Pyrosequencing (original) (raw)
Metoda pyrosekvenování spojuje metodu sekvenování využívající syntézu komplementárního vlákna pomocí DNA polymerázy (za použití primerů) a zároveň analýzu její aktivity pomocí dalších enzymů a chemikálií. Metoda je odvozená od Sangerovy metody sekvenování, využívá však reverzibilní terminaci polymerace.V roce 1987, popsal, jak aktivita DNA polymerázy může být monitorována pomocí bioluminiscence.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Metoda pyrosekvenování spojuje metodu sekvenování využívající syntézu komplementárního vlákna pomocí DNA polymerázy (za použití primerů) a zároveň analýzu její aktivity pomocí dalších enzymů a chemikálií. Metoda je odvozená od Sangerovy metody sekvenování, využívá však reverzibilní terminaci polymerace.V roce 1987, popsal, jak aktivita DNA polymerázy může být monitorována pomocí bioluminiscence. (cs) La piroseqüenciació o seqüenciació 454 és una tecnologia de determinació de seqüència de DNA a gran escla que es pot aplicar a genomes complets mitjançant lluminiscència. A diferència del sistema de Sanger, capaç de resoldre 67.000 bases cada hora, el mètode 454 pot determinar la seqüència de 20 milions en 4,5 hores, la qual cosa abarateix la despesa del procés. (ca) سلسلة البايرو (بالإنجليزية: Pyrosequencing) هو طريقة ل سلسلة الحمض النووي (من أجل تحديد النيوكليوتيدات في الحمض النووي) على أساس «تسلسل من جانب توليف» من حيث المبدأ. وقد قام بتطوير هذه التقنية Mostafa Ronaghi و Pål Nyrén في المعهد الملكي للتكنولوجيا في ستوكهولم في نهاية التسعينات. (ar) La pirosecuenciación es una tecnología que permite determinar el orden de una secuencia de ADN mediante luminiscencia.Se basa en el principio de "secuenciación por síntesis" en el que se detecta la incorporación de nucleótidos al ADN por acción de la ADN polimerasa. La particularidad de este método es que detecta la liberación de pirofosfato cuando los nucleótidos son incorporados. A partir del pirofosfato se generará luz por medio de diversas reacciones enzimáticas en cadena. (es) Pyrosequencing is a method of DNA sequencing (determining the order of nucleotides in DNA) based on the "sequencing by synthesis" principle, in which the sequencing is performed by detecting the nucleotide incorporated by a DNA polymerase. Pyrosequencing relies on light detection based on a chain reaction when pyrophosphate is released. Hence, the name pyrosequencing. The principle of pyrosequencing was first described in 1993 by, Bertil Pettersson, Mathias Uhlen and Pål Nyren by combining the solid phase sequencing method using streptavidin coated magnetic beads with recombinant DNA polymerase lacking 3´to 5´exonuclease activity (proof-reading) and luminescence detection using the firefly luciferase enzyme. A mixture of three enzymes (DNA polymerase, ATP sulfurylase and firefly luciferase) and a nucleotide (dNTP) are added to single stranded DNA to be sequenced and the incorporation of nucleotide is followed by measuring the light emitted. The intensity of the light determines if 0, 1 or more nucleotides have been incorporated, thus showing how many complementary nucleotides are present on the template strand. The nucleotide mixture is removed before the next nucleotide mixture is added. This process is repeated with each of the four nucleotides until the DNA sequence of the single stranded template is determined. A second solution-based method for pyrosequencing was described in 1998 by Mostafa Ronaghi, Mathias Uhlen and Pål Nyren. In this alternative method, an additional enzyme apyrase is introduced to remove nucleotides that are not incorporated by the DNA polymerase. This enabled the enzyme mixture including the DNA polymerase, the luciferase and the apyrase to be added at the start and kept throughout the procedure, thus providing a simple set-up suitable for automation. An automated instrument based on this principle was introduced to the market the following year by the company Pyrosequencing. A third microfluidic variant of the pyrosequencing method was described in 2005 by Jonathan Rothberg and co-workers at the company 454 Life Sciences. This alternative approach for pyrosequencing was based on the original principle of attaching the DNA to be sequenced to a solid support and they showed that sequencing could be performed in a highly parallel manner using a microfabricated microarray. This allowed for high-throughput DNA sequencing and an automated instrument was introduced to the market. This became the first next generation sequencing instrument starting a new era in genomics research, with rapidly falling prices for DNA sequencing allowing whole genome sequencing at affordable prices. (en) Pyrosequencing adalah teknik pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi terhadap pirofosfat (PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA. Teknik ini memanfaatkan yang dikatalisis oleh dan untuk pirofosfat inorganik yang dilepaskan selama penambahan nukleotida. Teknik ini dikembangkan pada tahun 1990 oleh dan dari Royal Institute of Technology, Stockholm. (in) Le pyroséquençage est une technique de séquençage de l'ADN qui permet d’effectuer un séquençage rapide et à moindre coût qu’un séquençage par la méthode de Sanger. En effet, cette technique ne nécessite pas de clonage (donc gain de temps et d’argent), et permet une lecture directe de la séquence obtenue après le séquençage. Elle est basée sur le principe du « séquençage par synthèse », dans lequel le séquençage est effectué en détectant le nucléotide incorporé par une ADN polymérase. Le pyroséquençage s'appuie sur la détection, par quantification de lumière émise, du pyrophosphate libéré lors de la réaction en chaîne, d'où le nom de pyroséquençage. (fr) Piro-sequenciamento ou Pirossequenciamento é um método de sequenciamento de DNA (que estabelece a ordem de nucleotídeos no DNA) com base no princípio do "sequenciamento por síntese". Ele difere do método de Sanger, na medida em que se baseia na detecção da liberação de pirofosfato sobre a incorporação de nucleotídeos, em vez da terminação da cadeia com didesoxinucleotídeos. A técnica foi desenvolvida por Mostafa Ronaghi e Pål Nyrén no Instituto Real de Tecnologia em Estocolmo em 1996. (pt) Pyrosekvensering är en metod för DNA-sekvensering (bestämning av ordningen på nukleotider i DNA) som baseras på principen "sekvensering genom syntes", där sekvenseringen utförs genom att detektera den nukleotid som är införlivad i ett DNA-polymeras. Pyrosekvensering använder sig av ljusdetektion baserad på en kedjereaktion när pyrofosfat frigörs, därav namnet pyrosekvensering. Principen för pyrosekvensering beskrevs första gången 1993 av Bertil Pettersson, Mathias Uhlen och Pål Nyren genom att under fastfassekvensering kombinera streptavidinbelagda magnetiska kulor med rekombinant DNA-polymeras som saknar 3' till 5' exonukleasaktivitet (korrekturläsning av DNA) och luminiscensdetektion genom att använda eldflugans luciferasenzym. En blandning av tre enzymer (DNA-polymeras, ATP-sulfurylas och eldfluge-luciferas) och en nukleotid (dNTP) läggs till enkelsträngat DNA som ska sekvenseras och inkorporeringen av nukleotid följs av mätning av ljuset som emitteras. Ljusets intensitet avgör om 0, 1 eller fler nukleotider har inkorporerats, vilket visar hur många komplementära nukleotider som finns på mallsträngen. Nukleotidblandningen avlägsnas innan nästa nukleotidblandning tillsätts. Denna process upprepas med var och en av de fyra nukleotiderna tills DNA-sekvensen för den enkelsträngade mallen har bestämts. En andra lösningsbaserad metod för pyrosekvensering beskrevs 1998 av Mostafa Ronaghi, Mathias Uhlen och Pål Nyren. I denna alternativa metod introduceras ytterligare ett enzym, apyras, för att avlägsna nukleotider som inte är införlivade i DNA-polymeraset. Detta gjorde det möjligt för enzymblandningen inklusive DNA-polymeraset, luciferaset och apyraset att tillsättas i början och användas genom hela proceduren, vilket gav ett enkelt upplägg som lämpar sig för automatisering. Ett automatiserat instrument baserat på denna princip introducerades på marknaden året därpå av företaget Pyrosequencing. En tredje mikrofluidisk variant av pyrosekvenseringsmetoden beskrevs 2005 av Jonathan Rothberg och medarbetare på företaget 454 Life Sciences. Detta alternativa tillvägagångssätt för pyrosekvensering baserades på den ursprungliga principen att fästa DNA som ska sekvenseras till ett fast underlag och de visade att sekvensering kunde utföras parallellt med hjälp av en mikrotillverkad mikroarray. Detta möjliggjorde DNA-sekvensering med hög genomströmning och ett automatiserat instrument introducerades på marknaden. Detta blev det första nästa generations sekvenseringsinstrument som startade en ny era inom genomikforskning, med snabbt fallande priser för DNA-sekvensering vilket möjliggör helgenomsekvensering till en överkomlig kostnad. (sv) Пиросеквени́рование — это метод секвенирования ДНК (определение последовательности нуклеотидов в молекуле ДНК), основанный на принципе «секвенирование путём синтеза». При включении нуклеотида происходит детекция высвобождающихся пирофосфатов. Технология была разработана (швед. Pål Nyrén) и его студентом англ. Mostafa Ronaghi) в Королевском технологическом институте (Стокгольм) в 1996 году. (ru) Піросеквенування (англ. Pyrosequencing, швед. Pyrosekvensering) — метод визначення послідовності нуклеотидів ДНК, що ґрунтується на принципі «синтез через інкорпорацію», на відміну від секвенування Сенгера (англ. Sanger sequencing), де використовується капілярний електрофорез. Цю технологію створили дослідники (швед. Pål Nyrén) та його PhD-студент (англ. Mostafa Ronaghi) у Королівському Технічному Інституті (швед. Kungliga Tekniska Högskolan, KTH) у Стокгольмі, у 1996 р. (uk) 焦磷酸测序（英語：Pyrosequencing）是一种基于聚合酶链反应原理的DNA测序（确定DNA中核苷酸 的顺序）方法。它与桑格法不同，依赖于核苷酸掺入中焦磷酸盐的释放，而非双脱氧核苷三磷酸参与的链终止反应。该技术是由和于1996年在斯德哥尔摩的皇家工学院发展出来的。 (zh) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/How_Pyrosequencing_Works.svg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://www.kth.se/en/bio/research/proteomics/proteomics-researchers/mathias-uhlen-1.67763 |
| dbo:wikiPageID | 1154853 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 9156 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1111091677 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Primer_(molecular_biology) dbr:Pyrophosphate dbr:Qiagen dbr:Metagenomics dbr:Sulfate_adenylyltransferase dbr:Apyrase dbr:Hoffmann-La_Roche dbr:Jonathan_Rothberg dbr:DNA dbr:DNA_polymerase dbc:Biotechnology dbr:Chemiluminescence dbr:Genome_project dbr:Enzyme dbr:Genomics dbr:Pål_Nyrén dbr:Luciferase dbr:Stockholm_Stock_Exchange dbr:Streptavidin dbr:Microarray dbr:Microfabrication dbr:Whole_genome_sequencing dbr:HealthCap dbr:Adenosine_triphosphate dbr:454_Life_Sciences dbc:DNA_sequencing_methods dbc:Molecular_biology dbr:DNA_sequencing dbr:Nucleotides dbc:Life_sciences_industry dbr:DNTP dbr:Venture_capital dbr:Luciferin dbr:Mostafa_Ronaghi dbr:Nucleoside_triphosphate dbr:Solid_phase_sequencing dbr:Uppsala,_Sweden dbr:Repetitive_DNA dbr:Adenosine_5´_phosphosulfate dbr:Genome_assembly dbr:ATP_sulfurylase dbr:SsDNA dbr:Deoxynucleotide_triphosphate dbr:File:How_Pyrosequencing_Works.svg |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Cite_journal dbt:Reflist dbt:Short_description |
| dcterms:subject | dbc:Biotechnology dbc:DNA_sequencing_methods dbc:Molecular_biology dbc:Life_sciences_industry |
| gold:hypernym | dbr:Method |
| rdf:type | dbo:Software |
| rdfs:comment | Metoda pyrosekvenování spojuje metodu sekvenování využívající syntézu komplementárního vlákna pomocí DNA polymerázy (za použití primerů) a zároveň analýzu její aktivity pomocí dalších enzymů a chemikálií. Metoda je odvozená od Sangerovy metody sekvenování, využívá však reverzibilní terminaci polymerace.V roce 1987, popsal, jak aktivita DNA polymerázy může být monitorována pomocí bioluminiscence. (cs) La piroseqüenciació o seqüenciació 454 és una tecnologia de determinació de seqüència de DNA a gran escla que es pot aplicar a genomes complets mitjançant lluminiscència. A diferència del sistema de Sanger, capaç de resoldre 67.000 bases cada hora, el mètode 454 pot determinar la seqüència de 20 milions en 4,5 hores, la qual cosa abarateix la despesa del procés. (ca) سلسلة البايرو (بالإنجليزية: Pyrosequencing) هو طريقة ل سلسلة الحمض النووي (من أجل تحديد النيوكليوتيدات في الحمض النووي) على أساس «تسلسل من جانب توليف» من حيث المبدأ. وقد قام بتطوير هذه التقنية Mostafa Ronaghi و Pål Nyrén في المعهد الملكي للتكنولوجيا في ستوكهولم في نهاية التسعينات. (ar) La pirosecuenciación es una tecnología que permite determinar el orden de una secuencia de ADN mediante luminiscencia.Se basa en el principio de "secuenciación por síntesis" en el que se detecta la incorporación de nucleótidos al ADN por acción de la ADN polimerasa. La particularidad de este método es que detecta la liberación de pirofosfato cuando los nucleótidos son incorporados. A partir del pirofosfato se generará luz por medio de diversas reacciones enzimáticas en cadena. (es) Pyrosequencing adalah teknik pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi terhadap pirofosfat (PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA. Teknik ini memanfaatkan yang dikatalisis oleh dan untuk pirofosfat inorganik yang dilepaskan selama penambahan nukleotida. Teknik ini dikembangkan pada tahun 1990 oleh dan dari Royal Institute of Technology, Stockholm. (in) Le pyroséquençage est une technique de séquençage de l'ADN qui permet d’effectuer un séquençage rapide et à moindre coût qu’un séquençage par la méthode de Sanger. En effet, cette technique ne nécessite pas de clonage (donc gain de temps et d’argent), et permet une lecture directe de la séquence obtenue après le séquençage. Elle est basée sur le principe du « séquençage par synthèse », dans lequel le séquençage est effectué en détectant le nucléotide incorporé par une ADN polymérase. Le pyroséquençage s'appuie sur la détection, par quantification de lumière émise, du pyrophosphate libéré lors de la réaction en chaîne, d'où le nom de pyroséquençage. (fr) Piro-sequenciamento ou Pirossequenciamento é um método de sequenciamento de DNA (que estabelece a ordem de nucleotídeos no DNA) com base no princípio do "sequenciamento por síntese". Ele difere do método de Sanger, na medida em que se baseia na detecção da liberação de pirofosfato sobre a incorporação de nucleotídeos, em vez da terminação da cadeia com didesoxinucleotídeos. A técnica foi desenvolvida por Mostafa Ronaghi e Pål Nyrén no Instituto Real de Tecnologia em Estocolmo em 1996. (pt) Пиросеквени́рование — это метод секвенирования ДНК (определение последовательности нуклеотидов в молекуле ДНК), основанный на принципе «секвенирование путём синтеза». При включении нуклеотида происходит детекция высвобождающихся пирофосфатов. Технология была разработана (швед. Pål Nyrén) и его студентом англ. Mostafa Ronaghi) в Королевском технологическом институте (Стокгольм) в 1996 году. (ru) Піросеквенування (англ. Pyrosequencing, швед. Pyrosekvensering) — метод визначення послідовності нуклеотидів ДНК, що ґрунтується на принципі «синтез через інкорпорацію», на відміну від секвенування Сенгера (англ. Sanger sequencing), де використовується капілярний електрофорез. Цю технологію створили дослідники (швед. Pål Nyrén) та його PhD-студент (англ. Mostafa Ronaghi) у Королівському Технічному Інституті (швед. Kungliga Tekniska Högskolan, KTH) у Стокгольмі, у 1996 р. (uk) 焦磷酸测序（英語：Pyrosequencing）是一种基于聚合酶链反应原理的DNA测序（确定DNA中核苷酸 的顺序）方法。它与桑格法不同，依赖于核苷酸掺入中焦磷酸盐的释放，而非双脱氧核苷三磷酸参与的链终止反应。该技术是由和于1996年在斯德哥尔摩的皇家工学院发展出来的。 (zh) Pyrosequencing is a method of DNA sequencing (determining the order of nucleotides in DNA) based on the "sequencing by synthesis" principle, in which the sequencing is performed by detecting the nucleotide incorporated by a DNA polymerase. Pyrosequencing relies on light detection based on a chain reaction when pyrophosphate is released. Hence, the name pyrosequencing. (en) Pyrosekvensering är en metod för DNA-sekvensering (bestämning av ordningen på nukleotider i DNA) som baseras på principen "sekvensering genom syntes", där sekvenseringen utförs genom att detektera den nukleotid som är införlivad i ett DNA-polymeras. Pyrosekvensering använder sig av ljusdetektion baserad på en kedjereaktion när pyrofosfat frigörs, därav namnet pyrosekvensering. (sv) |
| rdfs:label | سلسلة البايرو (ar) Piroseqüenciació (ca) Pyrosekvenování (cs) Pirosecuenciación (es) Pyrosequencing (in) Pyroséquençage (fr) Pyrosequencing (en) Pirosequenciamento (pt) Пиросеквенирование (ru) Pyrosekvensering (sv) Піросеквенування (uk) 焦磷酸测序 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Pyrosequencing wikidata:Pyrosequencing dbpedia-ar:Pyrosequencing dbpedia-ca:Pyrosequencing dbpedia-cs:Pyrosequencing dbpedia-es:Pyrosequencing dbpedia-fa:Pyrosequencing dbpedia-fr:Pyrosequencing dbpedia-he:Pyrosequencing dbpedia-id:Pyrosequencing dbpedia-no:Pyrosequencing dbpedia-pt:Pyrosequencing dbpedia-ru:Pyrosequencing dbpedia-sv:Pyrosequencing dbpedia-uk:Pyrosequencing dbpedia-zh:Pyrosequencing https://global.dbpedia.org/id/2D5x5 |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Pyrosequencing?oldid=1111091677&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/How_Pyrosequencing_Works.svg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Pyrosequencing |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Pyrosequencing_AB dbr:Biotage |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Epigenetics_of_diabetes_Type_2 dbr:Metagenomics dbr:Methylated_DNA_immunoprecipitation dbr:Sulfate_adenylyltransferase dbr:Apyrase dbr:Archaeogenetics dbr:DNA_methylation dbr:DNA_sequencer dbr:16S_ribosomal_RNA dbr:Chemiluminescence dbr:Geodia_barretti dbr:Oncogenomics dbr:Genomics dbr:Mygene dbr:Pål_Nyrén dbr:Sequence_assembly dbr:Preimplantation_genetic_diagnosis dbr:Massive_parallel_sequencing dbr:MicroRNA_sequencing dbr:Whole_genome_sequencing dbr:Ion_semiconductor_sequencing dbr:Sequencing dbr:Amanita_bisporigera dbr:2_base_encoding dbr:454_Life_Sciences dbr:DNA_sequencing dbr:Frameshift_mutation dbr:Regulation_of_gene_expression dbr:High_Resolution_Melt dbr:Jeffrey_I._Gordon dbr:Zoophthora dbr:ABI_Solid_Sequencing dbr:Bisulfite_sequencing dbr:Arsenophonus_nasoniae dbr:COLD-PCR dbr:Microbiota dbr:Newbler dbr:Cancer_epigenetics dbr:Cancer_genome_sequencing dbr:ChIP_sequencing dbr:Serial_analysis_of_gene_expression dbr:Standard_flowgram_format dbr:Niacin_test dbr:European_Inventor_Award dbr:Illumina_Methylation_Assay dbr:Illumina_dye_sequencing dbr:Reinke's_edema dbr:Trematodiasis dbr:Mya_Breitbart dbr:Mostafa_Ronaghi dbr:SNP_genotyping dbr:Sanger_sequencing dbr:Parachlamydia_acanthamoebae dbr:Parhyale_hawaiensis dbr:Transcriptomics_technologies dbr:Pyrosequencing_AB dbr:Biotage |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Pyrosequencing |
