Gene prediction (original) (raw)
إيجاد المورثات مصطلح يشير إلى أحد حقول علم الأحياء الحاسوبي الذي يهتم بالتمييز الخوارزمي لقطع من التسلسلات، عادة ما تكون جينومية من الدنا الوراثي، الفعال بيولوجيا. يتضمن هذا عادة الجينات المشفرة للبروتينات لكن يمكن أن تتضمن أيضا عناصر وظيفية أخرى مثل regulatory regions. إيجاد المرثات هي أحد أول وأهم الخطوات في فهم الجينوم للأنواع حالما يتم الانتهاء من عملية ومعرفة التسلسل الدقيق.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | إيجاد المورثات مصطلح يشير إلى أحد حقول علم الأحياء الحاسوبي الذي يهتم بالتمييز الخوارزمي لقطع من التسلسلات، عادة ما تكون جينومية من الدنا الوراثي، الفعال بيولوجيا. يتضمن هذا عادة الجينات المشفرة للبروتينات لكن يمكن أن تتضمن أيضا عناصر وظيفية أخرى مثل regulatory regions. إيجاد المرثات هي أحد أول وأهم الخطوات في فهم الجينوم للأنواع حالما يتم الانتهاء من عملية ومعرفة التسلسل الدقيق. (ar) Els mecanismes o processos de predicció de gens ( general Prediction en anglès, o també general finding, literalment descobriment de gens) són aquells que, dins l'àrea de la biologia computacional, s'utilitzen per a la identificació algorísmica de trossos de seqüència, usualment ADN genòmic, i que són biològicament funcionals. Això, especialment, inclou els gens codificants de proteïnes, però també podria incloure altres elements funcionals com ara i seqüències reguladores. La identificació de gens és un dels primers i més importants passos per entendre el genoma d'una espècie un cop ha estat seqüenciat. (ca) Unter Genvorhersage oder Annotation versteht man das A-priori-Auffinden von Genen innerhalb einer Nukleotidsequenz anhand von typischen Mustern wie beispielsweise Promotor, Start und Stopsignale von Introns. Dazu werden im Rahmen der Bioinformatik verschiedene Rechenmethoden und Algorithmen verwendet, darunter statistische Sequenzanalyse, Markow-Ketten, künstliche neuronale Netze zur Mustererkennung, und andere. Zur besseren Differenzierung werden beispielsweise Informationen über die offenen Leserahmen (ORF) genutzt.Da Prokaryoten keine Introns besitzen, muss das Gen in einer fortlaufenden Sequenz zwischen Startcodon und Stopcodon liegen. Die Vorhersage der Gene kann mit Hilfe der Sequenzierung von cDNA aus mRNA verifiziert werden. Ein Beispiel für ein bekanntes Modell zur Genvorhersage ist das Programm GENSCAN. (de) In computational biology, gene prediction or gene finding refers to the process of identifying the regions of genomic DNA that encode genes. This includes protein-coding genes as well as RNA genes, but may also include prediction of other functional elements such as regulatory regions. Gene finding is one of the first and most important steps in understanding the genome of a species once it has been sequenced. In its earliest days, "gene finding" was based on painstaking experimentation on living cells and organisms. Statistical analysis of the rates of homologous recombination of several different genes could determine their order on a certain chromosome, and information from many such experiments could be combined to create a genetic map specifying the rough location of known genes relative to each other. Today, with comprehensive genome sequence and powerful computational resources at the disposal of the research community, gene finding has been redefined as a largely computational problem. Determining that a sequence is functional should be distinguished from determining the function of the gene or its product. Predicting the function of a gene and confirming that the gene prediction is accurate still demands in vivo experimentation through gene knockout and other assays, although frontiers of bioinformatics research are making it increasingly possible to predict the function of a gene based on its sequence alone. Gene prediction is one of the key steps in genome annotation, following sequence assembly, the filtering of non-coding regions and repeat masking. Gene prediction is closely related to the so-called 'target search problem' investigating how DNA-binding proteins (transcription factors) locate specific binding sites within the genome. Many aspects of structural gene prediction are based on current understanding of underlying biochemical processes in the cell such as gene transcription, translation, protein–protein interactions and regulation processes, which are subject of active research in the various omics fields such as transcriptomics, proteomics, metabolomics, and more generally structural and functional genomics. (en) Los mecanismos o procesos de predicción de genes (gene prediction en inglés, o también gene finding, literalmente descubrimiento de genes) son aquellos que, dentro del área de la biología computacional, se utilizan para la identificación algorítmica de trozos de secuencia, usualmente ADN genómico, y que son biológicamente funcionales. Esto, especialmente, incluye los genes codificantes de proteínas, pero también podría incluir otros elementos funcionales tales como genes ARN y secuencias reguladoras. La identificación de genes es uno de los primeros y más importantes pasos para entender el genoma de una especie una vez ha sido secuenciado. (es) En bio-informatique, la prédiction de gènes consiste à identifier les zones de l'ADN qui correspondent à des gènes (le reste étant non codant). (fr) Przewidywanie genów to procedura służąca identyfikacji regionów DNA w genomie które odpowiedzialne są za kodowanie białek. W biologicznych bazach danych deponowanych jest coraz więcej sekwencji genomów różnych organizmów, jednak ich przetwarzanie stanowi istotny problem. Przewidywanie genów jest jednym z pierwszych i najważniejszych kroków w zrozumieniu genomu organizmu. Określenie, czy sekwencja jest funkcjonalna różni się od zagadnienia określania funkcji genu. Przewidywanie funkcji genu i potwierdzenie istotności przewidywań wciąż wymaga eksperymentów in vivo. (pl) Os mecanismos ou processos de predição de genes (gene prediction em inglês, ou tambiém gene finding, literalmente descobrimento de genes) são aqueles que, dentro da área da biologia computacional, se utilizam para a identificação algorítmica de troços de sequência, usualmente ADN genómico, e que são biologicamente funcionais. Isto, especialmente, inclui os genes codificadores de proteínas, mas também poderia incluir outros elementos funcionais tais como e . A identificação de genes é um dos primeiros e mais importantes passos para entender o genoma de uma espécie uma vez tenha sido sequenciado. A predição gênica dita de novo é um método em que são utilizadas apenas sequencias de um ou mais genomas, não sendo utilizado para tanto, nenhuma sequencia derivada de RNA ou proteínas. (pt) 基因預測，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和。基因识别是基因组研究的基础。 在早期，基因识别的主要手段是基于活的细胞或生物的实验。通过对若干种不同基因的同源重组的速率的统计分析，我们能够获知它们在染色体上的顺序。若进行大量类似的分析，我们可以确定各个基因的大致位置。现在，由于人类已经获得了巨大数量的基因组信息，依靠较慢的实验分析已不能满足基因识别的需要，而基于计算机算法的基因识别得到了长足的发展，成为了基因识别的主要手段。 识别具有生物学功能的片段与判定该片段（或其对应的产品）的功能是两个不同的概念，后者通常需要通过基因敲除等的实验手段来决定。不过，生物信息学的前沿研究正在使得由基因序列预测基因功能变得愈发可能。 (zh) Предсказа́ние ге́нов — это определение кодирующих и регуляторных последовательностей ДНК в геноме: белковых генов и генов некодирующих РНК, промоторов, энхансеров и прочее. Ранние методы поиска генов основывались на трудоёмких экспериментах с живыми организмами и клетками, которые давали лишь приближённый результат. Статистический анализ частот кроссинговера между известными генами позволял узнать, как они расположены на хромосоме относительно друг друга, и в итоге составить генетическую карту. Сегодня же, благодаря развитию компьютерной техники и методов , предсказание генов стало рутинной задачей в биоинформатике. Необходимо различать предсказание функциональных участков от предсказания функции или продукта гена. Строгое определение функции или доказательство существования какого-либо белка может основываться только на экспериментальной работе, хотя современной биоинформатике уже удаётся с высокой точностью определять функцию гена только по его последовательности. Предсказание генов — один из ключевых этапов в вида, следующий за маскированием повторов и оценкой качества его сборки. Существует множество алгоритмов, разработанных в последние десятилетия, позволяющих определить точное положение гена в геноме. Существуют три основных подхода к предсказанию генов в геноме: эмпирический (внешний), неэмпирический (внутренний, ab initio) и смешанный. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Gene_structure.svg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://www.yandell-lab.org/software/maker.html http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/ http://linux1.softberry.com/berry.phtml%3Ftopic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind http://www.jstacs.de/index.php/GeMoMa http://www.mgene.org/ http://www.scfbio-iitd.res.in/research/genepredictor.htm http://genome.imim.es/software/geneid/ http://genome.imim.es/software/sgp2/ http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/ https://web.archive.org/web/20061116041807/http:/www.genomethreader.org/ https://web.archive.org/web/20080915090738/http:/www.cebitec.uni-bielefeld.de/groups/brf/software/gismo/ https://web.archive.org/web/20110818235355/http:/www.cbcb.umd.edu/software/GlimmerHMM/ https://web.archive.org/web/20110826005802/http:/www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/ http://web.mit.edu/star/orf/ http://cbcb.umd.edu/software/GlimmerHMM http://cbcb.umd.edu/software/glimmer |
| dbo:wikiPageID | 579390 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 29581 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1100092863 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:BLAST dbr:Prokaryotes dbr:Pseudogenes dbr:List_of_distinct_cell_types_in_the_adult_human_body dbr:List_of_gene_prediction_software dbr:Messenger_RNA dbr:Metabolomics dbr:Metagenomics dbr:Biochemistry dbr:DNA dbr:DNA_microarray dbr:In_vivo dbr:Protein_function_prediction dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein–protein_interaction dbr:Protein–protein_interaction_prediction dbr:Proteomics dbr:Pseudogene_(database) dbc:Bioinformatics dbr:Conditional_random_field dbr:GeneMark dbr:Gene_expression dbr:Gene_knockout dbr:Genetic_code dbr:Genome dbr:Natural_selection dbr:Open_reading_frame dbr:Overlapping_gene dbr:RNA_splicing dbr:Frequency dbr:GLIMMER dbr:Gene dbr:Genes dbr:Operon dbr:Machine_learning dbr:Artificial_neural_networks dbr:Comparative_genomics dbr:Compositional_domain dbr:Computational_biology dbr:Functional_genomics dbr:Horizontal_gene_transfer dbr:Sequence_assembly dbr:Pattern_recognition dbr:Stop_codon dbr:Omics dbr:Phylogenetic_footprinting dbr:Cell_(biology) dbr:Transcription_(genetics) dbr:Transcription_factors dbr:GENSCAN dbr:CpG_island dbr:K-mer dbr:RNA-Seq dbr:Sequencing dbr:DNA_sequencing dbr:Eukaryotes dbr:Exons dbr:Fourier_transform dbr:Fractal_dimension dbr:Base_pair dbr:Chromosome dbr:Binding_sites dbr:Discriminative_model dbr:Frameshift_mutation dbr:Isochore_(genetics) dbr:Ensembl dbr:Transcription_factor dbr:Promoter_(genetics) dbr:Protein dbr:Regulation_of_gene_expression dbr:Introns dbr:Artificial_neural_network dbc:Mathematical_and_theoretical_biology dbr:Ab_initio dbc:Markov_models dbr:ChIP-sequencing dbr:Binding_site dbr:Bioinformatics dbr:Support_vector_machines dbr:Hidden_Markov_model dbr:Homologous_recombination dbr:Homology_(biology) dbr:Translation_(biology) dbr:RefSeq dbr:DNA-binding_proteins dbr:DNA_sequence dbr:Sequence_homology dbr:Genomic dbr:Smith–Waterman_algorithm dbr:Expressed_sequence_tag dbr:FASTA dbr:Pribnow_box dbr:Type_I_and_type_II_errors dbr:Ribosomal_binding_site dbr:Structural_genomics dbr:Polyadenylation dbr:Transcriptome dbr:Random_sequence dbr:Promoter_(biology) dbr:Secondary_structure dbr:Transcriptomics dbr:RNA_gene dbr:Regulatory_regions dbr:Probabilistic_model dbr:Genetic_map dbr:Genome_annotation dbr:Sequence_mining dbr:Expressed_sequence_tags dbr:Z-curve dbr:File:Gene_Prediction.png dbr:Geneid dbr:Hidden_Markov_support_vector_machine dbr:MGene dbr:File:Gene_structure.svg |
| dbp:date | 2011-08-18 (xsd:date) 2011-08-26 (xsd:date) |
| dbp:url | https://web.archive.org/web/20110818235355/http:/www.cbcb.umd.edu/software/GlimmerHMM/ https://web.archive.org/web/20110826005802/http:/www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/ |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Biology-footer dbt:Genomics-footer dbt:Reflist dbt:Webarchive |
| dct:subject | dbc:Bioinformatics dbc:Mathematical_and_theoretical_biology dbc:Markov_models |
| rdf:type | yago:WikicatMarkovModels yago:Assistant109815790 yago:CausalAgent100007347 yago:LivingThing100004258 yago:Model110324560 yago:Object100002684 yago:Organism100004475 yago:Person100007846 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Worker109632518 yago:YagoLegalActor yago:YagoLegalActorGeo yago:Whole100003553 |
| rdfs:comment | إيجاد المورثات مصطلح يشير إلى أحد حقول علم الأحياء الحاسوبي الذي يهتم بالتمييز الخوارزمي لقطع من التسلسلات، عادة ما تكون جينومية من الدنا الوراثي، الفعال بيولوجيا. يتضمن هذا عادة الجينات المشفرة للبروتينات لكن يمكن أن تتضمن أيضا عناصر وظيفية أخرى مثل regulatory regions. إيجاد المرثات هي أحد أول وأهم الخطوات في فهم الجينوم للأنواع حالما يتم الانتهاء من عملية ومعرفة التسلسل الدقيق. (ar) Els mecanismes o processos de predicció de gens ( general Prediction en anglès, o també general finding, literalment descobriment de gens) són aquells que, dins l'àrea de la biologia computacional, s'utilitzen per a la identificació algorísmica de trossos de seqüència, usualment ADN genòmic, i que són biològicament funcionals. Això, especialment, inclou els gens codificants de proteïnes, però també podria incloure altres elements funcionals com ara i seqüències reguladores. La identificació de gens és un dels primers i més importants passos per entendre el genoma d'una espècie un cop ha estat seqüenciat. (ca) Los mecanismos o procesos de predicción de genes (gene prediction en inglés, o también gene finding, literalmente descubrimiento de genes) son aquellos que, dentro del área de la biología computacional, se utilizan para la identificación algorítmica de trozos de secuencia, usualmente ADN genómico, y que son biológicamente funcionales. Esto, especialmente, incluye los genes codificantes de proteínas, pero también podría incluir otros elementos funcionales tales como genes ARN y secuencias reguladoras. La identificación de genes es uno de los primeros y más importantes pasos para entender el genoma de una especie una vez ha sido secuenciado. (es) En bio-informatique, la prédiction de gènes consiste à identifier les zones de l'ADN qui correspondent à des gènes (le reste étant non codant). (fr) Przewidywanie genów to procedura służąca identyfikacji regionów DNA w genomie które odpowiedzialne są za kodowanie białek. W biologicznych bazach danych deponowanych jest coraz więcej sekwencji genomów różnych organizmów, jednak ich przetwarzanie stanowi istotny problem. Przewidywanie genów jest jednym z pierwszych i najważniejszych kroków w zrozumieniu genomu organizmu. Określenie, czy sekwencja jest funkcjonalna różni się od zagadnienia określania funkcji genu. Przewidywanie funkcji genu i potwierdzenie istotności przewidywań wciąż wymaga eksperymentów in vivo. (pl) 基因預測，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和。基因识别是基因组研究的基础。 在早期，基因识别的主要手段是基于活的细胞或生物的实验。通过对若干种不同基因的同源重组的速率的统计分析，我们能够获知它们在染色体上的顺序。若进行大量类似的分析，我们可以确定各个基因的大致位置。现在，由于人类已经获得了巨大数量的基因组信息，依靠较慢的实验分析已不能满足基因识别的需要，而基于计算机算法的基因识别得到了长足的发展，成为了基因识别的主要手段。 识别具有生物学功能的片段与判定该片段（或其对应的产品）的功能是两个不同的概念，后者通常需要通过基因敲除等的实验手段来决定。不过，生物信息学的前沿研究正在使得由基因序列预测基因功能变得愈发可能。 (zh) Unter Genvorhersage oder Annotation versteht man das A-priori-Auffinden von Genen innerhalb einer Nukleotidsequenz anhand von typischen Mustern wie beispielsweise Promotor, Start und Stopsignale von Introns. Dazu werden im Rahmen der Bioinformatik verschiedene Rechenmethoden und Algorithmen verwendet, darunter statistische Sequenzanalyse, Markow-Ketten, künstliche neuronale Netze zur Mustererkennung, und andere. Die Vorhersage der Gene kann mit Hilfe der Sequenzierung von cDNA aus mRNA verifiziert werden. Ein Beispiel für ein bekanntes Modell zur Genvorhersage ist das Programm GENSCAN. (de) In computational biology, gene prediction or gene finding refers to the process of identifying the regions of genomic DNA that encode genes. This includes protein-coding genes as well as RNA genes, but may also include prediction of other functional elements such as regulatory regions. Gene finding is one of the first and most important steps in understanding the genome of a species once it has been sequenced. Gene prediction is one of the key steps in genome annotation, following sequence assembly, the filtering of non-coding regions and repeat masking. (en) Os mecanismos ou processos de predição de genes (gene prediction em inglês, ou tambiém gene finding, literalmente descobrimento de genes) são aqueles que, dentro da área da biologia computacional, se utilizam para a identificação algorítmica de troços de sequência, usualmente ADN genómico, e que são biologicamente funcionais. Isto, especialmente, inclui os genes codificadores de proteínas, mas também poderia incluir outros elementos funcionais tais como e . A identificação de genes é um dos primeiros e mais importantes passos para entender o genoma de uma espécie uma vez tenha sido sequenciado. (pt) Предсказа́ние ге́нов — это определение кодирующих и регуляторных последовательностей ДНК в геноме: белковых генов и генов некодирующих РНК, промоторов, энхансеров и прочее. Ранние методы поиска генов основывались на трудоёмких экспериментах с живыми организмами и клетками, которые давали лишь приближённый результат. Статистический анализ частот кроссинговера между известными генами позволял узнать, как они расположены на хромосоме относительно друг друга, и в итоге составить генетическую карту. Сегодня же, благодаря развитию компьютерной техники и методов , предсказание генов стало рутинной задачей в биоинформатике. (ru) |
| rdfs:label | تنبؤ بالمورثات (ar) Predicció de gens (ca) Genvorhersage (de) Predicción de genes (es) Gene prediction (en) Prédiction de gènes (fr) Przewidywanie genów (pl) Предсказание генов (ru) Predição de genes (pt) 基因预测 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Gene prediction yago-res:Gene prediction wikidata:Gene prediction dbpedia-ar:Gene prediction http://bs.dbpedia.org/resource/Predviđanje_gena dbpedia-ca:Gene prediction dbpedia-de:Gene prediction dbpedia-es:Gene prediction dbpedia-fa:Gene prediction dbpedia-fr:Gene prediction dbpedia-pl:Gene prediction dbpedia-pt:Gene prediction dbpedia-ru:Gene prediction dbpedia-sh:Gene prediction dbpedia-sr:Gene prediction dbpedia-tr:Gene prediction dbpedia-zh:Gene prediction https://global.dbpedia.org/id/HSJJ |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Gene_prediction?oldid=1100092863&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Gene_structure.svg wiki-commons:Special:FilePath/Gene_Prediction.png |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Gene_prediction |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Gene_finding dbr:Gene_Finding dbr:Gene_identification dbr:Ab_initio_gene_prediction |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:List_of_gene_prediction_software dbr:Alignment-free_sequence_analysis dbr:DNA dbr:DNA_annotation dbr:Index_of_genetics_articles dbr:J._Craig_Venter_Institute dbr:Z_curve dbr:Protein_function_prediction dbr:Protein_structure_prediction dbr:Protein–protein_interaction_prediction dbr:Proteome dbr:Pseudogene dbr:Pseudogene_(database) dbr:Conditional_random_field dbr:Anders_Krogh dbr:GeneMark dbr:Genome_project dbr:Genome_sequencing_of_endangered_species dbr:Open_reading_frame dbr:Christopher_Burge dbr:Chromosome_19 dbr:GLIMMER dbr:Genomics dbr:MG-RAST dbr:Francisella_small_RNAs dbr:Machine_learning_in_bioinformatics dbr:Acyrthosiphon_pisum dbr:Wheat dbr:GENSCAN dbr:Agriculture_in_California dbr:DECIPHER_(software) dbr:European_fire-bellied_toad dbr:Ewan_Birney dbr:Chromosome dbr:Chromosome_1 dbr:Chromosome_10 dbr:Chromosome_11 dbr:Chromosome_12 dbr:Chromosome_13 dbr:Chromosome_14 dbr:Chromosome_15 dbr:Chromosome_16 dbr:Chromosome_17 dbr:Chromosome_18 dbr:Chromosome_2 dbr:Chromosome_20 dbr:Chromosome_21 dbr:Chromosome_22 dbr:Chromosome_3 dbr:Chromosome_4 dbr:Chromosome_5 dbr:Chromosome_6 dbr:Chromosome_7 dbr:Chromosome_8 dbr:Chromosome_9 dbr:Promoter_(genetics) dbr:Hypothetical_protein dbr:Coding_region dbr:Hidden_Markov_model dbr:X_chromosome dbr:Y_chromosome dbr:Gene_finding dbr:Marie-France_Sagot dbr:Outline_of_machine_learning dbr:Ribosome-binding_site dbr:Gene_Finding dbr:Gene_identification dbr:Ab_initio_gene_prediction |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Gene_prediction |
