherichia_coli dbr:Eukaryotes dbr:Flux dbr:Flux_balance_analysis dbr:GraphML dbr:KEGG dbr:Thermodynamics dbr:Red_blood_cell dbr:JPG dbc:Biological_engineering dbc:Biomedical_engineering dbr:Kinetic_energy dbr:LaTeX dbr:Lactobacillus_plantarum dbr:BioPAX dbr:Bioinformatics dbr:Biotechnology dbr:Swiss_Institute_of_Bioinformatics dbc:Systems_biology dbr:Physiology dbr:SBGN dbr:Metabolic dbr:Methionine dbr:National_Center_for_Biotechnology_Information dbr:Reactants dbr:XML dbr:Metabolic_control_analysis dbr:Simulation dbr:Immune_system dbr:Reaction_rates dbr:ExPASy dbr:Metabolite_damage_and_its_repair_or_pre-emption dbr:Catalysts dbr:In-paralog dbr:Computational_systems_biology dbr:Constraint-based_approach dbr:Drug-engineering dbr:File:A_thaliana_metabolic_network.png dbr:File:Metabolic_Network_Model_for_Escherichia_coli.jpg dbr:File:Metabolic_Network_Reconstruction_Process.pdf dbr:KGML dbr:Simple_Interaction_Format |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Computer_modeling dbt:Main_article dbt:Reflist dbt:Short_description |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Genomics dbc:Metabolism dbc:Biological_engineering dbc:Biomedical_engineering dbc:Systems_biology |
| rdfs:comment | إعادة بناء وتحفيز شبكة الأيض يسمح بنظرة في العمق إلى الآليات الجزيئية لكائن حي معين. وبالتحديد, فإن هذه النماذج تربط الجينوم بعلم وظائف الأعضاء الجزيئي. (ar) El modelatge i reconstrucció de xarxes metabòliques permet un enfocament detallat per la comprensió dels mecanismes moleculars d'un determinat organisme, especialment en la corelació del genoma amb la fisiologia molecular. Una reconstrucció descompon les rutes metabòliques en els seus enzims i reaccions específics, i els analitza dins el marc de la xarxa completa. Alguns exemples de rutes metabòliques són la glicòlisi, el cicle de Krebs, la ruta de la pentosa fosfat, etc. De manera simplificada, una reconstrucció implica recollir tota la informació rellevant sobre el metabolisme d'un organisme i llavors fixar-la d'una manera en què se la pugui analitzar de diverses maneres. (ca) La reconstrucción y simulación de rutas metabólicas permite una visión más detallada de los mecanismos moleculares de un organismo en específico. En particular, estos modelos correlacionan el genoma con la fisiología molecular. Una reconstrucción rompe las vías metabólicas (tales como la glucólisis y el ciclo del ácido cítrico) en sus respectivas reacciones y enzimas, y los analiza en la perspectiva de una red entera. En términos simples, una reconstrucción reúne toda la información metabólica relevante de un organismo y la compila en un modelo matemático. La validación y el análisis de las reconstrucciones permite la identificación de características clave del metabolismo, como el rendimiento del crecimiento, la distribución de recursos, la robustez de la red y la esencialidad de genes. (es) Metabolic network modelling, also known as metabolic network reconstruction or metabolic pathway analysis, allows for an in-depth insight into the molecular mechanisms of a particular organism. In particular, these models correlate the genome with molecular physiology. A reconstruction breaks down metabolic pathways (such as glycolysis and the citric acid cycle) into their respective reactions and enzymes, and analyzes them within the perspective of the entire network. In simplified terms, a reconstruction collects all of the relevant metabolic information of an organism and compiles it in a mathematical model. Validation and analysis of reconstructions can allow identification of key features of metabolism such as growth yield, resource distribution, network robustness, and gene essential (en) |
| rdfs:label | نمذجة الشبكة الأيضية (ar) Modelatge de xarxes metabòliques (ca) Modelado de redes metabólicas (es) Metabolic network modelling (en) |
| owl:sameAs | freebase:Metabolic network modelling wikidata:Metabolic network modelling dbpedia-ar:Metabolic network modelling dbpedia-ca:Metabolic network modelling dbpedia-es:Metabolic network modelling dbpedia-sr:Metabolic network modelling https://global.dbpedia.org/id/4sCWp |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Metabolic_network_modelling?oldid=1119642212&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/A_thaliana_metabolic_network.png wiki-commons:Special:FilePath/Metabolic_Network_Model_for_Escherichia_coli.jpg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Metabolic_network_modelling |
| is dbo:knownFor of | dbr:David_Fell_(biochemist) |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Metabolic_modelling dbr:Metabolic_network_reconstruction dbr:Metabolic_network_reconstruction_and_simulation dbr:Metabolic_pathway_analysis |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Scientific_modelling dbr:Metabolic_network dbr:Metabolite_damage dbr:Bernhard_Palsson dbr:David_Fell_(biochemist) dbr:Interactome dbr:List_of_network_theory_topics dbr:Essential_gene dbr:The_Proteolysis_Map dbr:Corynebacterium_glutamicum dbr:Andreas_Dräger dbr:Bigg dbr:Stefan_Schuster dbr:Metabolic_pathway dbr:Mathematical_and_theoretical_biology dbr:TopFIND dbr:Widest_path_problem dbr:Dolosigranulum_pigrum dbr:Csaba_Pal dbr:Cytoscape dbr:EsyN dbr:Flux_balance_analysis dbr:Fluxomics dbr:Systems_biology dbr:Hierarchical_network_model dbr:Average_path_length dbr:Butanol_fuel dbr:Srinivasan_Ramachandran dbr:Metabolic_modelling dbr:Metabolic_network_reconstruction dbr:Metabolic_network_reconstruction_and_simulation dbr:Metabolic_pathway_analysis dbr:Microbiome dbr:Metabolic_flux_analysis dbr:SUMO_enzymes dbr:MMB dbr:Rhodobacter_sphaeroides |
| is dbp:knownFor of | dbr:David_Fell_(biochemist) |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Metabolic_network_modelling |
