Macromolecular docking (original) (raw)
分子对接（macromolecular docking ）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | La predicció d'acoblament proteïna-proteïna, que en el context de la bioinformàtica sol denominar-se simplement com a acoblament proteïna-proteïna, és la determinació de l'estructura molecular de complexos formats per dues o més proteïnes sense mesurar-la experimentalment. L'estudi de l'acoblament proteïna-proteïna fou estimulat pel ràpid increment a la dècada del 1990 de les estructures de proteïnes disponibles i ha estat sota investigació intensiva des d'aleshores. Moltes proteïnes que romanen relativament rígides en la formació del complex poden ser acoblades actualment amb èxit. Hi ha mètodes en desenvolupament per manejar casos en els quals la conformació interna d'una o més parts canvia de manera substancial. L'acoblament proteïna-proteïna no es refereix, en general, a la descripció de la trajectòria seguida pels components durant la formació del complex; l'únic objectiu de l'acoblament és l'estat final del complex. Com que l'ús natural del terme "acoblament" pot suggerir guia al llarg d'una trajectòria, "acoblament proteïna-proteïna" podria ser considerada com una denominació equivocada, de la mateixa manera que la freqüent absència del terme "predicció" en el seu ús pot fer creure en un enfocament químic i experimental del concepte en lloc del càlcul algorítmic que és. (ca) Macromolecular docking is the computational modelling of the quaternary structure of complexes formed by two or more interacting biological macromolecules. Protein–protein complexes are the most commonly attempted targets of such modelling, followed by protein–nucleic acid complexes. The ultimate goal of docking is the prediction of the three-dimensional structure of the macromolecular complex of interest as it would occur in a living organism. Docking itself only produces plausible candidate structures. These candidates must be ranked using methods such as scoring functions to identify structures that are most likely to occur in nature. The term "docking" originated in the late 1970s, with a more restricted meaning; then, "docking" meant refining a model of a complex structure by optimizing the separation between the interactors but keeping their relative orientations fixed. Later, the relative orientations of the interacting partners in the modelling was allowed to vary, but the internal geometry of each of the partners was held fixed. This type of modelling is sometimes referred to as "rigid docking". With further increases in computational power, it became possible to model changes in internal geometry of the interacting partners that may occur when a complex is formed. This type of modelling is referred to as "flexible docking". (en) La predicción de acoplamiento proteína-proteína, que en el contexto de la bioinformática suele denominarse simplemente como acoplamiento proteína-proteína, y que es frecuente ver en la literatura en castellano bajo su denominación en inglés protein-protein docking o, también, docking proteína-proteína, es la determinación de la estructura molecular de complejos formados por dos o más proteínas sin la necesidad de medida experimental. El estudio del acoplamiento proteína-proteína fue estimulado por el rápido incremento en la década de 1990 de las estructuras de proteínas disponibles, y ha estado bajo investigación intensiva desde entonces. Muchas proteínas que permanecen relativamente rígidas en la formación del complejo pueden ser acopladas actualmente con éxito. Hay métodos en desarrollo para manejar casos en los que la conformación interna de una o más partes cambia sustancialmente. El acoplamiento proteína-proteína no se refiere, en general, a la descripción de la trayectoria seguida por los componentes durante la formación del complejo; el único objeto del acoplamiento es el estado final del complejo. Puesto que el uso natural del término "acoplamiento" puede sugerir guía a lo largo de una trayectoria, "acoplamiento proteína-proteína" podría ser considerada como una denominación equivocada, de la misma manera que la frecuente ausencia del término "predicción" en su uso puede hacer creer en un enfoque químico y experimental del concepto en lugar del cálculo algorítmico que es. (es) L'amarrage macromoléculaire (en anglais : macromolecular docking) est la modélisation informatique de la structure quaternaire de complexes formés par plusieurs macromolécules biologiques en interaction. Les modélisations les plus courantes étant celles des complexes protéine-protéine et protéine-acide nucléique. L'amarrage vise à prédire la structure tri-dimensionnelle du complexe telle qu'elle est dans l'organisme vivant. La procédure peut produire plusieurs structures candidates qui vont ensuite être classées suivant leur pertinence d'apparaître dans la nature. Le terme « amarrage » (en anglais docking) provient des années 1970, avec un sens plus restreint. Il s'agissait alors d'optimiser la distance entre les macromolécules tout en gardant leurs orientations relatives fixées. Par la suite, ces orientations devinrent à leur tour des paramètres à ajuster mais les structures internes des macromolécules restaient fixes. On parle alors d’amarrage fixe. Avec l'augmentation de la puissance de calcul, cette dernière contrainte fut supprimée pour prendre en compte les modifications internes susceptibles de se produire lorsque le complexe se forme. On parle ici d’amarrage flexible. (fr) Макромолекулярный докинг — это метод молекулярного моделирования четвертичной структуры комплексов, образованных двумя или более взаимодействующими биологическими макромолекулами. Чаще всего исследуются белок-белковые комплексы, реже — белок-нуклеиновые. Конечной целью докинга является предсказание трёхмерной структуры изучаемого макромолекулярного комплекса в естественной среде. Результатом докинга является набор моделей комплекса (структур). Они могут быть ранжированы различными методами, такими как для отбора наиболее правдоподобных (с большей долей вероятности встречающихся в организме). Термин «докинг» или «стыковка» появился в конце 1970-х в значении моделирования стыковки двух молекул, при котором ориентация последних не менялась (менялось только положение). С увеличением компьютерных мощностей стало возможно разрешить изменение ориентации партнёров, такой вариант докинга называется «rigid docking» или докинг жёстких тел («rigid body»). Следующим шагом стал переход к «гибкому докингу» («flexible docking»), при котором изменяется внутренняя геометрия (конформация) партнёров. (ru) 分子对接（macromolecular docking ）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 (zh) |
| dbo:wikiPageID | 2606518 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 25103 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1088224260 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Mutation dbr:Beta-lactamase dbr:Biology dbr:Bound_state dbr:Cystic_fibrosis dbr:DNA_replication dbr:In_vivo dbr:Inhibitor_protein dbr:Interactome dbr:Interactor dbr:Electrostatic dbr:Molecular_geometry dbr:Nucleic_acid dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein–protein_interaction dbc:Bioinformatics dbr:Complex_(chemistry) dbr:Convolution dbr:Convolution_theorem dbr:Gene_expression dbr:Orthogonal dbr:Radioligand dbr:Stereochemistry dbr:Molecular_structure dbr:Monte_Carlo_method dbr:Molecular_mechanics dbr:Structural_biology dbr:Antibody dbr:Function_(biology) dbr:Physics dbr:Macromolecule dbr:Microscale_thermophoresis dbr:Mutagenesis dbr:CASP dbr:CHARMM dbr:Transcription_factors dbr:Docking_(molecular) dbr:Förster_resonance_energy_transfer dbr:Protein_quaternary_structure dbr:AMBER dbc:Protein_structure dbc:Molecular_physics dbr:Force_field_(chemistry) dbr:Fast_Fourier_transform dbr:Double_blind dbr:Isothermal_titration_calorimetry dbr:Protein dbr:Hemoglobin dbc:Molecular_modelling dbr:Accessible_surface_area dbr:Bioinformatics dbr:Biological_process dbr:Biomolecular_complex dbr:Heuristic dbr:Homology_modeling dbr:Phylogeny dbr:Hydrogen_bonds dbr:Krebs_cycle dbr:Catalysis dbr:X-ray_crystallography dbr:Surface_plasmon_resonance dbr:Structural_Classification_of_Proteins dbr:Scoring_functions_for_docking dbr:Trypsin dbr:Protein_engineering dbr:Polymerase dbr:Metropolis-Hastings_algorithm dbr:BPTI dbr:Amino-acid dbr:Genetic_material dbr:Sickle-cell dbr:Genetic_disease dbr:Competitive_inhibitor dbr:Computer-aided_drug_design |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Protein_methods dbt:Citation_needed dbt:Main dbt:Reflist dbt:Short_description |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Protein_structure dbc:Molecular_physics dbc:Molecular_modelling |
| gold:hypernym | dbr:Computational |
| rdf:type | dbo:Scientist |
| rdfs:comment | 分子对接（macromolecular docking ）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 (zh) La predicció d'acoblament proteïna-proteïna, que en el context de la bioinformàtica sol denominar-se simplement com a acoblament proteïna-proteïna, és la determinació de l'estructura molecular de complexos formats per dues o més proteïnes sense mesurar-la experimentalment. L'estudi de l'acoblament proteïna-proteïna fou estimulat pel ràpid increment a la dècada del 1990 de les estructures de proteïnes disponibles i ha estat sota investigació intensiva des d'aleshores. Moltes proteïnes que romanen relativament rígides en la formació del complex poden ser acoblades actualment amb èxit. Hi ha mètodes en desenvolupament per manejar casos en els quals la conformació interna d'una o més parts canvia de manera substancial. (ca) Macromolecular docking is the computational modelling of the quaternary structure of complexes formed by two or more interacting biological macromolecules. Protein–protein complexes are the most commonly attempted targets of such modelling, followed by protein–nucleic acid complexes. (en) La predicción de acoplamiento proteína-proteína, que en el contexto de la bioinformática suele denominarse simplemente como acoplamiento proteína-proteína, y que es frecuente ver en la literatura en castellano bajo su denominación en inglés protein-protein docking o, también, docking proteína-proteína, es la determinación de la estructura molecular de complejos formados por dos o más proteínas sin la necesidad de medida experimental. El estudio del acoplamiento proteína-proteína fue estimulado por el rápido incremento en la década de 1990 de las estructuras de proteínas disponibles, y ha estado bajo investigación intensiva desde entonces. Muchas proteínas que permanecen relativamente rígidas en la formación del complejo pueden ser acopladas actualmente con éxito. Hay métodos en desarrollo (es) L'amarrage macromoléculaire (en anglais : macromolecular docking) est la modélisation informatique de la structure quaternaire de complexes formés par plusieurs macromolécules biologiques en interaction. Les modélisations les plus courantes étant celles des complexes protéine-protéine et protéine-acide nucléique. L'amarrage vise à prédire la structure tri-dimensionnelle du complexe telle qu'elle est dans l'organisme vivant. La procédure peut produire plusieurs structures candidates qui vont ensuite être classées suivant leur pertinence d'apparaître dans la nature. (fr) Макромолекулярный докинг — это метод молекулярного моделирования четвертичной структуры комплексов, образованных двумя или более взаимодействующими биологическими макромолекулами. Чаще всего исследуются белок-белковые комплексы, реже — белок-нуклеиновые. Конечной целью докинга является предсказание трёхмерной структуры изучаемого макромолекулярного комплекса в естественной среде. Результатом докинга является набор моделей комплекса (структур). Они могут быть ранжированы различными методами, такими как для отбора наиболее правдоподобных (с большей долей вероятности встречающихся в организме). (ru) |
| rdfs:label | Acoblament proteïna-proteïna (ca) Predicción de acoplamiento proteína-proteína (es) Amarrage macromoléculaire (fr) Macromolecular docking (en) Макромолекулярный докинг (ru) 分子对接 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Macromolecular docking wikidata:Macromolecular docking dbpedia-ca:Macromolecular docking dbpedia-es:Macromolecular docking dbpedia-fa:Macromolecular docking dbpedia-fr:Macromolecular docking dbpedia-ru:Macromolecular docking dbpedia-zh:Macromolecular docking https://global.dbpedia.org/id/4zLyY |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Macromolecular_docking?oldid=1088224260&ns=0 |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Macromolecular_docking |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Protein-protein_docking dbr:Protein_docking dbr:Protein–protein_docking |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Methods_to_investigate_protein–protein_interactions dbr:Internal_Coordinate_Mechanics dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein–protein_interaction_prediction dbr:Critical_Assessment_of_Prediction_of_Interactions dbr:Help_Cure_Muscular_Dystrophy dbr:Macromolecular_assembly dbr:Docking_(molecular) dbr:LeDock dbr:Michael_Sternberg dbr:Protein-protein_docking dbr:Protein_docking dbr:Protein–protein_docking |
| is rdfs:seeAlso of | dbr:Docking_(molecular) |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Macromolecular_docking |