Protein function prediction (original) (raw)
التنبؤ بوظيفة البروتين (بالإنجليزية: Protein function prediction) هي طرق يستخدمها الباحثون في المعلوماتية الحيوية لتعيين أدوار بيولوجية أو كيميائية حيوية للبروتينات.هذه البروتينات عادة ما تكون غير مدروسة أو متوقعة بناءاً على بيانات التسلسل الجينومي. وكثيراً ما تكون هذه التنبؤات مدفوعة بالغالب بإجراءات حسابية مكثفة للبيانات.قد تأتي المعلومات منتماثلالتسلسل للحمض النووي، وخصائصالتعبير الجيني، وهيكل ، للمنشورات، خصائص النشوء، الخاصية المظهرية والتفاعل بين البروتين والبروتين. وظيفة البروتين هي مصطلح واسع: تتنوع ادوار البروتينات من التحفيز للتفاعلات الكيميائية الحيوية إلى وقد يلعب بروتين واحد دوراً في عمليات متعددة أو مسارات خلوية.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | التنبؤ بوظيفة البروتين (بالإنجليزية: Protein function prediction) هي طرق يستخدمها الباحثون في المعلوماتية الحيوية لتعيين أدوار بيولوجية أو كيميائية حيوية للبروتينات.هذه البروتينات عادة ما تكون غير مدروسة أو متوقعة بناءاً على بيانات التسلسل الجينومي. وكثيراً ما تكون هذه التنبؤات مدفوعة بالغالب بإجراءات حسابية مكثفة للبيانات.قد تأتي المعلومات منتماثلالتسلسل للحمض النووي، وخصائصالتعبير الجيني، وهيكل ، للمنشورات، خصائص النشوء، الخاصية المظهرية والتفاعل بين البروتين والبروتين. وظيفة البروتين هي مصطلح واسع: تتنوع ادوار البروتينات من التحفيز للتفاعلات الكيميائية الحيوية إلى وقد يلعب بروتين واحد دوراً في عمليات متعددة أو مسارات خلوية. بشكل عام، يمكن اعتبار الوظيفة بأنها «أي شيء يحدث للبروتين أو من خلال البروتين». يقدم اتحاد علم الوجود الجيني تصنيفاً مفيداً للوظائف، استناداً إلى معجم مصطلحات محددة جيداً مقسمة إلى ثلاث فئات رئيسية من الوظائف الجزيئية والعمليات البيولوجية والمكون الخلوي. يمكن للباحثين الاستعلام عن قاعدة البيانات هذه باستخدام اسم بروتين أو لاسترداد مصطلحات علم الوراثة الجينية المصاحبة أو التعليقات التوضيحية المستندة إلى أدلة حسابية أو تجريبية. في حين أن تقنيات مثل تحليل ، وتداخل RNA، و يمكن أ، تستخدم لتوضيح وظيفة البروتين، إن التقدم في تقنيات التسلسل جعل المعدل الذي يمكن من خلاله تمييز البروتينات أبطأ بكثير من توفر تسلسلات جديدة، وبالتالي، فإن التعليق التوضيحي للتسلسلات الجديدة يتم في الغالب عن طريق التنبؤ من خلال الاساليب الحسابية، حيث أن هذه الانواع من التعليقات يمكن أن تتم بسرعة للعديد من الجينات أو البروتينات في آن واحد. أول هذه الاساليب الدالة الاستنتاج تستند إلى البروتينات مع وظائف معروفة (التنبؤ بالوظيفة المستندة إلى التماثل). لقد وسع تطوير الأساليب القائمة على السياق ة الهيكلية المعلومات التي يمكن التنبؤ بها، ويمكن استخدام مجموعة من الطرق للحصول على صورة لمسارات خوية كاملة استناداً إلى بيانات التسلسلتم التأكيد على أهمية وانتشار التنبؤ الحسابي لوظيفة الجين من خلال تحليل «رموز الأدلة» المستخدمة في قاعدة البيانات.GO: اعتباراً من عام 2010، تم إدراج 98% من التعليقات ضمن كود IEA(مستنتج من التعليق الإلكتروني) بينما 0.6%فقط اعتمدت على أدلة تجريبية. (ar) Protein function prediction methods are techniques that bioinformatics researchers use to assign biological or biochemical roles to proteins. These proteins are usually ones that are poorly studied or predicted based on genomic sequence data. These predictions are often driven by data-intensive computational procedures. Information may come from nucleic acid sequence homology, gene expression profiles, protein domain structures, text mining of publications, phylogenetic profiles, phenotypic profiles, and protein-protein interaction. Protein function is a broad term: the roles of proteins range from catalysis of biochemical reactions to transport to signal transduction, and a single protein may play a role in multiple processes or cellular pathways. Generally, function can be thought of as, "anything that happens to or through a protein". The Gene Ontology Consortium provides a useful classification of functions, based on a dictionary of well-defined terms divided into three main categories of molecular function, biological process and cellular component. Researchers can query this database with a protein name or accession number to retrieve associated Gene Ontology (GO) terms or annotations based on computational or experimental evidence. While techniques such as microarray analysis, RNA interference, and the yeast two-hybrid system can be used to experimentally demonstrate the function of a protein, advances in sequencing technologies have made the rate at which proteins can be experimentally characterized much slower than the rate at which new sequences become available. Thus, the annotation of new sequences is mostly by prediction through computational methods, as these types of annotation can often be done quickly and for many genes or proteins at once. The first such methods inferred function based on homologous proteins with known functions (homology-based function prediction). The development of context-based and structure based methods have expanded what information can be predicted, and a combination of methods can now be used to get a picture of complete cellular pathways based on sequence data. The importance and prevalence of computational prediction of gene function is underlined by an analysis of 'evidence codes' used by the GO database: as of 2010, 98% of annotations were listed under the code IEA (inferred from electronic annotation) while only 0.6% were based on experimental evidence. (en) Предсказа́ние фу́нкции белка́ — определение биологической роли белка и значения в контексте клетки. Предсказание функций проводится для плохо изученных белков или для гипотетических белков, предсказанных на основе данных геномных последовательностей. Источником информации для предсказания могут служить гомология нуклеотидных последовательностей, профили экспрессии генов, доменная структура белков, интеллектуальный анализ текстов публикаций, филогенетические и фенотипические профили, белок-белковые взаимодействия. Функция белка — очень широкий термин: роли белков варьируются от катализа биохимических реакций до передачи сигнала и , и один белок может играть определённую роль в нескольких клеточных процессах. В целом, функцию можно рассматривать как «всё, что происходит с белком или с его помощью». Проект «Генная Онтология» предложил полезную классификацию функций, в основе которого лежит список (словарь) четко сформулированных терминов, разделенных на три основные категории – молекулярные функции, биологические процессы и клеточные компоненты. Из этой базы данных можно по названию белка или его идентификационному номеру найти присвоенные ему термины «Генной Онтологии» или аннотации, сделанные на основе расчётных или экспериментальных данных. Несмотря на то что на сегодняшний день для экспериментального доказательства функций белка используются такие современные методы, как анализ микрочипов, РНК-интерференция и двугибридный анализ, технологии секвенирования продвинулись настолько, что темпы экспериментально доказательной характеристики открытых белков сильно отстают от темпов открытия новых последовательностей. Поэтому аннотирование новых белковых последовательностей будет в основном осуществляться путём предсказания на основе вычислительных методов, так как таким образом можно осуществлять характеристику последовательностей гораздо быстрее и одновременно по нескольким генам/белкам. Первые методики предсказания функций были основаны на сходстве гомологичных белков с известными функциями (так называемое предсказание функций, основанное на гомологии). Дальнейшее развитие методов привело к появлению предсказаний на основе геномного контекста и на основе структуры белковой молекулы, что позволило расширить спектр получаемых данных и комбинировать методики, основанные на разных типах данных, для получения наиболее полной картины роли белка. Ценность и производительность вычислительного предсказания функции генов подчеркивает тот факт, что по состоянию на 2010 год 98 % аннотаций Генной Онтологии были сделаны на основе автоматического извлечения из других баз аннотаций и только 0,6 % — на основе экспериментальных данных. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Protein_alignment.svg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://www.blast2go.com/ http://supfam.org/SUPERFAMILY/dcGO https://web.archive.org/web/20150418160606/http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.do http://raptorx.uchicago.edu/ http://visant.bu.edu/home2.htm http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/ https://github.com/PedroMTQ/mantis |
| dbo:wikiPageID | 29467449 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 34865 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1085051587 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Prokaryotes dbr:Proteins dbr:Blast2GO dbr:Pfam dbr:UniProt dbr:DcGO dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein–protein_interaction_prediction dbc:Bioinformatics dbr:Gene_expression dbr:Gene_prediction dbr:Genome dbr:Enzyme dbr:Galactokinase dbr:Operon dbr:Protein_domains dbr:Functional_genomics dbr:Protein_Data_Bank dbr:Protein_structure dbr:STRING dbr:Microarray dbr:Active_site dbr:Threonine dbr:Amino_acid dbr:E._coli dbr:Ethanol dbr:Eukaryotic dbr:PROSITE dbr:Protein_domain dbr:Gene_Ontology_Consortium dbr:Gene_fusion dbr:Isopropyl_alcohol dbr:Accession_number_(bioinformatics) dbc:Protein_methods dbr:Bioinformatics dbr:Homology_(biology) dbr:Homology_modeling dbr:Signal_transduction dbr:Tertiary_structure_protein dbr:Algorithms dbr:Candidate_gene dbr:Serine dbr:X-ray_crystallography dbr:Sequence_homology dbr:Mary_Jo_Ondrechen dbr:Vertex_(graph_theory) dbr:Phylogenetic_profiling dbr:Subcellular_localization dbr:RaptorX_/_software_for_protein_modeling_and_analysis dbr:Structural_genomics dbr:Phylogenomics dbr:Text_mining dbr:Yeast_two-hybrid_system dbr:Paralogs dbr:Sequence_similarity_search dbr:Isopropanol dbr:BioPIXIE dbr:File:Computational_solvent_mapping_of_AMA1_using_FTMAP.TIF dbr:File:STRING_network_image.png dbr:File:Trp_Operon_organization_across_three_different_species_of_bacteria.png dbr:GeneMANIA dbr:SignalP dbr:File:Alignment_Abrin_Ricin.png dbr:File:Protein_alignment.svg |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Protein_methods dbt:' dbt:Main dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:Main_page |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Protein_methods |
| gold:hypernym | dbr:Techniques |
| rdf:type | yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:PsychologicalFeature100023100 dbo:Weapon yago:WikicatProteinMethods |
| rdfs:comment | التنبؤ بوظيفة البروتين (بالإنجليزية: Protein function prediction) هي طرق يستخدمها الباحثون في المعلوماتية الحيوية لتعيين أدوار بيولوجية أو كيميائية حيوية للبروتينات.هذه البروتينات عادة ما تكون غير مدروسة أو متوقعة بناءاً على بيانات التسلسل الجينومي. وكثيراً ما تكون هذه التنبؤات مدفوعة بالغالب بإجراءات حسابية مكثفة للبيانات.قد تأتي المعلومات منتماثلالتسلسل للحمض النووي، وخصائصالتعبير الجيني، وهيكل ، للمنشورات، خصائص النشوء، الخاصية المظهرية والتفاعل بين البروتين والبروتين. وظيفة البروتين هي مصطلح واسع: تتنوع ادوار البروتينات من التحفيز للتفاعلات الكيميائية الحيوية إلى وقد يلعب بروتين واحد دوراً في عمليات متعددة أو مسارات خلوية. (ar) Protein function prediction methods are techniques that bioinformatics researchers use to assign biological or biochemical roles to proteins. These proteins are usually ones that are poorly studied or predicted based on genomic sequence data. These predictions are often driven by data-intensive computational procedures. Information may come from nucleic acid sequence homology, gene expression profiles, protein domain structures, text mining of publications, phylogenetic profiles, phenotypic profiles, and protein-protein interaction. Protein function is a broad term: the roles of proteins range from catalysis of biochemical reactions to transport to signal transduction, and a single protein may play a role in multiple processes or cellular pathways. (en) Предсказа́ние фу́нкции белка́ — определение биологической роли белка и значения в контексте клетки. Предсказание функций проводится для плохо изученных белков или для гипотетических белков, предсказанных на основе данных геномных последовательностей. Источником информации для предсказания могут служить гомология нуклеотидных последовательностей, профили экспрессии генов, доменная структура белков, интеллектуальный анализ текстов публикаций, филогенетические и фенотипические профили, белок-белковые взаимодействия. (ru) |
| rdfs:label | Protein function prediction (en) تنبؤ بوظيفة البروتين (ar) Предсказание функции белка (ru) |
| owl:sameAs | freebase:Protein function prediction yago-res:Protein function prediction wikidata:Protein function prediction dbpedia-ar:Protein function prediction dbpedia-fa:Protein function prediction dbpedia-ru:Protein function prediction https://global.dbpedia.org/id/4teVV |
| skos:closeMatch | http://www.springernature.com/scigraph/things/subjects/protein-function-predictions |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Protein_function_prediction?oldid=1085051587&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Alignment_Abrin_Ricin.png wiki-commons:Special:FilePath/Protein_alignment.svg wiki-commons:Special:FilePath/STRING_network_image.png wiki-commons:Special:FilePath/Trp_Operon_organizati...ree_different_species_of_bacteria.png |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Protein_function_prediction |
| is dbo:academicDiscipline of | dbr:Christine_Orengo dbr:Burkhard_Rost |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Homology-based_methods_for_protein_function_prediction |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Carolyn_Lawrence-Dill dbr:Blast2GO dbr:Homology-based_methods_for_protein_function_prediction dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein–protein_interaction_prediction dbr:Gene_prediction dbr:Zinc_transporter_ZIP9 dbr:Christine_Orengo dbr:Christophe_Dessimoz dbr:Concorde_TSP_Solver dbr:Critical_Assessment_of_Function_Annotation dbr:Lukasz_Kurgan dbr:Functional_genomics dbr:Burkhard_Rost dbr:PSIPRED dbr:Graphlets dbr:Bioinformatics dbr:Michael_Sternberg dbr:Steven_E._Brenner |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Protein_function_prediction |
